经济贸易总公司管理模式的最大优点是，目的明确，经济管理权限相对集中，有利于提高开发区建设的速度和经济效益，发展方向也相对较容易控制。但由于该组织毕竟是经济组织而非政府部门，因此管理的权威性以及管理效力等都会受到一定影响。这正是这种管理模式只适用于小区划片开发或县、乡、镇小开发区管理的原因，在规模较大的开发区，这种模式是难以推行的。
三、国家综合配套改革试验区行政体制改革的探索与实践我国综合配套改革试点在经济体制改革方面需要面对由行政主导型转为市场主导型、由政策优惠型转为公平竞争型的现状。政府行政行为正在逐步由主抓经济建设转向创造良好的经济社会发展环境和提供公共服务上来。综合配套改革试验区的行政体制改革也是遵循这一原则逐步推进，主要表现在四个方面。
（一）职能配置改革
上海浦东政府在政府职能转变上，全面推进政企、政资、政事、政府与社会中介组织分开，推进第四轮行政审批制度改革，进一步减少审批事项，简化审批流程，完善“一门式”服务，提高服务效率。浦东新区综合配套改革试点方案第一条就是行政体制改革，并且把以转变政府职能作为改革的着力点。浦东先后实施取消、合并审批环节等，对投资项目实行“一门式”审批服务（即“一门受理、并联审批、两次办结、一口收费”），使新区的基本建设项目审批时限从原来的281个工作日减少到目前的不到10个工作日，而对于控制性详细规划已批准的区域范围内的新项目，则试行肋个工作日的简易审批程序。统计数字显示，先后经过四轮改革，浦东行政审批事项从几年前的724项，减少到244项，改革率达到66%。一般直接处理的投诉，2天内给予回音。在市场主体准人制度上，浦东实施前置审批告知承诺制度，并完善外商投资企业的设立和变更的直接登记方式，把工商登记的审批时限压缩在7个工作日以内。
天津提出在综合配套改革中要深化推进行政体制改革，转变政府职能，建立能够充分发挥新区整体优势的行政体制。
（二）综合配套改革
综合配套改革试验区在改革试点的过程都是实行综合配套，全面推进。
天津滨海新区坚持经济改革与其他方面改革相结合，积极推进社会领域改革，创新公共服务管理体制。滨海新区综合配套改革试点，重点推进企业改革、科技体制改革、涉外经济体制改革、金融改革创新、土地管理制度改革、城乡规划管理体制改革、农村体制改革、社会领域改革、资源节约与环境保护等管理制度改革、行政体制改革。2007年以来，天津滨海新区在金融改革创新方面进行一系列试点工作，在产业投资基金、股权投资基金等领域取得了突破，并在金融业综合经营等创新领域走在国内前列。
上海浦东在成为第一个综合配套改革试点之后，中央各部委对此都非常重视，全面推进改革进程。人民银行上海总部现已挂牌，国家外汇管理局批复在浦东实行跨国公司外汇管理方式9条试点措施，人事部在浦东实行公务员聘任制和推进政府绩效考评制度，监察部在浦东开展依法监察试点并实施行政效能问责制、评估制、投诉制、监察制等。
浦东新区自身在综合配套改革中推出多项行政体制改革措施。浦东已经建立了市民中心和社区事务受理中心；重新调整新区政府部门、开发区、街镇之间的利益格局，将行政区划与经济区域相协调，重新组建覆盖全区的六大功能区域，实施“职能互补、条块整合”、公共服务为主体的行政体制，对区域发展进行统一规划、统筹管理。在改变城乡二元结构上，浦东新区推出“区镇合一、镇管社区、社区共治”
等管理体制，开展街道管理体制改革试点，实行全额财政拨付制度。浦东在金融市场体系建没、科技体制改革、涉外经济体制改革等方面成绩显著。
（三）机构设置改革
浦东新区的机构设置改革在综合配套改革试验区具有典型的借鉴意义。
浦东新区其行政区域包括原川沙县全境，原上海县的三林乡以及杨浦、黄浦、南市3区的浦东部分。
浦东新区管委会是市政府的派出机构。在计划管理、项目审批、建设管理、财政金融、外经外事、劳动人事等方面，浦东新区管委会拥有国家计划单列市的各类权限，包括中央批准扩权的部分。
