市政府是北平市的最高执政机构。在如何建立新的市政府的问题上，有关部门曾提出了两个方案：一是以旧架子为基础，加以改良和精减；二是另起炉灶。叶剑英坚持认为，按照马列主义关于国家政权的学说，必须打碎1日的国家机器，建立新的政权机构。他和彭真对两个方案反复研究，感到第一种方案虽然较简便，但依然是“旧瓶装新酒”，如果以旧政府机构和人员为基础，组成新班子，其旧作风的残余很容易保留，无论怎样改良和精减，也很难完全跳出旧圈子。因此，倾向于采取第二种方案，以中共的干部组成新的骨干队伍，负责领导市政府各部门的工作；同时吸收一部分思想比较进步的原1日政府机构人员参加工作。叶剑英十分重视从旧人员中发现和选拔人才。在市政府4月份召开的一次干部大会上，他诚恳地说：“我们对于一切能为人民做事的干部，要尊若贵宾，若有人才被埋没了，未被发现，可以自告奋勇，申请担负重责，为人民挑一个更重的担子，我们是欢迎的！”在叶剑英的关照下，新的市政府留用了一批经过改造愿为人民服务而又有真才实学的人员。他们在工作中发挥了应有的作用。
在确定了市政府的建设方案并付诸实施以后，叶剑英又主持研究制定了《关于废除伪保甲制度建立街乡政府初步草案》。草案明确规定了彻底废除旧政权后过渡时期的城区（郊区）的政权组织系统和产生办法，城区和郊区的街乡按照这一草案规定，迅速将各级基层政权组织建立起来。
衣食住行关系到千家万户的切身利益。这方面问题解决得好坏，直接影响到人心的向背和新生人民政权的威望。在中共北平市委的领导下，叶剑英带领军管会和市政府的同志们，一开始就抓紧了安定全市200多万人民生活这一基本问题，其中最突出的是解决粮、煤、水、电的供应和统一货币。军管会和市政府在进城前，叶剑英和彭真就指示军管会有关部门，从华北其他地区调运和储备了大批粮食，煤炭及油盐等物资，进城后，采取各种方式将必需的生活资料供应给市民，保证他们的生活需要，并认真贯彻执行中央制定的金融货币政策。市政府按照中央规定，以中国人民银行发行的人民币为北平市本位币，以冀南银行发行的钞票（简称冀钞）和东北银行发行的流通券（简称东北券）为辅币，对伪金元券实行收兑办法，并在市民中进行宣传动员，让工人、学生及其他劳动人民享受优待兑换。不久，又对银元实行了禁止流通、买卖的政策。通过这一系列措施，逐步稳定了北平市场物价，人民生活得到稳定并有所改善，从而安定了民心。
要使民心向党，安居乐业，还需要进一步整顿治安、建立革命秩序。北平曾经是国民党反动派在华北的政治、军事中心。解放后，潜留了大批特务，散兵游勇、土匪小偷、银元贩子也到处为非作歹。加之流散在民间的武器被匪特利用，严重危害人民生命财产的安全和社会秩序的稳定。这些情况，使叶剑英焦虑不安。北平是中共中央所在地，是即将成立的新中国的首都，是全国政治文化中心。必须迅速地有步骤地采取措施，从根本上解决社会治安问题。叶剑英以军管会主任名义发出布告，明确提出要保障全体人民的生命财产，维护社会安宁，确立革命秩序。接着，陆续发布了关于“收缴一切非法武器”、“北平市国民党特务人员申请悔过登记实施办法”、以及“一切社会团体均须申请登记”等布告和通知。在发布这一系列布告和通告的同时，他和彭真领导警备部队和公安部门采取有力措施，坚决打击和肃清暗藏的敌特，捕捉劫盗匪徒，处理散兵游勇。同时，开展号召反动党团人员和特务分子自首登记活动。到1949年秋仅半年时间，就破获潜藏特务匪徒策划的各种阴谋暴动案83起，总共肃清职业特务6700余名，查处散兵游勇3．7万多名。破获制造伪钞、盗窃、抢劫案件1．4万多件。收缴了大批敌特电台、枪支和炸药。
初步解决了治安问题以后，叶剑英紧接着将改进交通秩序、整顿摊贩的问题提上了日程。当时，市内摊贩大都占据要道、路口等繁华地区，妨碍交通，时常引起车祸，并有特务坏人混入摊贩队伍，乘机捣乱，秩序十分混乱。为了解决这一问题，搞好市政建设，叶剑英责成市政府有关部门调查研究摊贩市场的情况，尽快拿出整顿的意见和办法。5月23日晚，他与彭真一起，专门主持召开了北平摊贩代表座谈会。会议一开始，他谦虚地称代表们为“先生”，说：“我们对摊贩还没有管过，我们还是学生，你们是先生，要同你们商量一下，如何管理。集中大家的意见以后，我们便去办。这里，我先向大家提一个问题。他看了看众人，问道：
“过去，国民党的市长们，国民党的市党部和你们开过会没有？对你们用什么方法管理？”
在座的摊贩代表们闻听此言，情绪一下活跃起来：
“那些大官我们连见都见不到，还同我们开什么会呀！”
“警察宪兵动不动就用皮带抽打我们！”
“他们对我们的办法是强制和压迫！”
叶剑英听了大家的意见，继续说道：“是呀，国民党不把人当作人看待，而是当作毛驴一样看待，说打就打，这是他们的反革命本性决定的。只有共产党和共产党领导的人民政府，才真正把人当作人看待，尊重人民，全心全意为人民服务。”
接着，叶剑英深入浅出地讲了对摊贩进行管理的必要性，提出了整顿的明确要求：第一，位置要摆得适当，需要迁移的就选择地方迁移，有的可就地整理。第二，要有手续，登记，领牌照，要纳税。第三，摊贩们要组织起来。他说：“有组织则秩序容易搞好，且可以避免坏人侵入，什么事情都可以有秩序的办理。”
