俄乌天然气争端爆发后，乌克兰国内要求“撵走俄罗斯人”的呼声更趋高涨。乌政府内有人放出风来说，政府应该重新考虑与俄罗斯签署的20年租借协议，应将租金在目前的基础上“成倍提高”。此外，俄罗斯租借当地雷达站等设施的费用也应一并提高。俄租用黑海舰队基地至2017年，俄每年租用该基地的费用为9800万美元。此外，俄舰队还支付运输及各项公用项目开支，俄支付的各项费用占舰队所在地塞瓦斯托波尔市预算的60%。乌克兰要求在租期期满后，俄黑海舰队必须从乌海军基地撤出。目前，俄罗斯正在黑海沿岸的新罗西斯克市修建海军基地，预计于2010年完工。但俄官员表示，俄不会完全将其黑海舰队从乌克兰撤回到俄境内。更让俄罗斯感到不快的是，乌克兰方面甚至指责俄罗斯“非法侵占”了塞瓦斯托波尔的某些重要设施，并将其“转租”给一些私人企业来牟利。乌政府外长塔拉修克在接受乌媒体采访时直言不讳地说：“谁能告诉我，为什么俄罗斯的国旗竟然飘扬在乌克兰的国土上？俄罗斯的卫兵竟然在（塞瓦斯托波尔的）大街上到处走动。这太不正常了。”面对乌克兰的咄咄逼人之势，俄罗斯方面也不甘示弱。俄国防部长伊万诺夫表示，任何旨在对塞瓦斯托波尔军港租约进行修改的举动都是“违法的”、“不可能的”，也是“致命的”。伊万诺夫警告说，如果乌克兰方面坚持修改这项租约的话，那俄罗斯就要考虑同乌克兰重新进行边界划定工作。
由于在高加索和里海地区发现了丰富的能源，以及提出铺设东西输油管线将该地区能源输送到国际市场等问题，使得高加索地区的地缘战略更加重要。美国在20世纪90年代中期就把高加索列为特别关注的地区。
在外高加索三国中，美国同格鲁吉亚之间的军事合作尤为引人注目。
“9·11”后，格政府立即表态支持美国，愿意在反恐中与美合作，向美开放领土、领空。2002年初，美国与格鲁吉亚达成协议，美向格派遣军事专家，帮助培训反恐特种部队。2002年4月，首批专家抵达格鲁吉亚，这是美国军事人员首次出现在外高加索地区。美国对外高加索的军事介入，在实现自身战略突破的同时，也导致该地区地缘战略态势的巨大变化。与此同时，格鲁吉亚与北约的合作也明显加强。2002年6月，北约及其伙伴国家的部队在格鲁吉亚的瓦济阿尼军事基地又举行了名为“2002最佳努力”的联合军事演习。2002年11月，格鲁吉亚正式申请加入北约，加快了成为北约成员国的步伐。
美国与外高加索的能源大国——阿塞拜疆——在加强能源合作的同时，也积极发展两国军事合作。1999年，阿塞拜疆首先提出了允许美国或北约驻军该国的要求。“9·11”
后，阿塞拜疆将自己的军事基地转交美军使用。这样，阿塞拜疆以独联体集体安全条约无法保障上述地区的安全为由正式退出该条约。
2002年3月，双方就美国按照北约标准帮助改造阿军队达成协议。2003年8月，美国与阿塞拜疆海军在里海举行联合军事演习，这次海上军事演习也是美国政府于2005年宣布的向阿塞拜疆提供440万美元军事援助计划的一部分。2003年12月初，美国国防部长拉姆斯菲尔德在阿塞拜疆访问时表示，美国将继续发展和扩大与阿塞拜疆的军事合作，帮助阿塞拜疆提高保护领海和保障能源安全的能力。
