首先，积极发挥各级政府的职能作用。
加强农村卫生服务体系建设，应首先明确好中央和省级政府的工作责任。中央主要负责制定全国总体规划，明确指导原则、支持的范围和重点。省级政府要根据中央规划要求，编制本地区农村卫生服务体系建设与发展规划，制定具体项目建设计划，落实资金和政策措施，并具体组织实施。各级政府要切实担负起工作职责，把农村卫生工作纳入各级政府工作目标。
其次，加快农村卫生管理体制和运行机制改革。
第一，调整农村卫生机构的布局，加快农村医疗卫生体制改革。农村卫生机构要以公有非营利性为主，积极探索多种形式的农村卫生机构经营模式。乡镇卫生院统一由县级人民政府管理，其经费、人员、业务等归由县级卫生行政部门管理。村卫生室（所）可以由村委会集体兴办、村医联办或者乡镇卫生院设点指导办公。
第二，改革现行人事用工制度，改变人才短缺与人员“假性”过剩并存的不正常现象。人事用工制度改革，关键是解决富余人员的出路问题。国家已明确规定非医学专业人员不得进入医疗行业，对已进入的人员必须坚决予以清退。各级政府要把卫生人员从事业单位逐步分离出来，打破“铁饭碗”，引入新的人事用工制度。
第三，改革现有的分配制度，使政府投入的资金运行效益最大化。卫生行政部门要采取切实可行的措施对农村现行的分配制度进行大胆改革。把政府的拨款全部用于房屋建设、设备购置、人才培养和扶持贫困地区人群的医疗保障上。卫生院自主经营求发展，扩大分配自主权，打破工作上的“大锅饭”和分配上的“平均主义”。