近日外间浮言，颇有以诛戮皆属汉人，遂疑朝廷有内满外汉之意。夫我朝之于满汉，本无歧视；即今日办理逆党，我皇太后、皇上岂有成心。无如康党借此谣传，于大局实有关系。
接着，会章建议“择汉人中之忠正不挠者，褒奖数人，则群情定矣。”他认为“盖附逆者既有显诛，则效忠者自应厚赏。” 他建议“所有封奏条陈，其能论变法之非宜、斥伪学之乱正者，分别褒扬录用”。最后，他提出“夫公忠大义，出之汉人，则所全者尤大。”
他所提出的这些，对于聪慧且精通治术的慈禧太后而言，甚是有益。慈禧太后对会章奏折的批复，虽然是以斥责的语气所写，却一反常态，避免谈及奏章中的具体问题。她只是强调清廷做事一向公平正义，国家一秉大公，不管对满人还是对汉人均毫无成见。然而，这位上奏者不久便得到提拔，同一天，为了表示自己真的如所言的那样公平，太后罢免了六位官员，其中一位就为满人。然而，荣禄之前也曾经保荐过一个改革派，慈禧下令将此人交到吏部再做决定，商讨如何惩罚。她这样做仅仅是为了挽回面子而已。
和往常一样，一旦受到指责，慈禧太后就会连续发布好几道圣谕。这次也不例外，她又是连发数诏。其中一道提出有必要适当保护内地外国人以及北京外国使馆工作人员；另一道对地方官员如何严肃选择官吏一事说教；还有一道鼓励地方总督和巡抚为国家出谋划策，但同时警告避免以党派意见相争，称皇帝深知他们相互攻击时背后隐藏的动机。
接着，慈禧太后趁着谈论整个国家政事的机会，宣示了自己作为满人首领，维护满人统治的政策，诏书部分内容摘录如下：
从来制治未乱，保邦未危，我朝圣圣相承，宪度修明，尽善尽美。至于深仁厚泽，难以枚举，水旱偏灾，无不立施蜀赈；江河漫溢，深恐累及穷黎；遇有军务。并未抽派丁役；宫中使女，亦未选及民间。仁民之政，又如此，宜其上下一德，朝野相安，以期共享昇平之福。乃有大逆不道之徒，聚党密谋，辩言乱政，而士大夫中竟有不明大义者，援引匪人，心怀叵测，言念及此，能无愤懑？朝廷屡示宽大，姑免株连，尔诸臣等受恩深重，具有天良。
这道诏令又是按照一贯做法，以对官员的劝勉做结尾，呼吁他们要注重官德，以实际行动宣扬美德。
变法期间，光绪皇帝罢免了几位反对派官员。所以，慈禧太后的下一步便是将他们官复原职，其中最有名的要算许应骙了，他因为参奏维新派官员王照被光绪皇帝罢免，如今，帝党势力已经分崩瓦解，京城之中光绪皇帝再也找不到一个支持者抑或是朋友。甘肃省的满族财务大臣曾龢是最后一个敢于站出来支持改革派的高官，同时也是改革派的支持者，他上书替翁同龢求情，慈禧太后非常生气，下谕将他免职，永不叙用，其中还表达了自己对翁同龢作为帝师，却参与阴谋，有辱名声一事深感惋惜。
慈禧太后随后将注意力转移到了地方政府。刘坤一因病恳请辞去两江总督的职务，慈禧太后遂提醒朝廷对其仰赖，恩重如山，令他勿用托词，而应继续尽职尽责，为朝廷效力，勤政爱国，并在选择下属官员时，更加谨慎。
翁同龢大胆直言一事时时刻刻萦绕在太后心头，容许他光荣退休，回乡养老，对他丝毫没有削爵或是严惩的意思，这根本就不符合慈禧太后的期望。而且荣禄先前与翁同龢有过节，当然不会想办法调和缓解太后对翁同龢的怨恨。为平心中之火，慈禧太后随后以光绪皇帝的名义下诏，将自己对这位年迈的学者的敌意肆意发泄出来，这符合慈禧本人的性格特点。这道圣谕非常有趣，足以展现慈禧的性格，诏书内容如下：
谕翁同龢授读以来，辅导无方，从未将经史大义，凯切敷陈。但以怡情适性之书画古玩等物，不时陈说，往往巧借事端，刺探朕意。至甲午中日之役，主战主和，甚至议及迁避。信口侈陈，任意怂恿，办理诸务，种种乖谬，以致不可收拾。今春力陈变法，密保康有为，谓其才胜伊百倍，意在举国以听。朕以时局艰难，亟图自强，于变法一事，不惮屈己以从。乃康有为乘变法之际，阴行其悖逆之谋，是翁同龢滥保匪人，已属罪无可赦。其余陈奏重大事件，朕间有驳诘，翁同龢辄怫然不悦，恫吓要挟，无所不至。词色甚为狂悖，其任性跋扈情形，事后追维，殊堪痛恨。前令其开缺回籍，实不足以蔽辜。翁同龢著即行革职，永不叙用，交地方官严加管束，不准滋生事端，以为大臣居心险诈者戒。？
