去西安府和回京的途中，太后对贫苦农民的生活和境遇很关心。她给山西的灾民发放赈灾银两，对这些灾区人民的悲苦境遇很同情。她对皇帝说，从前身处宫中，竟不知宫外百姓生活如此艰辛。
在西安府居住期间，较戊戌政变后，皇帝享有了更多参与朝政的自由，尽管太后也常常和他商议国事，且采纳其建议，但在重要事情的决策上皇帝依然没有发言权。
皇帝性情不稳，喜怒无常，时不时发脾气，因此，朝中大臣凡事更喜欢禀告太后。这段时期，只有一件重要的任职大事，太后满足了皇帝的要求，那就是任命之前的帝师孙家鼎为军机大臣。
1900年1月，选立大阿哥后，孙家鼎便毅然辞官，他认为选立大阿哥等于废黜了当今皇帝。随后，义和团暴乱，他依然留在北京，家中被抢掠一空，要不是荣禄相救，恐怕他早就没命了。
同时进入军机处的还有鹿传霖。围攻外国使馆区伊始，他便离了江苏总督一职，带三千兵卒北上抵御洋兵，保卫京城。还没到北京，就得到消息说北京已经陷落。他遂遣散部队，回直隶老家待了几个星期，后赶到西安府随驾，太后对他甚是欢迎。直到逝世？，他都一直是军机大臣，和其他京城高官一样，他对国家政策和中国在世界上的地位的看法不论在义和团运动前还是之后，都没有什么变化，始终如一。他能够离开江苏总督之职，擅自前往北京，说明当时中国的地方官员享有一定的自主权，只要他们手段强硬，意志坚定，可以说其管辖区就是一个半独立国家。
当时一位苏州官员负责将贡银、贡品送到西安，回到苏州后，他给京城的好友写了一封信，详细描述了两宫在逃亡期间的生活，以下部分便摘自其中。这份文件属私密，本非旨在出版发表。从这份文件，我们可以了解到那些官方文件中鲜见的对宫廷生活的描述。摘选内容如下：
太后仍独揽大权，无论巨细，躬身裁夺。最信任者，为荣禄、鹿传霖、岑抚现已失势。朝议颇主回銮，予见太后精力强健，虽寿已六十有四，而望去不过如四十许人。皇帝貌甚郁郁，近日稍好。大阿哥年十五，肥胖粗野，状类伧荒，喜穿武装，常出外观剧，故予得见之。戴一金边毡帽，内穿皮衣，外罩红色军服，如夺标者。与戏子流氓熟识，颇工马术，亦善音乐，如台上鼓板稍错，即离席大骂，或自己上台代之。种种怪状劣迹，有时为太
注释：① 他死于1910年8月26日。后所闻，则重加鞭责。近与侍奉太后之宫女有私，太后知之，大怒，因此吃亏不小。常与李莲英在外浪游？，予友高某曾论之曰：“彼以候补皇帝之资格，恐不久成为废太子矣。”此语甚为隽妙，且极确实。彼从不读书，所好者皆下流之事，形容粗暴，不堪入耳。今述一事，十月十八日彼同其弟、其叔及义和拳首领澜公，带领一群太监，至城隍庙内之戏场看戏。太监恃其势力，欲占最佳之座位，因此与甘勇致起争端。甘勇蛮横，太监及其余之小官，均被打，戏场纷乱。由此一事，即可想见不堪之状，又可因以见太监之势力。太监既被打，即思报复之计，借事在岑府处，诋毁开戏园之主人，乃将各戏园一并封闭，并将园主枷号示众。抚台出示，言太后因陕省荒歉，国家多事，不当演戏娱乐，并各茶馆亦皆封之，人人均知系太监之力也。其后内务府大臣继禄，又求总管太监李莲英，请太后降谕，重令各戏园开演。其所出之告示，言：“现已得雪，大有丰年之兆，戏院准予重开。”
在西安期间，总管太监李莲英没有在京那么跋扈，大部分时间和精力都用来验收报管贡银贡品。进贡物品数量不足，质量不好，没有达到他的期望，他就拒收，给各省进贡官员带来无数麻烦。
