由人民法院指定清算人，主要是考虑个人独资企业解散时，在有些情况下难以由投资人自行清算，例如，在投资人死亡或者被宣告死亡，无继承人或者继承人决定放弃继承时，这时个人独资企业的投资人出现空缺，只能由债权人申请人民法院指定清算人进行清算。另外，在个人独资企业投资人自行清算可能会影响债权人的债权和损害社会公共利益时（如某些被依法吊销营业执照的情形），也应允许法院适当介入，以对个人独资企业清算行为进行必要的限制。人民法院指定清算人时，既可从企业经营管理人员中指定，也可聘请注册会计师、律师、或有关行政主管部门的执法人员等。指定的清算人在进行企业清算时，应遵照有关法律的规定，并接受人民法院的监督。关于由债权人申请人民法院指定清算人进行清算的具体程序，个人独资企业法未作规定，可参照投资人自行清算的程序。但必须执行法律有关通知和申报债权的规定，以维护债权人的利益。
（三）清算人的法律地位和职责
清算人的法律地位集中体现为清算人与个人独资企业的关系。一般来说，无论采用哪种方式，清算人确定后，个人独资企业即进入清算程序，个人独资企业管理人员应停止执行职务，而由清算人对内组织清算，对外代表个人独资企业了结有关事务和参与民事诉讼活动。我国《个人独资企业法》没有明确规定清算人与个人独资企业的关系，但从清算人职权来看，其取代个人独资企业投资人或管理人员在清算期间对内处理事务，对外代表个人独资企业的地位还是相当明确的，所以，清算人是从事个人独资企业清算事务的法定临时性执行机构。
个人独资企业清算虽然不象其他企业清算那样复杂，但出于保证清算顺利进行，提高清算效率，减少清算损失，维护债权人、个人独资企业职工及其他当事人的合法权益，有必要明确清算人的职责。根据有关法律的规定，我国个人独资企业清算人的职责有以下六个方面：
1.清理个人独资企业财产，分别编制资产负债表和财产清单
清算人一经确定，即应接管个人独资企业及其全部财产，同时对资产和债权债务进行全面清理和核查，并在查实个人独资企业全部财产及负债的基础上，分别编制资产负债表和财产清单。
2.处理与清算有关的个人独资企业未了结的事务
与清算有关的个人独资企业未了结事务，是指个人独资企业解散前已经订立的目前尚在履行的有关合同事项；拖欠的职工工资和社会保险费用；未结清的债权债务及有关纳税事宜等。清算人在处理个人独资企业未了结事务时，有权根据清算工作的需要，对个人独资企业解散之前已经订立目前尚在履行的合同，决定继续履行或者终止履行，但是不得开展与个人独资企业清算无关的新业务。对清算人决定终止履行的合同，个人独资企业应承担违约责任，因此给对方造成财产损失的，应当予以赔偿，违约金和赔偿金从企业财产中支付。清算人在处理个人独资企业未了结事务时，应遵循以下原则：第一，作出的处理决定必须合法；第二，有利于保护投资人、债权人的合法权益；第三，有利于迅速了结个人独资企业未了结的事务，尽可能减少损失。
3.清缴所欠税款
税收是国家财政收入的主要来源和经济建设的重要支柱，一切负有纳税义务的单位和个人均应依法履行纳税义务。在个人独资企业解散时，清算人应当对个人独资企业纳税事项进行审查，发现欠缴国家税款的情况，应当及时报请国家税务机关，并依法将所欠税款缴入国库。
4.清理债权、债务
根据我国《民法通则》规定，债是按照合同的约定或依照法律的规定，在当事人之间产生的特定的权利和义务关系。享有权利的人是债权人，负有义务的人是债务人。债权人有权要求债务人按照合同的约定或依照法律的规定履行义务。清理债权，是指要求个人独资企业的债务人对企业履行债务。对于已到期债权，应立即收取；对于未到期债权，可视情形，或转让，或抵销本企业债务。清理债务，是指以个人独资企业的财产清偿债务。这项工作直接涉及到个人独资企业和债权人利益，必须依照个人独资企业法规定的程序进行清理。
