研究中国政治及宫廷生活时，看到这位皮匠出身的太监能够对太后施加如此巨大的影响，感觉真是有趣。他在女主人葬礼上的表现，让人慨叹他内心该是何等的悲伤。但他通过不法手段，敛聚了大量财富，国家也因此付出了巨大代价。现在慈禧已经离他而去，留他一人徘徊在死亡的边缘。
义和团运动如火如荼之际，李莲英的权利也达到了前所未有的高度。端亲王每次向慈禧太后及军机处阐述观点时，都会强调所有的行动都已经得到了总管太监李莲英的许可，或说这份或者那份圣谕是得到了李总管的批准后才下发的。端亲王这样做是为了应付反对者，因为他明白，没有人胆敢对大总管批准的建议持有异议。慈禧太后亲自掏腰包奖赏义和团成员及那些杀死外国人的兵士，也是源自李莲英的强烈建议。
联军的援军逼近北京，即使是最顽固的人都明白义和团运动已经是强弩之末了。此时，李莲英极其担心，因为他的预言失败了。众所周知，慈禧太后习惯在事后寻找替罪羊，李莲英担心慈禧太后此次定会将怒气撒在自己身上。的确，此时的慈禧不仅愤怒而且害怕，她当然会将这些发泄到李莲英身上，因为正是他将自己引上了毁灭的道路。
联军抵达京城后，澜国公一头冲进皇宫，大声叫嚷洋鬼子已经进了京城。慈禧质问他之前夸下海口，如今作何解释。慈禧说：“我以为洋鬼子都跑了呢，两天前你不是说我们取得了天津大捷，原来你一直都知道总督和李秉衡都已战死了啊。”站在一旁的李莲英听到这里，赶紧退出，通知那些吓得发抖的太监们，说道：“老佛爷现在怒不可遏，我们不得不离开这里逃到陕西，在那里等待援军将这些洋鬼子赶回大海。”但是逃亡途中李莲英遭受的艰辛要比老佛爷多得多。在西安定下身来后，他才恢复了往日的镇定。
逃亡途中，一位随行内务府官员在给北京老乡写的一封信中描述了朝廷中人在那段动荡时期的生活状态，还提到了李莲英和慈禧的心腹内务府官员在国事中起到的作用。下面为摘译的片段：
陕西巡抚岑春煊于山西边界迎接圣驾，老佛爷掀开轿帘，说道：“你可知我们在北京的遭遇？”“微臣不知，”他回答道。太后怒指李莲英道：“都是他做的，置我于如此境地。”站在一旁的李总管耷拉着脑袋，一声不吭。之后，岑见李手下太监途中扰乱百姓，搜刮民脂，便直言上报太后，太后只得下令将其中三人就地正法。岑当时想将李总管一并正法，但见太后对其甚是倚重，怕此建议会惹太后盛怒，由是作罢。如此，李总管才得以九死一生，逃过此劫。后来，待李总管恢复往日大权，朝廷恢复往日秩序，他得到了荣禄的帮助，报复岑春煊，将其调为山西巡抚。之所以将其调为山西巡抚，不仅仅是因为联军逼近山西，此职甚是凶险，还因岑因监管内务府花销而日渐得到太后重用，希望尽快将其调离太后身边。岑因清廉正直而闻名朝野，被任命监管朝廷账目后，朝廷花销迅速减少。他订立制度，首先禁止太监勒索，并将太监俸禄调至有限且适度的金额。岑因此迅速获得太后的青睐和信任，但惹怒了总管太监，李由是想方设法重伤陷害他。最终，在荣禄的帮助下，成功劝说慈禧太后将岑调走。一月有余，老佛爷日日与这位正直无畏的官员商议公私之事，若是将其留在身边，定能削减堕落满族官员及腐化太监之权力。岑被调任山西巡抚后，李毫无顾忌将其上奏老佛爷的奏折扣下或是销毁，避免太后看到。渐渐地，他重新建立了宫中的威信，获得慈禧太后的宠信。銮驾还未回京，他比之前更为骄横专制，比在京之时还甚。召见朝中大臣，他竟敢拒绝传递太后指令，直言自己已累，当日处理公事已经够多了。
朝廷向南方各省征收的大量贡银，首先会交到李莲英的手中。他家的龙袍、贡丝及其他各种进贡珍宝堆积如山。所有进贡物品，慈禧太后取一半，李莲英分得五分之一，剩下的交由荣禄用于军需。两宫在西安、开封时，李莲英获利颇丰，于是他经常以洋人必然报复为由吓唬老佛爷，避免她提前回京。李莲英如此，并不完全为了钱财，还源于他担心自己的名字会出现在洋人所列的黑名单上。
从当时的情况来看，他的害怕是有根据的。他指使手下的蔡姓太监每日向他知会北京的最新消息，直到收到庆亲王的信函，告知他一切平安之后，他才安下心来，不再阻挠两宫回京之事。
尽管他对（慈禧的改革）政策心存不满，但还是在荣禄的强烈建议下，收住了自己的暴脾气，保留了反对改革的保守意见，表面上对慈禧的改革表示赞同。
