粉碎“四人帮”后，中共中央作出决定，宣布为”二月逆流”平反。1981年3月18日，邓小平在同《关于建国以来党的若干历史问题的决议》起草小组负责同志谈话时说：“所谓‘二月逆流’，不是逆流，是正流嘛，是同林彪、‘四人帮’的反复斗争嘛。”
七到新华印刷厂“蹲点”
1968年底，毛泽东亲自抓北京的“六厂二校”作为指导“斗、批、改”的试点单位。1969年春节，毛泽东找几位元帅谈话，要他们到工厂去蹲点，作点调查。叶剑英被指定去新华印刷厂。
叶剑英冒着凛冽的寒风来到二里沟车公庄的新华印刷厂，同陈云、谭启龙一起学习、劳动。他在装订车间，一面参加学习、劳动，一面接触工人搞调查研究。在车问里，他以一个普通劳动者的姿态，出现在工人群众中间，和工人同吃同劳动，尽自己最大努力干些体力活，同时参加学习班的批判会、讨论会，虚心向工人学习。为了学到更多的东西，他还在厂里的安排下，到别的车间去参观访问，详细了解生产的每道工序，并同工人们座谈劳动经验体会，支持革新创造，关心群众疾苦。厂里的干部和工人知道他是军队元帅和中央领导人，70多岁了，身体又不好，就主动照顾他，劝他多休息，单独开伙吃饭。但他一再表示，自己是来学习的，都婉言谢绝了，始终遵守工厂的规章制度和劳动纪律，坚持同工人们一起作息，一起到大饭堂就餐。工人们很感动，亲切地叫他“老叶”，愿意同他说心里话。普遍反映，“老叶”平易近人，艰苦朴素，和咱们心连心。这期间，叶剑英常给在自己身边的子女和侄儿选钧等谈自己在新华印刷厂劳动的情况和收获，说自己“每天向工人学习，受到教育很深”。周恩来对他十分关怀，特意派杨德中几次去看望他，并带话嘱咐千万注意身体。叶剑英给周恩来写报告，谈自己在工厂锻炼学习的体会。报告中赞扬工人的革命品质，谦虚地表示自己“落后了，要赶上去”。
八对国际新战略的建议
1969年3月，苏联军队悍然入侵中国黑龙江省虎林县珍宝岛。
这时叶剑英虽然被迫离开军委领导工作岗位，但对“文化大革命”中发生的这一重大事件极为关注。3月初，他根据毛泽东、周恩来指示，同其他几位在北京“六厂二校”蹲点的元帅一起讨论国际形势。3月18日向中共中央、毛泽东写了报告，提出了7条具体建议。3月下旬，他同其他几位老帅一起多次研究了珍宝岛反击作战问题，并根据研讨的意见由他负责整理了一份《从世界的森林看一棵珍宝岛树》的报告，呈报毛泽东主席。报告站在世界全局高度分析了苏联军队突然入侵珍宝岛的原因、目的及其发展趋势，进而揭示了美苏称霸全球的战略企图、与各国之间的矛盾斗争。报告最后对民兵建设、军事训练、军工生产等一系列问题提出了具体建议。“珍宝岛事件”以及由此加剧的中苏关系一紧张局势，一直压在叶剑英的心头。在这一事件一周年之际，叶剑英身处外地，肺病复发，犹念及苏联百万大军压境的威胁，以《珍宝岛》为题赋诗一首：
病阅聊斋事可伤，
恒娘读罢又庚娘。
敌军压境魔侵肺，
心在边疆身在床。
1969年4月，中共第九次全国代表大会在国际国内极其紧张的形势下召开。在这次大会上，由林彪作的政治报告中再次批判“二月逆流”。叶剑英在会上根据当时的国际形势，特别是珍宝岛事件，在发言中强调要保持军队的稳定，争取时间加强训练，提高部队战斗力，准备打败敢于来犯的任何敌人。而林彪、江青一伙则鼓吹国际“中心转移论”，强调军队要“突出政治”，对叶剑英继续进行围攻。但是，德高望重的叶剑英，却受到大会绝大多数代表的拥护和爱戴。在中共九届一中全会上，经毛泽东、周恩来等提议，他当选为中央政治局委员。
九大以后，叶剑英和陈毅、徐向前、聂荣臻等几位元帅，接受周恩来总理交代的任务，从6月7日开始，多次在中南海武成殿聚会，在陈毅主持下，全面深入讨论国际形势和战略问题。在会上，叶剑英作了几次很有见地的发言。他在发言中，根据国际形势的发展，强调要利用美国、苏联和欧洲各国之间的矛盾，尽快打开中美之间的僵持局面，恢复中美会谈。他说，现在美国不得不从南越逐步撤军，苏联在大力推动建立“亚洲安全体系”，尼克松访问亚洲五国，是怕苏联接管“真空”。美国国务院宣布“两个放宽”，步子虽然不大，但表明尼克松想拉中国的新动向。后来由参加会议作记录的熊向晖等根据元帅们讨论的情况，整理成一份书面报告《对战争形势的初步估计》，于7月11日由陈毅、叶剑英，徐向前、聂荣臻签署，上送周恩来总理转呈毛泽东主席。在这份报告中，四位元帅对中、美、苏“大三角”的战略关系进行了深入的研讨，全面地分析了“中、美、苏三大力量之间的斗争”，着重地对苏美矛盾进行了深层次的分析，并判定：中苏矛盾大于中美矛盾，美苏矛盾大于中苏矛盾，反华大战不致轻易发生。报告全面地勾画了国际战略新格局，为打开中美关系局面提供了依据，为中共中央和毛泽东主席制定重大战略决策作出了历史性的贡献。