十月，太后万寿之前数日，岑抚提议欲举行庆典，仍旧照例进呈贡物。浦侗强烈反对，言：“国势危急至此，宗庙陵寝，皆在外兵之手，老佛爷何心更做万寿？”乃寝其议。岑抚虽有强项之名，大言不惧，其实与李莲英联络甚密，有人言其近与奏事处之太监结为盟兄弟。因此之故，乃得尚书，赏在紫禁城内乘坐肩舆也。？
董福祥已回甘肃，其部下之兵，归谭提督统带。此人在回匪扰乱之时，曾著有战功者。
老佛爷希望战胜洋人之心，似仍未绝。夏震武上奏，保荐一蛮子，请太后重加任用，谓如不能战胜联军，愿以全家作保云云。注释：① 当年李莲英也随同同治帝如此浪游。② 中国官员共同之处为相互之间嫉妒，在对手背后恶意诽谤、中伤。
§§§第21章义和团首领之死
据说，中国官员利己主义强烈，因此很难联合起来发挥其爱国主义，即便联合起来了，也缺乏持续下去的勇气。然而，受儒家哲学思想熏陶，他们身上又有一种不同寻常的特质，即对君主的革职、赐死处分，会异常平静地接受，从容就死。辛丑议和，洋人要求严惩义和团首领，他们的死亡方式恰好体现了这一性格特点，同时也反映了儒教推崇的忠君从主的理念和信仰，在某种程度上，这种信念构成了中国官员体制稳固和持久的根基。
尽管外国势力一再坚持，要求处死义和团领袖及其支持者。但慈禧太后不愿屈服，毕竟当初她也非常同情、支持这场运动。和谋臣多次商议后，她意识到，如果不能满足外国人的这个要求，议和就不可能达成。1901年2月，她最终勉强同意，颁布诏令（荣禄起草），定了那几位首领的死罪。
当初正是得到了太后的首肯和支持，这些大臣才敢掀起轰轰烈烈的排外运动。考虑到慈禧太后在此运动中的参与、主持地位，我们再看这些谕旨，不禁会感到她为了自身安危不惜牺牲手下大臣的冷酷无情。尽管如此，起先她并不答应外国势力的要求，寄希望于通过进一步妥协和协商，保全她的亲信端王、澜公和赵舒翘的性命。
这个诏令是以皇帝的名义签署并以皇帝名义颁布，内容如下：
谕京师自五月以来，拳匪倡乱，开衅友邦，现经奕劻、李鸿章与各国使臣在京议和，大纲草约业已画押。追思肇祸之始，实由诸王大臣等昏谬无知，嚣张跋扈，深信邪术，挟制朝廷。于剿办拳匪之谕，抗不遵行，反纵信拳匪，妄行攻战，以致邪焰大张，聚数万匪徒于肘腋之下，势不可遏。复主令卤莽将卒，围攻使馆，竟至数月之间，酿成奇祸，社稷阽危，陵庙震惊，地方蹂躏，民生涂炭。朕与皇太后危险情形，不堪言状，至今痛心疾首，悲愤交深。是诸王大臣等信邪纵匪，上危宗社，下祸黎元，自问当得何罪？
前经两降谕旨，尚觉法轻情重，不足蔽辜。应再分别等差。加以惩处已革庄亲王载勋，纵容拳匪，围攻堂馆，擅出违约告示（指的是悬赏洋人头颅的告示），又轻信匪言，枉杀多命，实属愚暴冥顽。著赐令自尽，派署左都御史葛宝华前往监视。
已革端郡王载漪，倡率诸王贝勒，轻信拳匪，妄言主战，致肇衅端，罪实难辞。降调辅国公载澜，随同载勋妄出违约告示，咎亦应得，著革去爵职。惟念俱属懿亲，特予加恩，均著发往新疆，永远监禁。先行派员看管已革巡抚毓贤，前在山东巡抚任内，妄信拳匪邪术，至京为之揄扬，以致诸王大臣受其煽惑。及在山西巡抚任，复戕害教士教民多命，尤属昏谬凶残，罪魁祸首。前已遣发新疆，计行抵甘肃，著传旨即行正法，并派按察使何福监视行刑。
前协办大学士吏部尚书刚毅、袒庇拳匪，酿成巨祸，并曾出违约告示，本应置之重典，惟现已病故，著追夺原官，即行革职。