当时各省进贡到西安的银两达五百万之多。李莲英和另一位孙姓太监共同监管这些贡银。孙太监和李莲英一样贪婪，敲诈勒索的本事也毫不逊色。有一次，湖北总管将所贡银元宝送到了内务府，孙太监负责用杆秤确定数目。称完后，声称数目不足。湖北官员说道：“不可能吧，湖北的元宝都是足色，每个正好五十两，不可能出错的。”孙太监傲慢地看着他，说：“你之前上过几次贡银，对宫中规矩又知道多少？”湖北官员此时虽心中害怕，但依然坚称不可能出错。孙太监怒斥道：“那你是认为老佛爷的杆秤出了错，是吗？”他正要对这位可怜的官员拳打脚踢，老佛爷听到了他们的争论（那时她居住的院子非常小），走了出来，令孙太监把贡银送进自己的屋子，之后自己要亲自称量。她接着说道：“我想定是最近贡银总出现不足的情况，我的手下太监也是为了尽责避免我被欺骗才出此策略。”
湖北官员垂头丧气地退了下去，路上遇到了内务府大臣继禄，继禄对他说道：“我们都知道，这件事你受了委屈，但千万别往心里去。这些太监最近受到老佛爷严格管制，没有得到什么好处，你必须谅解，他们在北京的许多财产也被洋人抢了。”
广东贡品一共二十四种，但太监自作主张，为了迫使官员贿赂自己，拒绝收取其中九种，管事官员由此大惊失色，害怕老佛爷怪罪下来，说是自己偷藏了那些太监拒收的贡品。于是，赶紧给太监贿赂，这是太监敛财的一个常见手段。另一手段是以太后名义大量置办物品，却拒绝付钱。西安的百姓为此吃尽了苦头。
很多太监以捉弄皇帝为乐，故意招惹他，惹他发怒。据一封来自西安的信中所写，皇帝甚为幼稚，经常和太监玩游戏，例如捉迷藏，但却常遭太监侮辱。太监一来，皇帝就立即躲到角落里，闷不做声。若是皇帝被惹怒，就会大发脾气，向侍奉太监或宫女丢瓷器。但这些说法不可轻易相信，它们大多是由总管太监和保守派的官员发布的，只为诋毁光绪皇帝在外界眼中的形象。
上文已经提到，两宫西逃后回京，李莲英对慈禧的影响较之前更大，宫中所有内务都由他管。李莲英也随着太后的意愿改变了原来反对改革的意见，转向支持。预备立宪章程经过军机处和他的修改后，得以颁布。他不止一次和慈禧太后开玩笑说：“老佛爷，我们现在都成了假洋鬼子了。”
尽管年事已高，且病患缠身，李莲英却依然坚持袒护自己的职业特权，千方百计维护宦官制度。1901年，两广总督陶模呈上一封著名的奏疏，称既然皇宫嫔妃数量大为减少，应该以女侍取代太监。李莲英先是将其藏匿不上报，直到成功劝说慈禧太后绝不会废除宦官制度后，才将此奏呈上。陶模的奏疏内容如下：
奏为请除数千年之獘政，以光盛治，谨陈管见，仰祈圣鉴事。窃维国家兴衰，系乎主德。自古人君未有亲君子而不致治者，未有亲小人而不致乱者。治乱之机，不可不察也。夫以人民之众，事机之繁，远而外国，近而宫廷，悉待治于一人之身，位则至尊，而事实至难，诚知其难。虽日近正直明智之士，讨论于前，犹惧未足以应万机。而乃以小人间之，则天下之不危者，几何？盖小人者，岂必皆大奸大恶，但使不读经史，不识道理，惟伺人主之喜怒为向背，则朝夕侍侧，即足以损君德于无形。夫廷臣虽有不肖，人主无由而近之，其得以常近人主者，惟宦官而已。人主与宦官日近，必与贤士大夫日疏，德之不明，过之不闻，内外之相隔，上下之不通，莫不由此，是以宦官干政之祸，史不绝书。至其有关君德者，其机甚微，而为害尤烈也。我朝家法严明，二百余年从未有内监预闻政事，至治之盛，往古所无。
然臣谓除弊当如除莠，留其芽孽，终恐发生，不若绝其根株，永无滋长。在皇上春秋鼎盛，圣德日新，岂至习于近侍，而为亿万世计，似有应烦圣虑者。伏思前代用宦官，盖由妃嫔众多之故。我皇上后宫减少，左右使令，本有宫女，至内廷各项差使，悉可改用士人，均不必定须内监。
今者乘舆西幸，扈从内监，其数尚多，臣愚以为宜及此时，大加裁汰，酌留忠谨者二三十人，余悉遣散。回銮之后，请旨饬下王公大臣，共同筹议，定宫府一体之制，永不再选充内监，则是数千年相沿之弊政。至我皇太后皇上而始除，非惟一时之盛事，实亦千古之美谈。
方今外侮纷乘，事机危迫，诚如圣谕，欲求振作，当议更张。惟兴革之事，本非一端，中外臣工，当已陆续上陈。微臣之意，窃谓事有似微细而实重要者，宦官是也。此等弊政，若不早除，何以为变法自强之本。且环球各大国，均无内监，独中国尚仍旧习，彼中人士，恒相讥议。若改此制，则风声所播，外国倾心，于折冲樽俎之事，不无关系。臣备职外臣，妄言内政，惟是受恩深重，未报涓埃，冀效愚忱，以仰裨圣治于万一。伏乞皇太后皇上圣鉴训示。谨奏。
自此之后，建议废除宦官制度的官员纷纷上书陈言，也有传言说宦官制度即将被废除，但是宦官们在宫中的权力依然如故，像陶模这样正直勇敢的满族官员只是少数。书面上的改革措施非常多，然而真正具有远见且于民有益的措施依然漫漫无期。改革之路上反对派力量强大，旧制根深蒂固，阻碍了改革的步伐。内地报纸起初还笔锋犀利地抨击包括宦官制度在内的腐化旧制，但不久便遭到官府的压制，此类进步新声由此渐消于耳。