阿桑奇的房间被搜查之后，并没有交代任何事情，他认为警方并未掌握他从事黑客活动有关的证据。但令他料想不到的是警方彻底搜查了房间，包括阿桑奇认为非常安全的蜂房，于是，警方搜出了那些磁盘，肯·德伊再也查不出比这更好的证据了。那些磁盘里存储了盗取的用户名单、加密口令、开启口令、调制解调器电话号、不同计算机系统文件显示安全漏洞以及澳大利亚联邦警察自己的调查文件等等，全都是阿桑奇非法侵入计算机系统所获取的信息。阿桑奇的问题还不仅限于那些磁盘。在被捕前一天他所干的那些事还在电脑的屏幕上，那是一个有着 1500个账户以及它们的密码的清单，还有阿桑奇获取它们的日期和其他一些次要信息。警察进进出辍学的黑客青年出，一直忙个不停，他们对他的电脑设备进行拍照取证，收缴各种磁盘，掀开地毯对接入调制解调器的电话线进行摄像，他们翻开阿桑奇的各种藏书看看有没有隐藏的电脑密码，他们将他所有手写的文字材料 ——笔记本、情书、私人日记统统收缴。一个警察还对他说：“我们不在乎要在这干多久，我们已经拿了加班费，还有危险补贴。”
他们干得确实很卖力，甚至连阿桑奇收集的旧杂志也一并打包带走。
阿桑奇一直看着他们将自己的房间弄得乱七八糟，他说了些什么，一个警官跑到他面前，叫他滚出这个房间。阿桑奇对他说，并不想离开自己的房间，他并没有被逮捕，并且他想确信警察不会给他栽赃什么东西。于是，他看着那个警察说：“这是我的家，我想待在这个房间。我现在被逮捕了还是没有？”警官向他吼道：“你想被逮捕吗？”阿桑奇沉默了下来，德伊则把他带到另外一个房间去问话。在搜查的过程中，阿桑奇不可避免地同警察有着某种程度的冲突与对抗。但此时他最想做的事情是向同伴传递他遭到搜查的信息，阿桑奇意识到“万国颠覆”的其他两名成员 Prime Suspect和 Trax也早就被电话窃听，并且被警方高度怀疑。警察也许同时突击搜查了三名黑客，也许没有，阿桑奇怀着这种侥幸的心情想试一试。在警察忙着搜查的时候，阿桑奇想办法给自己的前女友打了个电话，让她去转告 Prime Suspect警察搜查的事，并要他注意。虽然他们二人在感情上有些不合，但阿桑奇还是认为她会帮自己的朋友一把。她当天晚上果然去了，Prime Suspect回答说：“是的，我这里也有一个 ‘晚会 ’。”
阿桑奇看到警察正将他越来越多的个人物品装箱带走。一名女警官正试图搬他的打印机，她冲阿桑奇甜甜地一笑说：“能帮个忙吗？”他勉强做了。警察一直忙到凌晨 3点才离开阿桑奇的家。他们花了三个半小时，带走了他 63箱个人物品，却没有对他提出一项犯罪起诉。当最后一辆没有标识的警车离开之后，阿桑奇走到寂静的市郊街道上，朝四周看了看，确信没有人跟踪之后，他走到附近的一间电话亭，给 Trax拨了一通电话。“警察晚上突袭了我的房子。”
他警告自己的朋友，“他们刚走。”Trax电话的声音怪怪的，有点语无伦次，“哦，哦，……我知道了。”阿桑奇急忙问：“出了什么事吗？
你的声音听起来很怪。“哦，没……没，没什么。就是 ……嗯，有点”累。那么，嗯……警察随时都 ……啊，可能到这来 ……”Trax越来越微弱。然而，确实发生了一些事。警察已经去过了 Trax的家，他们 10小时前就去了那里。
至此，“万国颠覆”的黑客们全都被警察突击搜查了，但他们几乎等了 3年才被正式提出起诉。犯罪指控的威胁就像高悬在他们每个人各自头上的达摩克利斯之剑一样，闹得他们惶惶不可终日。在 1991年 10月 29日的警察突击搜查之后，他们时刻担心接下来要发生的事情，他们不能找工作，无心交朋友，也无法像其他二十几岁的年轻人一样去规划自己的未来。最后，终于在 1994年 7月，每名黑客通过邮件接到了正式的起诉，阿桑奇被提出起诉的罪名多达 31项，都是与黑客、非法侵入电脑系统、非法盗用电脑资料等活动相关的罪行。在准备对阿桑奇他们一伙提出起诉的过程中，官方的态度很明确。探长德伊告诉记者当时的情形：“我们将情况告诉了反计算机犯罪小组，政府方面的人说，‘你们的宗旨就是要杀鸡给猴看 ’。
