很多神秘动物专家、生物学家以及地质学家对尼斯湖的不明生物有着多种解释。很多人认为这可能是一种之前没被人发现的史前遗兽。这种情况在过去也曾发生过，人们曾经在海洋和陆地上发现了好几种曾认为是很早就已经灭绝的古代生物。
但是尼斯湖“水怪”是史前遗兽的学说有一些很难解释通的地方。这是因为，地质学家对尼斯湖的地质起源进行了研究，发现尼斯湖处于两个地质断层之间，历经几次冰河时期的侵蚀才慢慢形成湖泊，每次的侵蚀都使湖变得更深一些，后来与大海相通，最终形成了尼斯湖。
地质学家认为，尼斯湖在每次冰河时期，都被厚厚的冰层覆盖，表层完全冻结。这样寒冷的条件，大型动物只有温血哺乳动物有可能生存下来，而蛇颈龙是冷血动物，在尼斯湖生存下来的可能性非常小。
另外，尼斯湖的湖水非常浑浊，水中光线不足。因此尼斯湖中的生物并不多，大型动物能在这种环境下获取足够的食物以保证繁衍吗?
还有一种解释，“水怪”是尼斯湖的另一种大型鱼类——鲑鱼，最大的鲑鱼个体可长达4～5英尺(12～15米)长。也有可能是从海洋中偶尔逆水而上的鲟鱼或鳗鱼，这些鱼类的个体也很大。
但目击者不接受这些解释，他们坚信他们看到的不是这些鱼类——这些鱼类的外形与他们所见到的“水怪”外形相差太大。
1981年，在尼斯湖水深超过213米的地方，竟然发现了北极嘉鱼的踪影。据此人们心中不免产生疑问：是否有可能还有其他未知生物生存于湖底呢?
还有一些科学家们表示，所谓的“水怪”，其实只是几条生长在湖中的百年老鳗鱼。
科学家们依据拍摄到的“水怪”影片，以及对湖中生态的判断，所谓的尼斯湖“水怪”，实际上是好几条七八米长的老鳗鱼，年纪大概超过了100岁。这些住在尼斯湖里的鳗鱼，通常长到10岁大就会游进大西洋，游到美国佛罗里达州产卵，然后老死。但是有些鳗鱼因为没有繁殖能力，于是就留在尼斯湖中，加上没有任何天敌，鳗鱼越长越大，就成了大家眼里的“水怪”。
1982年5月，工程师罗伯特·克雷格在英国《新科学家》杂志上撰文称：“尼斯湖‘水怪’并不是动物，而是古代的松树。他说，一万多年前，尼斯湖附近长着许多松树。冰期结束时，由于冰雪融化，湖水上涨，许多松树深埋湖底。后来因为树干内的树脂排到表面，使树内产生的气体排不出来，于是这些松树有时就会浮上水面。它们在水面上释放出一些气体后又沉入水底。这在远处的人看来，就像是‘水怪’的头颈和身体。”
但这种观点无法使那些声称亲眼目睹了“水怪”的人们信服。而且在20世纪70年代，人们几次拍下了水怪的照片。因此仍然有很多人相信尼斯湖中确实有“水怪”。
尼斯湖“水怪”究竟是什么?是鲟鱼，是史前动物，还是外星生物?
一位名叫谢恩的研究者曾经宣称，这个困扰世人的苏格兰之谜可能什么也不是，只是湖面下的暗流而已。
为了对世人所称的尼斯湖“水怪”之谜做出科学解释，25年来，谢恩一直在测量尼斯湖的水温，探究其潮汐模式。谢恩解释，尼斯湖的狭长形状及迎着西南风的位置是产生暗流的原因。
他认为，“水怪”很可能只是大范围的湖下暗流。他已经建立了一套激光驱动的装置来向人们再现这一潮汐现象。1993年，谢恩还曾提出尼斯湖“水怪”只是一条大鱼之说，并向湖中放养了一条波罗的海鲟鱼以做试验。
但是一位叫卡麦隆的目击者却坚称，他在1965年的一个夜晚看到的“怪物”绝不是谢恩所述的鲟鱼或潮汐现象。
卡麦隆说：“我看到的那个庞然大物肯定长有像脑袋那样的东西。”
卡麦隆的陈述得到了其他七名目击者的认同。卡麦隆称这头“怪物”浮出水面达50分钟之久，也是史载最长的一次目击。