《大乘起信论》将如来藏和阿赖耶识分为两截的观点，涉及佛学的根本问题，它的形成有着长期的深刻的历史背景。佛学的根本问题是众生如何成佛，这个问题的理论前提是众生成佛的根据在什么地方。印度大乘佛教的重要经典实际上都是围绕这些问题展开的。最早流行的《般若经》就根据佛教的“心性本净，客尘所染”的基本原理，提出了一切现象自性空，即“法性本净”的观点，以阐明众生如何由染转净，达到成佛境界的问题。但是，这种说法抽象空洞，很不具体，又只侧重于对外界事物即向外的认识，这样又出现了《涅槃经》，此经以“佛性如来藏”为主题，宣扬一切众生都有佛性和佛身常在的思想，也就是转而侧重于向内的认识了。后来又有《胜经》，以宣扬大乘佛教的“一乘真实”和“如来藏法身”为主题。此经把《般若经》和《涅槃经》两种不同说法综合起来，对《般若经》来讲，提出“如来藏智就是空性智”，对《涅槃经》来讲，提出“如来藏本身就是自性清净心”，用如来藏把两经沟通起来，兼顾向外和向内的认识，在思想上又向前发展了一步。但是，这种思想只讲众生如何成佛，如何由染转净，而没有同时着重讲众生的痛苦是怎样形成，妄染境界是如何生成的问题，也就是所谓只讲“还灭”，没有详论“流转”。这样又要求有能够解释流转的原理的佛典问世。于是又有《解深密经》出，此经没有讲如来藏，而是讲阿赖耶识和阿陀那识。“阿陀那”是执持的意思，表示有保持的作用。“阿赖耶”则是收藏的意思。阿陀那比阿赖耶具有更加能动的性质。《解深密经》提出阿陀那识是对阿赖耶识的补充，实际上阿陀那识和阿赖耶识是一个东西。以往佛典所讲的如来藏是众生具有的自性清净心，只是为烦恼隐覆不显，其本质是清净的，由此一切理论都是围绕“净法”、“还灭”来讲，而阿赖耶识或阿陀那识不同，是以杂染为本，由此一切理论都围绕“染法”、“生灭”来讲了。这样又出现了相异的立说。后来又出现《楞伽经》，对上述异说采取调和的立场，作出更高度的综合，提出了新的命题：“如来藏名识藏，与生识俱生”。这里的“如来藏”、“识藏”，与七识不同，都是指阿赖耶识，是同一个意义，说佛性用如来藏，说人心用识藏。也就是说，阿赖耶识和如来藏只是名称的不同，两者的体性、本质是一样的，都不仅有杂染，而且有清净，即有意把染净二说加以沟通，用来解释“心性本净，客尘所染”的原理，从中指出众生成佛的根据。经文指出，众生的流转生死，不得解脱，原因在于如来藏积集虚妄的习气。积集虚妄习气的如来藏识，也名“阿黎耶”（阿赖耶识）。同时，众生的流转现象也并非不能改变，众生能够成佛，这是由于阿赖耶识的自性即本质是清净的，这种清净自性就是成佛的根据。也惟其如此，阿赖耶识又可称为“如来藏”。众生的解脱道，不在于消灭如来藏或识藏，而在于使它日益清净，将它所有的虚妄习气涤除干净。但是，魏译《楞伽经》完全曲解了这一层意思，把连在一起的如来藏和阿黎耶分成了两截，改译为：“如来藏识不在阿黎耶识中，是故七种识有生有灭，如来藏识不生不灭。”这里，最重要的是，本来只说有一心，即一种自性清净的心，魏译本却说成为二心，即净心和染心了。《大乘起信论》正是继承了这种思想，也将如来藏和阿赖耶识分了家，即完全用染净二心之说来组织其理论体系，根本上改变了一心说。也就是将如来藏看成是阿赖耶识的“觉”的一方面而另立一个自体，强调离开妄念而自有其体。这样也就在生灭流转的根源问题上，以为生灭和如来藏无关，从而形成了与印度传统佛教迥然不同的新说。