那么，要杀一只鸡的话，就要起诉一些人，于是，我们就拿阿桑奇他们一伙人开刀。”一个计算机安全小组开始为加拿大的北电公司工作，并起草了一份事故报告，声称黑客行为导致的损失，将要花费超过 10万澳元进行修复。一名主检察官在描述阿桑奇那几乎无所不在的黑客侵入行为时，对法庭说：“只有全能的上帝四处走动时能像你所做的那样。” 辍学的黑客青年在被突袭之后，他几乎有 6个月没有碰电脑。在等待审判的这段日子里，阿桑奇陷入了极度沮丧之中，曾经短时间地入医院检查。他曾经试图待在母亲那里，但是没过几天，他就跑出去睡到了附近的公园里。为了寻求解脱，他跑到旦德农山国家公园进行徒步旅行，并在那里小住了一段时间。早在 20世纪 80年代初，朱利安还是十六七岁的时候，母亲带着他同母异父的弟弟曾经在旦德农山山脚下的一幢小水泥平房里度过一段隐居的生活。据说那里“鸟儿在绿树间歌唱，绵羊在绵延青山上吃草”，“对于一个学习如何使用他的第一台电脑的年轻人，真是一个宁静安逸的场所”。旦德农山是一组海拔只有 600多米的低山，位于墨尔本东部大约 35公里的地方，此地山势绵延起伏，山谷溪沟纵横，植被四季分明，热带雨林茂盛，以郁郁葱葱的桉树林为主。自从欧洲人在该地区建立移民定居点之后，这里就成为墨尔本的一个主要木材来源地。从 19世纪 70年代开始，这里也成了墨尔本人踏青郊游的首选地，一直持续到今天。尽管这里风景优美，但此时故地重游的阿桑奇却着实有点水土不服，桉树林蚊虫密布，蚊子的叮咬如此之严重，竟然在他脸上留下了一个疤。但是在人迹罕至的热带雨林，阿桑奇还是得到了某种自然或宗教的启示，尽管他自己不属于任何宗教。“你内心的声音平静了下来，”他把这段经历告诉了《纽约客》杂志的记者拉菲·卡查杜里安。“内在的对话是被一个预备好的要说话的期望所激励，但是，如果没有别人在旁边的话，它实际上并没有多大用处。”阿桑奇补充道，“我不想听起来那么像个佛教徒。但你那关于你自己的意象消失了。”他开始慢慢地重建自己的生活，到他接到起诉书的时候，他已经重新租了一个房子，同自己的孩子（丹尼尔）短暂地生活在一起。在这段时间里，他依旧常常同 Prime Suspect和 Trax通电话，现在是作为朋友，而不是黑客战友了。
在警方对阿桑奇展开调查期间，他也有“立功赎罪”的表现。
澳大利亚的《时代报》（The Age）2011年 2月 11日报道了此事，在 2011年被解密的当年庭审记录显示，阿桑奇在 1993年帮助维多利亚警方的反儿童剥削机构，为他们提供技术指导，帮助调查那些涉嫌利用互联网进行儿童色情活动的嫌疑人。阿桑奇在墨尔本的律师，来自罗伯特·斯塔瑞律师事务所的格瑞斯·摩根（Grace Morgan）小姐于 2011年 2月 10日，在法院以阿桑奇的名义发表了一个声明，证明了他的“立功表现”：“我的当事人协助了两项调查。他的作用限于提供技术方面的建议和支持，帮助警方对涉嫌在互联网上进行发布和传播儿童色情信息的嫌疑人提出起诉。”摩根表示，阿桑奇参与警方的活动在 90年代中期结束，他并不知道那些行动的结果，但是他明白他的技术专长在那些调查活动中是有价值的，另外，“阿桑奇先生对此贡献没有接受任何个人利益，而是非常乐意提供帮助”。