叶剑英早就对旧县衙办案不公，十分反感。在梅县执政后亲自察看监狱，了解案情，平反冤案。他十分关心发展教育事业，为解决学艺中学办学经费，决定由政府出面，通令全县征收生猪屠宰税，全部用来资助学艺中学。
雁洋故里的亲人们听说叶剑英当了县长，奔走相告，都为叶家出了个县官而自豪。他的几个远房伯父想让他给安排在县府当差。叶剑英耐心地对他们说：封建时代讲究一人得道，鸡犬升天，谁家出了个当官的，亲朋故旧全都沾恩带惠，坐享荣华。如今时代不同了，我们是实行孙中山先生三民主义的革命政府，与过去的县衙完全不同，不能随便安插人，请伯父们谅解。
伯父们还是通情达理的。但也有个别亲属想不通，在叶家祠堂内贴出了一首表示不满的打油诗：
虎头山上英雄树，
英雄树开英雄花。
花开时节蕾满树，
为何不见花接花。
这首诗，从另一个侧面反映了叶剑英为官清廉的风貌。
叶剑英并不是不近情理的人，他对贫苦乡亲的困难总是极力想法帮助解决。雁洋有个叫赖宾庭的人，家庭负担重，被迫向一个乡绅借高利贷，因还不起钱，跑到南洋躲债。有人劝他的妻子“钓两尾鱼”到县政府去找县长。叶剑英见了，让她把鱼带回去自己吃，随即派人找来那个乡绅，申斥他放高利贷是不合法的，指出只能按正常利息还本付息。乡绅只好同意。赖宾庭的妻子十分感激，告诉她的子女世世代代不要忘了叶县长的恩德。直到现在，赖家后辈们还时常向人们讲起当年叶县长帮助他家渡过难关的故事。
在离梅县县城东北140里处的王寿山广福寺里，有个无恶不作的恶僧。百姓对他恨之入骨，但因其常用银两疏通官府，一直逍遥法外。当地受害乡民听说来了“革命县长”，就联名到县府投诉。那个恶僧听说此事，特意派人给县长送来300块光洋。叶剑英知道后，严斥道：“别说300块，就是3万块大洋也休想打动我！”令人将光洋悉数退回。接着，他根据县政府调查得到的确凿证据，下令将那恶僧捉拿归案，并召开公审大会，当场正法。民众拍手称快，一些土豪劣绅则闻风丧胆。
叶剑英在梅县执政期间，在繁忙的军政事务之余，还深入底层体察民情。一次，他到乡下访问，听到一个老同学说，县府有人正在用公款起屋。他回到县府一查，果然发现有个协助他料理财务的人挪用公款100多块光洋给自家盖房子。叶剑英立即召集政府有关人员讲解孙中山的三民主义，说明政府人员要革除时弊，廉洁奉公的道理。那个挪用公款起屋的人自感惭愧，会后立即把100多块银元退回来，并向叶县长作了检查。叶剑英厉行德政，除暴安良，不受贿、不收礼的事很快在梅县传开，远近的民众都说他是个革命的“清官”。
叶剑英不仅实行廉政，而且治军也很严。他每天工作无论多么紧张，总要抽出时间去巡查军队驻扎情况，一来关心部队生活，二来检查纪律情况。有一天，他巡查营房时，发现有个营长占用了房东准备娶儿媳的“洞房”。他找到那个营长，以严肃又和蔼的口气劝他搬家，说：“如果找不到地方，可以搬到我住的地方去。”说得这位营长面红耳赤，心悦诚服地搬出了“洞房”。还有一次，他微服出访，碰到一老一少，反映有个连队压价买粮。他立即找到那个连队，让他们把少付的钱送还卖粮老人。
在叶剑英的整顿下，二师驻军秋毫无犯，爱护百姓，受到梅县民众的交口称赞。
五痛悼张民达师长
1925年3月，正当叶剑英在梅县励精图治之际，从潮州传来了师长张民达不幸遇难的消息。叶剑英感到十分震惊和悲痛。他急忙安排了一下政务和军务，火速赶往潮州，处理张民达的丧事。