《大乘起信论》的真如缘起论，在中国佛教的缘起学说中，蔚为壮观，影响深广。唐代许多宗派的学说，都和这种思想有关。天台宗和华严宗都是以真如缘起论为理论基础来建筑自身的哲学体系的。净土宗和密宗也含有真如缘起论的成分。至于禅宗的神秀一系（“息妄修心宗”）和洪州、荷泽等宗（“直显心性宗”）与真如缘起论也有极为密切的关系。唐代的天台、华严和禅诸宗都重视把握人本有的“真心”，提倡返本还源，这也是后来中国佛教思想发展的基本路子，并且深刻地影响了中国哲学的思想发展。华严宗兼禅宗学者宗密依据《大乘起信论》本觉是心体的观点，引申出了以知为心体的观念，心体就是心性，所谓以知为心体，就是心性本来是觉悟的，本觉真心，昭昭不昧，了了常知，是具足无量清净功德的。这个灵知不昧的观念也正是后来宋明理学和心学吸取佛教思想的最主要之点。
《大乘起信论》对于不变随缘的“心真如”的含义讲得并不十分清楚明确。从道理方面，它可以说是一种单纯的“理”性，从主观方面，又可以说是“心”体、心的本身。这样就真如和真如门、生灭门的关系来说，不仅真如门中有真如，生灭门中也有真如，真如和生灭究竟什么关系，也就是如来藏和无明乃至阿赖耶识究竟什么关系，都没有作出明确的解说。这也给后来中国佛教各派的思想发展带来了某些混乱、矛盾和分歧。
§§§第二节性具实相论
一、天台宗性具实相论的提出天台宗的缘起学说，从思想路线来看是继承真如缘起论，但在论述上又偏重于讲业感缘起，强调每个众生在一念中都存在一切现象、一切境界，并且由于业感缘起，以致有隐有显的不同。这种学说的实质是，强调一切现象、一切境界都存在于众生的一念之中，也就是说，在一念之中，一切现象、一切境界本来具有，本来如此，不需再有依持。这就是天台宗的独具特色的性具实相说。
天台宗创始人智，曾对南朝隋代的佛教各家学说作过一番抉择去取功夫。他晚年接触了地论师和摄论师，这两个学派都十分重视缘起学说，有着很不相同的缘起观。地论师以一切现象的自性（法性）为现象生起的依持，即以法性为现象的本原。摄论师则主张一切现象以阿赖耶识为依持，即以阿赖耶识为现象的种子或根源。智不赞成这两种缘起说，认为地论师以法性为一切现象的本原，是自己生起自己，而自生是不对的。摄论师以阿赖耶识为一切现象的本原，阿赖耶识在摄论师看来是杂染的，与清净的心性不同，对于清净的心性来说，阿赖耶识就成了“他”，而智认为他生也是不对的。智认为，这两种说法都是出于思拟推测，为了区别于这些缘起说，他提出了性具实相说。
所谓“性具”，性，指法性，也就是真如、本、理、体，性具也称“本具”、“理具”、“体具”，是说一切现象都是自然存在的，既非自生，也非他生。现象不仅是自然存在，而且不是单一的、孤立的存在，是互相联系作为整体而存在的。一切众生在一念之中都存在着一切现象。性具说的理论特征是，一切现象并非由法性随缘而生起，而是本来自然存在、完满具足的。也就是说，一切现象都是众生的心中本来具有的。智认为，一切现象当体就是实相（真实相状），现象虽然千差万别，但是都显示法性真如的本相。一切事物纯为实相，实相之外别无其他事物。现象即实体，两者无二无别。若果超绝于现象之外去求实体，必然堕于偏妄。
性具实相说是天台宗的中心理论。它的义理有密切联系的两个方面，即“一念三千”说和“圆融三谛”说。下面着重叙述一念三千说，圆融三谛说是一种观法，讲空、假、中三谛圆融无碍，主要是认识论问题，留在第十章再论。