革职留任甘肃提督董福祥、统兵入卫，纪律不严，又不谙交涉，率意卤莽。围攻使馆虽系由该革王等指使，究难辞咎，本应重惩，姑念在甘肃素著劳绩，回汉悦服，格外从宽，著即行革职。？
注释：① 董福祥在甘肃受到百姓的爱戴，因此太后不敢下旨将其处死，担心这样会招致百姓叛乱。
降调都察院左都御史英年，于载勋擅出违约告示，曾经阻止，情尚可原，惟不能力争，究难辞咎，著加恩革职，定为斩监候？罪名。
革职留任刑部尚书赵舒翘，平日尚无嫉视外交之意，前查办拳匪，亦无庇纵之词，惟究属草率贻误，著加恩革职定为斩监候罪名。英年、赵舒翘两人，均著先行在陕西省监候？。
大学士徐桐，降调前四川总督李秉衡，均已殉难身故。惟贻人口实，均著革职，并将恤典撤销。
经此次降旨之后，凡我友邦当共谅拳匪肇祸，实由祸首激迫而成，决非朝廷本意。朕惩办祸首诸人，并无轻纵，即天下臣民亦晓然于此案之关系重大也。
外国使臣对此诏令不满，认为对端王和澜公处罚过轻。一周后，朝廷又下一诏，下令将此二人监禁候斩，后又减刑为发放新疆，永不赦回。另加判刚毅开棺戮尸，这在中国官员眼里是最严重且极令人蒙羞的刑罚。赵舒翘和英年二人被赐自尽。最后，军机大臣启秀以及徐桐的儿子（他紧随其父步伐，强烈排外），被判斩首，即刻在京执行。
为满足外国使臣要求，朝廷又下一谕，恢复五位官员的官级、名誉。此谕旨遣词用字皆可看出，实在是不得已而妥协为之。这五人曾经上书劝谏剿杀义和团，而被朝廷革职。现在朝廷下旨改变之前的宣判，为了避免丢颜面，只得诿卸责任。诏令如是说道：
谕本年五月间拳匪倡乱，势日鸱张，朝廷剿抚两难。迭次召见臣工，以期折衷一是。乃兵部尚书徐用仪、户部尚书立山、吏部左侍郎许景澄、内阁注释：① 斩监侯意为终生监禁。②慈禧太后表面上急于保护赵舒翘，因为赵舒翘乃是其亲信之一。后来的证据以及公众舆论表明他的所作所为都是受到了刚毅的蛊惑煽动，且洋人坚持将其处死，也没有确切的有关
他所犯之罪的证据。学士联元、太常寺卿袁昶，经朕一再垂询，词意均涉两可。而首祸诸臣遂乘机诬陷，交章参劾，以致身罹重辟。惟念徐用仪等宣力有年，平日办理交涉事件，亦能和衷，尚著劳勋，应即加恩徐用仪、立山、许景澄、联元、袁昶、均著开复原官。
赵舒翘之死。这位军机大臣是慈禧太后亲信之一，慈禧一直竭力免其死罪，最初只下诏，判其终生监禁，囚于西安省属大牢，并允许其家人探视。此诏令颁布前一天，老佛爷在军机会议上说道：“其实，赵舒翘并没有附和拳匪，只是当初不该以‘不要紧’三个字搪塞我。”这话传到赵舒翘那里，他自然非常庆幸，认为自己肯定会免死。然而，几天后，传闻纷起，称列强坚持清政府定其死罪，此事在其家乡西安引起了轰动。西安城内的士绅攘臂而起，做了一个“公禀”，具名三百余人，送至军机处，请求免其死罪。军机大臣不敢将此请愿书呈给慈禧太后，只有刑部尚书（其与赵舒翘私交甚好）回复称，若赵舒翘被处死，将有违公理。
大年初一，传言更甚，当日太后与军机大臣商议，从早晨六点钟开始，到早十一点，仍没有决定是否判处赵舒翘死刑。鼓楼一带，街道已人山人海，群情汹汹，扬言一旦赵舒翘被带出、行刑，他们定会劫法场。
喧嚣声震天，军机大臣怕引起骚乱，遂请求慈禧太后恩准赵舒翘自尽，太后勉强同意，于次日凌晨一点颁布诏令，定于当日下午五点复命。