叶剑英到达潮州以后，方知张民达是坐船去汕头途经潮州湘子桥时，舟覆殉难。因水深流急，张民达的遗体尚未找到。叶剑英一面派人继续寻找遗体，妥善处理烈士的善后事宜，一面整饬队伍，安抚军心。
第二年春，叶剑英接到张民达遗孀邓淑贤的来信，得知张民达遗骸已在韩江下游找到，悲怀之余，总算得到一点安慰。他想起同张民达出生入死，并肩战斗的岁月，心情久久不能平静，提笔直接向广州国民政府主席汪精卫写了《请褒恤张故师长》的呈文。在呈文中，他满怀深情地追述了张民达的革命业绩，写道：
“张故师长平生笃信主义，确为先总理之信徒，其勇敢无畏，又为革命党之健将。……十四年春，复举东征，召集全师鼓励杀敌，有进无退，猛攻猛进，为唯一作战方案。故第二师为东征先锋军焉。石滩、淡水、海丰、潮州、昭隍、梅县、蕉岭诸役，均督率所部，奋厉扑进，所向披靡。”
呈文的后半部对张民达的革命精神和品德，给予了高度评价：
“张故师长少年留学南洋，与军旅之事，虽非夙习，而不爱钱，不怕死，不应酬，无嗜好；只知有党，不知有身；只知有国，不知有家；只知有公理，不知有私情。其治军也，与士卒同甘苦，百折不挠。其应敌也，虽遇至难极险，而态度雍容，若克事然。其成功也，谈笑出之，视为寻常，无足措意焉者，洵为近代将官难能而罕睹，殆天生一具革命军人模范者也。”在呈文最后提出了褒恤的请求：“张民达生平不治家产，殁后两月遗腹生一女，孤寡茕茕，凄侧堪伤，可否援照将官阵亡条例，厚仪饰终典礼，从优褒恤遗属。并将生平信行及战绩，宣付国史之处。”
后来，国民政府追赠张民达为陆军上将。中华人民共和国成立以后，叶剑英继续关心着张民达及其遗属的褒恤事宜。1952年，他在广东主政时，特报请中央人民政府批准，给予张民达以烈士称号，重整烈士的故居和陵墓，并按时给烈士的妻、女发抚恤金。烈士遗属对此一直十分感激。
六平息香洲兵变
1925年4月，叶剑英奉广东留守府和粤军司令部电召，从潮州到达广州商讨防范军阀杨希闵、刘震寰叛乱事宜。4月27日，他忽然接到香洲独立营发生兵变的消息，感到十分吃惊和愤慨。
原来，滇、桂军阀杨希闵、刘震寰勾结驻石岐（今中山县）的粤军团长古鼎华，与隐藏在独立营内的一小撮反动分子，经过一段时间密谋，于26日夜发动叛乱，将思想进步的陈雨荣、李公剑等25位军官、士兵全部杀害了。他们还把刚运到的军饷劫走，运到坦州给土匪头子，壮大土匪武装，然后再折回湾仔逃往澳门去了。
叶剑英闻讯立即乘舰到达香洲，一面安抚群众，整顿队伍，收殓遇害烈士的遗体，一面迅即与澳门当局联系，派人捕获罪犯。几天后，10余名歹徒被引渡归案，正法示众。
为了缅怀烈士，独立营和香洲民众把死难烈士安葬于香洲狮山之阳。与此同时，叶剑英与邓良发起成立崇义社狮山保管委员会，筹集资金兴建烈士墓。香洲群众代表甘湖、甘金星等人联络群众90多人参加，后来发展到几百人。叶剑英亲自主持召开了追悼大会，沉痛哀悼死难烈士。参加追悼会的有驻军全体官兵和各界群众，学生600多人。叶剑英要求官兵们安定情绪，坚守岗位，继续为革命效力。
经过几天的紧张工作，香洲兵变平息了，善后事宜基本结束。5月，香洲独立营奉命改编为新编团，叶剑英兼任团长。不久杨、刘叛乱告急，叶剑英奉命离开香洲，返回二师。他率部日夜兼程，从东江向石滩进发，参加平叛作战。他指挥部队配合黄埔校军，在瘦狗岭，白云山一带向叛军发起猛烈攻击，将敌击溃。
1925年8月，前线战事稍平。这时，香洲烈士墓即将竣工，叶剑英应狮山保管委员会之请，为烈士墓园中的赍志亭撰写了碑记。他慷慨悲愤地写道：
