军事指挥系统
明朝建立后，明太祖朱元璋及其继承者大力强化封建专制中央集权的统治。因此，进一步加强皇权对军权的控制，是明代军事指挥系统的一个显著特点。
明初仿照宋元的枢密院制度，在中央设大都督府作为最高军事机构，节制内外诸军，“凡天下将士兵马大数，荫授迁除与征讨进止机宜皆属之”。洪武十三年（1380），出于加强皇权的需要，明太祖下令改大都督府为中、左、右、前、后五军都督府，分领在京和在外各都司卫所。同时，又设立兵部，作为朝廷执政机构的六部之一。五府只管军籍和军旅之事，而人事、调遣和政令发布之权则移交兵部，“凡武职、世官、流官、士官袭替、优养、优给”，各府移文兵部请选，“都司卫所首领听吏部选授”。遇到战争，天子命将充总兵官，兵部签发“出兵之令”，调卫所军领之，“既旋则将上所佩印，官军各回卫所”。这样，明朝的军事就由五军都督府和兵部共同管辖，“兵部有出兵之令，而无统兵之权，五军有统兵之权，而无出兵之令。”两个机构“合之则呼吸相通，分之则犬牙相制”，便于皇帝的操纵和控制。但到永乐年间，五府实权“尽归之兵部，所谓五都督者，不过守空名与虚数而已”。明朝中后期，兵部尚书或侍郎有时可提督或协理京营戎政，直接掌握京营训练，五府官实际上变成了一种虚衔。
在地方，起初在各省府设立都卫，洪武八年（1375）改为都指挥使司。各都司设都指挥使1人，作为地方的最高军事长官，掌一方之军政，各率其卫所隶于五府，同时听命于兵部。明初各省都指挥使与布政使、按察使“并称三司，为封疆大吏”，且品级、地位也比布、按官高，威权甚重。但在对内对外的战争中，明廷照例派都督府官或公、侯、伯出为总兵官，事后还任。“后因边境多事，遂留镇守”，临时派遣的总兵官变为定设的官员，形成了镇戍制。接着，在内地的军事要害地区也派总兵官镇守，独任一方之军务。都指挥使的地位因此日益下降，逐渐变成总兵官的下属。洪熙元年（1425），明廷为加强对武臣的控制，又派文臣“于各总兵官处整理文书，商榷机密，于是有参赞参谋军务，总督边储”。宣德（1426～1435）和景泰（1450～1456）以后，朝廷派往地方的巡抚和总督逐渐变为定设的官员。巡抚往往加有提督军务或赞理军务、参赞军务的名义，总督更拥有总督文武、自总兵巡抚而下皆听其节制的大权，不仅地方的都、布、按三司归其管辖，连总兵官亦须听其指挥了。
卫所制与营伍制
明朝建立后，规定军队的编制采用卫所制。朱元璋渡江后，随着军队的不断扩大，编制不一，将校的称呼极为混乱。后来，他下令进行整顿，立部伍法，规定“有兵五千者为指挥，满千者为千户，百人为百户，五十人为总旗，十人为小旗”。建立明朝后，刘基在这一基础上，奏立军卫法。一郡者设所，连郡者设卫。大抵以5600人为l卫，1120人为1千户所，112人为l百户所。百户所下设2个总旗，每个总旗下设5个小旗，每个小旗有军士10人，“大小联比以成军”。全国的军队均按此制编入卫所，由小旗、总旗、百户、千户、卫指挥使率领。每个卫所驻地固定，军士皆有定数，将官设置亦有定例。各个卫所官兵分别隶属于所在地方的都指挥使司，再上辖于中央的五军都督府。
