布斯现在的情况是不管是骑马也好坐车也好，都无法再继续前行了。因此考克斯把这两个人藏在了他家附近的松树丛中。这里不光是灌木丛，更是一个未发育完全的丛林，底下长满了月桂和冬青。在接下来的六天五夜中，他们在那里等待布斯的伤势好转，好继续赶路。
考克斯上校有一个抱养的兄弟，名叫汤姆斯·琼斯。他是一个奴隶主，多年来一直是南方政府的积极代理人，帮助政府在波托马克河运送逃犯和禁运邮件。考克斯让他去照顾布斯和哈罗德。于是每天早上他都要用篮子去给他俩送食物。他知道每条道路都在搜查中，侦探无处不在。于是提篮子的时候他会唤猪，假装给家畜喂食。
布斯在饥饿中等待着食物，但他对消息的渴望超过食物。他祈求琼斯给他带去相关消息，让他知道全国都在为他喝彩。
琼斯给他带去报纸，布斯如饥似渴地看报，但是除了醒悟和悲伤，没有看到人们对他任何的热烈称赞。
在之前去往弗吉尼亚的三十多个小时的逃亡路上，他忍受了肉体的折磨。虽然这是残暴的，但是跟精神上的苦闷折磨比起来，这不算什么。他认为北方的狂怒无关紧要。但是当他看到弗吉尼亚的报纸载明南方也谴责他不承认他时，他几乎要绝望得发狂了。他原本梦想着自己会被歌颂成第二个布鲁图或是现代的威廉·泰尔。可是现在自己被指责是懦夫、傻瓜、唯利是图的杀手。
这些抨击像毒蛇一样咬他，死一样难受。
但是他有没有自责过呢？没有。不仅不自责，他还指责其他所有人——除了他自己和上帝以外的所有人。他只是充当了上帝手中的一件工具而已，这就是他的自我辩护。他是奉了圣命枪杀亚伯拉罕·林肯的，唯一的错误就是他一直在为不懂赏识他的“太堕落”的人民效劳。他在日记里用到了“太堕落”一词。
“设想人们知道我的心，”他写道，“它的跳动成就了我的伟业，虽然我并不渴望成名……我的灵魂太伟大了，我不能像罪犯一样死去。”
他躺在泽克亚沼泽附近的湿地上瑟瑟发抖，身上盖着鞍褥，用可悲的夸张倾倒他内心的苦楚：
又饥又冷又饿，每个人都把手指向我，我绝望地待在这里，这是为什么？因为我做了布鲁斯引以为豪的事情吗？做了让泰尔成就英名的事情？我除掉了他们不曾知道的更大的暴君，却被当做普通的杀人犯对待。我的行为比他们俩的还要纯洁……我不求回报……我认为我做得好，我不后悔自己的那一枪。
就在布斯写下这些的时候，三千名侦探和一万骑兵正在搜查马里兰州南部的每一个角落。他们仔细搜索民居、洞穴和建筑物，就连泽克亚沼泽地都不放过。他们决心要对布斯穷追不舍，活要见人死要见尸。他们还开出各种各样的条件悬赏——悬赏金额接近十万美元抓捕布斯。有时他听得见追捕他的骑兵从离他仅两百码远的公路上飞驰而过。
有时他能听见马群彼此嘶叫呼唤的声音。设想如果他和哈罗德的马应了的话，那可能就意味着被捕。因此那天晚上哈罗德把马牵到泽克亚沼泽地将它们枪毙了。
两天以后秃鹰们出现了！先是从空中俯视猎物，然后越来越近了，盘旋着直接落到了动物的死尸上面。布斯吓得要命。秃鹰可能会引起追兵的注意，然后追兵立马就会认出他那红棕色的母马。
此外他已经决定了要想办法再找一个医生。
于是第二天也就是4月21日星期五——距离暗杀已一周的晚上，他被从地上抬起来，骑着托马斯·琼斯的马，和哈罗德一起再次向波托马克河出发了。
那天晚上正合他们的心意：浓雾密集，一片漆黑中人们根本分不清彼此。
忠诚的琼斯把他们从藏身点带到河边，穿过开旷的田地，横过公路，穿过农场。意识到到处都有士兵和情报人员，琼斯一次只偷偷前进五十码，然后停下听听动静，然后轻轻吹一声哨子。布斯和哈罗德才会跟着往前进。
那天他们走得很慢，即使最轻微的响动也能让他们受惊。他们前进了数小时，最后到达了一处悬崖边。有一条弯曲的小路从悬崖通往河边。吹大风了，透过黑夜他们能听见河水拍击河床上的沙子发出悲哀的响声。
联邦士兵已经骑马沿着波托马克河上上下下搜了一周了。他们毁掉了马里兰岸边的每一艘船只。但是琼斯蒙骗了他们，他已经联络好一个名叫亨利·罗兰的有色人，每天划船去寻找可以藏身的地方，晚上将其藏在登特的牧场。
因此这天晚上当这几个亡命者来到河边时，一切都准备就绪了。布斯悄悄对琼斯表示感谢，给了他17美元船费和一瓶威士忌。然后他们爬上船，往五英里外的弗吉尼亚的一个藏身点赶去。
一切都在多雾的漆黑的晚上进行着，哈罗德划船，布斯坐在船舱，试图用罗盘和蜡烛导航。
但是他们还没有走多远就遭遇了洪峰的袭击。由于他们所处的河段非常狭窄，所以洪峰异常猛烈，把他们向上游推进了数英里。大雾中，他们迷失了方向。在躲过了沿着波托马克河巡逻的联邦炮艇以后，黎明的时候他们发现已经向上游推进了十英里，比起头一天晚上距离弗吉尼亚一步都没有近。
于是他们在纳吉莫亚河湾的沼泽地里躲了一整天。身上又湿又饿，他们将船拖过了河。布斯喊道：“我到底还是安全了。感谢上帝！这是旧弗吉尼亚的荣耀!”
