我国目前的发票报销制存在着一系列的问题。（1）发票造假，或者是真发票而假交易。从会计报销实践来看，中国大量的是假发票用以报销，据报道，2009年审计署抽查56个中央部门已报销的29363张可疑发票中，有5170张为虚假发票，列支金额为1.42亿元；上述56个中央部门中，有8个部门本级和34个所属单位在无真实经济业务背景的情况下，利用虚假发票套取资金9784.14万元，主要用于发放职工福利补贴等；12个部门本级和37个所属单位对票据审核把关不严，接受虚假发票报账4456.66万元。这里边有两种情况，一种发票是假的，是由地下印刷厂非法印刷的，报销者从黑市渠道购买后，拿到财务报销领取现金，或者核销支票和现金借款。另一种发票是真的，一些地方交一定的税，就可以从有关部门、有关单位和有关企业得到发票，有的中介性企业也出售真的发票，有的从亲戚朋友手中收集飞机票、火车票、出租汽车票等，但是，可能不是本人与预算对应的事务所发生的交易。也即真发票，假事务，或者假交易。发票需求，导致地下大量制造假发票的产业兴盛，久打不绝，而且愈演愈烈。（2）虚报预算，真交易，真发票，但是低效果，甚至假效果。许多部门和单位，为了多套取资金，多报事务，多编预算，也认认真真进行所谓的“工作”，比如游山玩水，多购置车辆等；特别是一些自然科学、社会科学基金，有的项目，审批下来了，去各地调研了，钱花完了，但是，成果是拼凑的，甚至多年完成不了项目。如自然科学基金委员会通报的，有的项目依托单位科研经费管理办法与基金项目资助经费管理办法相悖；有的基金项目经费预算管理失控，实际开支与预算差异较大；有的项目依托单位管理费提取超出规定标准；有的基金项目劳务费开支超出标准。另外，部分基金项目还存在经费互转，核算不够清晰，协作费开支手续不严谨，课题进展与经费使用相脱节，科研经费混收混支等问题。个别基金项目存在分成结余经费、提取个人酬金、滥用经费等严重问题。个别基金项目还存在结题报告经费决算信息失真，弄虚作假的情况。（3）监管成本太高。政府、单位的审计和会计部门监督管理报销和发票方面的事务和成本有这样三个方面问题：一是打击制造销售假发票的监督和管理成本很高。有假发票需求，就有假发票的供给。而且从假发票的供给市场看，由于受到打击，供应较为稀缺，虽然风险很高，但是造假成本很低，利润也很高，只要高利润大于被查的概率与被处罚的成本，发票造假就不可能根绝。二是单位财务部门甄别假发票成本较高，或者就根本无法甄别。单位财务机构的工作人员，由于发票甄别知识和手段的有限，加之造假技术越来越高，而发票号联网查询的系统又没有建立起来，并且其建立和查询成本太高（甚至在中国查询核验系统也有可能造假），对相当数量的发票无法甄别真假。三是财务部门无法甄别真发票假事务。因为财务部门是一个事务发生费用后的报销部门，它不是事务任务的下达和验收审查部门。有的单位为了争取资金，还伪造和凑合事务。因此，对类似的真发票，但假事务和假交易行为，财务基本没有办法识别。
从经济学的角度看，如果完全杜绝假发票，或者杜绝真发票假交易，如果所需要的成本，远大于发票报销的值，一则从经济学上讲是不值得的，二则说明所设计的制度有问题。比如，核实一张发票是不是真的，这张发票的面额为1000元，为了核实其真假，或者核实真发票但是不是发生了真交易，调查人员的工资、出差费等，却花费了2000元，即监督成本大于虚假额，则会计运作制度的成本太高。不仅会发生监督成本太高，而且形成对监督者监督行为的再监督，使成本复制放大。比如，我们用集中采购来约束部门采购高价低质的办公用品，或者设备及建筑物。但是发现集中采购后，购买的办公用品、设备和建筑，也存在着质次价高的问题，甚至问题更加严重，又产生了对集中采购再监督的体制，又需要再监督的成本。于是就产生了“对纠风办还需要成立一个纠风办”等类似的问题。
在我国，除了行政事业单位的报销外，还有一个企业的财务报销体制。在产权清晰的私人企业，对于企业来说，假发票很难报销，一是企业家对干多少事，购买物多少价值，有一个心理评估，会作出真实的预算，超出预算，真发票也不会给报销。而在管理不严格的国有企业中，假发票有可能被报销。而私营企业和国有企业中为什么假发票盛行，主要是企业用来冲抵成本，用以偷税漏税。因此，虚开增值税发票、假发票久治不绝。税务和公安的打假成本也极高。
简言之，中国目前重名的发票报销制度，不论在财政拨款的行政事业单位，还是横向委托资金的科研项目和社会组织，包括企业，都存在着监督成本过高、造假成本极低、虚报预算、冒领资金等问题，且无法根治。
3.财务报销制度改革的方向和思路
从解决财务报销制度目前存在的问题看，我们认为需要以下的调整和改革。