岑春煊奉命前往狱中，向赵舒翘宣读诏书。默默听完，赵舒翘问道：“还有后旨没有？”“没有！”岑春煊答道。赵舒翘极有把握地说道：“肯定会有的。”此时，赵夫人插话道：“老爷，我们夫妇一场，共赴黄泉好了！一定再没有什么圣旨了。”说完，递给他一些毒药。赵舒翘吞服少许，下午三点依然亢奋，对家人细谈自己死后应该如何料理后事，没有一点中毒的反应。
前来看望的亲朋好友络绎不绝，一开始，岑春煊怕出意外，禁止亲友探望，但阻挡不住，只能顺其自然，渐渐地屋子挤满了人。赵对众人说：“我今日之境地，是受了刚毅的拖累！”岑春暄听他说话声音清晰有力，丝毫没有行将死亡的迹象，于是就命手下人给他吞服鸦片。五点的时候，赵舒翘依然没有即将死亡的迹象，岑遂命随从给他服砒霜，这回赵舒翘倒下了，满地翻滚，呼喊不止，用手捶打自己的胸，说他很难过。请求抚摩他的胸口，他体质强壮，意志坚定，到十一点依然坚持着。岑春暄非常着急，恐太后责问为何耽搁，只得问手下：“五点钟我就要去复命，可这人不肯死，你们看怎么办？”其随从建议，将纸在烧酒中浸一浸，拿出来堵住他的喉管，将其闷死。岑春暄只能让人照此去办，一共封了五次，赵舒翘才气绝。赵夫人悲痛难忍，含泪自尽。
直到最后，赵舒翘都不相信皇太后竟然要他死，因此，他没有服用足量毒药，希望能够撑到太后下旨将其赦免。
庄亲王？之死。庄亲王带着他的小妾和儿子到山西南部蒲州，居住在官署，等待太后下旨发落。凌晨时分，钦差大臣葛宝华奉诏，前来宣读赐其自尽的谕旨。刚一到，依照礼节，地方官放炮迎接。庄亲王听到炮竹之声，恼羞成怒，愤恨地质问侍从：凌晨时，放什么炮竹。他们答道：“钦差大臣驾到。”“他是为我而来的吗？”亲王问。“不，”他们回答说，“只是公务在身，从这儿路过。”钦差大人被请进来后，庄亲王不停询问朝廷之事，葛宝华均敷衍回答。寒暄了一会儿，葛宝华出堂巡看，发现房子后面有一座古庙，便选中一间，令左右在梁间悬帛，作为庄亲王自尽之处，后命令地方官派兵，维持秩序。准备妥当，他重返大堂，命令庄亲王跪听圣旨。庄亲王挺身说：“是要我的脑袋吗？”葛宝华没有回答，准备宣读圣旨，庄亲王只得恭敬地跪下听旨？。钦差宣读完毕，庄亲王慨然道：“自尽耳！我早知必死，恐怕老佛爷亦不能久活！”庄亲王说完，要求和亲人话别，钦差应允。
此时，他的小妾和儿子听闻这位钦差此行的目的，进了房中。他对其子注释：①庄亲王为努尔哈赤的嫡系子孙。②遵照大清律法，朝廷下旨，须跪地听旨。嘱咐道：“尔是大清朝臣子，必为国尽力，报效国家，是你的本分，你不要忘了！无论怎样，只要对国家有益，就是赴汤蹈火也要干。绝不能让洋鬼子占夺了祖宗留遗我们的锦绣河山！”其子闻之，痛哭流涕，泣不成声，他的小妾悲痛难忍，昏了过去。庄亲王无动于衷，问道：“死在何处？”钦差回答到：“劳驾您到屋后空房来。”庄亲王随他来到后屋，看到横梁上挂着的丝绳，说道：“阁下准备真是齐全啊，佩服，”说着以丝绳套头，踹倒凳子，数分钟后，气绝身亡。
英年之死。英年是一个彻头彻尾的懦夫。诏令颁布将其监禁西安当日，家人便离他而去，整个晚上他极度忧虑，哭得没完没了，向随从狠狠抱怨庆亲王竟不插手相救。第二天就是元旦，人人都忙着为春节做准备，没有人留意他，他又哭了一整天。午夜，哭声戛然而止，次日早晨，其仆人发现他趴在地上，脸上沾满泥土，已吞咽泥土，窒息而亡。下令其自尽的诏令还没有颁布，所以他的死讯压了二日，才上报岑府，由其禀告老佛爷。