一九四〇年，是白崇禧从中间立场走到反共方面的一年。
二月二十七日，蒋介石在柳州会议闭幕后，宣布白崇禧在桂南会战（即争夺昆仑关）中督率不力，予以降级处分。四月二十日，蒋介石即下命令，撤销桂林行营，白崇禧回渝任副总参谋长及军训部长本职。
张治中在他的回忆录中，承认这两事都是出自他的建议，目的是要“严明赏罚”、“提高统帅部威权”。（《张治中回忆录》，第二九七页。）就笔者看来，张文白的这个建议，是出自蒋介石本人的面承身命，张氏不过奉令办事而已。白崇禧曾对我说：“蒋介石左右有些人善于逢君之恶。”是不点名地指责张治中。
白崇禧失掉了桂林行营的阵地，对国共关系和西南抗日军事的影响太大了。
周恩来与白崇禧有一个君子协定，即中共不在广西发展组织。桂林行营一撤销，形势立刻有变化，于是中共南方局于一九四〇年六月恢复中共广西省工委。同时，国民党两大特务系统——中统、军统也积极向广西开展工作。两年后桂林发生“七九”反共事变，实以此为契机。
蒋介石为什么把白崇禧调回重庆？一句话：实际为发动第二次反共高潮做准备。
第一次反共高潮，发生于一九三九年十二月，首先是阎锡山在山西对以共产党员做骨干的新军突然进攻，接着于一九四〇年初，国民党第九十七军朱怀冰（1892—1968，中将衔。曾加入同盟会，参加辛亥革命。后曾任国民党军事委员会参谋厅第二局局长，第六战区政治部主任等职。抗战期间被称为与八路军制造矛盾的“摩擦专家”。）进攻八路军总司令部。在这一次高潮中李宗仁、白崇禧站在中间立场，白崇禧甚至授意李任仁积极吸收进步人士入广西建设研究会，借此以表明他的开明进步作风。
以武汉失守为起点，中共领导的八路军和新四军侧重在敌后发动运动战和游击战，由于日寇集中兵力来控制点线，因此点线以外的广大地区就落在八路军和新四军手中。蒋介石看见共产党的军事势力发展太快，忧心忡忡，引为心腹大患，于是处心积虑地发动第二次反共高潮。
白崇禧回重庆后，蒋介石即派他同何应钦与周恩来、叶剑英就八路军新四军的作战区域进行协商，意欲把中共军力限制在一定范围之内，蒋介石的意思是要八路军全部调到黄河以北，而新四军则调到长江以西。这两者均使中共不能答应。因此，久久不能达成协议。
到一九四〇年七月十九日，蒋介石蓦地通过何应钦、白崇禧向周恩来、叶剑英提出《中央提示案》，硬性地规定十八集团军（八路军）和新四军在一个月内全部调到冀察两省和鲁北、晋北地区，非奉命令不得越出境外活动。另外，决定第十八集团军编为三军六师，新四军编成两师。这《中央提示案》准备强加于人，没有商量余地，中共方面当然不能接受。
十一月九日，八路军朱德、彭德怀两位总、副司令及新四军叶挺、项英正副军长以“健”电答复何应钦、白崇禧，具体地指出：“国内一部分人士在策动所谓新反共高潮，企图为投降扫清道路。欲以所谓中日联合剿共，结束抗战局面，以内战代抗战，以投降代独立，以分裂代团结，以黑暗代光明，其事至险，其计至毒，道路相告，动魄惊心，时局危机未有如今日之甚者。”同时为了顾全大局，挽救危亡，朱、彭、叶、项在电中允将新四军江南部队北移。
由于白崇禧参加蒋介石所发动的第二次反共高潮，随而影响了八路军桂林办事处的地位。八路军桂林办事处的成立，事前周恩来与白崇禧在从武汉撤退南下途中谈过这个问题，取得白崇禧的充分谅解。一九三八年十一月中，八路军桂林办事处在桂林中山北路一三八号宣告成立。该处主任李克农去访广西省政府主席黄旭初，彼此谈得很好，李克农坦率地表示共产党在广西旨在支持广西团结抗战，不干涉广西内政，不挖广西的墙脚。自此以后，八路军桂林办事处与广西当局关系融洽，合作无间，到一九四〇年十一月十二日，军事委员会军政部通知八路军办事处必须于本月十九日前结束。十分明显，军政部发出这样的通知，何应钦事前是征得白崇禧的同意的。
一九四〇年十二月三十一日，由杨东莼主持的广西地方干部学校宣告停办。
这一年，是白崇禧在国共两党关系上从中间立场走到反共方面的转折点。所以有此转变，与桂林行营的撤销有其不可分离之关系。