如前所述，中日复交后，日本的对美、对华政策之间存在着内在矛盾。一方面，日美安全条约中继续保留着包含干涉台湾问题内涵的“远东条款”；另一方面，日本承认台湾问题是中国的内政，日本不能加以干涉。日本的对美、对华政策不发生冲突的前提是台湾海峡“不再出事”。冷战后，美国对台政策的变化和台湾岛内“台独”势力的抬头，使台海局势出现了新情况。日美在“远东条款”上是倒退到1972年以前的立场，还是坚持1972年以后的立场，成为是否鼓动“台独”势力挑起严重事态的关键因素。日本却追随美国声称以“远东事态”为防范对象，称1960年其对“远东”的定义依然有效，显示出向1972年以前的立场倒退的迹象。
所谓“软遏制”作用，指日美虽不公开声明，但却企图以双边安全同盟主宰东亚安全及政治秩序，构筑平时对东亚国家产生“威慑”
作用、战时发动联合作战行动的遏制体制。在冷战结束的形势下，日美反倒加强安全同盟的作法，显然不符合东亚地区和平与发展的时代潮流，日益成为地区紧张局势的重要原因。
中国对日美强化安全同盟的动机和干预台湾问题的动向表示了极大关注。面对中国的质疑，日本把“远东事态”一词改换为“周边事态”，并对“周边”这一概念采取了含糊其辞的解释。“周边事态”明明以地理概念为修饰语，日本却否认其为地理概念，而是指那些“能够给日本的安全带来重大影响的事态”，却又拒绝做出“周边事态”不包括台湾海峡的承诺。
(四)钓鱼岛问题
20世纪90年代，中日间曾就“搁置争议”达成默契的钓鱼岛问题出现了新异动。日本右翼团体屡次登上钓鱼岛建造灯塔，日本政府采取了纵容态度，经中方严正交涉，日方有所收敛，使事态得到了控制。
(五)经援政治化问题
1992年6月，日本内阁制定了“ODA四原则”，此后便把它运用在对华ODA上，在对华日元贷款和无偿援助上开始附加政治条件。该动向表现在1994年第四次对华日元贷款的决策过程之中。其后，日本又把对华ODA与中国的核试验挂钩，直接向中国政府施加压力。所有这些，都是1979年大平内阁的对华ODA政策以及20世纪80年代日本政府对华ODA的执行过程中所没有的。日方单方面改变对华ODA实施方式的作法，遭到了中方的反对，引发了新的政治摩擦。经过一轮摩擦之后，日方重新强调将继续以日元贷款支援中国的现代化建设。
1995-1996年，中日间的诸矛盾与问题得到了集中表现，政治摩擦连连发生，这种局面也使中日决策层意识到努力加强相互关系的必要性和迫切性。
1997年正值中日邦交正常化25周年，中日两国都把这一年作为改善相互关系的有利时机。9月4-7日，桥本首相访华；11月11-16曰李鹏总理访日，中日关系走出了“政冷”低谷。桥本首相强调日本不会支持“台独”，但始终没有做出日美所说的“远东事态”不包括台湾的承诺，在这一问题上坚持采取了模糊化姿态。
1998年是中日缔结和平友好条约20周年。在这一年里，中日之间的高层往来和各领域的对话、交流与协商出现了一个高潮。迟浩田国防部长和胡锦涛副主席访日成功，江泽民主席作为中国国家元首首次访日。经过20世纪90年代中期的一波三折，中日关系出现了寻求改善双边关系进而试图建立新型双边框架的局面。
（第三节）世纪之交的相互关系调整
―、提出构筑“伙伴关系”的目标
20世纪70年代的《中日联合声明》和《中日和平友好条约》，为中日两国捐弃前嫌、走向和平友好奠定了基础。在20世纪70-80年代，中日关系在两个文件铺就的轨道上进入了“历史上最好时期”。然而，1993年以后，日本的对华姿态出现了一些倒退现象。其突出表现是：政界要人更频繁地出来否认侵华历史，国会议员大举参与为“大东亚战争”正名的活动；日本政府着手加强对美安全合作；日本在日美将共同对付的“周边事态”是否包括台湾的问题上始终闪烁其词；右翼团体有恃无恐地屡登钓鱼岛。这些问题导致了1995-1996年中日政治摩擦频频发生，使中日关系陷入了“中日桥本恕原驻华大使认为，日中友好关系并不像有些人说的那么坚固，如果不时刻注意加强，则可能破裂。见吴学文等：《当代中日关系》，时事出版社，1995年版，第353页。
复父以来的最低谷”。