不仅如此，美国还加强了对俄罗斯在该地区的盟国亚美尼亚的渗透。美国防部长拉姆斯菲尔德2001年访问亚美尼亚时，提出了加强两国军事合作的一系列建议。
面对外高加索形势的日趋国际化，普京采取积极灵活的协调政策，一方面通过集体安全条约组织的合作来抵御美国和北约的军事渗透，另一方面通过同该地区国家双边关系的缓和和发展来努力恢复俄罗斯在外高加索的传统影响。
外高加索三国中，亚美尼亚是独联体集体安全条约组织的参与国。除继续通过集体安全条约组织加强同亚美尼亚军事合作外，俄亚两国国防部还在2000年达成军事合作计划，规定俄罗斯军队可以在亚美尼亚驻扎25年。亚美尼亚总统科恰良与俄罗斯总统普京2001年在莫斯科签订了《亚俄21世纪友好条约》。2002年底，俄罗斯解决了同亚美尼亚的债务问题。为偿清债务，亚美尼亚允许俄罗斯取得亚美尼亚企业的股份。
为在里海石油争夺中占据有利位置，俄罗斯积极缓和同阿塞拜疆的关系。
2002年9月23日，俄罗斯总统普京同来访的阿塞拜疆总统阿利耶夫在克里姆林宫签署了两国划分里海海底交界地段协议，两国将依照中心线原则划分里海海底交界地段和海底资源。俄阿两国政府还签署了教育、经济和科技合作等三个协议。普京在记者招待会上对俄阿两国关系的发展状况表示满意，认为双方经济贸易合作有着良好的前景，并对阿塞拜疆在反恐斗争中奉行的立场和对俄反恐立场的支持给予了高度评价。尽管如此，由于西方对阿塞拜疆能源开发的全面介入（由美国倡导的巴库第比利斯杰伊汉管线已于2006年5月正式开通），特别是美国、北约对阿军事渗透的加强，使俄阿关系的未来发展面临相当严峻的挑战。目前，俄罗斯军事力量已经被迫退出了阿塞拜疆，仅保留了加帕拉雷达站一个战略性军事设施，而且阿塞拜疆可能会同意在纳卡冲突区部署北约的维和力量。
对俄罗斯而言，处理同格鲁吉亚的关系则更为棘手。2000年两国关系围绕车臣问题、俄驻格军事基地、签证及阿布哈兹冲突等问题上矛盾不断。2001年7—8月间，俄从瓦济阿尼和古达乌塔基地撤军。2002年9月，关于是否允许俄武装部队进入俄格交界的潘基西峡谷清剿车臣分裂主义武装分子的问题，两国几乎兵戎相见。出于对格鲁吉亚抓捕车臣武装分子的态度不满，俄罗斯也曾采取一系列报复行动：除对格鲁吉亚公民实行签证制度外，后又以中断对格天然气供应（俄罗斯是格最大的天然气供应国）相威胁。格鲁吉亚在2003年底“玫瑰革命”后，新任总统萨卡什维利将加入北约与欧盟视为外交的首要目标，成为独联体内的“反俄”先锋，强烈要求俄罗斯从格鲁吉亚撤军。
面对这种严峻的现实，为了保住俄罗斯在格鲁吉亚最后的权利，普京政府一方面对萨卡什维利政府采取了友好的态度，表示将致力于发展俄格友好关系；另一方面，以资金紧张为由，在俄军基地问题上提高要价。2005年3月，格议会通过法案，要强行撤除俄军事基地，两国一度陷入剑拔弩张状态，最后格被迫让步。约有3000名俄罗斯军人驻扎在阿哈尔卡拉基和巴统的军事基地。
俄军方说，撤军至少需要10年时间，而格要求俄军在3年内全部撤出。2005年5月30日，俄罗斯联邦和格鲁吉亚共和国政府签署了关于俄罗斯军队撤离格鲁吉亚的协议。按照该协议规定，俄军从2005年开始撤离格鲁吉亚，到2008年，格鲁吉亚领土上将不再存在俄罗斯军事基地。俄军驻格鲁吉亚大部分军事装备将撤回本国，小部分军事装备将转移到亚美尼亚。
