首先，应用历史学和宗教学相结合的方法，即上述之“作为宗教学家的同时还须成为历史学家”。具体到本文而言，那就是传统的一般思想史的写法：既忠实地按照历史文献(宝卷)来还原(明清民间宗教)思想史的历程，同时也要对这些(宗教)思想作出“历史”的评价，从而重建和再现明清民间宗教之宗教思想的思路及其变化发展的实态相。这也就是葛兆光所讲的所谓“确立事实”、“真理评价”、“追踪旅行”参见葛兆光《中国思想史——导论：思想史的写法》，复旦大学出版社，2001年，第51-66页。。那么，宗教或曰宗教学的观点和方法，这亦是本文最基本的观点和方法。宗教是什么？其又是如何产生的？等诸如此类的一系列之问题，恐怕是任何一个承认有宗教这种现象存在的人(事实上也没有或不可能有不承认宗教现象存在之人，只是其对宗教有不同之认识罢了)都极其关注的。但迄今为止，对宗教的定义却是众说纷纭，见仁见智。鉴于宗教现象的特殊性、复杂性，对宗教的研究无论从何种角度亦无可厚非。可若要真正透过那些纷繁复杂的现象，去把握宗教的本质，则应从宗教的本来意义上亦即从宗教的宗教意义上去理解和研究，方能获得预期的结果。因为，我们尽可以认为宗教具有哲学功能、文化功能、艺术功能、伦理道德功能，从而去探求出其中所富含的各种意义；但宗教之所以为宗教，就在于其宗教的功能，所有上述之诸多功能，充其量只是宗教的附加功能而已，离开了宗教这一核心功能，便不可构成真正意义上的宗教。譬如，在研究宗教史时，那些从哲学的、文化的、思想的(非宗教的)、艺术的等视角所书写的宗教(思想)史，亦充其量只能唤作宗教的哲学史、宗教的文化史、宗教的思想史、宗教的艺术史，却不能称为宗教的宗教史或曰宗教思想史。正是基于此，本文试图以现代宗教学理论为主，从宗教的视角并结合传统的思想史的历史叙事方法，来论述明清时期中国社会中民间宗教的宗教思想以及与“制度性宗教”间的“互动”的轨迹和并由此而产生的影响与结果，进而实现——以明清民间宗教的神灵思想研究而展开的、作为一部真正意义上的中国宗教的社会思想史的重要部分——这一探索性的“新尝试”。
其次，哲学的观点即辩证的观点，亦是最重要的方法论之一。对于本文而言，所重点关注的，主要就是那些存在于所谓“下层社会”的“民间宗教”形式及其思想内涵；同时亦包括那些“制度性的宗教”(儒、释、道等)。对此，所能够采用的史料，最主要的便是那些民间宗教教派的经卷——宝卷。尽管一般会有这样的认识：即一切史料，其实都是“残片”。但对这些史料施以客观的、辩证的分析却显得至关重要，诚如陈寅恪先生所言：“吾人今日可依据之材料，仅为当时所遗存最小之一部，欲藉此残余断片，以窥测其全部结构，必须备艺术家欣赏古代绘画雕刻之眼光及精神，然后古人立说之用意及对象，始可以真了解。”陈寅恪《冯友兰〈中国哲学史〉(上册)审查报告》，《金明馆丛稿二编》，上海古籍出版社，1980年，第247页。而之所以选择宝卷等资料来作为研究对象，乃是由于其所具有的原始性和一定程度上的真实性。尽管其年代距今似略为久远，但通过对其进行认真的研读，亦可探得是时该宗教派别之宗教活动状况及其思想在社会中发展变化的一般规律。至于明清时期之官方的档案馆藏文件和记录以及某些正史史料，当然也要借鉴，只不过是作为补充和旁证罢了，因为民间宗教所处之地位的尴尬，所以你能从那些官修之文献“史料”中看到的，无非是“邪教”、“匪徒”等诸如此类的“蔑称”和“咒语”，哪里还会发现历史的真实。鲁迅就早已认识道：“历史上都写着中国的灵魂，指示着将来的命运，只因为涂饰太厚，废话太多，所以很不容易察出底细来。