欧洲与东洋的贸易，全归我国（葡萄牙）独占。我们每年以大帆船与圆形船结成舰队而航行至里斯本，满载上毛织物、绯衣、玻璃精制品、英国及富朗德儿出的钟表以及葡萄牙的葡萄酒而到各地的海港上换取其他的物品。船从哥亚航行至爱琴得到香料与宝石，又从爱琴至嘛喇甲（马六甲）更得香料与宋大岛的白檀。其次，再把此等物品，在澳门换取绢加入为船货。最后，又把以上的货物到日本换取金银块，可得到投下资本的二三倍利润。然后，再在澳门滞留数月，则又可满载金、绢、麝香、珍珠、象牙精制品、航器、漆器，细工木器以及陶器而返回欧洲。
从王忬到继任者徐州兵备副使李天宠、杨宜，浙江倭患还是没有得以平息的迹象。闽浙总督张经、浙江巡抚李天宠、苏松副总兵汤克宽等人先后因不服领导、贻误战机等存在争议的原因而被处决，弃尸于市，参将汤克宽坐牢。兵部员外郎杨继盛因弹劾严嵩“五奸十大罪”，惨遭毒手。
徽州人胡宗宪接替任职不过半年，同是徽人的杨宜便出任了浙江、南直隶总督。经过陶宅之败，胡宗宪及权臣赵文华认识到，单靠明军脆弱的武力难以剿灭飘忽不定的倭寇。在这种判断下，1555年，赵文华与胡宗宪在“当事诸君与之筹划不敢出一语”的情况下，派辩士蒋洲、陈可愿等前往日本招抚倭首王直。此时，胡宗宪已经将王直的母亲与妻儿接到杭州作为人质。
王直让其养子毛海峰答复说，“愿意听从胡公的命令，但要开放海禁”。胡宗宪一口答应。1556年，王直将胡宗宪手下的指挥夏正扣下，部队交给毛海峰，自己孤身一人，于嘉靖三十五年十一月入胡宗宪府邸。
胡宗宪对王直早有收归己用之心，使请皇帝饶其死罪，令其戍守海上，但浙江巡按御史王本固坚持要杀王直，双方争执不下。不久，朝廷有人怀疑胡宗宪收受了贿赂，群情激愤。胡宗宪为替自己辩白，将王直交给王本固，王直遂入狱。王直在死前于狱中以带罪犯人的口气曾写了这样一份上书：
连年倭贼犯边……劫掠满载，致使来贼闻风仿效，纷至沓来，致成中国大患……此臣拊心刻骨，欲插翅上达愚衷，请为说客游说诸国，自相禁治。日本虽统于一君……其国尚有六十六国，互相雄长。其犯中国之贼，大致出于沿海九州，其他十有二岛，臣已遍历，劝自约束……经臣抚谕，必不敢仍请攻犯。臣当自五岛征兵剿灭，以夷攻夷，此臣之素志，事犹反掌也。如皇上慈仁恩宥，赦臣之罪，得效犬马之微劳驰驱，浙江定海外港，仍如粤中事例，通关纳税，又使不失贡期；宣谕诸岛，其主各为禁制，倭奴不得复为跋扈，所谓不战而屈人兵者也。敢不捐躯报效，赎万死之罪。
在迟疑两年后，王直被斩首，这等于判了王直死刑缓期两年执行。《周末》杂志曾刊发吉青文章《明代舟山抗倭二十年》，用情景式描写简要记述了王直死前的情形：
那天，王直被一顶小轿抬到杭州官巷口法场。临刑前，他提出要求：与儿子见最后一面。王直把束发金簪交给儿子，父子相拥而泣。然后，他拭去眼泪，不发一言，伸颈受刀，就此毙命。
四任首辅老臣之死
在整个抗倭斗争中，朱纨不是斗争的唯一牺牲者。同时代的主战派官员，譬如提携朱纨的首辅大臣夏言，以及王忬、曾铣等，也是被杀的杀，免的免，好一个惨烈的下场。
夏言是江西人，尽管他先后4次出任首辅，也没能逃脱被诬杀的命运。夏言在1538年首次出任首辅，到1548年的10年间，明政府换过7次首辅，夏言得任4次。
在16世纪40年代，夏言是主战蒙古、收复河套和抗倭的灵魂人物。1547年，夏言最后一次任首辅的第三年，在他的组织下，中国南北同时兴兵。
在北方，明朝发动了驱逐蒙古、收复河套的战役，这场战役由三边总督曾铣上书而提上日程，他一度将蒙古人赶出河套。在南方，夏言推荐朱纨前去闽浙平倭，主张要像对待“北虏”那样以强硬手段剿灭倭寇。朱纨不负众望，以强悍之态，肃清了盘踞在浙闽多处的中外私商乃至海盗。