浦东新区采取“小政府、大社会、大服务”的新管理体制。浦东新区党工委和浦东新区管委会下设党政合署办公的若干个职能机构。浦东新区在机构设置方面，按照“精简、统一、高效”的原则，实行大系统综合管理，按照政企分开的原则，一律不设企业主管局，将政府不该管、管不了的职能交还给企业和社会，形成了一套相对精干的“小政府”管理模式。此外，浦东新区设立了一批公务与中介机构，它们接受新区政府部门授权（委托），承担部分行政事务、社会管理、市场中介服务和社会事业发展工作，为事业编制单位。公务机构分为两类：一类主要履行监督检查职能，另一类主要承担执行性行政事务。中介机构分为三类：一是咨询媒介类；二是公证仲裁类；三是公益、行业协会类。
浦东新区管理体制的变迁大体经历了以下三个阶段。
第一阶段：从1990～1992年，其特点是宏观协调、分散管理。即由上海市政府成立浦东开发办进行宏观管理协调，浦东的开发建设和管理，则由杨浦区、黄浦区、南市区、上海县和川沙县等“三区两县”具体负责。
第二阶段：1993年1月到2000年6月，其特点是高度集权，统一管理。分散管理的体制导致各区县过分注重局部的利益，使浦东的开发和建设难以形成统一整体的规划。针对此情况，上海市委、市政府于1993年年初，撤销了上海县和川沙县的行政建制，调整杨浦区、黄浦区和南市区的行政区划，三个区原有涉及浦东的区域，不再归其管辖，成立浦东新区党工委和浦东新区管委会，作为市委、市政府的派出机构，直接负责浦东管理和开发建设事宜。浦东新区党工委和管委会享有市级管理权限，主要领导由市政府一名副市长担任。浦东的开发建设均由党工委和管委会统一规划、统一政策、统一组织、统一实施。
第三阶段：2000年6月开始，其特点是健全四套机构，行使政府职权。上海市委调整浦东新区的管理体制，建立浦东新区的四套班子，即区党委、区人大、区政府和区政协，全面处理社会事务，加强政权建设，强化监督机制。
（四）社会建设改革
国家综合配套改革试验区在社会建设改革方面还处于初步探索阶段。
选择重庆市和成都市开展综合配套改革试点，重在探索统筹城乡发展为主要内容的改革。
重庆把改革农民工制度作为统筹城乡的结合点，正在逐步推进户籍、社会保障、土地使用以及财政、金融、行政管理等制度改革。重庆市在城乡统筹方面的探索主要包括：一是积极调整国民收入分配格局和优化财政支出结构，初步建立起了覆盖城乡的公共财政框架；二是大力实施“百万农村劳动力转移工程”，初步建立起了统筹城乡就业的工作体系；三是加快农村社会事业发展和社会保障体系建设，努力缩小城乡基本公共服务差距；四是加快农村交通通信等基础设施建设，按照城乡基础设施的一体化、网络化的要求，建设重心逐步由城市转向农村。到2012年，重庆市统筹城乡改革试验将从三大领域推动改革分路突围：一是大力创造非农就业岗位，就业是统筹城乡的基础和前提；二是推动农民工向城镇居民转化，农民工利益诉求最强烈、对农民工转化制约最大的是“壮有业、老有养、少有教、居有房”四大关键问题；三是加快新农村建设。从统筹城乡发展的全局出发，还将配套推进城乡规划、土地管理、公共财政、金融支撑、行政管理、社会管理六项相关改革。
成都将在统筹城乡规划、建立城乡统一的行政体制、建立覆盖城乡的基础设施建设及管理体制、建立城乡均等化的公共服务保障体制、建立覆盖城乡的社会保障体系、建立城乡统一的户籍制度等重点领域和关键环节率先突破，加快经济社会快速健康协调发展。
（第三节 综合示范区行政体制改革的主要经验
一、局部试点，有序推进综合配套改革
（一）整体布局，全面带动
我国地域辽阔，且东中南西地区发展基础不同，在这种国情下，建设综合示范区必须考虑区域经济的协调发展，从全国的角度进行整体布局，而且要求改革试点对全国有示范借鉴作用。
