1887年，光绪年满十七，慈禧不得不将国家政权移交给他。慈禧的那些随从下属，在过去十年间，一直无忧无虑地在她的保护伞下作威作福。一旦江山易主，光绪皇帝掌权，这些人从前享受的特权很有可能一去不返。这一切，慈禧也了然于心，但碍于责任，她依然表示愿意将权力转交给光绪，从繁忙的公事中抽出身来。
紧接着一封封紧急请愿书、劝谏书便如潮水般涌来，请求她继续把持朝政。但奇怪的是，慈禧不为这些劝谏所动，依然将国家大权交给光绪。1889年2月，光绪皇帝娶了慈禧太后弟弟桂祥的女儿。
此时的慈禧已经五十五岁高龄，统管大清长达三十多年，品尝过专制独裁的滋味，满足了自己的统治欲望。但看上去她似乎并不享受这么多年来的劳动成果，而是希望能够早日结束在紫禁城日复一日的艰辛，退居到正在重建的颐和园去享清福。她渴求改变，厌倦了大臣永无休止的觐见和汹涌而来的奏折，外国列强在中国边疆蠢蠢欲动，对中国步步紧逼，令她痛心疾首。相比之下，颐和园的生活休闲自在、愉快安详，更吸引人。再加上，光绪虽然已经成年，却并未有大张旗鼓谋反篡权的倾向，慈禧便没有什么借口继续把持政权，如若坚持如此，于情于理说不过去。国内外的一些作者将慈禧此时采取的政策称为“以退为进”，也就是说，表面上，她不再插手国家政事，实际上，却从来没有将权力之手从紫禁城中抽出。这种说法从一定程度上来说确实属实。但是，不得不承认，从慈禧让权、退居颐和园到重新掌权，持续了十余年，其间，除了那些直接影响到其切身利益之事，她几乎不再关注国家政事。
尽管慈禧将大权交给了光绪皇帝，但她并不打算就此沦为一个无关紧要、可以被人忽视的小角色，更不愿与当前的内政外交产生断层。她在山脚下建立了豪华住处，从那里可以俯视整个京城，紧密注视皇帝的一举一动，维护自己及京城亲信的利益。在大太监李莲英建议下，她保留了朝臣官员的任免大权。
慈禧选了自己的侄女嫁给光绪做皇后，是为了避免重蹈当年为自己儿子选后之覆辙。那时，她让同治娶了端庄贤德且勇气可嘉的阿鲁特氏为皇后，却没想到，最终两人联合起来与自己反目。那次悲剧为她敲了一记警钟，所以这次挑选皇后，她不再考虑皇帝是否会幸福，而只考虑自己将来的利益。
自己心爱的侄女成为皇后，这就如同在皇帝身边安插了一个眼线，可以随时了解皇帝的所为。这份差事，她那侄女做得得心应手。她长相不佳，谈不上端庄美丽，性情上，也称不上宅心仁厚，但作为叶赫那拉族的一员，她拥有叶赫那拉族女性特有的智慧和意志。从一开始，她与皇帝的关系就非常紧张。这些宫中人人皆知，并不是什么秘密。他们两人经常陷入激烈又长久的争吵之中，往往是年轻的皇后大获全胜。光绪皇帝逐渐开始宠爱那两个较为年长的妃子，分别为“珍妃”和“瑾妃”。
皇帝亲政，叶赫那拉氏族内的长者皆认为应该把握这次机会，加固自己的地位和权力。他们纷纷觐见，建议皇帝赋予醇亲王更高的等级头衔。慈禧一方面极力维护醇亲王的颜面，一方面又婉言拒绝。
从此事，我们看到了中国朝廷事务下的暗流涌动，让欧洲人甚是费解的明争暗斗。
吴大澂呈给慈禧的奏折反映了醇亲王追随者的普遍观点。吴大澂为前左都御史，担任黄河河道总督。奏折中，他首先表达了对醇亲王担任海军总督所作贡献的赞赏，称醇亲王忠贞爱国、拥有满腔热情，且为人极其谦逊虚心。接着，他强调了醇亲王无论如何依然是光绪皇帝生父这一事实，称其有权在这样一个以“以忠孝治天下”的王朝中享有更高的荣誉。
吴大澂进一步称，天子应获权赋予自己的生身父母更高的荣誉，这符合孟子所订立的“圣伦人伦之至”的原则。他模仿前人，引用历史上的有名先例，增强说服力。他举了这样一个例子：乾隆皇帝在编纂朱熹著名的历史作品时，曾经提到过，宋朝时期（西元1050年），就是否给皇帝的父亲尊号一事，朝廷内部产生分歧，分为两党。乾隆皇帝作为评论者，其观点与史学家不同。他认为孝道为上，皇帝应该给自己的父亲授予特殊尊号。乾隆皇帝又举了一例支撑自己的观点，此例发生在明代（1525年），当时的皇帝生父也仅为亲王，因此皇帝强烈希望将自己的父亲升级。乾隆皇帝非常看重父子间的血缘关系，认为朝臣关于君臣关系的理论与惯例只能退居其次。吴大澂就此总结道，光绪帝应该赐予醇亲王“帝父”头衔，慈禧太后在归政前，应将此事昭告天下，彰显皇帝的拳拳孝心。
