从集体所有的内部结构来看，可分为明晰每个农户财产权的集体所有和不明晰每个农户财产权的集体所有。就前者来看，由于农户无法明确自己产权部分的价值、增值和收益，由于财产、收益的不透明性和不确定性，农民的工作动力和财产保护的自觉性受到极大的影响。这就是我们２０世纪７０年代末期实行土地承包经营改革的原因。明晰每个农户财产权，可分为明晰实物财产权和明晰价值财产权两种路径。在农村土地制度上，我们实行了明晰使用权的限定下，耕地实物承包使用这样的财产权，即将土地的使用和经营权在一定的时间内归于农户。但是，这种实物长期使用权的每个农户明晰和分割，也带来一系列的问题：如果使用权的交易受到限制，规模经济、专业化生产和现代家庭农牧场组织形式的发展必定会受到限制；在村办企业较多的发达地区和城郊地区，土地的统一使用也受到限制，土地被用在非农业上的农户和土地仍然被用于农业的农户，无法均等地分享工业化和城市化带来的收益。
土地集体实际的所有权力受到国家的限制。按现行法律法规规定，村组织和农户基本上只有土地所有权中的使用权，而实际上没有租让权、交易权和抵押权。集体不可能将土地的所有权转卖给另一集体组织和公司，更不能将土地出卖给个人。耕地转变为建设和住宅用地被国家严格控制，耕地和宅地基本上不允许交易。《担保法》规定，耕地、宅基地、自留地、自留山等集体所有的土地使用权不得抵押；虽然担保法上规定集体建设用土地可以抵押给银行而贷款融资，但是在实际的操作中，受到村镇规划、各法律条例之间衔接、程序规定的缺乏等等原因，根本不可能实施。财产只有交换，才体现和具有其价值。由于农村集体土地的用途变更受到国家的管制，不能交易和抵押，因此，农村土地除了违法改变用途和交易的以外，基本上没有价值可言；并且也是目前信贷资金难以融向农村和农业非常重要的一个制度性原因。
（二）集体土地被征用为国有土地的不平等性及其衍生问题
集体所有土地的交易只能被强制征用给国家后进行。市场经济中，土地作为财产如果属于不同的所有者所有，其交换双方在经济和法律地位上是平等的，双方通过谈判协商确定土地的交换价格；而多个购买者和多个出卖者的竞争，使土地价格达到均衡和合理的水平。但是，中国土地在集体和国有之间的交易，在法律上是不平等的。土地法规定：国家依法征用集体土地，按照被征用土地的原用途给予补偿，包括土地补偿费、安置补助费以及地上附着物和青苗的补偿费。征用耕地的土地补偿费，为该耕地被征用前３年平均年产值的６至１０倍。近年，征地利益分配的不合理，促进了征地补偿标准的提高，除了前几年陆续出台的一些政策外，国土资源部提出，从２００９年起，农村土地征用为建设用地的，将逐步提高补偿标准。
国家给集体土地确定的是补偿价值，而不是交换价值，即低价征用；而各地将征用的集体土地有偿出让工业、房地产、商业、金融和其他服务业时，高价出售。就一般耕地来看，全国根据地点的不同，集体大多数耕地得到的补偿一亩地低的３０００元，高的数万元不等。国有土地出让价一般一亩在几十万元到上百万，竞争价高的达到千万元以上，甚至更高。中央到地方的各级财政、各有关政府部门在将集体所有的土地征用转变为国有土地时，从集体土地中转移了巨额的价值。并且，城市除了过去通过工农产品价格剪刀差从农村积累资本外，现在农村则更多地被迫通过土地的不平等交易向城市提供积累。而且一些被不平等征用的土地并不是提供用来建设公共产品或者发展国有企业，其中许多成了非国有企业，甚至私人资本的财产来源。
由于集体所有土地对于每一个农民实际上的不明确性和虚无性，一些农民从集体中分得少量的征地补偿款后，成为了无土地、无工作岗位、无社会保障的流民。国家给集体的补偿，就分配到农民手中而言，从中县乡村三级还要有各种提取，到农民手中每亩征地获得的分配大约在２０００元到３００００元。农民与村委会就征地补偿的分配进行了博弈：村委以要投资办企业，加强集体经济，防备村民吃光分光而无以后的保障等为由，尽可能多留一些；村民以村长和村委可能将征地补偿贪污、挪用，办企业中吃回扣、让自己亲属就业，投资办厂可能亏损等等为由，而尽可能争取多分配到每个涉征农户。