就国家综合配套改革试点而言，在东部选择上海浦东新区和天津滨海新区、西部选择重庆和成都、中部选择武汉城市圈和长株潭城市群等开展综合配套改革试点，实现了综合配套改革的整体布局，而且兼顾了处于不同发展阶段的不同地区的改革需求，是国家在新的历史时期加快东中西部发展、推动区域协调发展的重大战略部署。
整体布局，全面带动，要求在推进东中西部协调发展的同时，继续推进东部的开发开放，使其在我国区域经济发展中发挥带动作用，这也是选择天津滨海新区作为综合配套改革试点的主要理由之一。东部沿海三大经济区包括长三角、珠三角、京津冀和环渤海地区。由于历史等多方面因素，京津冀和环渤海地区在许多方面发展较为滞后。在滨海新区建设国家综合配套改革试验区，进行行政体制改革，可以加快以滨海新区为增长极的京津冀都市圈及环渤海地区的发展，探索有效的区域管理创新模式，有效地整合珠三角、长三角、环渤海地区的内部资源，避免恶性竞争，促进国家整体的区域协调发展。
（二）单项切入，稳步推进
综合示范区行政体制改革，分别选择不同地区当前和今后一段时期改革发展亟须解决的不同类型的重点难点体制问题，逐项切入，各有侧重，在取得成功的试点经验以后再稳步推进。
上海浦东新区主要选择行政体制改革、金融体制改革、科技体制改革等来推动综合配套改革；天津滨海新区通过试点金融改革创新和土地管理改革来推进综合配套改革；西部的重庆、成都主要是围绕统筹城乡发展这个主题来推进综合改革。武汉城市圈和长株潭城市群主要是为了探索建设资源节约型、环境友好型社会来推进配套改革。
在行政体制改革中，上海浦东新区选择转变政府职能作为具体切人点，加快行政审批制度改革，加强政府公共服务职能。经过四轮行政审批制度改革，上海浦东新区保留的审批事项将从最初的724项缩减为244项，减少66%。
二、创新为先，积极稳妥推进政府、社会和市场的对接（一）持续创新，勇当改革排头兵
我国社会主义市场经济体制目标的确立和世界贸易组织成员的地位，推动全方位开放格局的形成，迫使经济特区唯有不断创新，方可保持竞争优势。
经济特区要想继续保持竞争优势，就不能再停留在传统的特殊优惠政策和开放窗口的角色定位上，必须继续创新，增创新的优势。经济特区成立之初，其功能和作用主要定位在改革开放的试验区和窗口上，在全国范围内先行进行对外开放和市场取向的改革。国家给予经济特区的优惠政策侧重于减免税和放权让利。20世纪90年代以后，社会主义市场经济体制改革在全国铺开，我国全方位的开放格局逐步形成，经济特区不再是唯一对外开放的地区，开放窗口的作用逐步失去原有的特殊价值，传统的优惠政策逐渐普惠化。加入世贸组织以后，特区的税收减免特殊政策逐步取消。21世纪以后，特区的产业发展条件也在不断变化，面临着由劳动密集型加工业向现代制造业、服务业和高新技术产业的转变。有鉴于此，深圳特区提出二次创业的战略，通过发展高新技术实现产业升级，确立了创新型城市战略。
（二）法制化管理，减少改革波动
综合示范区的改革进程，一直以法制化建设作为保证．这样规范了改革行为，巩固了改革成果，保护了改革创新，也减少了改革过程中有可能出现的各种波动。
2002年10月，天津市人大通过了《天津滨海新区条例》，以地方法规的形式对滨海新区的职能做了规定，明确了滨海新区内各区人民政府、各功能经济区管理机构和滨海新区管委会法律关系。
2006年3月，深圳市人大审议通过了全国首部鼓励改革创新的地方性法规--《深圳经济特区改革创新促进条例》，为经济体制、行政体制、文化体制、社会管理体制、司法工作以及国家机关、公立非营利机构和人民团体管理、服务等方面的改革创新提供法律保障，明确“宽容失败”和“公众参与”等改革原则。
为了加快长株潭城市群“两型社会”综合配套改革试验区建设，2007年9月，湖南省制定了《湖南省长株潭城市群区域规划条例》，明确规范长株潭城市群的空间布局、环境保护、基础设施建设等。湖南省还制定了《湖南省农村可再生能源条例》、《湖南省湿地保护条例》、《湖南省植物保护条例》等法规，统筹人与自然和谐发展，保护和改善生态环境。