我国科技经费的投入，政府占主导地位，政府R&D经费投入一直在60%左右，而在美日等经济发达国家企业才是R&D活动的主要投资者。现在美国R&D经费的一半来自工业界。韩国过去政府投资占大多数，近10多年来出现大逆转，目前政府投资下降到了16%-18%，而民间投资占压倒多数，高达80%以上。日本政府R&D投入和韩国相当，为18.4%。再者，我国R&D经费的55%左右分配给政府R&D机构，仅30%左右分配给企业。以上对比表明，发达国家企业R&D机构，既是R&D资金的主要投入者，又是R&D活动的主要承担者，而我国正相反。
（三）技术创新主体错位
技术创新主体是指参与技术创新活动过程，并在技术创新活动中占地位，发挥主导作用的社会组织或社会角色。从社会范围看，企业和企业外的研究开发机构，谁是技术创新主体，关键看技术创新的活动经费来源、使用和成果产出的分布是在企业以外的科研机构，还是在企业。前面的分析已经说明，在美、日等西方国家，技术创新的主体是企业，而不是政府研究开发机构。而在我国，作为技术创新的主体是企业外的科研机构包括大专院校的科研机构和政府办的科研机构，并不是企业。这种技术创新主体的错位有如下弊端：第一，技术创新的成果市场适应性较弱，有闭门造车之嫌；第二，科技成果的推广费用成本高，使其难以推广；第三，技术创新经费紧张，束缚了技术创新的进一步发展。
（四）科技创新缺乏激励机制
关于科技创新的动力，自熊彼特以来，先后提出以下几种模式：
（1）技术推进模式，熊彼特认为科学技术的重大突破会引起技术创新，科技创新的动因在于科技的发展；（2）市场拉引模式，此模式认为技术创新起源于市场需求，市场需求是拉引技术创新的主要动力；（3）技术推进——市场拉引综合模式，这一模式综合了前两种模式的优点，强调二者的配合与协调，认为主体互相依赖、互相作用推动了技术创新。（4）N-R主导模式，日本学者斋藤优认为，技术创新的起因在于市场需求（Need）和社会资源（Resources）的矛盾或瓶颈。这一模式和市场拉引模式有一个共同点，即都从市场需求入手，认为技术是对提供市场需求的一种适应。以上诸多模式表明，在市场经济条件下科技发展一定不能忽略市场需求，市场经济中的任何市场主体是以经济利益为目的的，是以投资和回报为价值利益准则的，利益动机是市场经济中任何市场主体行为的基本动机，缺乏市场利益的技术创新是缺乏激励功能的。在我国，由于长期以来没有把科研工作建立在市场机制的基础上，缺乏激励机制。
（五）科技成果缺乏保护机制和转化机制
在科研成果的保护方面，从事科技活动的科技主体，必然都要求对其科研成果作出法律和制度上的保护规定并予以严格的实施。
我国虽然已有知识产权法，但执行不严，对违法行为打击不力，尚缺乏一套有效的保护机制。有些地方政府搞地方保护主义，对违反知识产权的活动，要么知情不报，要么公开支持，增加了执法难度。
在科研成果的转化方面，企业作为技术创新的主体，其科研成果的转化无中介、成本低，容易收到好的效果。但作为企业外的科研机构和个人的科研成果要转化为生产力就必须寻找科研成果的需求者。由于我国目前没有集中而稳定的科研成果转化市场，大量的科研成果难以转化为生产力，每年有大量的具有价值的科研成果变成了无价值的知识沉淀。
（六）基础研究与应用研究结构不合理
基础科学技术研究是应用科学技术研究的前提和必要准备，基础科学技术研究的重大突破会引起一系列应用科学技术的开发研究。一般来说，这两者是倒金字塔的关系，基础科学技术处于底部，应用科学技术位于顶部，且要求基础科学技术研究与应用科学技术研究形成合理的对应关系。然而我国目前的基础科学技术研究和应用科学技术研究呈正金字塔结构，基础科学技术研究较多，应用科学技术研究较少，并出现基础科学技术研究与应用科学技术研究脱节的问题。
以上问题归结到一点，就是传统的科研体制造成了科技的非市场化。因此，必须加大科技体制改革的力度，加速科技走向市场。
三、科学技术是第一生产力理论在实践中的新发展
1989年，江泽民出任中共中央总书记后，认真贯彻邓小平关于科学技术是第一生产力的论断，把科技问题放在突出的地位。在领导社会主义现代化建设的实践中，江泽民不断根据世界新科技革命的成就与趋势，并结合中国的实际情况，作出许多深刻的理论阐述，使科学技术是第一生产力的理论得到了进一步的发展。
（一）高度评价科学技术是第一生产力的理论，要求全党认真学习贯彻