正如通过密叶投射在莓苔上面的月光，只看见点点的碎影。但如看野史和杂记，可更容易了然了，因为他们究竟不必太摆史官的架子。”鲁迅《华盖集·忽然想到·四》，《鲁迅全集》第三卷，人民文学出版社，2005年，第17页。那么，在对宗教作所谓“共时性”研究即指出其对人类及社会之意义时，利用哲学的方法，进行辩证的分析和概括就显得更加重要了。当然，在对这些历史的“碎片”的客观辩证分析的基础上，进行一番“艺术性的再创作”，提出一些合理的、能够自洽的论点和解释，绝非是随意的“狡辩”和牵强附会，更不是要以论代史，恰恰相反，它要求我们要更加注重史料的运用和考辨。
此外，人类学的方法即所谓“田野调查”的方法亦为不可或缺。因为光凭历史文献资料实是略嫌羸弱。就那些关涉到“非制度性宗教”之资料而言，似乎并非只是所谓“官修”之类的不可靠，而那些野史杂记中所言亦未必完全真实。由此，若是通过在“田野”中的实际调查，而能够获得某些“第一手”的材料的话，就自然会弥补文献资料的缺陷与不足。可遗憾的是，由于多方面的原因，本文似不可能进行完全意义上的人类学“田野调查”，只能是以主动的文献资料权当做一块“肥沃的田野”，而于此作一番深入而细致的所谓“文化人类学”的“田野调查”，但愿她会成为一片“希望的田野”。
总而言之，宗教虽然是人类及其社会中的最为古老的现象，人类对其的“真正”意义(即作为一门科学)上的认识，却是为时甚短，于中国则更是起步。本文作为一种新的探索性的“尝试”，单就方法论而言，实非是“空中楼阁”、“无源之水”，无疑其是在国内外前哲和时贤的基础上的学习和运用，其成功与否，当由实践之结果来检验。而且，不同的方法亦可获得相同之结果，所谓“殊途同归”即是如此。
尽管如此，仍须指出的是本文所存在的不足和缺陷(遗憾)，其具体表现在：
首先，宗教学理论以及中国宗教史(包括思想史)和社会史研究理论和方法论上的本土化，乃是中国学者多年来一直不断讨论和实践探索的课题，迄今仍未能取得重大突破，本文亦只是一种探索性的尝试，或许在一定程度上能够起到抛砖引玉的作用，亦仅此而已。
其次，民间社会中的宝卷资料虽瀚如烟海，但却是非常的零碎和稀缺，加之其所处之地位的“特殊性”以及其在传抄过程中的以讹传讹，因此在征引时须仔细把梳，精心录校；同时就明清时期民间宗教的专门研究，海内外相关论著可谓是汗牛充栋，认真拜读前贤们的丰硕成果，亦颇费时间，而凡是相关的参考文献，我都千方百计地通过各种渠道获得，若于文章中引用，必定会加以注明，此行既是为了恪守学术规范，同时亦是对前人辛勤劳动的敬佩和尊重。然所有的这一切，概限于客观环境状况及本人自身之学术视野，难免挂一漏万，实不可能做到巨细无遗。
最后，也是最为遗憾的是，对于明清时期中国民间宗教及其思想的研究，实应有一个跨文化的比较研究，实在没有，即使是同一文化背景下的不同宗教间的比较亦不无益处。正是基于此，本文尽量将明清民间宗教及其思想的发展状况和基本态势置于“儒、释、道”三教(特别是佛、道教)的宗教大背景下，进行对比和系统研究，同时也力图列入是时更多的民间宗教教派以作横向比较和佐证，这也只是权宜之计。
总之，随着社会的不断发展，人类会对自然和自身的认识愈来愈深入和细化，对宗教这一独特的社会现象的认识和研究也会愈来愈走向自觉和理性。而在中国社会的宗教特别是所谓“民间宗教”的研究中，特别要记得牟钟鉴先生所讲的去破除两个预设：即“迷信”和“邪教”，唯其如此，方可在宗教研究中取得丰富的成果。
2.创新之处