博弈分配的结果：如果村长和村委力量强，村里多留后，由于村民与村长和村委之间委托代理关系的无约束，确实被村长村委投资亏损的，贪污挪用的，甚至被上级政府以各种名目提走的，占９０％；而如果村民力量强，全部征地补偿款都分给农民，则一是补偿不足以养老保障和创业资本额，二是由于农民投资创业素质较低、甚至家庭预算的无计划性，短期内可能将所得款消费尽，并且投资创业失败，或者再找政府安置，或者成为无业、无资产、无保障的游民。据有关研究报告，如果这种征地方式不予以改变，按照经济发展和城市化用地的需要，１０年以后，无地农民的规模将达到１亿左右；并且，如果不能安排一种征地补偿和土地增值收益与被征地农民社会保障挂钩的制度，大规模、无保障的流民将成为一个影响未来社会稳定的巨大危险源。
（三）土地管制过度和管制失效并存
政府对土地分配、使用和交易管制过度与管制失效并存。过去土地管理组织和各种法律法规体现和内涵了这样一些假设和精神：一是以为放任由市场为主配置土地资源，肯定会混乱。因此，要集中分配和管理土地。其建立在这样的假设之上，假定分配和管理土地的机构和人员能预测千千万万种土地需求并及时地组织供给，假定这种土地纵向集中管理和分配的信息成本和运行的交易成本为零，或者比市场配置低；假定各种与土地有关的机构和工作人员没有自己的私利，他们的利益与国家和社会的利益是高度一致的。二是各种与土地管理有关的法律法规中，其立法的严格保护耕地、确保粮食安全、平均农户土地、制约农民进城等意图很强，而对二元结构转换趋势、农村剩余劳动力向城镇的转移、总人口中城市化水平的提高等等考虑不够，甚至许多立法意图与之尖锐冲突。三是各种与土地有关的立法中，强化行政审批、强化审批权上收和集中、强化政府对土地的垄断、强化各种收费、强化行政管制的意图很浓，而对土地市场的放开搞活、居民的涉地民主权利、公共管理和公共服务性政府、政府土地管理立法行政监督三分离等精神体现的不够，甚至与之尖锐冲突。
政府目前高度集中和僵化的土地制度供给，极不适应经济发展和城市化的制度需求，并且阻碍农村耕地向规模、专业化家庭农场集中，阻碍土地向城市化和工业化分配，也阻碍了城镇土地和房产的流动和再配置，加大了交易成本。在涉地的许多法律和法规中，切实保护耕地、严格控制农地转为非农地的导向非常强烈；农民对承包的土地，不得改变作其他用途，宅基地不得转让；为了公平用地利益和防止土地兼并，对农户拥有土地的最高面积进行限制。在这样重农思想的制度安排下，土地被用作城市建设和企业场地，受到严格的控制，土地制度中渗透着耕地为本、农业为本、限制城市和工商企业发展的立法意识；而随着农民城镇化的进程，如果不让土地流转，不让转让宅基地，耕地撂荒和空巢住宅将越来越多；现代化农场的发展也将受到最高土地面积规定的限制。前面已述，土地征用的权力被国务院和省政府高度集中。实际上可以想象，城市都处于较好的地形位置上，也是一个整体地理形式，我们不可能为了不占耕地，而将其分散地建设在山坡、荒漠等处；也可能现有的城市所辖行政区地理面积较小，没有山坡等非耕地可用，城市扩大只能占用耕地面积。实际的土地资源分配中，随着农业经济向城市经济和工商业经济的转型，大量的违“法”将农村土地转变为城市、住宅、工商业和服务业用地的情况比比皆是，到处可见，这到底是农业社会向城市和工商社会转型的不可抗拒的趋势，还是乱占耕地、土地管理失控的混乱呢？值得经济学家、法学家和政府决策和管理者深思。
从土地资源流动和配置看，现行土地管理中的分配和控制制度不适应于市场经济配置资源的需要，土地要素配置时间长、效率低、交易成本过高，并且土地闲置、浪费和稀缺并存。由于征地审批权力的高度集中和涉地行政管理部门较多，一个项目用地从审批到开工建设，往往从基层上报到国务院和省政府批复，并由各规划、计划、土地、建设、外经贸、房地产、国资、环保等许多涉地行政管理部门认可后实施，需要盖少则几十，多则２００多个公章，需要少则１年，多则３年，甚至更长的时间才能盖完。改变土地用途的报告、转让土地使用权的申请等等，审批环节也很多，需要报批的部门也不少，各部门管理的规定时有冲突。投资者、建设者和其他土地变更事宜，需要支付打通各种关系的协商和谈判成本，如果贷款还要支付贷款闲置时的利息成本，还要承受因时间太长而市场变化造成项目建成后亏损报废的风险。