据《明史·兵志》记载，洪武二十六年（1393）全国平定后，明朝共设17个都司、1个留守司，有内外卫所329个和守御千户所65个，军队兵额约有180余万。永乐时期，有所增改，都司增为21个，留守司2个，内外卫所增至493个，守御千户所359个，兵额也增至270余万。后来，军额又不断扩增，最高时除锦衣卫等不计外，共有额军313.83万名。洪武时的军队，主要来源于以下几个方面：“从征”，指原先参加朱元璋起义军的“诸将所部兵”；“归附”，指先后投降的元朝军队和其他队伍，即所谓“胜国及僭伪诸降卒”；“谪发”，指因“罪”被罚充军卒的；“垛集一，指被强制抑配为军的，具体办法是将民户每3家编为l垛，其中l户充役（正户），2户帮贴资助（贴户），后改“令正军、贴户更代充役”；元代军户，洪武二年规定：“凡军、民、医、匠、阴阳诸色户，以原报抄籍为定，不许妄行变乱，违者治罪”，元代的军户在明代仍然是军户，必须继续充役。
为保证卫所的兵源，明朝实行世兵制，规定卫所军士和武官全部世袭，只有五府官及都司官为流官，由世职卫所官及武举选授。为此，明政府将军民严格分籍，卫所军及武官皆入军籍，称为军户，属都督府管辖，不受地方行政官吏的约束。军户优免1丁差徭，但需固定承担兵役，父死子继，世代为军，并随军屯戍，住在指定的卫所。若军户逃亡或全家死绝，由政府派员到原籍勾补亲族或贴户顶替，称为“勾军”或“清军”。
世兵制下的卫所军卒，具有很强的人身依附关系，一人为军，全家便世代不能脱离军籍，而且与罪徒为伍，社会地位很低。他们需自备弓甲“胖袄”和入伍路费，“月粮”又十分低微，加上军官的克扣、虐待和役使，生活非常困苦。因此，匿籍逃亡的现象不断发生，致使卫所军队缺额。明中叶以后，作为卫所制经济支柱的军屯遭到破坏，军卒因月粮衣食没有保障而大批逃亡，世兵制逐渐走向崩溃，卫所制度也日趋废弛，明朝的军事力量因而不断削弱。到万历末年，全国兵额只剩下“一百一十六万有余”。
为了补充兵源的不足，明政府又实行募兵制。募兵曾是朱元璋起兵时扩大其军队的一个重要途径，明朝建立后因实行世兵制，虽也断断续续采用过，但规模都不大。明中期以后，由于边境形势紧张，兵力不敷，又开始大规模募兵。正统十四年（1449）土木之变后，曾“令各处召募民壮，就令本地官司统领操练，遇警调用”，京师也“募四方丁壮，隶勇敢营”。到嘉靖年问，为了对付日益加剧的边患，明政府更把募兵制广泛推向全国，并积极鼓励各地武官从事召募，“视其所召多寡而轻重其赏”，募兵的数量于是迅速增加，成为明朝军队的重要组成部分。这种招募的士兵是种雇佣兵，不入军籍，不世袭，无须终身服役，人身依附关系相对削弱。他们的待遇也比卫所军优厚，除免本身各差役，并享受比卫所军多的月粮，还可以得到一笔相当数量的安家银、盔甲器械银和鞍马银，一人应募，一家可资以养。募兵以营为单位编组训练，由具体负责召募的将领统帅出征，兵将相习，聚族不离。因此召募之兵的战斗力比卫所军大大加强，到明朝后期成为明军的战斗主力，“兵御敌而军坐守一”，卫所军主守或主屯，而由募兵负责征战了。
明代的募兵，在嘉靖以前，一部分归地方官府管辖，一部分由卫所代管。嘉靖以后，在原来镇戍制的基础上，逐渐形成营伍制，募兵便实行独立的编制。召募来的士兵，一般都编入营伍，按伍、什、队、哨、总、营的形式编制，由伍长、什长、队长、哨官、把总、守备、都司、游击、参将、副总兵、总兵统辖，再上辖于兵部。营伍设置及人数没有统一的规制，视需要而定，一般而言从总兵到把总，所领之兵皆可独立为营。营官亦无定员，以需要而定。营兵服役期限一般都不长，战时召募入伍，事毕汰兵去营。一般皆随战事调发，亦无固定住地。这样，就在原有的卫所制之外，出现了营伍制这一新的军事组织形式，二者同时并存，“呼卫者日军，而募者日兵”。
