富兰克林此次受宾州议会委派来英请愿，有两个方面的目的。一是请求英王建立对宾夕法尼亚的直接统治，一是反对英王批准印花税法。前者是为宾州人民请命，后者是为全体北美殖民地人民的共同利益而斗争。为达到目的，富兰克林得游说英国当权者，既不能让步，又不能触怒他们。因为宾夕法尼亚的业主们是有影响的，他们一直在发挥着他们的作用，富兰克林不得不同他们展开争夺，争夺当权者的支持，争夺舆论的同情。
但是第一项请求就不太顺利，富兰克林发觉枢密院的态度十分冷淡，甚至不愿意倾听请愿书的内容。一直到1765年11月，富兰克林才设法将请愿书呈递给那些大臣。这时，枢密院却推说国王无权干预业主和他的人民之间的事。实际上，由于殖民地人民反对印花税的浪潮正在高涨，英国当局对殖民地人谈论应如何治理殖民地讳莫如深。宾夕法尼亚议会请求英王直接治理在当时无法实现。在此不妨一提的是，剥夺宾州业主的统治权一直到美国独立后才得到解决。那时，宾州议会决议付给业主13万镑以赎买他对宾夕法尼亚的权利，而英国政府则以付给业主的家族4000镑年金了结了此事。
第二项请求，即对于印花税的征收，富兰克林早就持反对态度。富兰克林感到，问题的关键所在是征税的方式。英国国会在不征求美洲殖民地人民的意见的情况下，无论决定向殖民地征收何种税，都是践踏了北美殖民地人民的权利。富兰克林反对通过印花税，是从这个角度出发的。
在英国国会通过印花税议案前，1765年2月2日，格兰维尔接见了各殖民地代理人。
格兰维尔说他负责管理国家的赋税事务，只能用目前提出的税收政策来分配北美殖民地所应承担的税额。各位代理人如有异议，可提出建议。富兰克林认为通过“通常的宪政方法”更为合适，也就是说，由国王提出所需税额，由各殖民地议会进行相应的投票通过。印花税提案交付下院时，几乎没有进行辩论。只有爱尔兰籍议员伊萨克·巴雷在2月6日为殖民地人民激烈陈词，但显然，这番激烈的陈词并没有打动英国高层。13日，印花税提案在宣读时没有讨论便通过了。第二天，富兰克林向费城报告说：“尽管我们提出了所有的反对意见，印花税议案仍将通过。”
果然，印花税提案在下院通过后，又在上院获准。3月22日，英国国王通过委员会批准了它。
就在印花税议案通过以后的一天，格兰维尔的秘书惠特利给富兰克林送来一份通知，通知上邀请富兰克林第二天上午赴约。富兰克林去了，发现其他殖民地的代理人也在那里。惠特利告诉他们说，格兰维尔先生希望在实施印花税法案时，尽可能地不使美洲殖民地人民感到不便和不快，因此不打算从英国派去征收印花税的官员，而准备在当地居民中委任一些为人谨慎而又卓有声望的人士担任此职。这样做，殖民地人民会觉得容易接受一些。因此，惠特利希望各代理人为自己所属的殖民地提出一些人选。
虽然富兰克林明知道格兰维尔这样做是在玩弄政治手腕，目的是顺利收取印花税，但富兰克林还是决定“合作”。因为他认为，既然印花税的征收已成定局，与其让英国官吏去征管，不如让殖民地的人自己管理。美洲的事情应由美洲人自己处理。因此，他提名自己的朋友约翰·休斯作为宾夕法尼亚的税吏，并建议当时康涅狄格的代理人贾雷德·英格索尔在该州担任此职。
可是，令富兰克林始料不及的是，他在美洲的同胞们对这件事同他的想法不一样。他们并不以法案在英国通过为定局，而是认为凡是不正当的就要反对，英国国会向美洲殖民地征税是越权。因此，他们开始猛烈反抗了。富兰克林不赞成用暴烈的行动对抗法定的议案，他主张一边依法实行，一边进行斗争，争取通过合法途径废除那不合理的法案。
抵制实施印花税法案率先在弗吉尼亚发起。该州议会的决议在波士顿用更加激烈的措辞重印出来，散发到殖民地各处，像警钟一样传遍了从哈利法克斯到圣奥古斯丁的北美殖民地，惊醒了那些尚未奋起的人。各州议会的抗议或许还有所克制，普通民众则直言不讳。当马萨诸塞的州议会于10月份在纽约召集州际代表大会时，各殖民地的成帮结伙的普通老百姓已组织起来，称“自由之子”--巴雷上校在英国国会对他们的称呼。
9个殖民地向代表大会派了代表，在这次大会上，各殖民地达成一致的程度超过了十一年前奥尔巴尼会议，各殖民地已空前地团结起来。8月，印花税征税官的姓名在殖民地公布，从纽汉普什尔到南卡罗来纳的殖民地人民揭竿而起。波士顿的反抗运动最为猛烈，富兰克林的朋友宾夕法尼亚的休斯和康涅狄格的英格索尔都受到了起义者的威胁，被迫辞职。在法案行将实施之际，殖民地的大地上已没有一名执行它的官吏；印花运到了，却没有什么人使用它。商业在不贴印花的情况下继续着，或根本不再进行；殖民地人民还准备恢复被英国政府禁止的制造业；人们为了抗议这项法案，广泛抵制英货；商人停止进口英国货，已经订了货的也停止偿付货款。债主们坐立不安，不少人失去工作，社会动乱不安。