二、一念三千说一念三千说是智根据天台宗先驱慧思的“十如”思想，再加以发挥而形成的。“十如”是“十如是”的简称。“如是”，是“是这样”的意思，不是“如此”（同这个一样）的意思。
十如是具体指相、性、体、力、作、因、缘、果、报和本末究竟十个方面。十如出自天台宗崇奉的《妙法莲华经》的《方便品》，经文说，“佛所成就第一希有难解之法，唯佛与佛乃能究尽诸法实相”，并对诸法实相列举了如是相、如是性、如是体、如是力、如是作、如是因、如是缘、如是果、如是报、如是本末究竟，认为佛所究尽的一切现象的真实相状就是这十项。由于经文都是用“如是”来形容这十项，又概括了一切现象的真相，因此慧思提出了一切现象有十如是的说法。十如的具体含义是：（1）相，相貌，表面所呈现的容易察别的形相。（2）性，性分，内在的不变的本性、本质。（3）体，体质，指众生具有的由前相、性合成的不同色身。（4）力，力用，功能。（5）作，作为，造作，构造。（6）因，业因，召未来果的直接原因。（7）缘，助因，间接的原因。（8）果，结果，从所习的因，得相应的果。（9）报，报果，报应，由前面的因所感的来世的报应。（10）本末究竟，“本”指初相，“末”指第九的报，“究竟”指所归趣处。本末究竟是指从本相到末报，凡夫和佛同样具足，究竟平等，没有差别，也就是一切众生都具十如是法，没有缺减。《法华经》和慧思把一切现象列入相、性、体等十种范畴之内，或者说以这十种范畴作为构成每一现象的成分、因素，这是富有理论意义的。这里所包含的现象与本质、体质与功用、原因与结果等范畴，也都有重要的认识论意义。
智在慧思的十如思想的基础上，形成“三千如”的观念。他从人本观点出发，以迷悟为尺度，将一切有情识生物分为凡、圣两大类，即六凡、四圣十个层次。六凡即六道，指天、人、阿修罗、畜生、饿鬼和地狱，四圣指三乘（声闻、缘觉、菩萨）和佛。智认为，每一有情众生主观所见的宇宙各不相同，佛所见不同于人所见，人所见也不同于鬼所见，由此而构成六道、四圣十种法界（十界）。再是，十界的地位不是固定不变的，是可以随缘示现或升沉的，也就是说，它们之间是互相蕴涵、互相转化的。如四圣中的最高的佛可以现身在六凡之中，变化为人、为鬼，六道中低级的地狱、饿鬼也可以经过修持向上达到佛的地位。
因此，每一界都具备其他九界的可能性，都蕴涵其余九界在内，这样，十界互具就构成百界。再分析百界的体性，基本上不外乎色、受、想、行、识“五蕴”，称为“五蕴世间”。进而由五蕴构成有情个体，称为“有情世间”。有情个体还有居住的环境即山河大地，称为“器世间”。这样又都有三种世间。百界各具备三种世间，共有三百之数。十如和三百界相配合，成为“三千如”。“三千”是形容整体宇宙的名词，不能拘于三千名目的数量。“三千”就是指世界的一切万有，森然罗布，千差万别，无边无量，是现象的总和，和“万法”、“诸法”的意义相同。因为显示一切万有的别（十法界）、总（三世间）、事（十如中的前九如）、理（十如中的最后一如）的圆融无碍，而称为“三千”。
智认为，整体的宇宙相貌即“三千”的实相就存在于一念之中，谓之“一念三千”。所谓一念，也称“一心”，指心念活动的短暂时刻。一念三千就是宇宙的相貌念念具备在众生的日常心思中。智说：