第一，要解放思想，财务报销观念上要从重名转变到重实，思路上要从重纸质证据转变到实际发生的事务和结果。各个单位，年初、月初，对各项工作要进行安排，并留有一定的机动事务，以任务的数量，市面上完成这些活动要素的价格等因素来编制预算，大单位领导、各分单位领导，要布置检查任务的完成情况，财务部门按照任务完成和预算执行阶段进行费用拨付。最后，以做没做事，做了多少事，领导签字，群众监督，来进行费用的报销。也就是说，行政、事业、社团和企业的财务报销制度，要形成鼓励每个人干事的制度，而不能设计成虽然程序都合理合法，但是实际上是鼓励不干事，而套取和消耗国家财政或者委托方资金的制度。
第二，对党务、行政、行政性事业、公益性事业、经营性事业、社团、国有企业、私营企业等不同类型的单位，实行不同的财务管理制度。其中对党务、行政和行政性事业单位，其财务管理要严格一些。对其预算要严格进行审查，对其拨款的使用情况，重在审查款项使用的结果如何。对公益性事业、经营性事业等机构的财务预算，要分别管理，如对财政拨款的费用要严格审查使用的方向和范围；对为对方提供服务获得的收入，其支出，应当按照重对方合同执行时间、质量等因素来核销费用。
第三，特别需要提出的是，对于大学、医院、研究院所、部门研究机构、社会研究机构等单位的科研项目的报销，更应该重成果完成时间和质量，给科研人员以更多的处置费用的自由。自然科学和社会科学项目的研究，一是根据委托方要求，或者任务下达者要求，应当重成果的质量和完成要求的时间，对于科研经费实行包干制。对各项经费预算中的项目，可以灵活调剂。由于科研项目是委托方委托科研人员进行的特殊劳动，除了合同界定的外，其购买的设备，图书等，应当归具体承担项目的项目组所有，或者科研人员所有，而不应当归单位所有。不应硬性规定科研人员必须出差多少天，必须购买多少文献，必须有几次会议经费支出等。一切以对方评审，或者中立机构评审的满意程度为结果。如果委托方不满意，即使发票是真的，财务报销合法，也不能予以核销。如果项目质量很高，经费使用很节约，其余部分可以由科研人员作为劳务收入领取，并交纳合理的个人所得税即可。有一些科研项目，委托方，包括政府，可以实行现有成果的购买制。
第四，报销制度的设立，应当以鼓励节约为原则。无论是党务、行政、行政性事业、公益性事业，还是经营性事业、社团、国企和其他所有制企业，对一些项目，可以实行经费包干制。比如，某工作人员到某城市开会出差，需要交通、住宿和生活补贴。按照常规，可以坐飞机去，可以住较高档的酒店。假如，他坐火车去了，并且住在档次较低的宾馆中，或者住在了朋友家里，预算可以按照常规做，经费包干，节约的一定比例可以归己。这样的规定可以推广到目前的公车、公出和公招，我相信，这样的制度设计，一定会使三公费用大幅度减少。
第五，财务报销制度一定要以杜绝造假活动、减少监督事务和降低监管成本为原则进行设计和改革。实际上，目前的这样一种重纸质证据的报销规则，是形成制造假发票，或者当事人收集真发票但假干事的重要制度原因。对这种制度不进行改革，造假根本不可能被杜绝，并会越来越严重。而且对假发票，或者真发票假事务的监审量和成本也很大，最后使得财务监督可能流于形式。因此，从思路上看，要进行制度上的改革，财务按照实际的事务和交易，以及事务的结果进行报销，甚至实行财务包干制，使得报销费用的人员即使拿来许多收集的真发票，也不能多得。这样才能从制度上使得假发票没有需求市场，使没有干事但收集真发票的行为不能得逞，也使干了事（事票不能对应）但需要收集真发票来获得资金的行为也没有必要。
第六，为重实际事务、实际结果和实际交易的财务报销制度创造配套条件。形成科学的报销制度，鼓励党政事业和企业等单位职员干实事，降低报销的监督审查以及打假的成本。需要建立个人身份、社会保险、就业状况、个人收入、个人财产、驾驶证号等登记和网络台账制度；完善银行往来、交易支付等网络体系；规范交易行为，实行转账和划卡制度，限制现金交易范围和数量，监控现金流向；财政、税收、商业、银行、保险、所在单位财务等，进行联网，以便互查和核实信息；个人所得税，最高税率应当降低到30%，并且严格监管，规劝漏税补税，打击有意偷税；建立个人信用评价制度，对合同委托执行不力，或者造预算没有干事，或者干事质量很差，没有按时完成任务，并套取财政和委托方资金的，予以污点记录。
当然，大企业的资金流向国家较易控制，财务也较为健全，因此，以假发票虚增成本而偷税漏税容易被税务部门监控。但是，一定规模以下小企业，由于可以用假发票冲抵增值税或其他税项，其现金交易又较难控制。然而，我认为，除了通过建立上述改革财务报销制度的配套条件来防止小企业偷税漏税外，对小企业也应当废除目前的发票报销成本制，税务部门也需要换一种思路，用更加先进简单并可避免造假的办法，核定其成本，科学和合理地对其收缴应交税收。