但随后发生的事情扭转了全局。1548年，北边鞑靼首领阿勒坦汗又入境侵扰。对此，魏斐德写道：“人们对夏言的进攻之策丧失了信心。”靖嘉帝的态度也发生了很大转变，他下诏对驱逐蒙古提出质疑：“今逐套贼，师果有名乎？兵食果有余，成功可必乎？一铣何足言，如生民荼毒乎？”
或许夏言也认识到，战争并不能解决北部边疆的安宁问题，湖北专业作家熊召政曾在演讲中指出，夏言晚年也曾提出和蒙古人改善边关贸易，但被严嵩借题发挥说破坏了祖制，并污夏言收受了蒙古王的贿赂，要里通外国。
夏言与严嵩是同乡，且对严嵩有引荐之恩，但两人关系处得很僵。夏言对严嵩傲慢无礼，并以门客视之，这是两人关系恶化的重要原因。夏言不近女色，不贪不占，不畏权贵，早在入阁前就参过弘治皇帝的小舅子张延龄。
得势的时间一长，夏言也多少有些骄横气盛。他甚至答应了严嵩的宴请，却刻意不到，借此羞辱严嵩。他视太监为奴才，而严嵩看到太监甚至会让座，走前必给红包，见者有份。
因拒服道冠法服等事，夏言招致嘉靖帝不满，而此时严嵩则以谦恭之姿维持着嘉靖帝的恩宠。嘉靖帝不满、做人傲慢、与蒙古关系紧张，使得夏言在1548年被严嵩设计致死，妻子儿女被流放。之后，严嵩第二次出任首辅，受宠22年不衰。
在夏言被斩的第二年（1549年），朱纨失去庇护，以“擅杀罪”被群起弹劾，最终没等到明政府对其追究就自杀而去。王忬也是在与蒙古作战失利后被杀。1449年土木堡之变后，于谦掀起北京保卫战。100年后的1550年，蒙古再次兵临北京城下，之后明朝北边继续受到蒙古侵扰，王忬因在抗倭中任用了俞大猷、汤克宽等人而立有战功，被以副都御史的身份调离去巡抚大同，后加兵部右侍郎，代苏辽总督。
1559年，因滦河失事，王忬在次年被严嵩构言而杀。王忬有两个做官的儿子，在王忬被杀前，他的大儿子王世贞解官赶到京师与其弟王世懋每天在严嵩家门外自罚，请求宽免，但没有如愿。后王世贞累官至刑部尚书，王世懋则官至南京太常寺少卿。隆庆元年（1567年），王氏兄弟终为其父平反。
与夏言不同，严嵩对攻守并没有直接表现出鲜明的态度，更多是通过他的代理人赵文华体现其意图。赵文华是宁波慈溪人，是严嵩的学生兼义子，他生活作风奢靡，为人诟病，但也颇有些才干。
早在朱纨全权总督闽浙军务时，赵文华就建议朱纨应审时度势，不要危害海外贸易。1554年，赵文华又请开市舶，但因户部阻挠而未果。到达江南后，赵文华又结合实地考察的情况，向朝廷上奏《陈海防事宜六事》，明确提出“驰海禁”的主张，“宜令督抚等官，止禁通番大船，其余各听海盗官编成排甲稽检出入，照旧捕采”。
历史上的严嵩、赵文华，是“权奸”到只知贪权纳贿、陷害忠良之人。在谢禾生看来，严嵩当政多年，政绩并不突出，其主要作为体现在对待“南倭北虏”的民族政策上。赵文华主张驰海禁、开市舶、轻民赋，他与严嵩在倭寇的起因、成分及其对策上是基本一致的。
对于倭寇，严嵩有较为清醒的认识，他认为：“倭寇之起，因闽浙人下海通番得利，聚徒众盛，遂起狂谋。去岁只在沿海侵犯，今则各地深入。据报，真倭数不满千，皆系漳温近海贼徒结伙导引，一如北虏我逆之导也。”
在赵文华保荐下，胡宗宪当上浙江、南直隶总督，招抚开市之事就是胡宗宪的主意。在胡的幕僚郑若曾执笔的《筹海图编》中曾提到嘉靖时的主事唐枢对商寇的认识，“寇与商同是人也，市通则寇转而为商，市禁则商转而为寇；始之禁禁商，后之禁禁寇”。
显然，胡、赵等人对唐枢的话深表认同。严嵩不主战的思想背后，已经初步具有推动通商互市的倾向，只是这种思想更多由赵文华出面来主张。严嵩在文官中的名声不佳，似乎让这种倾向缺少落地生根的外在环境，赵文华虽是其代言人，但其本身的分量却不足。
碧血汗青在《明朝海禁以及倭患、王直和海商》中提到，王直在临刑前的公开遗言中曾长叹：“吾何罪，吾何罪，死吾一人，恐苦两浙百姓！”死后，他的话很快得到应验。倭寇的活动并没有如明政府一些官吏们所想象的那样，因为王直这个“倭寇”头目的被杀而消弭下去，而是在王直死后达到高峰。
