1942年10月19日至1943年1月14日，中共中央在延安召开了88天的西北局高级干部会议。这次会议，是用整风的精神总结陕甘宁边区的历史经验和检查陕甘宁边区工作的会议。会议的前一阶段主要总结了中央红军到陕北以前陕甘宁边区的历史经验，分清路线是非，肃清“左”的错误的影响。接着，毛主席在会上做了斯大林关于布尔什维克化十二条的宣讲报告，一方面概括了边区党的历史教训，指出与错误路线作斗争的必要；另一方面指出要联系当前边区工作的实际，特别要就闹独立性和自由主义的偏向进行整风。在会议的后一阶段，提出“整党、整民、整政、整军、整关（系）”结合，开展批评与自我批评。当时，团以上干部有七十多人在会上发言，各自检讨自己工作中存在的“三风”。毋庸讳言，在这次会上我做了自我批评，同时也受到了批评。留守兵团五年来的工作中，取得了很大的成绩，也存在一些问题。高干会上批评了留守兵团存在的一个问题是干部输送方面的本位主义、个人主义。实事求是地说，留守兵团从那样一个比较散乱的状况，经过几年的艰苦努力，白手起家，在毛泽东同志、中央军委的亲切关怀下成长起来，的确是不容易的。作为我这个直接领导者来说，对这个部队的每一个官兵更是倍加珍爱。那时，前方部队需要干部，就到后方来要，留守兵团陆续向前方输送了一批干部。自己手下好的干部、战士送出去，作为指挥员，好像嫁姑娘一样，是有些舍不得的感情。同时从保卫陕甘宁边区，保卫党中央、毛主席的任务来说，没有一定数量的部队也不行。我记得项英向我们要干部，并点名把杨立三和一位姓范的副官处长要走了，我向毛主席报告这件事的时候，毛主席说，前方需要干部，后方也需要干部，这个关系要处理好。留守兵团的干部调动频繁，情绪就不容易安定，要注意这个问题。当时在部队中，从上到下要求上前线的呼声非常强烈，这种积极进取，不怕牺牲的精神是很可贵的，但留守后方保卫革命大本营的任务又不允许大家都上前线。对此我们做了很多思想工作，如果上前线的口子开大了，部队的思想就更加波动。直至解放以后，当时留守兵团的一些旅团干部见了我还一个劲地埋怨我当初不让他们去前线。对此，我只好向他们表示歉意了。总之，从考虑留守兵团所担负的任务出发，我当时的确对有些来要干部的同志没有完全满足要求，基本事实和想法就是这样。
再一个问题是军政、军民关系问题。在军政关系上，留守兵团有不尊重地方政府的现象，对西北局的领导，没有经常向他们汇报、请示工作，部队中也存在一些不尊重地方政府，和地方政府闹纠纷的事情。下面有些部队政策观念不强，在生产上有的与民争利，有的做违反政府法令的事，影响了军民关系。高干会议上批评留守兵团不尊重西北局和地方政府，有闹独立性、本位主义、个人主义、违反群众纪律等缺点错误，这些批评是中肯的，我作为留守兵团的主要负责人，对这些问题要负主要责任。那时候那种“知无不言，言无不尽，言者无罪，闻者足戒”的风气也是很令人怀念的。在会议后期，对留守兵团的错误的批评有些是扩大化了，上纲过高，例如说是路线错误，是军阀主义，甚至与张国焘的“军党论”相提并论，对留守兵团的干部打击面过宽，挫伤了一部分同志的积极性，这一历史问题，也应当实事求是地加以说明。
在处理军政、军民团结这个问题上，毛泽东同志对我进行过多次教育，使我难以忘怀。当时的军政关系，主要是留守兵团与西北局的关系，而高岗是西北局的主要领导人，这个问题说起来是有历史渊源的。刚到陕北时，陕北红军中“左”的路线正在打击刘志丹同志，也包括高岗。毛主席了解到这个情况，及时地将他们解救出来。刘志丹是陕北红军的创始人之一，是一个以革命利益为重、很正派的好同志。中央红军到陕北后，他没有一点自恃陕北根据地主人向党讨价还价的思想，而是兢兢业业地工作，维护党中央的领导。不幸，在红军东征山西的作战中，刘志丹英勇牺牲了。志丹同志牺牲后，高岗成为陕北红军中的最高领导人。毛泽东同志对陕北的干部是非常尊重的，他特别注重外来干部与本地干部的团结，认为这是保证中央路线顺利贯彻执行的重要条件。而我对这一点则认识不足。实事求是地说，当时我对高岗的印象并不佳，感到这个人政治水平低，眼界却很高，计较个人得失，品质也不好。在我当军委参谋长的时候，高岗从三边剿匪回来，中央决定让他暂留在军委一局代理局长，高岗得知后大为不满，认为这个安排太低。后来，他当了边区保安司令部的司令。成立留守兵团时，保安司令部隶属于留守兵团。因而，在一个时期里，我把对高岗的关系仅处理成一般的隶属关系。有一次飞机场正在修理，有飞机要降落，我让高岗去督促快些把机场修好，结果任务没完成，我还对他发了火。以后，高岗成了西北局的领导。我当时认为，留守兵团属于中央军委直接的领导，与西北局没有直接隶属关系，所以也没有经常向西北局报告工作。对此，毛泽东同志多次教育我，批评我，要我尊重高岗，尊重地方政府，搞好军政关系。毛主席说，军队和地方出了问题，军队首先要做检讨。军队和地方闹了矛盾，军队首先做了自我批评，事情就比较好办了。这作为一个原则定下来。毛主席还推心置腹地对我说，要尊重西北局的领导，连我们中央决定的事都要通过一下西北局，你留守兵团决定的事怎么能不通过一下西北局呢？部队在哪里住，也就应当尊重哪里的地方政府。