(1)研究内容方面。如题目所示，本书虽名为《明清民间宗教思想研究》，但却不是如以往的研究(尽管较少)那样，只是从哲学的、通俗的角度对民间宗教而作的一般性的思想研究，而是对明清民间宗教的宗教思想的系统的、专门性的研究。为此，文章特别以鲜为人涉猎的明清民间宗教的神灵观为中心，以神灵谱系、神话理论、救赎观念和伦理思想的逻辑的历史的发展顺序，而依次展开了对明清民间宗教之宗教思想的深入和细致的分析与研究。因而，既为中国宗教(特别是民间宗教)的思想研究增添了新的视野和内容，同时也在一定意义上为颇显薄弱的中国宗教(包括民间宗教)神灵(学)思想的系统和专门研究填补了空白。具体而言，就是在第一章中通过对从未有过深入系统研究的明清民间宗教的神灵谱系的研究，批判了那种认为民间宗教的神灵谱系“随意拼凑”、没有研究价值的错误认识，从而得出了其具有统摄和包容其他宗教，进而达到“万教归一”之宗教目的的新的结论；第二章则在对明清民间宗教的神话思想的研究中，创新性地将原本认为“荒诞不经”而司空见惯的民间宗教各教派之“教主神化”的神话，也纳入了其神话体系并加以深入细致的分析研究，以阐明明清民间宗教之从神灵创世神话到“教主神化”的神话的宗教意义；在第三章的救赎观念的研究中，通过对“灵异”和图谶预言的功能和作用及其与明清民间宗教救世思想的研究，推翻了认为中国宗教“预言缺位”和“没有发展出救赎，特别是全体救赎的观念”的臆断；在第四章的宗教伦理思想研究中，首次将明清民间宗教的性别思想(女性观)列入其中，并着重阐述了其对于女性生理痛苦的特别关怀，以彰显其现实的宗教目的和意义。需要说明的是，为了实现上述目的，本文特以明清民间宗教各教派之主要经卷文献——宝卷等作为解读文本并从真正意义上的宗教(宗教学)的角度，通过探求民间宗教在中国封建社会晚期——明清两朝的思想发展脉络以及“制度性的宗教”的影响及其“衰微”衍化之结果，从而揭示出中国社会的宗教之发展的一般规律及其于人类社会的历史意义和现实意义。因为，对于同样的文本资料，以往的研究只限于这些民间宗教作为“新兴宗教”本身的意义，或者专注于它们的“非宗教”性的内涵——像郑振铎那样——从纯(俗)文学之角度来研读宝卷。同时，即使是对民间宗教的思想研究中，以往的研究所利用的宝卷资料也是有限的，如前述两篇关于明清民间宗教思想研究的博士论文那样，都仅仅是以台湾王见川等所编、新文丰出版的《明清民间宗教经卷文献》(1999)为主要资料，而本文则在此基础上，还首次利用了其最新的《明清民间宗教经卷文献续编》(2006)的经卷文献，因而在资料的使用上，无疑会对文章研究内容的创新起到支撑和促进作用。
(2)研究手段方面。如前所述，长期以来，在宗教研究中，往往是以其显而易见的哲学、文化、艺术等特质而掩盖了真正的本质，从而在众多的宗教研究之成果中，所见者不是宗教的哲学史；就是宗教的文化史、艺术史，而无真正意义上的宗教的宗教思想史，因此，本文在写作方法上，采用宗教学与历史学以及哲学、人类学结合的研究手段，试图从真正宗教的意义上来研究明清时期民间宗教的宗教思想发展状况和历史轨迹。尽管宗教学以及历史学、哲学、人类学的方法并非笔者的发明，但将诸项结合起来，特别是从宗教学的视角来考察和研究明清民间宗教的宗教思想发展，在民间宗教的研究领域却是一种新的尝试。因而在此意义上，可以说这既是一种尝试，无疑更是一种创新和挑战。基于上述这种创新的目的和需要，本文作为对明清民间宗教的宗教思想的研究，就必须要对其研究对象——民间宗教，做出基本的认识和界定。在中国社会，不仅仅存在着如佛教、道教等被官方或政府所认可的“制度性宗教”的组织形式和内容，而且也有众多的分布于社会基层中而尚未能为官方或政府认可的形形色色的其他宗教形式或信仰内容。