“世上论兵变者有三：曰中反间；曰上虐下，曰索饷糈。方其未变也，蒸郁酝酿，波澜回涌；及已变也，焚掳劫杀，横决溃崩，莫之能御。数年来盖数数睹矣！而我香洲之变，无一于是也。呜呼恸哉！……死难之士，皆吾党英俊杰出之才，其志趣之高尚，气概之雄迈，操守之坚贞，精神之伟壮，诚难能而可贵者。今皆赍志而终，不克见其短衣匹马，尽节疆场，杀贼立功，重光家国，其恸何如！嘻！世路崎岖，人心叵测，自图其安，而予人以至危；见有贤智之高出己者，曾不思见贤思齐，而反忌其有所建树，不惜牺牲家国之英才，而讳人之功业莫出乎己上也。此其人之不肖，宁为天地之所容，鬼神之所许耶？悲世事之变幻，痛亡友之冤抑，伤人心之莫问，因刊石而记之。后之来者亦将不胜悲叹！……”
赍志亭竣工后，叶剑英于10月3日在香洲与各界人士一起，为烈士举行了隆重的追悼大会。他并填写了一首《满江红·香洲烈士》词，对烈士表示深切悼念。词曰：
镇海狮山，突兀处，英雄埋骨。曾记得，谈兵虎帐，三春眉月。夜半枪声连角起，繁英飘尽风流歇。到而今堕泪忍成碑，肝肠裂。
革命史，人湮没；革命党，当流血。看搀枪满地，剪除军阀。革命功成阶级灭，牺牲堂上悲白发。更方期孤育老能养，酬忠烈。
叶剑英还布置新编团收集清理烈士遗物，指派专人送给烈士家属，同时还送去经叶剑英签名的“烈士墓全貌”、“追悼会”、“烈士遗容”3幅照片，以及金戒指1只，大洋100元作为抚恤慰问。他亲自将梅县籍的17位烈士的遗物护送到梅县，并登门拜访了附近的李公剑等几家烈属。参谋陈雨荣是叶剑英的结拜兄弟，牺牲时家里遗下母亲和妻儿。他母亲因受刺激，神经失常。他的妻子房礼妹既要侍奉婆母，又要抚养两个幼儿，生活十分困难。叶剑英不断接济他们；直到烈士的一对女儿长大成人。
新中国成立后，叶剑英任广东省政府主席时，每年都去看望守陵的甘湖伯，凭吊香洲墓。并热心关照当年同他一起奋战过的烈士的遗孤。1980年，叶剑英回故乡时，听说房礼妹尚健在，便亲切地接见了她。房礼妹将叶剑英55年前送给她的唯一的一张烈士照片又送给叶剑英。叶剑英用颤抖的双手抚摸着照片，不禁热泪盈眶。叶剑英离开故乡时，专门派人给房礼妹送去100元钱，并附一封短信。信中写道：“送上人民币一百元，聊为补贴家用，相信随着祖国四个现代化的迅速实现，家庭之困难必能逐步得到解决，望烈士之后人当继承遗志，为这一伟大的事业多做贡献。”
七二次东征
1925年夏，粤军第二师从东征前线回师，参加平定了杨、刘之乱。这时，由于师长张民达的意外遇难，许多“官迷”觊觎师长宝座，屡屡制造事端。叶剑英素以淡泊明志，与二师司令部人员、后方主任侯山等团结合作，支撑局面。侯山由于同叶剑英关系密切，不幸被一个叫“黑鬼宋”的军官暗杀。叶剑英受命接替侯山管理两广盐场，担任两广盐务缉私处代办的职务，负责稽查香洲一线的过往兵舰和商船。他在任职期间，廉洁奉公，将所收盐税款全部交公，用作军费，个人从不动用分文。
1925年7月，在中国共产党的倡议下，中国国民党把广东的大元帅制政府改组成委员制的国民政府。8月将广东的各系军队仿效苏联红军建制，统一整编为国民革命军5个军。蒋介石任第一军军长，周恩来任政治部主任。叶剑英所在部队合并到第一军，他仍担任新编团团长兼两广盐务缉私处代办。
