通过设立登记，登记机关可以审核个人独资企业的设立条件，颁发营业执照，建立企业档案，并进行综合统计和分析。这不仅有利于鼓励和促进符合条件的个人独资企业进入市场，而且可以严格企业的资质审查和对其生产经营行为进行监督管理，取缔“三无”企业，严格、高效地把好市场准人关。
（二）设立登记时需提交的文件和材料
根据《个人独资企业法》和《个人独资企业登记管理办法》的规定，申请设立个人独资企业，必须依法向个人独资企业所在地的登记机关提交有关文件和材料，以便登记机关审核登记。个人独资企业设立登记的主管机关是企业所在地的工商行政管理机关，一般是市、县工商行政管理局以及大中城市工商行政管理分局，并且由工商行政管理机关内的个体私营经济监管业务部门具体办理。
1.一般需提交的文件
根据《个人独资企业法》第9条第一款和《个人独资企业登记管理办法》第9条的规定，申请设立个人独资企业应提交投资人签署的个人独资企业设立申请书、投资人身份证明、企业住所证明等文件。
（l）投资人签署的个人独资企业设立申请书。
一般由登记机关制成固定的格式。设立申请书应当载明下列事项：企业的名称和住所；投资人的姓名和居所；投资人的出资额和出资方式；经营范围及方式。个人独资企业投资人以个人财产出资或者以其家庭共有财产作为个人出资的，应当在设立申请书中予以明确。
个人独资企业设立申请书应当由投资人签署，才具有法律效力。
（2）投资人身份证明。
是指投资人的居民身份证或户籍证明。
（3）企业住所证明。
是指个人独资企业住所的权属证明。投资人自有的住所，应当提交房管部门出具的产权证明；租用他人的场所，应当提交租赁协议。企业住所不是其生产经营场所的，投资人除了提交企业住所证明外，还应当提交生产经营场所的证明。投资人自有的经营场所，应当提交房管部门出具的产权证明；租用他人的场所，应当提交租赁协议。
（4）国家工商行政管理局规定提交的其他文件。
委托代理人申请设立登记的，由于存在着委托代理关系，还应当出具投资人的委托书和代理人的身份证明或资格证明，以产生有效代理的法律效果。
2.开办个人独资企业审批的特殊规定
国家为了加强对国民经济的宏观管理，对在某些行业开办个人独资企业进行了一定的限制。因此，《个人独资企业法》第9条第二款规定，从事法律、行政法规规定须报经有关部门审批的业务，应当在申请设立登记时提交有关的批准文件。根据1998年12月修订的《私营企业暂行条例施行办法》第9条第（四）项的规定，申请从事资源开采、建筑设计、施工、交通运输、食品生产、药品生产、印刷、旅店、外贸、计量器具制造等行业生产经营的个人独资企业，应当按照国家有关规定提交有关部门的审批证件。
（三）个人独资企业的设立登记程序
是指申请设立个人独资企业的具体步骤和过程。它是从申请人提出申请开始，到登记机关核准登记注册、发给营业执照的一个完整的法定程序，一般包括申请、受理、审查、核准、发照等几个步骤。
1.申请
这是登记程序的第一步。个人独资企业的投资人，按照国家法律、法规的规定，准备好办理登记所需的各种文件，到企业所在地的登记机关申请办理登记，并填写《个人独资企业设立申请书》。
2.受理
指登记机关接受申请人的登记申请。登记机关接到申请人填写的《个人独资企业设立申请书》及其他必须提交的文件后，查验有关文件、证明，对手续完备的，予以受理；对手续不完备的，不予受理。
3.审查
指登记机关对个人独资企业申请人提交的文件、证明和填写的申请登记表的有效性、合法性与真实性进行审核检查，并核实个人独资企业的实际条件和登记事项。这一步骤是登记审批程序的中心环节，它既是登记机关履行职责，执行法律、法规和政策的过程；又是申请者接受审查和对其进行法律、政策的指导，明确权利和义务的过程。
审查可分为程序审查和实质性审查两个方面。程序审查主要是审查个人独资企业申请人提出的申请是否符合规定的程序要求，提交的各种文件、证明是否完善和齐备。实质性审查主要是审查申请登记的个人独资企业是否具备登记条件，申请登记的事项是否属实，是否符合国家法律、法规和政策的规定。在实质性审查时，如果有必要，登记机关在做出审批登记之前，应派专人到现场进行实地调查，核实厂房、设备、技术条件、资金和人员等是否符合事实和审批条件。如果发现手续不完备的，应说明情况，令其补正；情况不实的令其更正；不具备个人独资企业登记条件的，应予以驳回；对在申请登记中弄虚作假、隐瞒真实情况或者其他严重违反国家有关规定的，要按规定给予处罚。
4.核准
指登记机关审查，核实后，对符合规定条件的，做出核准登记的决定；对不符合规定条件的，不予登记，并应当给予书面答复，说明理由。实践中，一般由承办人签署意见后，经职能部门负责人审查，再报主管局长批准。
根据《个人独资企业法》第12条的规定，核准登记的时间为从登记机关收到设立申请文件之日起的15日内。登记机关应遵守这一登记期限的规定，努力提高登记效率。
5.发照
对核准登记的个人独资企业，应及时颁发营业执照，并通知投资人按时领取，办理有关签字备案手续。
个人独资企业经登记机关核发营业执照后，申请设立登记程序即告完成。按照《个人独资企业法》第13条的规定，个人独资企业自营业执照的签发日期起宣告成立，这时个人独资企业就取得了合法的经营资格，投资人也可以个人独资企业的名义从事经营活动，并享有法定的各项权利，同时也便于有关部门对它的监督管理。
按照有关规定，个人独资企业凭营业执照可刻制行政用章、财务用章、合同用章，可到银行开立帐户，但须报原登记的工商行政管理机关备案。