在对乌克兰的“断气”外交中，普京明确表达的信息是，俄罗斯掌握着独联体许多国家的能源命脉，这些国家在选择对外交往对象时必须要考虑俄罗斯的利益。
俄罗斯与格鲁吉亚、亚美尼亚也已经开始就天然气售价问题进行谈判。
对于“不听话”的摩尔多瓦，俄罗斯也将原来每千立方米80美元的售价提高到160美元。
就在俄乌发生天然气价格纠纷之时，俄罗斯天然气工业股份公司也将供应格鲁吉亚的天然气价格由此前的每千立方米64美元涨到110美元，而且还是临时价格。当时，俄罗斯天然气工业股份公司给格鲁吉亚提出的条件是，如果格鲁吉亚将通过其境内的俄罗斯格鲁吉亚亚美尼亚输气管道卖给俄天然气工业股份公司，110美元的价格可延续10年，否则2007年的价格就要涨到200美元。格鲁吉亚总理祖拉布·诺盖杰利当时专门率团去莫斯科谈判，提出格可以将管道管理权交给俄方，但要将俄天然气的“过路费”涨5倍，也就是从3美元/千立方米·百公里涨到30美元或35美元。最终，俄方同意涨价，但坚持仅有管道管理权还不够，必须要将管道变成自己所控制的资产。格鲁吉亚无法接受，因为美国总统布什的顾问斯蒂芬·曼曾经警告过格政府，“如果卖出管道资产，格将彻底丧失能源独立”。
在给格鲁吉亚涨价的同时，俄天然气工业股份公司也在和亚美尼亚谈判，新价格和格鲁吉亚一样都是110美元/千立方米。科恰良2005年12月16日专门在索契和普京讨论过此事，《生意人报》说，当时普京回答，涨价他管不了，但考虑到两国关系，可以给亚美尼亚一点“优惠”，比如提供8800万美元无息贷款，正好弥补2006年多出的费用。后来，俄天然气工业股份公司又在谈判中提出，亚美尼亚可以把几个热电站和该国天然气管线卖给它，估价1.4亿美元，这样，亚美尼亚2006全年就可实现“免费用气”。如果俄罗斯控制了伊朗亚美尼亚管道，俄罗斯就将控制伊朗向格鲁吉亚、乌克兰和欧洲输送天然气。对俄方这些条件，亚美尼亚国内反应激烈，舆论批评俄罗斯出卖了“兄弟”，要求重新审视两国关系，并上涨俄罗斯驻亚美尼亚军事基地的费用。
在国际原油、天然气价格普遍上涨的情况下，俄罗斯调整能源策略不足为奇，但俄罗斯对出口各国的天然气价格差异极大——出售给格鲁吉亚和亚美尼亚为110美元，售给白俄罗斯仅47美元。同时，针对格鲁吉亚和乌克兰等国开始积极谋求加入欧盟及北约、脱离独联体的这一动向，俄罗斯政府官员表示，莫斯科正在研究取消两国在独联体内享受的各种优惠政策，俄罗斯将重新考虑同这两国在独联体内部签订的许多协议。从2006年3月底开始，俄罗斯接连宣布禁止从格鲁吉亚进口葡萄酒和矿泉水，理由是格葡萄酒和矿泉水不符合卫生标准，含有对人体有害物质。据估计，俄禁止葡萄酒进口至少造成格鲁吉亚上亿美元的损失。俄罗斯还限制从乌克兰进口农产品并对乌出口到俄的钢管实施高额反倾销税。这些反击措施沉重打击了格乌两国的经济。