毛泽东同志善于团结一切可以团结的人一道工作，他的领导艺术是很高超的，这点对我教育特别深刻。记得毛主席曾经和我谈，要我经常出去走一走，到军队、地方政府以及军队和地方的领导同志中间走一走，加强联系，增进了解，发现问题，及时解决。而这正好是我的弱点，我就是不善于做这种联络工作。所以有一次，毛主席半开玩笑半认真地对我说：“萧劲光，你是个大知识分子。”开始，我听到这话时吃了一惊，心想，我怎么算个大知识分子呢？后来仔细回味毛主席的话，理解这可能是一语双关，一方面在那个时候像我这样的高中生、又出国吃过几年洋面包，在革命队伍中可以算是个“大知识分子”了，另一方面可能是对我工作作风的批评，说我这个人不善于疏通关系，办事死板，常被人认为是自恃清高，有些“大知识分子”的味道吧。
西北局高干会尽管对留守兵团的批评存在一些问题，但它的成绩是主要的，它是延安整风中的一次重要的会议。它使我们每一个参加会议的干部都受到了教育，也确实解决了留守兵团存在的一些思想、作风不纯的问题，对留守兵团的建设起了促进作用。1943年春节，留守兵团首创拥政爱民活动，地方政府也开展热烈的拥军活动，这一活动，一直延续到今天，成为革命的传统。1944年，毛泽东同志亲自主持总结留守兵团的政治工作经验，写成《关于军队政治工作问题》这一重要历史文件。这个文件是兵团政治部主任谭政同志在1944年西北局高干会议上的政治工作报告，其中大部分是毛泽东同志亲自动手写成的。在这个报告里充分肯定了留守兵团政治工作的成绩和经验，指出，通过一系列政治思想工作，特别是经过整风运动，留守兵团“是充满着战斗热情、生产热情和学习热情的部队，是富于朝气的部队”，“陕甘宁边区部队的进步，可以为一切八路军新四军部队所效仿”。报告特别指明，“共产党所领导的革命的政治工作是革命军队的生命线”。几十年来，这个文件在我们军队的政治工作方面起了重要的指导作用。
整风运动从1943年10月开始，在党的高级干部中还进行了党的历史大讨论，对建党以来党的历史，对党的历史上各次机会主义进行了批判，特别是对王明“左”倾冒险主义进行了彻底清算。当时分别各个根据地，开了一些座谈会，我就曾经参加了闽西历史座谈会。通过这样的历史大讨论，分清了路线是非，深刻分析了产生“左”右倾机会主义的思想根源，提高了全党马列主义的水平。在此基础上，1945年4月党的扩大的六届七中全会通过了《关于若干历史问题的决议》，统一了全党的思想，接着，党召开了第七次全国代表大会，制定了“放手发动群众，壮大人民力量，在我党的领导下，打败侵略者，建设新中国”的政治路线。总结了抗日战争时期我军军事斗争的经验，提出游击战争到正规战争的战略转变和迎接抗日反攻的任务。同时，总结了党的建设的丰富经验，通过了新党章，把毛泽东思想作为全党的指导思想。七大实现了全党在正确路线基础上的空前的团结，为抗日战争的胜利和民主革命的彻底胜利做了准备。在这次大会上，我被选为中央候补委员。
1945年7月，毛泽东同志在枣园与我进行了一次长谈。毛主席诚恳地对我说，高干会批评了留守兵团，但是留守兵团几年来的工作成绩是主要的。留守兵团有缺点错误，但性质是属于联共（布）党史结束语中第五条的性质，不是路线错误。高干会对留守兵团所做的不恰当的结论应予纠正。高干会前后调动了许多留守兵团干部的工作，挫伤了他们的积极性，在方法上是不对的。毛主席的一席话，使我心悦诚服，所谓“联共（布）党史结束语中第五条的性质”，就是说是工作中的缺点错误。但对于这些缺点错误必须正视，勇于改正，那才是正确的态度。第五条说：“如果党陶醉于胜利而开始骄傲起来，如果它不再注意自己工作中的缺点，如果它害怕承认自己的错误，害怕公开地老实地及时地改正这些错误，那它就当不了工人阶级的领导者。”“如果党不害怕批评和自我批评，如果它不掩盖自己工作中的错误和缺点，如果它用自己工作中的错误来教导和教育干部，如果它善于及时改正自己的错误，那它就会是战无不胜的。”毛主席既肯定了成绩，又分清了错误是非，并教育我对待错误的正确态度。他教育干部的良苦用心，只有身临其境的人才能深刻地体会它。几十年来，毛主席的这一谆谆教导一直铭刻在我的心中。
延安十年之所以使我念念不忘的，正是毛泽东同志的这些亲切教诲和毛泽东思想对我的教育。在这里，我受到了将马克思主义及其军事辩证法用于指导中国革命战争实践的深刻启迪；学习和实践了毛泽东同志根据地建设、人民军队建设以及军事战略战术的光辉思想；领略和体验了毛主席政策和策略的伟大思想……这对我以后的军事生涯以及新中国成立以后海军建设中，都起着决定性的影响。应该说，我们是毛泽东思想哺育的第一代人。今天，在回顾这段历史时深深感到，在那样一个民族危亡的历史关头，如果不是毛泽东同志高瞻远瞩地洞察了抗日战争的发展规律，如果不是毛泽东同志率先提出并在全党的实践中不断完善了指导抗日战争的理论、路线、方针、政策，如果不是毛泽东同志进行艰苦的理论创造和理论教育，统一了全党的思想认识，抗日战争的发展不可能那么顺利。因而毛泽东同志被公认为中国共产党和中国人民的伟大领袖、毛泽东思想被公认为党的指导思想，是历史发展的必然结果。