另一方面，中日经贸关系则一直在迅速发展。1993年以来，日本一直成为中国的第一位贸易伙伴，中国也连年占据日本第二位贸易伙伴的地位。日本的对华投资名列前茅，且其资金到位率高，在技术层次、投资规模、覆盖地域方面均呈日益升级之势。日本是对华提供ODA最多的国家，其对华ODA在中国接受的外国政府援助中占40%以上，中日人员往来、科教与文化交流也发展迅速。然而，两国间相互理解与相互信赖不足的问题也逐渐暴露，20世纪70-80年代曾出现的那种热烈的友好气氛在两国都有所降温。
1998年是中日缔结和平友好条约20周年。在这一年里，中日之间的高层往来和各领域的对话、交流与协商出现了一个新的高潮。4月21-26日，胡锦涛副主席访问了日本。中日安全对话也有了新进展，继1997年举行两次双边对话以后，中国国防部长迟浩田和日本防卫厅长官久间章生于2月和5月进行了互访。另外，8月8-9日，高村正彦外相访问了中国。这些高层往来都为中日关系发展起到了推动作用。
在一系列高层互访和事务级磋商的基础上，江泽民主席于1998年11月25-30日对日本进行了访问。这是中国国家元首首次对日本进行国事访问，标志着中日关系进入了一个新的发展时期。
值得一提的是，1998年6月克林顿总统访华成功，给这一年的中日关系带来了微妙的影响。克林顿访华，在部分日本人中再次引发了当年受到“尼克松冲击”时的那种被“越顶外交”冷落的危机意识。克林顿在访华途中没有在日本停留，使一些日本人感到美国的对日姿态从20世纪90年代初期的“敲打(bashing)”变为90年代后期的“绕行（passing)”，日本在美国心目中已变得“无足轻重（nothing)”。这种心理反应再次显露出了日本既不希望中美对抗，也不希望中美联姻的矛盾心理。一些日本精英分子还大谈中国在实施什么“离间美日”策略，台湾当局和日本亲台派也借机反对当时的小渊惠三首相就台湾问题做出克林顿式的“三不政策”（即不支持“两个中国”或“一中一台”，不支持“台湾独立”，不支持台湾加入任何主权国家才能加入的国际组织)表态，力图给江泽民主席访日预设障碍。
20世纪90年代中期，随着各大国之间纷纷宣布建立各类“伙伴关系(partnership)”，中日是否也要确立某种伙伴关系的问题便成为人们的关注焦点之一，在两国专家、学者中出现了各类主张、建议和具体方案。这场大讨论的焦点有二：（1)中日要不要建立伙伴关系？（2)中日应建立何种伙伴关系？对此，日方出现了各种不同的、甚至相互对立的反应。有人认为，如果日中不建立某种伙伴关系框架，则显得日中关系在层次上落在中美、中俄等其他大国关系后面。一些日本人揣测，中国相继与其他大国建立了伙伴关系，唯独不愿与日本建立伙伴关系，意在由中美主导亚太事务，把日本排除在“大国游戏”之外。有人索性断言，日本尚不具备对等地参与“大国间权力游戏”的能力，因而日中关系本来就不与中美、中俄等其他大国关系同处一个档次。有人则主张，中日关系不必勉强冠以“战略伙伴”的称呼，日中间只要坚持“和平友好”就已足矣。
中日是否也要建立“战略伙伴”关系？对此，日本舆论做出了两种相互矛盾的反应。
第一种反应是，一些人坚决反对在日中关系中使用“战略”一词。日语中的“战略”一词带有浓厚的“军事”或“策略”的含义。基于此，日本方面在与中国结成“战略”关系方面颇感困惑。他们的考虑是：（1)不愿招致其他国家，尤其是美国对日中联手的猜疑；不愿按中方意图为日中关系做出定位；（3)-些人认为日中之间尚不具备建立“战略”伙伴关系的条件。与日本的见解不同，中国方面则把“战略伙伴关系”理解为长远的、全局性的、稳定的合作关系，这既不同于日方所理解的策略性合作，也不能归结为单纯的军事合作。这种不同理解，不仅反映了共同使用汉字的中日两国对“战略”一词的语言理解上的差异，而且也确实反映了中日关系不同于中俄、中美等大国关系的特点。说到底，日本之所以如此忌讳使用“中日战略伙伴”关系的概念，主要是因为日本身处“美主日从”的同盟关系框架内，奉行以日美关系为“基轴”的外交路线，因而不愿与其他国家建立与日美同盟处于同样档次的“战略伙伴关系”。
第二种反应是，认为中方有意把日本排除在其一系列战略伙伴对象之外。其实，就中方而言，对中日建立战略伙伴关系并无任何异议；然而，鉴于日方的消极姿态和对中日战略合作局限性的客观判断，中方也承认日本在外交政策和安全战略上确实与美、俄等国不同，因而中日伙伴关系的定位可以不同于中美关系或中俄关系，即不采用“战略”这一字眼。
