有人曾提出这样的假说：百慕大三角区离赤道很近，距离赤道越近的地区，天气的变化就越剧烈。从北方吹来的冷空气同赤道的暖气流在百慕大三角地区相遇，因气压相差很大，所以容易形成飓风，在这样的条件下，即使是晴朗无云的极好天气，也会突然变坏而刮起飓风来，这种风云突变的天气是很难测到的。因此，航行到这里的船舶或飞机都会吃亏的。这种天气的变化往范围不大，如果在海面上发生，到达不了海岸就会消失，人们也就不容易发现。
还有人认为，这个地方还常常发生海龙卷，是一种灾害性天气，是由于冷、暖气流突然相遇，在强烈的阳光作用下形成的旋转气流，即旋风，强烈的旋风称为“龙卷风”。“龙卷风”发生在陆地上的叫陆龙卷，发生在海上的叫海龙卷。当船舶和飞机遇上龙卷风，自然就会被卷得无影无踪。一位曾在百慕大三角海区遇到过飓风的船长说：“当时，大海的面貌可以说是无法形容的。浪涛翻滚，您会遇到二、三十米高的水墙直挺挺地朝你倒下，也许船只被卷进大浪里，就再也挣扎不起来了。”这段描述说明了遇到飓风的可怕情景。
一位在百慕大三角海区失踪事件中侥幸生存的海员，也讲述了当时遇到风暴时的惊心动魄的情景：1973年3月，一艘排水量为13000吨的运煤船，航行至新泽西州麦因角岛东南150海里处失踪了。在救援搜寻中，于根尼角岛以东300海里处，发现了一个黑人海员骑在一块木板上漂流。这位海员叫斯坦因·加布里埃尔森。据他说，他们的船舶遇上了强大的风暴，舱盖被风掀掉了，海水涌满了货舱，仅仅5分钟以后，船就沉没了，除了这位黑人海员外，所有的人都葬身大海了。
根据上面二人的描述，估计只有海龙卷才会有这么巨大的破坏力。所以在海上航行的船舶，如果遇到海龙卷是难逃活命的。不过，这种灾害性天气毕竟是局部、短暂的，而且也不可能经常发生，何况飞机在高空飞行中，是海龙卷所不及的，如果将成百上千只船舶、飞机失踪的事件都归罪于恶劣天气，显然是缺乏说服力的。
还有人认为，在百慕大三角海区有反旋风和下沉的涡流，这也是导致船舶、飞机失事的因素。反旋风的顶部在海面的上空，是看不见的，它在水下部分会形成一个强有力的旋涡，船舶若是闯进旋涡中心，是很容易被卷进海底；飞机在空中遇到反旋风，飞行员就会偏离航线、迷失方向，可能在他还没有弄清楚发生了什么事的时候，就机毁人亡了。有一位水文学家说，波多黎各海岸在冬季北风强烈时期，由于内波的影响，从大海表面到海底能够产生一股强大的向下的海流，好似一条海下瀑布，这股海流的流速有时极快，就形成巨大的旋涡，像一个巨大的漏斗，会把经过这里的船只一下子吸进去。
还曾有人提出：百慕大三角海区发生的奇妙事件，可能是一种自然激光的把戏。
激光技术是本世纪六十年代发展起来的活跃的科学技术。激光是由发光物质原子里处在能量较高的轨道上的电子，在一定的外界入射光的刺激作用下，被迫跃迁到能量较低的轨道上，发出光来。通过刺激发射出来的光，就叫激光。激光虽然是一种光，但它与普通光截然不同，它有很多特性，例如，激光具有高亮度和高定向性，它可以把光能在时间和空间上高度地集中，从而产生高达几千万度以上的温度，能使任何一种物质在一瞬间化为一缕“青烟”。这是激光最大的威力。激光是从激光发射器中发射出来的。
这些人认为，百慕大三角海区，船舶、飞机失事经常发生在天气晴朗的时刻，是因为在万里无云的晴空，太阳是激光的强大辐射源；平静的海面和大气上层好似两面巨大的反射镜；高空的强烈气流起着操纵机构的作用，这些条件则构成了一个巨大的激光发射器，它可以射出巨大的激光束，产生强大的威力。激光辐射流可引起局部地区天气骤变，海面升起浓雾，海水翻腾，出现磁暴、无线电通讯受到严重干扰等现象，航行的船舶或飞机若是进到激光束中，就会被化作一缕青烟。
关于百慕大三角海区之谜，地球物理学家们也怀着极大的兴趣积极地探索着。有些地球物理学家认为，百慕大三角区奇异事件发生的原因与海底地形有关。他们设想该地区的海底，地壳可能有宽大的裂缝。由于地壳内部地心部分是熔热的液态岩浆，沉重的地核在液态岩浆里“漂浮”运动着。在太阳和月亮的引力作用下，地核往往会朝地壳薄弱的方向运动，以强大的压力将熔溶的岩浆压向地壳有裂缝或开口的地方，于是岩浆就从这些地方喷发出来，这就是火山爆发和造山运动。当地核退去后，地壳往往下陷，有时会产生“吸入作用”。如果海底地壳有裂缝或开口处，遇到上述情况，就会发生海底火山爆发或海啸。当地核退去时，大量海水会以很高的速度被吸进海底裂缝，于是就产生飓风和磁暴，这也许是使船舶飞机失事的一个因素。