夫一心具十法界，一法界又具十法界，百法界。一界具三十种世间，百法界即具三千种世间。此三千在一念心。若心无而已，介尔有心，即具三千。亦不言一心在前，一切法在后，亦不言一切法在前，一心在后。……若从一心生一切法者，此则是纵；若心一时含一切法者，此则是横。纵亦不可，横亦不可。祗心是一切法，一切法是心。故非纵非横，非一非异，玄妙深绝，非识所识，非言所言。（《摩诃止观》卷五上）“介尔”，一点点。这是说，众生一念心，即一刹那的心中就具有三千性相。万有森然具备，并非另有本原。心就是一切现象，一切现象就是心。现前生起的一念，必属于十界中的一界，由此也就具百界、三百界乃至三千界。在介尔的细心中，一念动处，就是宇宙的整体。
如见一花开知天下春，睹一叶落知天下秋。在智看来，所谓六凡、四圣乃至整个宇宙，都不过是介尔一念心的产物。介尔一念心就是一切，没有介尔一念心也就没有一切。
按照一念三千的理论，众生一念心中，万有森然具备，这是宇宙一切现象本来如此，无须另有依持的。三千种世间的当体和所有性能也都自然圆融具足。天台宗人由此出发，进而宣扬“性具善恶”说。既然一切众生无一不具三千，那么，善恶染净都可视为天然的性德，性不仅有善、有净，还有恶、有染，性是涵具善恶、染净的。四圣、六凡同具善、恶二性，佛并不断性恶，但是断绝恶行。一阐提并不断性善，但是断绝善行。天台宗的这种理论又和禅宗、华严宗的性善说的主张形成了对立。
天台宗的性具实相说，把“三千”归于“一念心”、“一心”的生起和所具有，一心就具有一切现象及其实相的起源的意义。天台宗所讲的一心是一切众生共有的、共同的。虽然不同众生的一念心有时所生起的现象、境界各有区别，或隐或显，各不相同，但是都可以也能够生起三千界，圆满具足森罗万象，即一心能够生起的内容是共同的。众生的心通过圆融空、假、中三谛而把握一切现象的实相，也就把握了真如（真理）。实相、真如又有本体的意义，这样众生的一心又和真如、实相即本体相通。可见，天台宗的缘起论和世界观是有其理论特色的。
§§§第三节法界缘起论
一、华严宗法界缘起论的提出法界缘起论是华严宗的基本理论。所谓“法界”，“法”，事物；“界”，分界、类别。融摄一切万物称为“法界”。“界”也指原因、体性。“法界”指事物的本相——真如、实相。华严宗人通常是在万物的本原、本体和众生具有的佛性的意义上使用法界这个名词的，认为法界就是真如、实相，更严格地说就是“如来藏自性清净心”。所谓“法界缘起”，是说世间和出世间的一切现象，都由如来藏自性清净心生起，也就是由先天的真如法性生起，由此也称为“性起缘起”。法界缘起现象在如来藏自性清净心的共同作用下，互为因果，相资相待，彼中有此，此中有彼，彼即是此，此即是彼，相即相入，圆融无碍，处于“重重无尽”的联系之中，由此又称为“无尽缘起”。
华严宗人是怎样提出法界缘起论的呢？
华严宗崇奉的《华严经》描述了释迦牟尼在菩提树下证悟的境界，说在释迦牟尼的心中，一切万有无不印现，即不仅能现出森罗万象，而且连所谓地狱、天堂乃至十方诸佛世界，都能一时印现出来。不仅能印现一切万有的现在相状，而且也能印现过去和未来的相状。总之，所有时间和空间的、世间和出世间的一切无尽无量的现象都能印现出来。华严宗由此进一步推论，世界的一切现象是无限广大又互相包容、有个体区分又相互贯通的整体。华严宗人的立宗意图，在于统一当时各宗各派的新旧异说，以别树一帜，因此，十分赞赏《华严经》的“无尽圆融”的理论，并以此为主导，吸取《大乘起信论》的真如缘起说，以及天台宗、法相唯识宗的某些见解，构筑了法界缘起论的思想体系。