这个时期，能与主上对话的，除中川宫之外，还有德大寺内大臣公纯、近卫前关白忠熙，其子左大臣忠房、二条右大臣齐敬，加上守护职松平容保等人。接到命令的松平容保立即与所司代稻叶长门守正邦一起率兵入宫。同时，宣萨摩、因幡、备前、米泽、阿波等诸侯入宫，命其加固九门防卫。之后，又通过中川宫请主上深夜出宫，当场举行了隆重的圣旨宣读仪式。至此，一切得以正式确定下来。
时下，议奏、国事官等人不时为长藩谬论误导，违背圣旨之行不在少数。此番大和行幸，虽圣意以为时机未至，然竟篡意公布，实乃长藩之一大阴谋。议奏、国事官之不忠之言早已不绝于耳。究圣意之源乃在攘夷，其志始终未变，故决定借此时机推迟大和行幸之事。三条实美等人之罪责应追加处罚，特命禁止外出及与他人会面。
如果将此次政变看作是世俗间的斗争，那么，天真地认定亲征已经成功的攘夷派最终被人干净利索地解决掉了。究其原因，在于他们过度迂腐，未能深刻理解主上的立场。但到底有多少人能够意识到这一点呢？
总之，政局由此在一夜之间急转直下，长州派与萨摩派的地位也马上发生了一百八十度的大转变。
与三条实美交往甚密的三条西中纳言季知、东久世少将通禧、壬生修理权大夫基修、四条侍从隆歌、锦小路右马头赖德、泽主水宣嘉等人被严禁入宫，此外，被禁入宫的公卿达到了21人。
国事参政、寄人也纷纷遭到免职，这些人最终不约而同地聚集到了鹰司关白府。
新近担任堺御门守卫的萨摩兵与刚被赶出御门而进入鹰司府的长州兵之间仅隔着50米的距离对峙着。每人的脸上都是杀气腾腾，冲突似乎一触即发。深受其苦的不只是百姓，周边的公卿堂上也纷纷携家带口四处避难，其混乱情景难以言状。
于是，朝廷速派柳原中纳言光爱为敕使前往长州藩邸，对其好言安慰，劝其立即撤兵。同时，又派清水谷宰相中将公正前往鹰司府，命府中之人即速解散。
听从清水谷中将之言离开鹰司府回到自己家中的，仅有丰冈大藏卿随资、日野大纳言资宗等8人，而三条、三条西、东久世、四条、壬生、泽、锦小路等七卿，最终违背了朝命。
聚集在此的长州藩人马，以及诸藩的志士，可不是那么容易散去的。
“吾等忠心无二。这一定是主上身边的奸侫与萨摩的圈套！”
“对呀！要是这么撤退，那迄今为止的努力就全泡汤了。应该从这里打破御门，强行上诉！”
“不行，这样欠妥。不如拥戴关白入宫……”
“可关白已经不在这里了。那就让三条公率亲兵强行闯过御门。要是不向主上奏明忠心，吾等死不瞑目！”
就在此时，毛利岐守元纯和吉川监物经干从长州藩邸赶来，提议姑且从这里撤往妙法院，再从长计议。
萨长两藩的士兵正在怒目相视。由于解散的敕命已经下达，若在此挑起事端，
寄人：皇宫中“御歌所”的职员。
向宫廷开枪，那将成为朝廷的死敌。或许，这正是对手设下的圈套。因此，必须避免冲突的发生……最终，众人在劝说之下撤往了妙法院。
这是此时最好的选择。
但以三条为代表的七卿不忍抛下激昂的人们单独行动，于是也同大家一起去往了妙法院。
除毛利岐守元纯、吉川监物经干、益田右卫门3位毛利家重臣之外，一行人中包括了长州的久坂玄瑞（义助）佐佐木男也，久留米的真木和泉、水野丹后、渊上郁太郎，土佐的土方楠左卫门、清冈半四郎、南部辰卫、伊藤甲之助、岛村左传次，肥后的宫部鼎藏，萨摩的美玉三平等各地的志士。
进入妙法院后，他们在三条实美和三条西季知的主持下开始商议军情……
事实上，此时几乎所有志士的想法，都是不惜在京城一战……