在费城，富兰克林遭到了他的政敌对他的狂虐攻击。他的政敌四出散布流言，说是富兰克林促成了印花税法案的通过，并从中获利；是他给他的同胞设下了圈套。一些受到煽动的起义者扬言要烧掉富兰克林的新住宅。威廉·富兰克林闻讯后，匆匆忙忙地从伯林顿赶到费城，劝母亲和妹妹到他那里避避风头。黛博拉只让萨拉去了，自己不愿离去。她的一个弟弟和富兰克林的一个侄儿搬来陪她同住，她让他们带了枪来。她知道她没有伤害任何人，她丈夫也没有；她也相信万一有什么麻烦，她的朋友会比敌人多。
由于这场广泛的反抗和抵制，英美之间的贸易降至半数，英国上下为之震惊，经济利益受到损失的英国制造商、大商人、船主、商贩开始加入到殖民地人民反对印花税法案的行列中去。
富兰克林也震惊了，但不是为了自己。他为之震惊的是构成英帝国整体的殖民地同宗主国的分裂。他发现自己力图将这两个部分拉到一起，而同时被这两个部分猜疑：英国政府视之为代表殖民地说话的使者；殖民地则认为他亲英。实际上，如果要他选择，他会毫不犹豫地站在殖民地人民一边，因为他本来就是他们中的一员。但同时他又不愿看到帝国的分裂。最后他决定了自己的立场，即以殖民地人民的要求作为自己的观点的证据，那观点就是，帝国统一的基础在于北美殖民地的地方政府和殖民地在英国国会中有代表。他要以此为依据，去促使英国当局废除印花税法案。
然而，摆在富兰克林面前的形势却使他无从下手。当时格兰维尔内阁由于同印花税法案无关的原因而倒台，新的罗金厄姆内阁上台之初持相反立场；对于殖民地人民的抵制和反抗，英国国会十分不满，越加坚持印花税法案；格兰维尔及其追随者不肯承认自己的劣政；乔治三世则认为美洲殖民地人民是和自己亲政的计划过不去；土地所有者则因为该法案许诺由殖民地人民供给英国驻美军队，便可减轻他们的税务负担而顽固支持这项法案。到罗金厄姆内阁执政后，急于证明格兰维尔内阁政策之不明智时，它内部又出现分裂，自身的地位也不稳固；威廉·皮特主张废除印花税法，但他拒绝进入罗金厄姆内阁，影响力有限。
富兰克林没有就此打住，他知难而进，积极地同一般的英国政治家交谈，力图和他们沟通思想，使其理解乃至接受自己的观点。他还和英国与美洲殖民地有关的工业资产阶级、商人、运输业人士联系，鼓动他们向议会、政府施加压力。在英国，这些人在议会中的代表很少，力量也不大，但他们是正在兴起的阶级，他们的经济力量正在迅速增长，政治影响力也逐步加强。12月4日，许多这样的厂主、商人和船主在金斯阿姆斯酒店聚会，酝酿全国各地城镇联合上书请愿，要求废除这个被富兰克林称为“罪恶源头”的法案，并准备为下院安排一次听证会来证明该法案的恶果。
国会于12月17日和次年元月14日开会，会上对是否废止印花税法展开了激烈的长时间辩论。格兰维尔及其一党极力为印花税法辩护，得到英王及其友人和一部分阁员的赞赏及土地贵族代表的拥护。
在国会辩论期间，富兰克林没有闲着。他将国会辩论的情况报告给公众，向各家报纸写匿名信，尖锐地抨击印花税法案。他还以一个政治家的远见和敏锐积极做好准备，一有机会便亲口说出自己的意见。富兰克林果然没有徒劳，英国的工商资产阶级发起的国会有关委员会的听证会给了他发言的机会。
1766年2月13日，富兰克林，这个当时最有名的美洲人出席了听证会。向他发问的有敌人也有朋友，敌人是企图引他作不利于废除印花税法的回答；朋友则相反，尽量使他论证废除这一法案的必要性。功夫不负有心人，听证会最终以富兰克林胜利而告终。
听证会结束后一个星期，2月21日，废除印花税的提案由亨利·西摩·康韦在国会动议。在下院通过以后，又在上院通过，并于3月8日被王室批准。印花税的废除，应归功于英国的与殖民地有关的厂商和船主，英国的这股阶级力量为利益所驱动，在英国朝野奔走鼓噪，在这场斗争中起了重要的实际作用；这一胜利也应归功于殖民地人民的抵制和反抗，那是这场斗争的最广大深厚的力量，它使得英国统治者既恨且怕，一筹莫展，是富兰克林唇枪舌剑的坚强后盾；最后还应归功于富兰克林和英国决策人物之间那场短兵相接的较量。富兰克林以其对殖民地和宗主国关系问题上的广博知识和深刻理解为基础，机智、策略而绝不丧失原则的雄辩，连敌对者都为之倾倒，使得英国统治集团中的敌对者失去了武器，同盟者增强了信心。废除印花税的法案顺利通过并获批准，同富兰克林的成功答辩有直接的关系。
其后，富兰克林答辩的全文以《讯问》为名先后在伦敦、波士顿、纽约、费城和威廉堡发表，次年又在斯特拉斯堡发表。在美洲殖民地人民眼中，富兰克林成了英雄。他在英国国会面前捍卫了殖民地人民的事业，为他的同胞赢得了巨大的胜利。在宾夕法尼亚，甚至业主一伙也不得不承认他的业绩；在费城，咖啡馆向每一个乘船来到报告这一消息的人赠送礼品，果酒和啤酒免费让人们喝，州政厅中州长和市长及其穷人和300名绅士为富兰克林干杯。原来那些对富兰克林种种的诬陷攻击荡然无存，代之而来的是赞誉和掌声。