他们急忙往弗吉尼亚乔治王郡的理查德·斯图亚特医生家赶去，他是邦联政府的代理人，也是当地最富有的人。布斯希望作为南方的救世主能够在那里受到欢迎。但是这个医生已经有几次因为帮助邦联政府被抓。现在战争也已经结束了，他不会拿自己的脑袋去冒险帮助这个枪杀林肯的人，他对此非常清楚。因此他甚至不会让布斯进他的家门，只是不情愿地给了他们一点食物。但是让他们躲在仓库吃，然后就打发他们去一个黑人家过夜。
甚至是黑人一家也不想这样，他们很害怕让他在这里过夜。
这就是在弗吉尼亚！
在弗吉尼亚，请注意，他一直满怀信心地期待在这里人们一听到他的名字就向他欢呼致意。
现在离死期不远了。三天以后，布斯没有走多远。他在三名从战场上回来的南方军骑兵的陪同下，在皇家港口乘船渡过拉帕汉诺克河，然后骑上他们的一匹马继续向南方走了三英里。在骑兵的帮助下，骗过了一个农场主，说他名叫博伊德，在里士满的李将军的军队里受了伤。
接下来的两天，布斯待在加勒特的农舍。他在草地上晒着太阳，忍受伤痛的折磨。他通过一张旧地图研究去格兰德河的线路，标出去墨西哥的路线。
在那里的第一个晚上，当他坐在餐桌旁时，加勒特的小女儿开始说起刚从邻居那里听说的总统遇刺的消息。她不停地说啊说，是谁做的，得到多少酬劳，她很好奇。
“在我看来，”布斯突然评论道，“他一分钱也没要，反而声名狼藉。”
第二天也就是4月25号下午，布斯和哈罗德在加勒特家院子的洋槐树下走动。曾经帮助他们渡过了拉帕汉诺克河的南方邦联的拉格尔斯少校冲过来，大喊：“北方军正在过河，你们好自为之。”
他们慌忙朝树林跑去，夜幕降临的时候他们又溜了回来。
对于加勒特来说，他觉得有些可疑。他想马上摆脱掉他神秘的“客人”。是不是因为他知道他是枪杀林肯的凶手呢？不，他想都没有想过。他认为他们是盗马贼。在晚餐的餐桌旁，当他听到他们说起想买两匹马时，他的疑心更重了。到了就寝时间，这两个逃犯出于安全考虑，拒绝上楼休息，坚持睡在楼梯间或是仓库。这时一切都毫无疑问了。
加勒特现在可以确定他们就是盗马贼。因此他把他们安置在当时正用来存放干草和家具的烟草仓库——让他们进去然后用挂锁将门锁住。最后为了双重保险，这个老农民派了他的两个儿子威廉和亨利，背着毯子在夜色中轻手轻脚地来到附近的玉米仓库。他们在那里过夜以便观察晚上马不被偷走。
加勒特一家就寝了。那个难忘的夜晚，在半期待中略带着一点兴奋。
联邦军队的士兵已经对布斯和哈罗德紧紧追了两天两夜了。他们收集了一条又一条线索，与曾经在波托马克河看见他们过河的一个黑人老人谈话，找到了在拉帕汉诺克河的平底船上用撑杆帮他们过河的有色人。这个船户告诉他们，在布斯上岸以后，给他提供马逃走的南方军人是威利·杰特上尉。这个人有个情人住在离这二十英里的博林格林。也许他去了那里。
那听来已经足够了，于是他们跨上马在月光下朝博林格林奔去。他们于半夜到达那里，冲进屋子，找到杰特上尉，将他一把从床上拉起，用枪抵着他的肋骨，质问他：
“布斯在哪里?你这该死的，你把他藏在哪里了？说！不然毙了你！”
杰特骑上他的马，带他们到加勒特农场。
晚上一片漆黑，月亮下沉了，天上没有星星。他们骑马跑了九英里，飞驰的马蹄下腾起团团灰尘。搜兵骑马走在杰特的两侧，将他的缰绳系在他们的马鞍下，这样他就不能趁着夜色逃走了。
凌晨三点，他们来到加勒特的白色老房子前。
他们轻轻地静静地包围了房子，将枪对准每个门窗口。他们的首领用枪把猛地敲门，命令开门。
理查德·加勒特手里拿着蜡烛，打开门。外面狗大叫，风吹着他的睡衣，他的腿颤栗着。