5.处理个人独资企业清偿债务后的剩余财产
清偿债务后个人独资企业仍有剩余财产的，应归还投资人。
6.编制清算报告，办理注销企业登记
清算结束后，清算人应当制作清算报告，编制有关清算费用、收支报表和企业财产清偿分配帐册。编制清算报告，一方面便于债权人了解和监督投资人或人民法院指定的清算人在对个人独资企业财产进行保管、清理、估价、处理和分配这一清算过程中的工作情况，另一方面也是办理个人独资企业注销登记手续所必备的法律文件，因此，投资人或人民法院指定的清算人必须认真编制清算报告，并保证清算报告的内容真实、准确、完整，不得有虚假的记载或不实的谎报。另外，如果清算人是由人民法院指定，应将有关报告和材料报人民法院确认。并应当自清算结束之日起15日内；到原企业登记机关办理注销登记。
（四）清算后清偿债务的原则
个人独资企业清算后清偿债务的一般原则可以归结如下：
1.根据企业解散清偿债务的一般原则，个人独资企业因解散而清偿债务的，如有未到期的债务，应视为已到期；处于诉讼中的债务，应当保留偿还债务的财产份额，待诉讼完结后处理。
2.清算人在清理完毕个人独资企业财产后，应依一定的顺序清偿债务。依《个人独资企业法》第29条之规定，个人独资企业清算后的清偿顺序如下：第一，支付清算费用；第二，所欠职工工资和社会保险费用；第三，所欠税款；第四，其他债务。
3.个人独资企业财产不足以清偿全部债务的，投资人应当以其个人的其他财产予以清偿。
4.个人独资企业解散后，原投资人对个人独资企业存续期间的债务仍应承担偿还责任，但债权人在5年内未向债务人提出偿债请求的，该责任消灭。实质上，这是视债权人放弃债权。
（五）个人独资企业解散后原投资人的偿债责任
《个人独资企业法》第28条规定：“个人独资企业解散后，原投资人对个人独资企业存续期间的债务仍应承担偿还责任，但债权人在五年内未向债务人提出偿债请求的，该责任消灭。”与有限责任公司或者股份有限公司等法人企业相比，本条的规定充分体现了个人独资企业的投资人承担无限责任的特征。在通常情况下，有限责任公司或者股份有限公司的股东只承担有限责任，即以自己的出资额为限对公司的债务承担清偿责任。根据《企业破产法（试行）》第38的规定，破产财产分配完毕，由清算组提请人民法院终结破产程序。破产程序终结后，未得到清偿的债权不再清偿。
《个人独资企业法》第28条的规定实际上具有两方面的含义：
一方面，个人独资企业的投资人在清算结束后仍应对未清偿的债务承担持续的偿还责任；另一方面，投资人的这种持续偿还责任又具有一定的期限，超过了这个期限，投资人不再承担清偿责任。因此也可以说，个人独资企业投资人的无限责任是相对的，而不是绝对的。
1.投资人的持续偿还责任
个人独资企业投资人对企业债务应当承担无限责任，即个人独资企业的投资人企业在解散后，对企业尚未清偿的债务，不能像有限责任公司等法人企业那样一笔勾销，而是要继续承担偿还的责任。这就是说，假如在清算时投资人未能足额清偿企业存续期间的全部债务，那么，在清算结束、企业终止后，投资人仍然有义务清偿尚未清偿的债务。
个人独资企业的投资人在企业解散后仍应对企业存续期间的债务承担责任，不仅从理论上体现了个人独资企业的无限责任特征，而且也具有重要的实际意义，因为在个人独资企业清算期间，可能还有不知情的债权人；或者债权人虽然知情，但由于不可抗力原因，未能在规定的期限内向投资人或者清算人申报债权；或者企业可能还有正处在诉讼中的债权债务尚未完全了结等。在这些情况下，债权人都不能在清算时得到偿付。规定个人独资企业投资人的持续责任，就可以保证这些债权人的债权今后可以获得清偿。