2006年5月10日，普京在其发表的国情咨文中，在外交政策方面重点谈了独联体问题。他说，独联体在有效遏制地区冲突方面发挥了积极作用，今后该组织仍将负责任地开展维和行动；俄主张在独联体建立合理的经济体系，以确保各成员国的有效发展。目前有关各方正在积极寻求合理的相互协作模式，并研究独联体改革问题。
更为严重的是，2006年5月23日，应乌克兰总统尤先科的邀请，阿塞拜疆、格鲁吉亚、摩尔多瓦三国亲西方的领袖在乌克兰首都基辅举行首脑会议。本次会议的主题便是有关退出独联体的设想。在会议上，尤先科提出的有关退出独联体的提议得到了其他与会三方的积极响应。摩尔多瓦总统沃罗宁更是表示，摩将会成为第一个退出独联体的国家。除了退出独联体外，与会四方还一致认为应建立一个联盟组织来促进“民主”。这个新组织将定名为“民主和经济发展组织”，其总部就设在乌克兰首都基辅。按照四方的设想，这个组织将会成为独联体强有力的竞争对手。
俄罗斯国家杜马中的一些议员对四国退出独联体的举动感到愤怒，一些政党要求俄政府和普京总统对上述四国采取制裁措施。可乌、阿、格、摩四国的举动却得到西方的支持。6月1日，西方强烈要求俄罗斯履行义务，从摩尔多瓦和格鲁吉亚撤军。现任欧安组织主席、比利时外交大臣卡雷尔·德古特尔称，他领导的组织可以为俄军撤离摩尔多瓦的德涅斯特河沿岸地区掏腰包。
同一天，格鲁吉亚对“俄在南奥塞梯非法增兵”表示抗议。格议会国防与安全委员会主席加马泽说：“俄罗斯不光使自己的维和部队和人员超出规定人数一倍，还在继续占领格鲁吉亚领土。”
面对挑战，除发动贸易和天然气大战外，莫斯科开始公开与不被承认的共和国建立双边关系。德涅斯特河沿岸共和国、南奥塞梯和阿布哈兹总统相继得到俄外交部接见。就在西方发出撤军要求的同一天，也就是在6月1日，俄罗斯外交部首度正式宣布，为保持在独联体亲西方地区的影响，俄罗斯准备承认德涅斯特河沿岸地区、南奥塞梯和阿布哈兹的分裂主义政权。俄罗斯外交部不仅对德涅斯特河沿岸地区领导人承诺今年秋天将在该地区就脱离摩尔多瓦举行全民公决的决定表示赞赏，还对南奥塞梯表示了支持。俄外交部发言人卡梅宁说：“我们尊重领土完整原则。但南奥塞梯的出发点是基于国际社会同样承认的自治权原则。”
如果这几个国家正式宣布退出独联体，很难说俄罗斯会做出什么样的反应，但原则上俄罗斯具备了将乌、格两国在俄外来工作人员驱逐出境的法律基础，这将是对两国经济的又一沉重打击。俄罗斯是这两国主要的贸易伙伴和重要市场，一旦放弃俄罗斯，格、乌两国大量出口商品根本无法找到替代市场，甚至导致两国失业人口激增。另外，俄方警告称，如果格、乌两国退出独联体，俄将按照对待非独联体成员国的标准，对格、乌两国实施新的签证制度，并按国际通行价格出口能源等。格鲁吉亚有大量公民在俄罗斯务工，该国与俄罗斯之间的交通已经实施了签证限制，对此，格在俄务工人员深感不便。除此之外，格鲁吉亚如果退出独联体，必定引出阿布哈兹和南奥塞梯的维和部队问题。要知道，俄罗斯维和部队有独联体的授权，如果换成美国、欧洲甚至乌克兰的维和部队，将很快使当地的军事活动再次活跃。俄罗斯联邦委员会独联体事务委员会主席古斯托夫表示，如果乌克兰退出独联体，乌将面临政治和经济危机，而格鲁吉亚的情况会更糟。古斯托夫认为，格、乌两国领导人关于退出独联体的讲话是个“政治错误”。