一直到1904年6月，翁同龢都闲居在家乡（江苏常熟）。他是一个相当有个性的人，与皇帝身边的其他年迈官员告老还乡后静静地颐养天年不同，注释：① 翁同龢死后，宣统政府下诏恢复了他所有的官级品衔。皇帝的变法之举终于得到平反，他的支持者、追随者就是在阴曹地府还在受到中国官场变数的折磨。被撤职后，他心中一直都抱有希望，希望有一天慈禧太后宾天，光绪皇帝能够重掌朝政，继续变法改革，那么他就还有可能回归朝廷继续为皇帝效力，协助皇帝完成改革大业。
与此同时，他给家乡官府和官员带来了很多困扰，他每个月要到衙门拜见三次，每次都以一个屈从者的姿态跪在官员面前，恳求道：“尔受皇命，监视我言行，现我来此面见，助尔完成使命。”这时，巡抚总是处于尴尬的两难境地，因为他永远也不能够确定这位曾经位高权重的军机大臣是否会在将来复归原职，翁家在当地又颇富名望。
折腾地方官员间歇之时，翁同龢还将大量时间花在学问上，期间，他的一批书信出版了，显示出翁同龢出众的学者风范和诗者气质，卓越超群。他的行文简单轻松，有些伴有神学和哲学思想倾向，一直受到文人学者的欣赏。尽管被撤了职，但他的财产没有被朝廷没收，在家乡颐养天年比在京城辛苦工作要幸福得多，他死时，依然享有忠贞爱国和才智过人的声誉，名声甚至远远超出了地区的范围。他逝世后，这声誉进一步远扬。
慈禧太后意识到，自从光绪皇帝废除了旧有的科举考试制度，文人学者的忠诚之心就受到了动摇。因此，她旋即收回了之前皇帝的成命，恢复了科举考试制度。闻听此，那些保守党派人士都很开心，全国各地的学者纷纷用各种各样的方式赞扬老佛爷。从外部来说，新的考试制度是由皇帝带头引进的，在旧的科举考试制度下，匿名制是一个重要原则，现在新的考试制度中缺少了这一点，便出现了许多弊端，慈禧太后为解决这个问题下发了下面这道诏书：
国家以四书文取士，原本先儒传注，阐发圣贤精义，二百年来，得人为盛。近来文风日陋，各省士子，往往抄袭雷同，毫无根底。此非时文之弊，乃典试诸臣不能厘正文体之弊，乃论者不揣其本，辄以所学非所用，归咎于立法之未善。殊不知试场献艺，不过为士子进身之阶，苟其人怀奇抱伟，虽用唐宋旧制，试以诗赋，未尝不可得人。设论说徒工，心术不正，虽日策以时务，亦适足长嚣竞之风。用特明白宣示：嗣后乡试、会试及岁考科考等，悉照旧制，仍以四书文试帖经文策问等项，分别考试。经济特科易滋流弊，并著即行停罢。朝廷于抡才大典，斟酌至再，实求细详。嗣后典试诸臣及应试士子，务当屏斥浮华，力崇正学，毋负朝廷作育人才之至意。至富强之术，固当讲求，惟必须地方官认真举办。方不至有名无实。所有农工商诸务，亟宜实力整顿，惟总局设在京城，文牍往还，事多隔膜，一切未能灵便。仍应责成各督抚在省设局，分门别类，详加考核，俾有实际。著直隶总督选派妥员，督率办理，以为各省之倡。京城现设之局，著即裁撤。
慈禧的想法从来不会长久，总是变化多端。她一直担忧自己在国家各个派别中的影响，适时调整自己深以为豪的平衡对抗力量及势力的政治手腕与统治实力。接着，她下发了一道圣旨，介绍了指导自己统治的原则。从这道诏书中，我们能够看出她心中存在一定的忧虑与疑惑，她不知对那些改革派首领的严厉处置是否会遭到外界谴责。此诏书内容如下：
国家制治保邦，纲常名教，亘古为昭。至于条陈损益，随时变通尽利，本无一成之法。前因中外积弊过深，不得不因时制宜，力加整顿。而宵小之徒，窃变法之说，为煽乱之谋，业经严拿惩治，以遏横流。至一切政治有关国计民生者，无论新旧，仍应次第推行，不能因噎废食。迭经明降谕旨，剀切宣示，大小臣工当能仰体此意。惟言事诸臣，往往胸无定识，即如乱谋方张之日，内外章奏，能灼见先几，防微杜渐者，并不多见。迨至事后，或且仰窥意旨，揣合希荣。岂知朝廷用人行政，一秉大公，执两用中，不偏不倚。乃特再为申谕：嗣后内外臣工，务当精白乃心，一化新旧之见。凡所建白，但期有裨时局，不得妄意揣摩，甚或挟私攻讦。是非所在，亦自难逃洞鉴也。将此通谕知之。