如何确定军事科学的分类体系和研究范围？这是要进一步明确的问题。1958年初，叶剑英指出：“人类知识有两大类，一是自然科学，一是社会科学，综合的是哲学。现在又有个技术科学。自然科学认识自然，技术科学改造自然。社会科学发展到今天，军事科学又成为社会科学的一部分。”他认为，军事科学应当是研究战争和战争指导规律的科学，战争和战略的理论是军事科学的骨干。1960年2月在军委扩大会议上，他更明确指出：“军事科学研究包括的范围很广，为了研究工作的方便，大体上可划分为：理论科学与技术科学两个部类。理论科学包括：军事思想，主要是研究战争基本理论，如军事与政治、军事与经济的关系、建军路线等；军事学术，主要包括战略学、战役学、战术学、军制学、战争动员学、军事历史学、军事地理学、军队训练学等。技术科学主要是军事技术，研究各种武器与装备的构造、原理、性能和使用等。”这一科学的阐述，是叶剑英根据马列主义、毛泽东思想和古今中外军事理论，结合中国军事科学研究的实践经验而提出来的独创见解，具有很高的理论价值。它明确了人民解放军军事科学的体系构成，对推动军事学术研究的深入发展具有重要意义。
如何坚持“以我为主”的原则，进行军事科学研究？这也是在军事科研方针上需要进一步明确的问题。无论编教材，写条令，钻研每个专题，都要有依据。依据什么？叶剑英提出：“一定要以我为主”，这就是“以毛泽东军事思想为指针；以保卫祖国的战略方针为依据；以总结我军经验为主，有选择地吸收苏联及其他国家的经验；认真地研究敌人；从我国我军现时情况出发，照顾到今后可能的发展。”叶剑英解释说，这五条是个统一体，不能孤立与分割。毛泽东军事思想是我们进行军事科学研究工作的统帅和灵魂。总结经验、学习友军、研究敌人都必须运用毛泽东的军事思想作指导。人民解放军的经验是我们研究与发展军事科学的宝贵基础。现实情况是我们的立足点。照顾将来就是要看到发展。总起来贯穿着一个“以我为主”的精神，就是要“在我军已有经验的基础上，从客观实际情况出发，独立自主地考虑问题，解决问题。”叶剑英强调指出，“以我为主”，有主就有次，主次是对立的统一。“我”不是孤立存在的，“我”的对立面是“敌”，我的旁边是“友”。因此，“以我为主”还要有选择地学习苏联及其他国家的先进经验，认真研究敌人。“我”本身有过去、现在和将来，因此要在总结过去经验的基础上，立足于现实，着眼于将来。由此可见，上面提到的各点互相之间有其内在的联系，其中主导的是毛泽东的军事思想。只有掌握了毛泽东军事思想才能正确的解决我、友、敌和过去、现在、将来的关系。
为了贯彻军事科研方针，保证科研工作顺利开展，叶剑英还提出要处理好两个关系：一是研究工作同教学、“生产”工作之间的关系。他明确指出，这三者统一的基础是实践，实践是检验真理的标准。他说，研究人员要参加到院校的教学和部队的训练中间去进行研究，特别要到基层连队里去，同他们一道进行教育，一道进行训练，一道进行实验。然后才能鉴定自己的研究成果，是否合乎客观实际的需要。二是研究工作与战备、训练之间的关系。写条令贯穿着以战备为纲，训练也是为了战备，要把研究的成果提供给部队，改进训练，改进技术兵器。研究是为战备服务的。”
叶剑英经过一段实践探索，制定了《两年军事学术研究工作规划纲要》，并在全军各大单位进行了明确分工和安排。全军军以上单位普遍建立了军事科研机构，组织起一支7900多人的研究队伍，出现了全军动手搞科研的新局面。
四发扬“攻关”精神
攻城不怕坚，
攻书莫畏难。
科学有险阻，
苦战能过关。
这首著名的“攻关”诗，是叶剑英几十年战斗、学习的经验概括。在军事科学研究的领域，他同样倡导和发扬这种求知若渴、知难而进的攻关精神。
他非常重视学术研究的准备和积累，提高研究人员的理论水平。学术准备的重要工作是理论准备，就是刻苦攻读马列和毛泽东的著作，特别是军事著作。在他的指导下，军事科学院先后编辑出版了马克思、恩格斯、列宁、斯大林和毛泽东的军事文选，还编辑了一些文摘和专题论述，供院内外研究人员学习。叶剑英在出席军事科学院的各种会议中，几乎是逢会必讲，动员大家下苦功夫读书学习。他指出，学习不仅是从事共户主义事业，改造世界观的需要，而且是从事科学研究的特殊需要。只有认真学习并掌握马克思主义，特别是马列和毛主席的哲学思想和军事思想，才能进行正确的军事研究，同时也只有如此，才能把解放军的宝贵经验系统化，上升为理论。他形象地说：“理论好比是一条红线，老同志一脑子珍珠玛瑙。再好的一箩珍珠，不用红线穿起来，还是一箩珍珠。”