2.投资人的持续偿还责任有一定的期限
个人独资企业投资人的无限责任如果是绝对的、无期限的，难免就会带来一些不必要的麻烦，比如说，使投资人长期处于不确定的、随时可能被迫索的状态，对投资人的生活可能造成不利影响。
因此，为了在个人独资企业解散并清算结束后能够使投资人在一定期限后得以解脱，而不是长期处于偿还债务的不确定性之中，《个人独资企业法》第28条又规定，虽然投资人对企业存续期间的债务必须承担持续的偿还责任，但是，在企业清算时未获得清偿或者未获得足额清偿的债权人，如果在五年内未向投资人提出偿债请求的，投资人的偿还责任即行消灭。
为投资人承担的偿还责任规定一个期限，实际上等于是在期限届满后免除了投资人偿还责任，也就是有些学者所说的免责主义。立法中采取这种免责主义态度，主要是基于下述两个方面的原因：
其一，随着市场经济的发展，负债已经成为现代社会经济生活中非常普通的事情，债务人不能清偿债务的，只要不是恶意或者欺诈性的，就不再作为犯罪行为看待。同时，越来越多的人逐渐认识到，在一项特定的债权债务关系中，虽然债务人理应对自己所欠债务承担责任，但是，债权人似乎也应当对自己的债权得不到偿还承担一定的风险，这样更能促进交易的公平。相反，过分地片面强调债务人的责任，会促使潜在的债权人在交易中忽视自己可能面临的风险，结果反而会增大交易的风险。因此，在一定的期限届满后，依法免除个人独资企业投资人对债权人未主张的债权承担责任，也在一定程度上体现了债权人对自己的交易风险应承担一定的责任，这样规定会更公平一些。
其二，立法的价值取向逐渐从着重保护债权人的利益，转向在保护债权人的同时，也兼顾债务人的利益。在一定期限届满后免除个人独资企业债务人的持续偿还责任，可以减轻投资人的负担，这也是对诚实而过失的投资人的一种保护，有利于促进和活跃商业交易。
四、个人独资企业的注销登记
（一）注销登记的概念和意义
注销登记是个人独资企业终止应当履行的法律程序，是指登记机关依法对解散的个人独资企业，收缴营业执照和印章，撤销其注册号，取消其企业资格或经营权的登记行为。《个人独资企业法》第32条规定，个人独资企业清算结束后，应依法向原登记机关申请办理注销登记。所谓“清算结束”，是指个人独资企业经过清算，其未了结的业务已经了结，应收回的债权已经收回，应清偿的债务已经偿还，可以依法终结个人独资企业各种法律关系的时候。
个人独资企业因各种原因解散并清算结束后，其权利能力和行为能力事实上已不复存在。但若不办理注销登记，其民事权利能力和民事行为能力在法律上并未消失，企业的经营资格仍然存在。不法分子有可能会利用未收缴的营业执照作为合法手段，从事不正当的经营活动，损害债权人、投资人甚至社会公众和国家的利益。因此，及时办理注销登记，依法终止企业，具有重要意义。
（二）办理注销登记应提交的材料
个人独资企业申请办理注销登记，应向登记机关提交下列文件：
（1）投资人或清算人签署的注销登记申请书；（2）投资人或清算人签署的清算报告；（3）国家工商行政管理局规定提交的其他文件。
个入独资企业办理注销登记时，应当缴回营业执照。
（三）注销登记的程序
（1）个人独资企业清算结束后，投资人或人民法院指定的清算人应当于15日内向原登记机关申请注销登记。
（2）登记机关应当自收到规定的申请注销登记需要提交的全部文件之日起15日内，作出核准登记或者不予登记的决定。予以核准的，发给核准通知书；不予核准的，发给企业登记驳回通知书。
（3）经登记机关注销登记，个人独资企业终止。登记机关收缴企业营业执照正、副本，收缴企业印章，并通知其开户银行。