京军与地方军的编制
明朝的军队，分为京军和地方军。京军的主要部分是京营，它由全国卫所军队的精锐部队组成，平时宿卫京师，战时为征战的主力。据《明史·兵志》记载，洪武年间，京营有48卫，“士卒之数二十万七千八百有奇”。明成祖迁都北京，将京营的步骑军分为中军，左、右掖，左、右哨，正式建立五军营。同时，每年调河南、山东、山西、大宁（今内蒙古宁城西）及中都（今安徽凤阳）卫军16万至京师操练，称为班军，隶五军营。后来，得边外降丁3000人，又建三千营。另外，又建立一支火器部队，称为神机营。这三大营俱上隶五军都督府，称五府兵，共72卫，兵额大约35万至40万，加上隶属京营的畿辅驻军和京操班军，京营劲旅不减七八十万。平时，五军营习营阵，三千营主巡哨，神机营掌火器，战时扈驾亲征。除了隶属五军都督府的京营，京军中还有两支不隶五府的亲军。一支是侍卫上直军，洪武时有锦衣、旗手、金吾、府军、虎贲等12卫，后增至22卫，专门侍卫皇帝，归亲军都指挥使司统辖。另一支是宣德八年（1433）建立的腾骧、武骧等四卫军，专职供养马役，“听御马监官提调”。此外，还有一些既不隶五军都督府又非亲军的卫军，如武功等工卫（隶工部）和长陵等陵卫。
明代的京营制度，后来屡有更易。正统十八年（1449）的土木之变，京营精锐丧失殆尽。兵部尚书于谦一面补充兵员，一面进行改革。他认为三大营各有总兵官，互不统辖，号令不一，“临期调发，兵将不相习”，是一大弊端。景泰二年（1451），从三大营中选出精壮军士10万人，分为5营团练，名曰团营法。翌年，将团营军士增至15万人，分为10营团练。10营共设总兵1人，受兵部尚书节制。未编入团营的军士仍归三大营训练，称为老营或老家。团营的设置，乃是对三大营编制的一种改进。成化年间（1465～1487），又选精壮军士14万，分12营团练，命12侯掌之，称为选锋，余军称老家，以供役作。正德（1506～1521）时，调数万边军入卫京师，设东、西两官厅操练，于是边军又成为选锋，12团营反变为老家。到嘉靖二十九年（1550），京营“见籍止十四万余”，经过改革，重新恢复三大营的建制，只将三千营改称神枢营，设总督京营戎政（武臣）和协理京营戎政（文臣）统辖，并募兵4万，“分隶神枢、神机”。此后，募兵数量不断增加，逐渐取代京营担负起征战的重任。
地方军的主要部分是地方的卫所军队。洪武、永乐年间组建的数百个卫所，除驻扎在京师的京营、侍卫上直军、四卫军和工卫、陵卫外，其余均为地方卫所。地方卫所的军队皆统于都司而上隶五军都督府，分别驻守在北方的九边、东南的海防要地和内地的军事重镇。后来，江南军士多用于漕运，江北军士多作为班军，进京操备，驻守九边的边军人数虽多，但分路把守，势分力单，“一旦有警，全借京兵”。募兵制广泛推行后，地方卫所军的作用也逐渐为募兵所取代。此外，洪武、永乐年间，周边少数民放地区归附后，明政府又陆续在当地设立羁縻性质的番夷卫所，“官其长，为都督、都指挥、指挥、千百户、镇抚等官，赐以敕书印记，”。计有“番夷都指挥使司三，卫指挥使司三百八十五，宣慰司三，招讨司六，万户府四，千户所四十一，站七，地面七，寨一”。番夷卫所不隶五军都督府，而归兵部的职方清吏司管辖。