在政府管制过度的同时，也存在着政府土地管理失效。由于土地征用、土地用途改变、土地和房产转让等受到政府集中和管制过度的制约，而城市化和市场经济对土地要素配置和高效率流动有着内在强劲的要求，于是集体土地联建、化整为零审批、私下出租和交易房地、私自改变土地和房产用途等等情况防不胜防，管不胜管，最后法不责众，不了了之。而就土地利用情况来看，在这样的既管不了，又管不好，应该管的没有管，不应该管的管了不少的土地集中和管制体制下，有的单位土地闲置，利用率不高，有的单位迫切需要土地，而得不到土地；土地审批中的腐败久治不绝，而且越趋严重；有的开发商从土地倒卖、土地优惠中获得暴利；一部分土地收益通过各种渠道流入审批、不法中介、私人开发商等等的手中；而且一些城市中的建设并没有按照规划严格得以实施，乱占乱建、容积率太高、城市功能分区混乱、农工商居政兵学等杂处的现象也不少见。
由于政府强制征用土地，国有的权利实际上又被多个政府有关部门代表和行使，政府各涉地部门为了本部门的利益，在管理征用、划拨、出让、规定用途、改变用途、建设、交易等等业务时，在土地和房产资源的分配和交易中，处处收费、时时收费、各环节收费、各项目收费。在地价和房价构成中，政府各部门的规费在１／５到１／３；其收入有的成了中央和地方各级财政的收入，有的成了各部门的收入，甚至成为部门福利、住房、奖金的资金来源。政府各部门、各环节据地权随意安排土地分配和管理中的收费性设置，是中国高地价和高房价的一个制度性原因。
（四）土地使用年期较短和使用权终止财产归属的不确定性风险
过去的经济学家们在研究土地资源的分配和利用时，忽视了土地制度安排中土地使用者在使用年期终止时财产归属面临的不确定性和风险。在所有和使用权分离的产权结构中，所有物的使用期限是一个重要的物权内容。就土地来看，转让使用年期越长，使用者对物的实际控制力越强，土地使用权的价值就越高；否则，反之。而土地使用者在使用权到期后，其对土地本身的投资积累、土地肥力积累、土地上的附着建筑和其他不可分离财产，以及为了提高土地的外部经济而进行的土地周围的投资，都面临着归属的不确定风险。这里称之为土地使用年期终止财产归属的不确定性风险。
从中国目前土地使用权使用年期制度安排来看，一是年期的时间较短，二是年期终止时使用者有关财产的归属不确定，并且有收回充公的制度安排。从城镇土地使用期时间来看，在４０－７０年之间。国有土地使用期的终止，在《城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》中规定，“土地使用权满，土地使用权及其地上建筑物、其他附着物所有权由国家无偿取得。”此种制度安排导致这样一些问题：首先，抑制了投资者投资于土地使用权、房地产和土地质量改善方面的积极性，越是快到期的土地，越是加速利用，但不予投入；导致建筑土地的供给和房屋供给过少，而建筑地段需求和房屋需求过旺，使建筑地段和房屋价格居高不下。其次，退耕还林、改善“四荒”地，改良沙漠等劣质地，由于周期长、投资大，财产又主要是地上附着物。因使用期太短，投入产出不合算，到期财产被充公的风险太大，投资劣质地投资者的短期行为较明显。特别是临界期，将会出现大规模砍树、毁林、毁灌溉道路设施的现象。第三，住房土地的使用期为７０年，按照终止期地上和附着财产要收回国有的规定，这种制度安排为以后剥夺私人消费和投资财产，将消费资料和投资资料实行公有制改造埋下了制度性的伏笔。第四，我们没有利用土地财产权利的制度安排来吸引社会投资流入西部，因而不可能有缩小东西部发展差距的关键性措施，除了国家财政借债修道路、能源、水利等基础设施外，因资金收益率比东部低而不能有效地吸引社会资金西进，西部大开发也不可能有实质性的进展。如果从地区发展不平衡看，经济发达地区的土地价值要高一些，经济不发达地区的土地价值要低一些；东部主要是以土地的收益率吸引投资，在西部则主要则要靠土地的使用年期财产权吸引投资。这样，西部大开发从土地制度的设计和安排上讲，要延长土地使用年期，保护使用年期终止私人财产的安全性，才能大规模引导社会投资流向西部，促进西部大开发，最终缩小东西部发展的差距。历史上美国西部大开发的成功，就是土地制度安排适应缩小地区发展差距需要的很好例证。