就在这次座谈会后，叶剑英根据同摊贩代表商量的办法，以市长名义发布了《北平市人民政府关于管理摊贩及棚户暂行办法》，对依法办理登记手续，领取营业牌照，按章交纳租税等事项作出了明确规定。经过整顿，全市4．2万户摊贩各得其所，秩序井然，既保护了摊贩的合法营业，又使市政和交通得到了很大的改善。
“市政工作的基本任务，是发展生产。也就是把一个消费的城市改变为生产的城市。”叶剑英1949年4月在北平市人民政府第一次科长以上干部会议上讲的这一番话，道出了他治理北平市的一个重要指导思想。
发展生产，繁荣经济，是改善人民生活，巩固新生人民政权的物质基础。而这个问题，对新生的北平尤为重要。解放前的北平市，经济凋零，生产甚少。解放以后，官僚资本企业已被没收、接管，变为公营企业。对私营民族工业则采取了保护的方针。为了迅速恢复和发展北平市的生产，叶剑英同市委、市政府其他领导同志，遵照党的“公私兼顾、劳资两利、城乡互助、内外交流”的“四面八方”政策，认真钻研经济建设和生产问题，循序渐进地开展了各项工作。
叶剑英和彭真深入到各厂矿，调查研究，召开厂方、工人各种座谈会。向工人群众、民族资本家和工商业者宣传解释中国共产党的政策，并对各厂家分别提出了不同的要求。经过反复动负，广大工人和业主的积极性有了明显提高，他们抓紧生产，使工厂产品的产量迅速回升。
在动员生产的基础上，叶剑英领导市政府，进一步抓了公营企业和私营企业的管理问题，以进一步解放生产力，促进生产的发展。在公营企业中，强调对管理工作进行改革，克服部分领导者中存在的强迫命令、脱离工人群众等官僚主义倾向。同时，建立有工人参加的工厂管理委员会，实行民主管理，贯彻群众路线。在私营企业中，着重根据党的“公私兼顾、劳资两利”的政策，抓了劳资关系的调整，并实行了劳资双方签订集体合同的制度。双方有了合同约束，劳资关系逐步走上正轨。资本家和工人从人思想上弄清了只有在生产的发展中才能使双方获得利益的道理，因而纠纷减少了，生产积极性也更高了。
叶剑英、彭真和政府有关部门还采取由政府投资、银行贷款、开辟原料来源和产品销路等办法，从经济上对公私营企业给以实际的帮助，解决企业生产中的困难。
为了解决“城乡互助，内外交流”问题，叶剑英紧紧抓住了沟通城乡贸易这个环节。市政府成立了城乡贸易指导委员会，积极地发展同许多地区的贸易关系。1949年6月，在叶剑英的直接领导下，市政府工商局举办了工业展览会，邀请华北各地和其他解放区派代表团来北平参加，举行各种座谈会，交流情况，了解对方的需求。叶剑英在贸易座谈会上就工业、农业和商业的相互关系及贸易工作的重要性，作了重要讲话。他说：“在恢复和发展生产的任务中，中心工作当然是发展工业；但要更好地发展工业，就必须重视发展农业生产；农业生产发展之后，能供给城市以原料和粮食，能提高购买力，扩大市场。在这里，城市要供给农村以农具、肥料等生产资料。为了工业农业的发展，城乡必须互助。而工业农业经济，又需要经过商业才能沟通起来。如果工农业产品没有销路，工农业生产就不能继续发展。因此，只有正确地指导贸易，发展贸易，去扩张销路，才能发展工农业。”叶剑英的这些见解，体现了马克思主义政治经济学的基本原理，也符合当时北平经济建设的实际，对于正确地发展生产起到了指导作用。展览会开得很成功。北平市与各地成交了大批货物，开始建立了与各地交换物资的关系，扩大了北平市工业生产的原料来源和产品的销售市场，促进了生产的发展。经过半年多的时间，北平市的生产得到迅速发展。公营企业的生产率有明显提高，私营企业的产值也有了迅猛增长。
叶剑英在大力抓好北平城区各项工作的同时，对北平市郊区的工作也给予了应有的重视，倾注了心血。
解放之初，郊区的土地问题尚没有获得妥善解决。农民们对生产抱着观望的态度。叶剑英经过调查了解，责成市政府负责郊区工作的部门，尽快制订相应的政策。不久，市政府宣布了土地“谁种谁收”的暂行政策，安定了农民的生产情绪。政府给郊区农民贷款人民币2000万元，帮助他们购买农具、种子、牲畜、肥料等。同时，组织兴修水利，打井修井，抗灾救灾。清明节时，又发动群众植树，号召“一人一株树”，扩大城乡绿化面积。市政府成立了郊区土改委员会，具体领导郊区土改工作。经过近1年的时间，市郊各区土改工作先后完成，生产进一步得到发展。
五发展科学教育事业
北平市作为文化古都，文化、教育、卫生等事业具有一定的基础。但是，要按照共产党的政策来发展这些方面的事业，需要做许多艰巨的工作。
在教育事业方面，叶剑英同彭真等一起，首先研究了大学教育问题。1949年3月上旬，他们提出了“关于公立大学的几个方针问题的意见”和“关于私立大学的处理办法”。对于公立大学，实行“抓紧思想领导”、“进行合并”、“迁移校址”等方针。对于私立大学，根据不同的情况给予不同的处理，有的和公立大学合并，有的继续维持私办，有的实在办不下去，若校方主动提出，可以实行接管。他们将这些意见向党中央作了请示报告，得到批准，即付诸实施。