在学术准备方面，叶剑英首先从自己做起。他的办公桌上有一个座右铭：“抓紧时间工作，挤出时间学习，偷点时间休息”。他在那翠柏红枫、藏书数千卷的“二号楼”里，孜孜不倦地攻读各种书籍。文史经哲、诸子百家、诗词歌赋，无所不读。“书丛藏醉叶，又是一年秋”。他这位早在大革命时期就有“儒将”之称的“书迷”，年复一年，刻苦钻研马列著作，反复学习《自然辩证法》和军事辩证法，特别用功精研毛泽东的军事著作，深刻领会人民军队、人民战争及其战略战术思想。他把读书的零星心得集中起来，写成笔记和文章。他的许多著述是理论与实践结合的典范。他深感自己知识不足，除了学习政治理论书籍之外，还聘请院内外“老师”，帮他攻读历史、地理和自然科学，学习外文。他像一个小学生那样尊师重道，重新补课。他经常用“力戒骄傲”四个字要求自己、教育别人。他引证古语说，“满招损，谦受益”，“良贾深藏如虚，君子盛德若愚”。一个人不骄傲自满，才能把人家的一点一滴的水珠加进自己罐子里去，时刻感到不足，才能欢迎人家的批评与建议。他非常谦虚地说：“我这个院长，实在惭愧，脑子里的科学也不多。怎么办，要么爬上琅琊山，要么退休，解甲归田。还是要爬山，科学的大山要爬。马克思五六十岁才学俄文，干到老，学到老。人生就要干，要斗争，要战斗，前进的人生。”
榜样的力量是无穷的。叶剑英以自己的模范行动来影响和带动周围的同志和军事科学院研究人员的学习。他经常向大家推荐新出版的著作，并提倡“一人读书，众人受益”的办法，组织身边工作的同志，作出计划，分头读书，然后集体汇报内容，同大家一起议书评书，谈学习收获。不论在院里或到外地，一有机会他就督促检查大家的学习效果。据高锐回忆，一次在武汉，他突然“考”起身边的军科研究员，问他们读了《马克思恩格斯军事文选》没有？读懂没有？他和大家重温恩格斯的《步枪史》，颇有感慨地说：“恩格斯在那样的年代，条件那样差，还写了那么多军事著作。他甚至花费那么大精力，对步枪的历史作了那么系统的研究，时至今日，我们从事军事科学研究，还写不出那样的作品，说来真是惭愧！”他严肃而又诚恳地教育大家，要以革命导师从事科学研究的态度和精神，挤出时间下苦功夫读书，钻研学问。
叶剑英提出，做好学术准备，还要向实践学习，向部队学习，向老同志学习。他同几位副院长多次组织研究人员深入部队取经“探宝”，陆续整理出人民解放军著名战例、战役战斗经验和战史资料数万件，并邀请老红军、老八路座谈体会，撰写文章。叶剑英还提出向外军学习，向敌军学习。在他的倡导下，军事科学院还专门举行军事学术讲座，规定每星期五开课一次。第一次讲座，他和宋时轮等到会带头讲演。他强调指出，举办讲座，不仅要学马、恩、列、斯著作和毛主席的军事著作，学习克劳塞维茨《战争论》等外国著名军事著作，也需要学点我国古代的东西，接受古人的经验。在方法上，他提出“一是自学，二是互教”，不管是谁，只要对某一问题有研究，就让他当先生。叶剑英还领导军事科学院建立起了资料处和图书馆，出版了古代兵法选辑等书籍。此外，他还积极促办学术《通讯》、学术《动态》等刊物，使军事科学院有了一个“瞭望台”和学术交流的阵地。
五群众冷暖挂心头
叶剑英在创建和领导军事科学院期间，不但在思想建设、组织建设、学术建设、作风建设等方面付出了巨大的心血，而且非常关心群众的生活，注意干部生活福利的保障。建院时，他就提出院内设立门诊部、幼儿园和合作社。还建立了几个生产基地。在60年代初的生活困难时期，他特意组织人员到外地打黄羊，搞豆子，想方设法保证大家渡过难关，专心致志从事科学研究工作。而他自己则节衣缩食，过着艰苦朴素的生活。他的女儿向真回忆这一段生活时说：记得六十年代初，我在大学读书时，因为营养不良，得了浮肿病。父亲见我面孔苍白浮肿，什么话也没有说过。上大学后，和父亲在一起的时间不像儿时那样多了。能和父亲聚一聚，见见他慈祥的面容，成了一件经常盼望的美事。正巧一天下午没课，中午我就回了家，和父亲共进午餐。桌上的菜虽然简单，但对我来说也是“久违了”，心想可以饱餐一顿了。我端起饭碗大口吃起来。过了一会儿，才发现，父亲根本没动筷子，只是用一种异样的神情望着我。
“爸，您怎么不吃呀？您不舒服？……”
“女儿，你知道不知道，这几天，毛主席都不吃肉了。他对炊事员讲：全国人民都没有肉吃，为什么还要给我肉吃？每次端上肉来给他，他都让端回去，……他不是别人哟，连他都不肯吃肉了。……”父亲的声音开始颤动，说不下去了。一个饱经风霜的老人，表情忧伤而痛楚，眼圈都红了，我作为女儿在他身边，心里说不出地难过。我知道自己是无法排遣他的沉重心情的，因为在他心里，正想着暂时困难给全国人民带来的痛苦。