对此，慈禧首先赞扬了醇亲王的谦卑谨慎、忠诚之心、殚竭心力、恪恭尽职，接着她又说道：
（醇亲王）每遇优加异数，皆再四涕泣恳辞。前赏杏黄轿？，至今不敢乘坐。其秉心忠赤，严畏殊常，非徒深宫知之最深，实天下臣民所共谅。
自光绪元年正月初八日，醇亲王即有豫杜妄论一奏。内称历代继统之君，推崇本生父母者，以宋孝宗不改子偁秀王之封为至当。虑皇帝亲政后，佥壬幸进，援引治平嘉靖之说，肆其奸邪，豫具封章，请俟亲政时，宣示天下，俾千秋万载，勿再更张。其披沥之诚，自古纯臣居心，何以过此！
注释：① 杏黄色是皇族的专用色。此深宫不能不嘉许感叹，勉从所请者也。兹当归政伊始，吴大澂果有此奏，若不将醇亲王原奏及时宣示，则后此邪说竞进，妄希议礼梯荣，其患何堪设想？特明白晓谕，并将醇亲王原奏发钞，俾中外臣民，咸知我朝隆轨，超越古今。即贤王心事，亦从此可以共白，嗣后阚名希宠之徒，更何所容其觊觎乎？
醇亲王曾于1875年向慈禧太后呈了一封密折，密折本身并没有什么重要意义，却能显示出醇亲王的远见卓识。他早预见到皇位继承一事若不理清，将会带来危机，于是在密折中表达了对未来形势的担忧。他拒绝接受更多的尊号和头衔，希望以此避免谄媚者与居心不良者趁机以他的名义在紫禁城中结党营私，为非作歹，而这些后来确实应验了。他担心皇帝亲政，那些官员会通过狡猾奸计迷惑皇帝，通过挑拨离间扶摇直上。
最终，醇亲王依然只是保留了世袭罔替的亲王头衔。但不容置疑的是，这件事远远没有得到解决，且还有可能因为近期发生的类似事件再次被人提起。
慈禧将政权归于光绪帝不久，醇亲王便病倒了，病情与日加重。1891年1月1日，醇亲王去世。此前醇亲王重病时，监察院为表现其对关于孝道的法律及礼节的严格实施一事的关注，趁机呈上一封奏折，谴责慈禧太后和光绪皇帝，并提醒他们履行看望重病的醇亲王的责任，却遭到慈禧的严厉斥责。慈禧太后直截了当地呵斥他们管好自身事务。她的处事之风再一次让我们联想到英国伊丽莎白女王类似的处事方式。她虽表面上对这建议严加斥责，却从中得到了启示。1890年的整个夏天，她经常到醇亲王的病榻前探望。
众亲王中，醇亲王一直以来都是慈禧的亲信。和几个兄弟比起来，他最受慈禧青睐。他的智慧和谏言经常帮助慈禧找到正确的政策方针，他的逝世意味着她失去了一个明智又无畏的顾问，为此她内心深表遗憾。
醇亲王又是一个极其坚定的满族人，排汉思想根深蒂固，非常看重当时满族宗族拥有的特权。中法战争期间的一次军机会议上，他曾经说道“宁愿把江山拱手送给洋鬼子，也不能让这群汉匪得之。”这样一句话，让他的名字永远铭刻在了中国历史上，也正是这句话激化了广东地区民众对满族政府及其统治的不满。
慈禧颁布了一道圣旨，记载了醇亲王之死，并盛赞他作为内务府大臣、海军总领？以及满军步军总领期间的卓越贡献。这道圣旨内容详细，包含了指导哀悼与葬礼各个环节的细节。慈禧还以自己的名义赏赐了已故醇亲王一条陀罗尼经被，并赐予他“帝父”？的尊号。一方面，她认为葬礼的规模应该显示出皇帝对父亲的尊崇和孝顺，有必要隆重些，但另一方面，又必须顾及到已故者生前令人敬佩的节俭谦逊之品德，不可过于奢华隆重。这符合慈禧一贯的中庸之道，她希望以此平息众人有关醇亲王“意欲僭越”的担忧，表明醇亲王并没有什么不可告人的野心。最后，依照前朝乾隆皇帝先例，慈禧下令将已故醇亲王的王府一分为二，一部分作为祖先祭祀大厅，另一部分奉为神祗。神祗原是光绪皇帝的出生地，又被称作“潜龙邸”。
1894年，恰值慈禧太后60大寿，按照中国传统，这是极为特殊的大事，需要隆重的感恩典礼和庆祝。此时，慈禧权力已然巩固，且深得人心，声誉和影响也已根深蒂固，她便期望将自己在颐和园的闲暇时间拿来为这次的六十大寿做准备，举行一场无与伦比、规模旷世的庆典。1889年，光绪皇帝下令重修颐和园？，如今已重修完毕。
为了重修颐和园，朝廷从海军经费和其他政府部门抽取了大量的经费，且地方高官皆应诏进京朝贺（同时也是为了捐款），参加此次盛典。其中包括当年被撤了职的荣禄，借此机会，他再次回到慈禧身边，担任了京城的步军统领。过去三年间，他一直待在西安，担任大将军的散职。
大清朝所有高官均“受邀”将自己俸禄的四分之一捐出，作为庆生礼物注释：① 醇亲王卓越的海军及步军治理能力在三年后的中日战争中显现，但却是差强人意。