1562年冬天，倭寇猖獗达到极点。以前倭寇充其量攻陷一座县城，这次动静大到直接攻陷了兴化府。曾被胡宗宪陷害入狱的俞大猷，这时升任浙江总兵，戚继光副之。早些时候，俞大猷有赖陆炳贿赂严世蕃和取得大学士徐阶的担保才得以脱身。
此时徐阶已取代严嵩而位居首辅之位。当年，张璁为斗倒夏言，开启了明朝党争的时代。27岁的翰林徐阶违逆张璁，说其出身不正，张璁扬言要将其正法。逃过一劫的徐阶，最终被发配福建为官。夏言在斗倒张璁之后，举荐提携了徐阶。之后的故事是严嵩把夏言整死，徐阶又将严嵩扳倒。后来，三起三落的高拱又将曾对他有举荐之恩的徐阶斗了下去，但没想到高拱又被徐阶提拔的张居正赶下了台。
在俞大猷被委以重任的同年，胡宗宪以“严党”之流被捕下狱，其被弹劾至少有两处：一是倭乱，二是阿谀严嵩。胡宗宪曾多次写信乞求罗小华（又称龙文）在严世藩面前为自己说好话，而这罗小华可不是一般人，否则犯不着胡宗宪来求他。在傅衣凌所写的《明代徽州商人》一文中，我们得知，罗小华的身份是徽州墨商，他善用桐油烟制造上品墨，年轻时就取得了在制墨业的执牛耳地位，他拜了严嵩做干爹，与严嵩的儿子严世蕃关系密切，而且还是王直的亲戚。
在惩处“严党”时，严世蕃先是发戍，后以通倭罪被杀。因一连串的关系，罗小华以同样的罪名被抄家。而胡宗宪在强大的政治压力之下，万念俱灰，1565年在狱中横刀自杀。1572年，他的死得到昭雪，并被国史录入平倭功勋名单中。有一种说法，胡宗宪是将钓鱼岛划归中国领土的第一人。
1566年，勾结倭寇多年的大海盗吴平，从海路窜逃安南（今越南）途中被闽、粤官军全歼，至此，中国沿海倭寇巢穴被全部荡平，大股倭寇基本肃清。舟山史志办撰写的文章《明朝舟山海商研究》这样评价明朝舟山民间海外贸易发展的意义：
纠番与诱倭私市贸易是明朝中叶民间海外贸易活动发展的两大进程……在纠番私市贸易活动中有以许氏兄弟为首的双屿港私市贸易活动，在诱倭私市贸易中则有以王直为首的烈港私市贸易活动，并进而发展到以日本平户为根据地的海外贸易集团，从而把舟山海商的海外贸易活动推进到一个前所未有的鼎盛阶段，这在中国民间海外贸易史上有其重要的一席之位。值得一提的是，以王直为首的诱倭私市贸易活动的开发，加速了明朝中日官方贸易向民间贸易的演变。自王直以后，日本的平户港一直是明末清初中国民间海商往来日本的一个主要据点。此外，据日本《铁炮记》所载，葡萄牙人与日本的通商贸易往来以及西洋铁炮传入日本，均与王直有关。
同年，新任皇帝隆庆上台，日本战国时代结束。之后，真正在政府的战略及执行层面有毫无掩盖的通商互市倾向的，是高拱、张居正内阁。
整个明朝，把政治权威与民意传达拿捏得最为娴熟的年代，当数高张内阁时代。1570年，张居正以封王和开放边市贸易为手段，重新恢复了对北方边疆游牧民族的和谈绥靖政策，并在1571年削减了2/3以上的军队，从此基本结束了明朝与蒙古鞑靼各部近200年兵戈相加的局面。而之前，每次蒙古族俺答长驱直入所侵扰的地区，如晋中汾阳、介休、太原、祁县、太谷等地，生灵涂炭，蒙受了很大的生命财产损失。也是在这期间，汉蒙边境出现了很多明朝在塞外的固定村落“板升城”，最大的“板升城”呼和浩特，就是在1566年建成的。
与夏言、朱纨等主战派官员被弹劾而死不同，1571年前后，因蒙汉关系及官商关系交织引发的对张四维、王崇古家族的弹劾，却造成了被弹劾一方的政治大地震。但两次弹劾都有一个共同的特点，那就是胜利的一方都主张通商开市。
高张内阁时期，南方海疆祥和，海商获得合法身份，与大明社稷、舆论两相无事，迎来了一段难得的发展机会，中国海商获得了史无前例的发展。