有人认为，在海底地壳的裂缝中不断冒出大量的气体溶解于海水中，海洋底层含有大量气体的水被上层水沉沉地压着，就好像一瓶被盖子严严盖住的汽水。一旦海洋上层压力减水，就像把汽水瓶盖打开那样，下层水中的大量气体就拼命往上冲，因而升起浓浓的泡沫来，假如船只刚好通过泡沫最厉害的地区，就一定会在泡沫中下沉，当泡沫冲出海面，会形成茫茫的白雾，飞机飞进这样的白雾里，自然就会迷失方向，坠向大海。
关于地壳裂缝冒气的说法，并不能解释船舶与飞机上导航仪器失灵的现象，以及为何会有漂泊在海面上的空船。这或许只是导致百慕大三角区船舶、飞机失事的因素之一。
有些科学家充满自信地认为，使百慕大三角海区船舶及飞机神秘失踪的主要原因是次声的威力。
什么是次声呢?声音的产生是由于物体振动的结果，人们听到声音之所以会有高、低、尖、厚之分，是由于各类物体在单位时间里振动动次数、传出的声波长短不同的结果。在自然界里，声波的频率范围十分宽广，而人耳只能听到频率为20～20000赫兹／秒的声波，频率在20000赫兹／秒以上的声波为超声波（超声），一般情况下人耳是听不到的；频率低于20赫兹／秒以下的声音为次声波（次声），人耳也听不到。强烈的爆炸，火山爆发，强烈地震，风暴雷电等现象都可以产生次声。次声虽人耳听不到，但其振波却有极严重的破坏力。
1932年夏季，在北冰洋的一艘破坏船上，一位气象学者无意地把脸贴近一个探测气球，刹时间猛然使他耳朵感觉到一阵剧痛，这是由于从气球传来的次声的强烈振动造成的。1929年，英国一位物理学家给伦敦一家剧院设计安装了一只扩音器，在试用喇叭时，它发出了低而惊人的声音，使得剧院的门窗在簌簌地抖动起来，仿佛房屋要倒坍下来，这也是次声的威力。次声波强大的破坏力，足以使船身破碎、飞机解体，人员死亡。
次声波在空气中能以每小时1200公里的速度传播，在水中传播的速度是每小时6000公里，同时它具有传播几千公里而威力不减的特性，所以在风平浪静的海面上行驶的船只，如果遇到千里以外传来的次声波的袭击，就可能使船员惊慌失措，甚至强烈的振动会使人的精神失常，跳进大海而葬身鱼腹。这可能是海面出现空船的一个原因。
百慕大三角海区复杂的地形及特殊的自然环境，更增加了次声产生的次数和强度。在三角区的南头有地震活动带，波多黎各海岸附近的海底火山爆发、海浪、温度的波动等因素都是产生次声波的原因。
据勘查，百慕大三角海区的洋面下，有一股强大的海底河流，其流向同海面海流的方向恰好相反。另外，从南美洲东北部海面上吹来的暖流总是围绕着三角区内的马尾藻海打转，使这里的海水温度发生很大变化，这也都是使该区次声波加强的因素。
另外一个情况也极易产生次声，飞机航行在空中，最怕遇上“晴空湍流”，因为这是无法逃脱的致命危险。“晴空湍流”又称“气穴”或“气坑”。在阳光明媚的天气中，飞机能平稳地飞行，能见度也会很好，如果这时发现飞机突然剧烈颤动，猛然上升或下降几百米，这种突如其来的强烈气流常常伴随有次声的出现，这时次声就会像一把无形的利斧，把飞机劈得粉碎。
上述种种情况，充分说明次声不但破坏能力极强，而且许多因素都会促使次声的发生，因此，许多科学家断言，在揭开百慕大之谜时，也许可以证明，次声是使神秘事件产生的主要原因之一，这种假说的根据还是比较充分和有说服力的。
在百慕大三角区遇难的船舶和飞机，都出现过导航仪器失灵或罗盘指针大幅度摆动的情况，不少科学家自然地就提出是该地区磁异常造成的。
地球的磁场就好像在地球内部有一个巨大的想象中的磁体样，它也有两个磁极：地磁南极和地磁北极。地磁南北极的位置并非固定不变，它在不断地变化着。地磁南北极同地球南北极的位置也并不吻合，而是有个偏差的角度，也就是说，地理子午线同地磁子午线并不是重合的，它们之间的夹角叫磁偏角。磁偏角同海员或飞行员正确判断方位关系极大。当船舶和飞机航行时，用磁罗盘测到的是地磁方位角，所以必须知道当地磁偏角的数值，才能确定正确的方位，沿着正确的航线前进。
地球的80度经线恰好穿过“百慕大三角区”，而80度经线上的磁偏角是0°，这就是说，航行到这里的船舶、飞机上的磁罗盘指的是地理的正北方向，如果领航员不注意这一点，必然就会偏离航向若干度，同实际位置相差很大，也许会远离航线几百海里。因此，有的科学家认为，船舶与飞机常常在这里失事，与这一地区磁场特性有关。