这一年9月，越南劳动党主席胡志明逝世。叶剑英作为副团长陪同周恩来率中共代表团于9月4日乘专机前往河内吊唁，并与越南领导人举行会谈。
九“流放”湖南
但是，林彪一伙并没有放弃对叶剑英等的迫害。1969年10月，他们借口所谓“紧急战备”需要，迫使叶剑英等许多老同志离开北京奔赴外地。年过七旬的叶剑英被“下放”到长沙，以后又辗转流徙于岳阳、湘潭、广州等地，含冤受屈，受尽林彪及其追随者们的冷遇、刁难和折磨。同时也受到许多领导人和基层工作人员及群众的关怀和爱戴。周恩来曾亲自打电话慰问。下放到江西的王震特地赶到湖南看望。湖南省军区的一些好同志对处在困境中的叶剑英尽力给予关心照顾。叶剑英和这些同志相处甚安，经常说古谈今，启发他们读书明理，做一个真正的革命战士。他在外地的弟弟和子女偶尔来看望，或捎信来问候，他表示感谢：“千里寄书能慰我，似逃空谷听人声”，在给选宁的复信中写道：“祸兮福所倚，福兮祸所伏”，“施人慎勿念，受施慎勿忘”。
在“战备疏散”期间，叶剑英虽然身处逆境，年老多病，儿女失散（有的在监，有的致残），但仍胸怀开阔，泰然处之，始终保持旺盛的斗志和乐观情绪。每天坚持读马列、毛泽东著作和古典文学，学习外语，坚持锻炼身体，坚持收听广播，关心天下大事，为国为民忧心。他利用各种机会，经常出外走一走，转一转，参观工厂，看望群众，向有关部门领导反映情况，提出合理化建议。他登临岳阳楼，极目八百里洞庭，览物动情，反复吟诵范仲淹的名句：“居庙堂之高，则忧其民；处江湖之远，则忧其君。”“先天下之忧而忧，后天下之乐而乐。”爱国利民，其志更坚。心有所感，则吟诗填词以明志。1970年端午节，他遥望汨罗江，凭吊屈原，作诗一首：
泽畔行吟放屈原，
为伊太息有婵娟。
行廉志洁泥无滓，
一读骚经一肃然。
叶剑英平生十分敬佩屈原的诗品和人品。他设身处地，想起屈原当年的放逐生活，以“行廉志洁”来鞭策自己。他默默地忍受着不公正的待遇，不提任何特殊要求，经常告诫身边人员，不能给人家添麻烦，不准搞特殊。他在岳阳招待所，亲自下厨房感谢炊事员陈炳生给他做的可口的饭菜。有一次，他与陈聊天，看到要把剩下的藕汁倒掉，便劝阻说：“陈师傅，这是好东西，丢了太可惜。替我留下来，下顿饭给我喝！”使在场的同志很受感动。
十揭穿陈伯达的真面目
1970年7月6日，叶剑英突然被告知，由长沙乘机返回北京。刚到住地二号楼，周恩来即打来电话，表示欢迎和慰问。紧接着，到京西宾馆连日开会，为中共九届二中全会作准备。
从此，叶剑英结束了长达300天的“流放”生活。
8月23日，中共九届二中全会在庐山召开。叶剑英同中央其他领导人于8月20日飞上庐山，参加会议。毛泽东主持会议。会上。林彪、陈伯达一伙早有预谋，搞突然袭击，抛出“称天才”的材料，坚持设国家主席，迫不及待地进行抢班夺权。当即受到毛泽东、周恩来以及与会多数同志的揭发批判。叶剑英坚定地站在毛泽东一边，保持清醒的头脑，旗帜鲜明，实事求是地与林彪、陈伯达进行斗争。
中共中央宣布对陈伯达进行审查。会议结束后，毛泽东在庐山住地同周恩来、叶剑英连日研究“批陈”问题，确定逐步开展“批陈整风”运动，并把调查陈伯达反革命历史和政治面目的任务当面交给周、叶。11月，叶剑英在中南海怀仁堂主持召开了参加调查小组的人员和中央办公厅及有关部门负责人会议。会上，他明确交代了任务，提出了要求，特别强调要坚持实事求是，重证据，调查研究，严禁逼供信。会后，他亲自带领工作组，奔赴陈伯达家乡福建惠安县陈安大厝和厦门鼓浪屿、集美等地调查。然后又去广东、广西等地找有关人员座谈，提审在押人员，查阅敌伪档案报刊，进行反复查证。为了弄清问题，他亲自找人谈话，掌握第一手材料，有时谈到深夜一、二点钟，在调查研究过程中，他及时与中央联系，亲自给中央写工作进展情况报告。经过几个月艰苦细致的工作，终于查清了陈伯达这个政治骗子的反动历史，比较系统地揭露了所谓“红色理论家”的真面目，为中央清除林彪与陈伯达等反革命集团做出了重大贡献。