很快，贝克少尉一把卡住他的喉咙，用枪顶着他的脑袋，命令他交出布斯。
老人吓得结结巴巴地说，他发誓那两个年轻人不在屋里，已经跑到树林里去了。
他在撒谎，听起来倒像是真的一样。因此骑兵们把他拉到门外，在他面前摇摆着一根绳子，威胁说要把他吊在院子里的槐树上。
就在那时，睡在玉米仓库的加勒特的两个儿子跑来告知了真相。骑兵们马上包围了烟草仓库。
开枪前双方谈了很久。北方的官员们跟布斯争论了十五到二十分钟，逼迫他投降。他从后面喊道，他是一个跛子，他要他们撤回去一百码，“给跛子一个展示的机会”——走出去跟他们一个一个单挑。
哈罗德失去了胆量，他想投降。布斯对此很反感。
“你个该死的胆小鬼，”他喊道，“给我滚出去，我不想看到你在这里。”
哈罗德走了出来，把手伸了出去准备被铐。边走边祈祷宽恕，不停地声称他很喜欢林肯的笑话，他没有参与暗杀行动。
康吉尔上校将他绑在树上，威胁说再不住口就堵住他的嘴。
但是布斯不会投降。他感觉自己的所作所为是为了子孙后代，他向追兵吼叫说“投降”不在他的词汇范围之内。他通知他们，再次玷污昔日荣耀的旗帜时给他准备一副担架。
康吉尔上校决心要用烟将他熏出来。他命令加勒特的一个儿子在仓库旁边堆上干草。布斯看着他搬草，咒骂他威胁他说再不停止就给他一枪。他真的停下来了。康吉尔马上闪到仓库一个远一点的角落，他从缝里扯下一把干草，用火柴点燃。
这个仓库原本是用来存放烟草的，左边留了四英寸的缝隙好让空气能够流通。搜兵通过这个缝隙看到布斯搬了一张桌子抵挡火苗的蔓延——一个最后一次上镜的演员，一个为他的告别演出谢幕的悲剧演员。
上面下了严格的命令活捉布斯。政府不希望他被枪毙，而是希望他接受大型审判以后被绞死。
要不是因为愚蠢的科比特警官，一个宗教狂热分子，布斯还真的有可能被活捉。
每个人都被反复警告，没有接到命令不得开枪。然而科比特后来宣布他已经得到了命令——万能的上帝直接下达的命令。
从燃烧着的仓库宽大的缝隙里，科比特看见布斯扔下他的拐杖和卡宾枪，拿起左轮手枪，朝门口冲去。
科比特确定他会采取武力方式，为了解围作最后的殊死一搏，边跑边开枪。
为了避免任何无谓的流血，科比特向前走去。他手里握着枪，对着缝隙瞄准目标，为布斯的灵魂祷告，叩响了扳机。
听到枪声，布斯大叫一声。他一只脚抬起，朝前扑倒在干草上，严重受伤了。
火势迅速在干草中蔓延。贝克中尉希望在布斯被烤焦前把这个将死之人拖出来。他冲进火苗中，朝他跳去，从他紧握的拳头里取下他的手枪。因为怕他装死，贝克中尉扭住了他的胳膊。
很快布斯被带到农舍的门廊上。一名士兵骑上马，沿着满是灰尘的道路向三英里外的皇家港口飞奔而去，寻找医生。
加勒特太太有个教书的妹妹哈露薇寄居在她家。当她认出这个躺在门廊金银花藤下的将死之人是浪漫的男演员、出色的情人约翰·威尔克斯·布斯时，她说必须要好好照顾他。她拖出一张床垫给他躺着，还拿来她自己的枕头垫在他的头下，让他的头靠在自己的腿上，给他喂酒。但是他的喉咙已经麻木了，无法下咽。她将自己的手帕浸湿，不断地用湿手帕滋润他的嘴唇和舌头，并不断抚摸他的太阳穴和前额。
这个临死前的人挣扎了两个半小时，忍受着脸上、两侧、后背及全身的剧痛，咳嗽着祈求，催促康吉尔上校用手紧紧扼住他的喉咙，他痛苦地喊道：“杀了我！杀了我！”
他请求给他的母亲带去最后的消息，断断续续地耳语道：
“告诉她……我所做的……我认为是……最好的……我为国家……而死。”
快要断气的时候，他请求举起他的手，这样他可以看见他们；但是他们完全不明白他的意思，他咕哝道：
“没用！没用！”
这就是他的临终遗言。