还有一种说法认为，百慕大三角区海底有着巨大的复合动力源，能产生强大有磁力，使罗盘及仪器失灵。1943年，美国的一位裘萨博士曾经由海军协助配合，在百慕大三角区做过一次有关磁场的奇异实验：他用两台磁力发生机给停在船坞里的船加大几十倍的磁力，看它会发生什么现象。实验开始后，在船体周围立刻有绿色的烟雾出现，很快就使整个船体笼罩在绿雾之中。接着，船上的人员就消隐不见了。实验结束后，船上的人员似乎受到了强烈的刺激，有些人经过特殊的治疗，恢复了健康，有些人精神失常了，有些人甚至死亡了。此事后，裘萨博士也不晓得什么原因自杀了。他在临死前说，实验的事实与爱因斯坦的相对论有关，除了这句简短的、令人费解的话以外，他没有留下任何详细的论述，以致于使这次奇异实验本身又给人们留下了一个难解的疑团。
磁异常的另一种表现形式是磁暴。磁暴是当太阳突然喷出大量带电微粒进入地球大气层时，引起了电离层的变化，与此同时，还引起地球磁场强度及方向的急剧而不规则的变化，这种现象称为磁暴。磁暴发生时，会使无线电通讯中断，引起一系列的磁异常。因此有人认为，百慕大三角区船舶、飞机失事原因与磁异常有关。
总之，百慕大三角海区之谜，对于科学家来说，是一个现实的、重大的、具有魅力的课题。经过他们几十年来不懈的努力探索，已经获得许多重大的成果。当然，探索一个自然科学之谜并不是一帆风顺的，是要经过长期艰辛的努力，才能得出令人满意的结论来。
近年来，一些人对百慕大三角区之谜又提出了更富有幻想色彩的假说：船舶与飞机失踪事件是否是“飞碟”的恶作剧?
关于目击飞碟的第一次公开报道见于1947年，若从历史文献上查阅，则可追溯到十三世纪。然而，有关“百慕大三角区”船舶、飞机失事的记载，却要早得多，因此有些人极力否认飞碟与“百慕大三角区”之间有任何联系。可是，根据来自世界许多国家和地区目击飞碟的报道，人们可以发现，发生在美国的比较多，有几千件，其中以佛罗里研究室——巴哈马地区目击到的记录为最多（这正是百慕大三角海区），难道它同百慕大神秘事件是偶然的巧合吗?美国一位著名的天文学家M·K·杰塞普曾提出：“在百慕大三角区失踪的东西与人都是飞碟干的。”
1948年1月7日，美国的一架“野马式”战斗机在诺克斯堡追踪一个低空飞行的飞碟时，突然不明不白地解体粉碎了，碎片还没有拳头大。据说，在飞碟周围有阴极射线，由于飞机离它太近而掉进电离场解体的。1971年10月，美国的一架“星座号”飞机航行在巴哈马群岛附近，同一个飞碟相遇，结果也遭到了同样的命运。当时发出了一声巨响，并有极亮的闪光出现，把半边天都照亮了。美国“双子座”4号、“双子座”7号的宇航员在太空中航行时均曾发现过有飞碟在跟踪着他们。“阿波罗”12号飞船在飞到离地球20万公里的高空时，有两个飞碟一前一后地跟踪着。宇航员戈登说：“它们非常亮，好像在我们发信号。”这些现象不都是飞碟的蛛丝马迹吗?
如果“飞碟”的存在是事实的话，那么它们从何而来呢?是外太空的不速之客吗?当联系到百慕大三角区的奇异事件时，有人也曾提出过：“飞碟或许是来自海底。”它们这些富于幻想的说法倒也并非毫无根据，如1963年，在波多黎各东南部的海面下发现了一个不明真相的怪东西，以极高的速度在水面下潜行，当时，美国海军派了一艘驱逐舰和一艘潜艇去追踪，一直追了四天也没有追上，因为它有时可以钻到水下8千米深处，人们根本无法观察到它的真面目，只是看到它有一个螺旋桨。另外，西班牙沿岸采海绵的工人曾在海底看到过一个体积很大、圆顶透明的怪东西。这些海底的怪物是否就是人们目击到的飞碟呢?如果真是飞碟，那它们是从空中钻入海底暂时栖息隐蔽呢?还是在海底存在有飞碟的发射基地呢?这个基地是属于外太空人的呢?还是属于海底智能生物的呢?（有人提出，在海底世界生存有科学比人类还发达的智能生物，他们在海底生活了很久了。）尽管目前对这一连串的问题尚得不到肯定的答案，也许这种看法是极荒诞的，但是，我们不能否认，今天的科学技术条件，还不能使人类对占地球面积2／3的海洋深处的每个角落进行探测与了解，因此也必然会存在有许多令人茫然不解的秘密。
专吃飞机的“魔洞”
1969年7月30日，西班牙各家报纸都刊登了一条消息，国内一架“信天翁”式飞机，于29日15时50分左右在阿尔沃兰海域失踪。