这期间，国民党内部左派与右派之间的斗争日趋尖锐激烈。在国民党右派的策划下，8月20日，廖仲恺遭到凶手的暗杀，以身殉国。廖的被害激起了广大人民群众的巨大愤怒，对他的悼念形成了一场革命斗争。叶剑英对廖先生的遇害，悲愤交加，发誓为廖先生报仇雪恨。他登门去看望廖夫人何香凝和年少的廖梦醒，廖承志姐弟，表示亲切慰问。他代表新编团全体官兵参加丧礼，并送上一副亲笔书写的挽联：
念载尽忠党国，宏济时艰，赫奕大名满海内；
崇朝遭狙云亡，天柱遽折，愁云暗淡笼羊城。
廖仲恺被害后，国民党内部的斗争更加激烈。右派分子争权夺利，互相倾轧。叶剑英对右派分子十分鄙视，坚持为确定的革命目标奋斗。1925年9月他为老同学张国森所著《云南讲武学校华侨同学旋粤记》写序，充分表现了他的志向和情操。这篇序言写道：
“吾粤华侨留滇同学，先后归粤达三百人，尚无机会统一思想，向同一目标为吾党奋斗。类皆各尽所能，以供党务，扬镳分道，无畏至尊，年来事迹，莫之稽也。同学张君国森热心党务，辑留滇同学旋粤记成，以示余日：为我序之。剑英忝辱同袍，返粤五年，勉随诸君子后，鸡呜铁马，未渡黄河，社鼠城狐，依然窥伺。观吾同学为党奔驰于海内海外，以宣传为贡者，惭何可言。夫吾党革命尚未成功也，愿吾同学，手旋粤记而读之，益期奋勉党事，庶几此记可以赓续成之。安知夫英雄轶事，不为他年考据家之津梁乎！”
在此期间，窜逃闽赣边境的陈炯明，乘东征军回师广州平定杨、刘，清理廖案之机，重新纠集各路叛军约4万多人再次窜回韩江、东江地区，横行肆虐，荼毒生灵。一度归顺过来的杨坤如再度叛附陈炯明，盘踞惠州。而盘踞广东南路的邓本殷等叛军亦伺机蠢动，企图东西联合，夹攻广州。在这种形势下，国民政府命令国民革命军进行第二次东征。9月28日，国民政府军事委员会任命蒋介石为东征军总指挥。叶剑英率新编团，同张发奎的独立旅和张民达、许济旧部一起，随东征主力第一军，向东江进发。
叶剑英率部作战，于10月初进占淡水。他奉国民政府命令将所部改为党军第一支队，任支队司令，旋即奉命返回惠州及博罗等处作战。当时的《广州民国日报》于10月26日作了如下报道：“前建国粤军第二师叶参谋长剑英将所部新编团出发前方，业经前报。兹查叶氏抵淡水后，即奉国民政府命令，将所部改为党军第一支队，以叶为支队司令。同时蒋总指挥并以我军右翼，着着胜利，兵力十分充足，特准叶司令率所部回驻惠州城及博罗等处，加入中路作战。叶奉令后，已率部队开抵惠城候令进取云。”
据东征老战士刘耀枢回忆，10月13日，叶剑英率部配合友邻部队攻克惠州后，奉命留守惠州、博罗一带维持治安。11月，东江平定，广东革命根据地基本统一。
在两次东征中，蒋介石知道叶剑英文武双全，能攻善守，是个“儒将”，便于12月电令调其任嫡系部队教导师的团长。1926年1月12日《广州民国日报》上曾披露：“东征军第一支队队长叶剑英，于前次奉命出发东江，对于讨逆，颇著劳绩，现在粤局既已统一，临时名义，极应取消。前经蒋总指挥委叶氏为教导师第二团团长。”不久，教导师改为二十师，叶剑英被提升为副师长。
1925年，对叶剑英来说是不平凡的一年。他在军事上大展宏图，发挥出了杰出的才能。两次东征中，他不仅与苏联军事顾问加伦、罗加乔夫等亲密合作，朝夕相处，而且时常接触周恩来，在思想上深受其影响。同时，他还结识了徐彬如（广东大学中共地下总支书记）、熊锐以及包惠僧（教导师党代表）等共产党员，向他们借阅马列主义的书籍，请教时局和理论问题，对共产主义有了更多的理解。徐彬如回忆说，东征以后，叶剑英越来越靠近共产党，在政治上更加成熟了。