本文所采用的“民间宗教”之概念，就是为了能够创立一套对中国社会中的宗教现象作出一个较为合理的、尽可能公正的认识和评价系统，真正做到马克斯·韦伯所倡导的“价值无涉”。所以，对中国社会中的宗教(包括民间宗教)和内容及其在社会中的地位作出新的界定，从而获得更为“客观”、“公正”的结果。正如关于“宗教”的概念，曾经引起众多的争议而至今仍在争论不休那样，就“民间宗教”一词的含义及其运用范围的争议亦是众说纷纭，见仁见智。但其有一个共同点，那就是在指称“民间宗教”时，一并将众多的民间宗教信仰也归入了“民间宗教”门下：如马西沙等就是认为民间宗教属于下层民众的信仰参见马西沙等《中国民间宗教史》(上)，中国社会科学出版社，2004年，序言部分，第2-9页。；而任继愈等则认为：“所谓民间宗教，相对于正统宗教而言，它不为统治阶级所承认，只能在民间秘密流传，被当局称为‘邪教’或‘匪类’。”任继愈主编《中国道教史》(下)，中国社会科学出版社，2001年，第875页。上述这些观点，或是对民间宗教与民间宗教信仰的区别含糊其词；或是干脆就混为一谈。而另一些学者则避开“民间宗教”一词，采用了“分散性的宗教”(diffused religion)，如杨庆堃等参见(美)杨庆堃著，范丽珠等译《中国社会中的宗教》，上海人民出版社，2007年，第9-14页。；还有人提出了诸如“民生宗教”参见余欣《神道人心——唐宋之际敦煌民生宗教社会史研究》，中华书局，2006年，第8-17页。、“民间佛教”参见谭伟伦主编《民间佛教研究》，中华书局，2007年，第3-12页。、“民俗佛教”参见李四龙《中国佛教与民间社会》，大象出版社，1997年，第3页。等等。对于这种混乱，赵世瑜作了很好的界定与区分，他认为：所谓民间宗教，指的是不被官方认可的、由民众组织和参与的宗教体系和组织，它们有自己的组织系统、自己的教义，在思想内容上与官方认可的佛教、道教有一定的联系，可是往往被官方视为危险的邪教和异端。而所谓民间信仰，则指普通百姓所具有的神灵信仰，包括围绕这些信仰而建立的各种仪式活动。他们往往没有组织系统、教义和特定的戒律，既是一种集体的心理活动和外在的行为表现，也是人们日常生活的一个组成部分。赵世瑜《狂欢与日常——明清以来的庙会与民间社会》，三联书店，2002年，第13页。因此，笔者则赞同和采用赵世瑜所界定和区分的“民间宗教”一词的内涵和外延，以将民间宗教与民间宗教信仰相区别，从而能对中国社会中的正统宗教(制度性宗教)与非正统宗教(民间宗教)之间的联系和影响有一个较为清晰的合理的判断与分析，真正做到从宗教意义上的宗教思想研究。因此，在具体的写作中，既跳出了哲学式的“本体论、人生观、认识论”的写作模式，亦对传统的思想史的历史叙事有所突破而代之以现代宗教学理论指导下的研究探索。同时，所用于分析研究的资料——宝卷，也主要为上述“民间宗教”概念下的明清民间宗教诸多教派的经卷，除此之外的其他资料(宝卷)则只做一定的参照和补充，以此来更加彰显民间宗教思想的宗教性质和意义。
总之，强调研究内容和方法上的创新，并不意味着是要抹煞和否定以往诸多的研究成果的价值和意义。相反，正是这些(无数的)先哲和时贤的辛勤的探索和积极的创新，其结果为我们创造了取之不尽、用之不竭的思想和知识的宝藏，它们给我们以智慧与启迪，从而使我们可以站在他(她)们这些“巨人的肩膀”上，不断努力地去摘取更高、更辉煌灿烂的思想和知识皇冠上的明珠。因此，说到创新那只是相对的。过去的创新为今天的创新所掩盖，而今天的创新必将被未来的创新所取代，这恐怕正是学术所具有的强大生命力之所在。