江泽民主席访日的首要成果，就是初步确定了未来中日关系发展的方向与框架，即两国要努力建立“致力于和平与发展的友好合作伙伴关系”。以此为核心，两国于1998年11月26日发表了《中日联合宣言》。不难看出，关于伙伴关系的上述表述是采纳了中日双方主要见解的结晶。这一最终提法既符合两国关系的实际，也体现了可成为双方间“最大公约数”的共同见解。
在拟订双边文件阶段，是否以《中日联合宣言》的方式阐明关于历史问题和台湾问题的原则，成为双方外交事务级磋商的重要焦点。起初，日方对发表《中日联合宣言》态度消极。其理由是：关于历史问题和台湾问题的原则，已在20世纪70年代的两个文件中得到解决，不必就此再发表一个新文件。日方提议共同发表一份关于双边与多边合作内容的《行动纲领》，其内容以日中在地区与全球经济、政治领域的合作为重点。然而，近年来的事实是，中日间有关历史问题和台湾问题等诸项原则因日本出现的一系列违反动向而面临严峻挑战。在江主席访日前的外交接触中，日方采取的是力图避开历史问题和台湾问题，以强调国际合作绕开或冲淡两国间原则问题的手法。日本力图在日中关系中扬长避短，推动中日关系从“原则”转向“行动”，从双边转向多边，致力于把中国纳入多边国际体系。
在江泽民主席访日前后，历史问题成为中日间交涉的重要焦点。原定1998年9月份进行的这次访日因中国发生百年不遇的洪水而被推迟，原定在江泽民主席之后访日的金大中总统却先行访日。在金总统访日时，日本把对朝鲜半岛殖民统治的“道歉”写入了日韩联合宣言。然而，日本却拒绝在日中联合宣言中写入同样的表态，只同意由首相口头“道歉”。据传，这一时期小渊内阁受到了对华强硬派的牵制。这些强硬派的理由是：（1)对中方过去已经以各种方式表示过反省；（2)金总统表示今后不再提历史问题；（3)中国提出历史问题是“对日战略的体现”。尽管出现了如此波折，但《中日联合宣言》毕竟记载了如下内容：“日方表示，遵守1972年的中日联合声明和1995年8月15日内阁总理大臣的谈话，痛感由于过去对中国的侵略给中国人民带来重大灾害和损害的责任，对此表示深刻反省。”可见，日本政府在对华侵略历史问题上的表态比20世纪70年代的两个文件前进了一大步。在此基础上，中日双方就“以史为鉴，面向未来”的原则达成了一致。
台湾问题是双方谈判的又一焦点。在中日起草双边文件的过程中，日方拒不接受中方关于把关于台湾问题的“三不政策”写入该文件的方案。据报道，日方在台湾问题上不愿超越1972年《中日联合声明》的表述。小渊首相在首脑会谈上表示，日本一直遵循日中联合声明确定的只有一个中国的原则，不支持台湾独立，日本对台湾也没有野心。最终形成的《中日联合宣言》对台湾问题的表述是：“日方继续遵守日本在中日联合声明中表明的关于台湾问题的立场，重申中国只有一个。日本将继续只同台湾维持民间和地区性往来。”关于日美共同防卫的“周边事态”是否包括台湾的问题，小渊首相在首脑会谈中并没有明确表态，而是重复了日方关于“周边事态”的模糊化解释。
《中日联合宣言》是继1972年的《中日联合声明》和1978年的《中日和平友好条约》之后发表的中日间第三个基本文件，它标志着中日关系在重新调整过程中迈出了新的一步。中日决定建立“致力于和平与发展的友好合作伙伴关系”，为世纪之交乃至21世纪的两国关系定下了基调和努力方向。另外发表的《中日联合新闻公报》则包含了当前乃至未来中日合作的具体领域和事项。这些内容构成了面向21世纪两国关系的新的双边框架蓝图。《中日联合宣言》明确指出：中日建立致力于和平与发展的友好合作伙伴关系，将使两国关系进入新的发展阶段。”
中日伙伴关系双边框架的确立对两国关系的基本含义及其深远意义体现在如下几个方面：（1)中日关系试图走出20世纪90年代中期以来政治摩擦“低谷”的努力有了一个阶段性成果和前进方向；（2)中日关系也被纳入了冷战后国际关系调整进程的轨道，赶上了建立“伙伴关系”这趟“班车”；(3)中日赞同建立“伙伴关系”意味着，这两个东亚邻国在经历了2000多年的不对称交往之后，为首次形成对等关系而跨过了一个重要门槛；（4)中日首次超出双边关系范围而开始朝着共同推动多边合作的方向迈出脚步；（5)中日相互交往的具体内涵得到了进一步深化和拓展，两国友好合作的领域和方式变得更为均衡。