六、个人独资企业的变更登记
（一）变更登记的概念和种类
变更登记，是指在个人独资企业存续期间登记事项发生变更时，应向登记机关办理有关登记手续的一种登记行为。个人独资企业一经核准登记，其登记事项就具有法律效力，不得随着更改。
如确实因生产经营的实际需要需改变登记事项，必须向原登记机关申请变更登记。未经登记机关核准，擅自改变登记事项的，属违法行为，登记机关一经发现，要依法给予处罚（《个人独资企业法》第37条）。
根据《个人独资企业登记管理办法》第13条、第16条、第17条的规定，个人独资企业变更登记的种类有：
（1）个人独资企业变更企业名称、企业住所、经营范围及方式，应当在作出变更决定之日起15日内向原登记机关申请变更登记。个人独资企业变更投资人姓名和居所、出资额和出资方式，应当在变更事由发生之日起15日内向原登记机关申请变更登记。
（2）个人独资企业变更住所跨登记机关辖区的，应当向迁入地登记机关申请变更登记。迁入地登记机关受理的，由原登记机关将企业档案移送迁入地登记机关。
（3）个人独资企业因转让或者继承致使投资人变化的，个人独资企业可向原登记机关提交转让协议书或者法定继承文件，申清变更登记。
（4）个人独资企业改变出资方式致使个人财产与家庭共有财产变换的，个人独资企业可向原登记机关提交改变出资方式文件，申请变更登记。
（二）变更登记的程序
（1）个人独资企业办理变更登记时，应当提交变更登记申请书及有关证件。
（2）登记机关按到申请人填写的变更登记申请书后，查验有关文件、证明，对手续完备的，予以受理；对手续不完备的，不予受理。
（3）登记机关受理个人独资企业变更登记申请后，进行审核。予以核准的，换发营业执照或者发给变更登记通知书；不予核准的，发给企业登记驳回通知书，并退回申请人提交的文件、证明。
（4）登记机关应自受理个人独资企业变更登记申请之日起15日内做出审核决定。
七、个人独资企业的分支机构登记
（一）个人独资企业分支机构的概念和性质
个人独资企业分支机构，是指个人独资企业为了在空间上拓宽其业务活动范围，单独出资在一定区域设置的、完成个人独资企业部分职能的业务活动机构。根据《个人独资企业法》第14条的规定，个人独资企业可以设立分厂、分店等分支机构。
个人独资企业的分支机构属于个人独资企业的组成部分，但它又不同于个人独资企业的普通组成部分。作为个人独资企业内设机构的车间、科室等，它们也是个人独资企业的组成部分，但却不是个人独资企业的分支机构。实际上，并非个人独资企业的各个组成部分都是个人独资企业的分支机构，只有那些能够执行个人独资企业的一定业务职能，即从事一定民事活动的个人独资企业的组成部分，才能称为个人独资企业的分支机构，如个人独资企业的分厂、分店等。
个人独资企业的分支机构可以进行民事活动，但因此而产生的民事责任则应由设立该分支机构的个人独资企业承担（《个人独资企业法》第14条第三款）。
（二）个人独资企业分支机构的登记机关
根据《个人独资企业法》第14条的规定，个人独资企业分支机构的登记机关是分支机构所在地的登记机关。
（三）个人独资企业分支机构的登记事项
（1）分支机构的名称。个人独资企业分支机构的名称，应当冠以其所从属的个人独资企业的名称。
（2）经营场所。经营场所为分支机构的固定经营场所。
（3）负责人姓名和居所。分支机构的负责人为代表分支机构行使职权的人，由其所从属的个人独资企业投资人任命。
（4）经营范围及方式。一般来说，分支机构的经营范围及方式以其所从属的个人独资企业的经营范围及方式为限，但值得注意的是，《个人独资企业登记管理办法》并没有对此加以限制。对于法律、行政法规规定必须报经审批的项目，个人独资企业取得了经营资格的，不能视为其分支机构也取得了经营资格。分支机构从事该项业务的，仍须报经国家有关部门批准。
（四）个人独资企业分支机构登记时应提交的文件
根据《个人独资企业登记管理办法》第24条的规定，个人独资企业申请设立分支机构，应当向登记机关提交下列文件：
（1）分支机构设立登记申请书。
（2）登记机关加盖印章的个人独资企业营业执照复印件。
（3）经营场所证明。投资人自有的经营场所，应当提交房管部门出具的产权证明；租用他人场所的，应当提交租赁协议。
（4）分支机构从事法律、行政法规规定须报经有关部门审批的业务的，应提交有关部门的批准文件。
（5）个人独资企业投资人委派分支机构负责人的，应当提交投资人委派分支机构负责人的委托书及其身份证明。
（6）委托代理人申请分支机构设立登记的，应当提交投资人的委托书和代理人的身份证明或资格证明。
（7）国家工商行政管理局规定提交的其他文件。
（五）个人独资企业分支机构登记程序
个人独资企业设立分支机构，由投资人或其委托的代理人向分支机构所在地的登记机关申请设立登记。登记机关应当在收到规定的全部文件之日起15日内，作出核准登记或者不予登记的决定。核准登记的，发给营业执照；不予登记的，发给登记驳回通知书。
个人独资企业应当在其分支机构经核准设立、变更或者注销登记后15日内，将登记情况报该分支机构隶属的个人独资企业的登记机关备案（这一制度称为分支机构的登记备案制度）。个人独资企业异地设立分支机构的，分支机构所在地的登记机关在核准分支机构设立（变更、注销）登记后，应当开具《个人独资企业分支机构登记备案书》，通知个人独资企业的登记机关。这样规定，是为了便于登记机关之间相互联系和协调，加强对个人独资企业的监管。