江泽民对邓小平科学技术是第一生产力的论断作出了高度的评价，确定了这一理论在建设有中国特色社会主义理论体系中和马克思主义发展史上应有的重要的地位。江泽民指出：“邓小平同志建设有中国特色社会主义的理论，强调社会主义的根本任务是解放和发展生产力。邓小平同志正是从这一高度，通过对当代社会生产力发展规律的科学认识和时代特征的准确把握，提出了科学技术是第一生产力的英明论断。邓小平同志对科学技术的社会功能、地位与作用、发展方向、基本任务、战略重点、体制改革、对外开放、人才培养等进行了全面、科学的论述，形成了我国新时期科技工作的指导思想。科学技术是第一生产力的论断，是他科技思想的精髓，是建设有中国特色社会主义理论的重要组成部分，是对马克思主义科技学说和生产力理论的创造性发展。”（《在全国科学技术大会上的讲话》，《人民日报》1995年6月5日），江泽民要求“全党同志，特别是各级领导干部要牢固树立科学技术是第一生产力的思想。要深刻理解科学技术是第一生产力这个马克思主义观点。”（《高度重视和大力发展科学技术》，《人民日报》1991年8月9日）江泽民还提出，在学习这一理论的同时，要把发展科学技术的工作切实做好。他说：“各级党委和政府要真正重视和切实加强科技工作，把科技工作摆上议事日程。……真正把发展科技放在经济和社会发展的关键地位。”（《高度重视和大力发展科学技术》，《人民日报》1991年8月9日）他强调，为了加强对科技工作的领导，“党政第一把手都要亲自抓第一生产力。”（《在全国科学技术大会上的讲话》，《人民日报》1995年6月5日）这一要求使我国上上下下形成了“第一把手抓第一生产力”的大好局面。
（二）确立科教兴国战略，制定一系列发展科学技术和教育的方针政策
以江泽民为核心的党中央，认真学习贯彻邓小平提出的科技与教育必须并重的思想，进一步制定了科教兴国的战略。1993年5月12日，国务院召开全国科技工作会议，朱镕基作了《加快经济发展关键要靠科技进步》的讲话。《讲话》提出90年代我国科技发展的基本任务，“以经济建设为中心，加快科技体制改革步伐，逐步建立起适应和促进社会主义市场经济发展、符合科技发展规律的新型科技体制和运行机制，充分发挥科技第一生产力的作用，为国民经济登上一个新台阶提供强有力的支撑，为下个世纪初把我国建设成科技和经济强国奠定坚实的基础。”1995年5月6日，中共中央、国务院作出了《关于加速科学技术进步的决定》。《决定》第一次提出了科教兴国战略，包含11个方面的内容：（1）全面落实科学技术是第一生产力的思想；（2）大力推进农业和农村科技进步；（3）依靠科技进步提高工业增长的质量和效益；（4）发展高技术及其产业；（5）推动社会发展领域的科技进步；（6）切实加强基础性研究；（7）深化科技体制改革，建立适应社会主义市场经济体制和科技自身发展规律的新型科技体制；（8）建设高水平的科技队伍，提高全民族科技文化素质；（9）多渠道、多层次地增加科技投入；（10）进一步扩大对外开放，广泛开展国际科技合作与交流；（11）切实加强党和政府对科技工作的领导。5月26日，由党中央、国务院召开的全国科学技术大会在北京隆重开幕。这是一次具有历史意义的盛会，是动员全党、全国人民贯彻《决定》精神、在全国实施科教兴国战略的大会，是向世界科技革命进军、向社会主义现代化进军的动员大会。会议期间，江泽民发表了重要讲话，李鹏作了主体讲话，朱镕基作了重要报告。
1996年3月17日，八届人大四次会议批准了《国民经济和社会发展“九五”计划和2010年远景目标纲要》，对实施科教兴国战略作了阐述，提出了加速科技进步的6条具体措施：（l）加强农业科学研究和技术开发；（2）提高产业技术开发创新能力，加大产品开发力度；（3）积极发展高技术及其产业；（4）加强社会发展重点领域的科学研究与技术开发；（5）加强基础性科学研究和科研基础设施建设；（6）加大科技体制改革力度，加快改革和建立科研、开发、生产、营销紧密结合的机制。
党的十五大报告对实施科教兴国战略进一步作了深刻的阐述，“科学技术是第一生产力，科技进步是经济发展的决定性因素。要充分估量未来科学技术特别是高技术发展对综合国力、社会经济结构和人民生活的巨大影响，把加速科技进步放在经济社会发展的关键地位，使经济建设真正转到依靠科技进步和提高劳动者素质的轨道上来。要从国家长远目标出发，制定中长期科学发展规划，统观全局，突出重点，有所为、有所不为，加强基础性研究和高技术研究，加快实现高技术产业化。强化应用技术的开发和推广，促进科技成果向现实生产力转化，集中力量解决经济社会发展的重大和关键技术问题。有重点有选择地引进先进技术，增强自主创新能力。我国是发展中国家，应该更加重视运用最新技术成果，实现技术发展的跨越。”
制定和实施科教兴国战略，是邓小平科技和教育都是第一位发展战略的思路的完美体现。江泽民指出：“党中央、国务院决定在全国实施科教兴国战略，是总结历史经验和根据我国现实情况所作出的重大部署。没有强大的科技实力，就没有社会主义的现代化。科教兴国，是指全面落实科学技术是第一生产力的思想，坚持教育为本，把科技和教育摆在经济、社会发展的重要位置，增强国家的科技实力及向现实生产力转化的能力，提高全民族的科技文化素质，把经济建设转移到依靠科技进步和提高劳动者素质的轨道上来，加速实现国家的繁荣强盛。”（《在全国科学技术大会上的讲话》，《人民日报》1995年6月5日）“实施科教兴国战略，把社会主义与现代科学技术紧密地结合起来，对于加快我国现代化建设步伐具有重大而深远的意义。”