明朝的地方军还包括名目繁多的民兵。内地各府县有民壮、乡兵，边地和少数民族地区有土兵、达军、狼兵、士司兵，各地的盐徒、矿徒、僧徒也有各种名目的兵勇。民兵有佥派的，更多则是召募的，皆不入军籍。他们对维持地方治安起着重要的作用。“边省凡有攻剿”，明廷往往“就近调用民兵、土兵，故饷省而易集”。
军饷与屯田
明朝的军饷，依靠“屯粮”、“盐引”、“民运”和“京运”四个途径来解决。“屯粮”指由军屯士卒交纳的税粮；“盐引”指用盐引换取的商屯粮；“民运”指从民田上征收的税粮；“京运”指由户部太仓库拨付的存银。
明朝前期的军饷，基本上由“屯粮”和“盐引”解决。明朝建立后，明政府曾大规模推行军屯和商屯。开国之后，明太祖即“令军士屯田自食”，要求卫所军卒，一部分负责戍守，一部分从事屯垦。具体的戍守比例，开始没有统一的规制，洪武二十一年（1388）规定：“凡卫所冲要都会及王府护卫，军士以十之五屯田，余卫所以十之四。”洪武二十五年改定全国卫所皆以十之七屯种，十之三守城。永乐二年（1404）明成祖又规定边地卫所“每百户止选老弱三十名下屯，替回精壮守城”，即七分守城，三分屯种。这样，就形成了内地三分守城、七分屯种，边地七分守城、三分屯种的制度。不过，各地执行情况千差万别，“又有二八、四六、一九、中半等例，皆以田地肥瘠、地方缓冲为差”。每名军卒种田五十亩为一分，又或百亩，或七十亩，或三十亩、二十亩不等，并可得到耕牛、农具的资助，收成之后须向政府交纳赋税，叫做“屯田子粒”。初亩税一斗，建文四年（1402）改为“每军田一分，正粮十二石，收贮屯仓，听本军支用；余粮十二石，给本卫官军俸粮”。即亩税2斗4升。永乐二十年（1422）又改为亩税1斗2升，遂为定制。明初各都司卫所屯田数额高达896350.4顷。内地军屯“实收子粒，足以充军食之半”。屯粮不足的部分，由“民运”支付。边地卫所，屯田军卒比例较少，屯粮缺欠较多，如由“民运”支付，路途遥远，运费很高，于是明政府又大力提倡商屯。商屯就是朝廷利用对食盐的专卖权，招诱商人到边境地区出资募民屯田，把收获的粮食交给当地政府充作军饷，然后向政府领取“盐引”，到指定盐场支取食盐，贩卖获利。这就叫做“开中”法。洪武四年（1371）定中盐则例，规定商人按道里远近，交纳5石至1石不等的粮食，可向政府换取l小引（200斤）盐引。后来则例屡有更改，“率视时缓急、米直高下、中纳者利否”而定。由于商屯的发展，明政府“不烦转输”，便可“坐得刍粮，以佐军兴”。
宣德以后，由于官豪势要侵占屯田，将校侵暴屯卒，加以吏治败坏，军屯逐渐遭到破坏，屯田子粒逐年下降。由于商品经济的发展，明政府又于弘治五年（1492）令商人纳银代粟，“每引输银三、四钱有差”，商屯也随之废弛。再加上土地兼并日益严重，农民大批破产流亡，政府从民田上征收的赋税不断减少，军饷开支只得仰赖于国库。从正统开始，明廷便需按年补助边镇守军的粮饷，称为“年例”，由京运支付。后来，随着募兵制的大规模推广，年例的数额不断增多。弘治年间，各边年例银约43万两，嘉靖时增至270万两，万历时高达480万两，此后仍不断增加。巨额的军费开支，成为明政府的沉重负担，最后弄到太仓银库空虚，入不敷出。到嘉靖后期，明廷只得采取饮止渴的办法，增加田赋，名为加派。从万历末年到崇祯十二年（1639），以辽饷、剿饷、练饷为名的几项加派，一共增赋1670多万两。超过常年岁入1倍以上。