4月18日至29日出席第二届全国人民代表大会第一次会议。在会上当选为人大常委会委员，并被任命为国防委员会副主席。
5月30日在穿山半岛渡海登陆演习讲评会上发表讲话。
6月16日出席在大连召开的编写战斗条令座谈会，并讲了话。
7月14日出席在南京召开的编写合成军队战斗条令概则专业会议，并讲了话。
7月27日在军事科学院干部会议上谈学术研究的方针、方法问题。
8月2日至16日在庐山出席中国共产党八届八中全会。
9月26日根据中共中央政治局决定，任中央军委常委。
10月23日和27日和中央军委副主席贺龙、军委常委罗荣桓、徐向前视察炮兵第六师，并观看了该师的实弹射击和技术装备。
11月7日为纪念《关于纠正党内错误思想》发表30周年，在《八一杂志》上发表《中国人民解放军永远是党和人民的驯服工具》一文。
11月28日和朱德、贺龙、聂荣臻、罗荣桓等领导人视察装甲兵第一坦克学校。
11月30日在武汉主持召开军师团营战斗条令专业会议。
12月7日向中央军委提出拟在军事科学院建立“军事技术教研馆”的建议。
12月9日在高等军事学院、军事科学院党员干部会上，作《对战争估计和国防建设问题》的报告。
1960年63岁
1月3日出席全军训练工作会议，就战争与和平及部队训练等问题作了讲话。
1月在武汉出席审修条令专业会议，就有关未来战争和学术研究工作作了重要讲话。
1月22日至2月27日参加在广州召开的中央军委扩大会议，作了《关于编写我军战斗条令与进一步开展军事学术研究工作问题》的发言。
2月21日批准总参军校部呈送的《关于步兵学校轮训在职连、排干部的请示》。
3月30日出席第二届全国人民代表大会第二次会议。
6月14日主持召开合成军队战斗条令军师与团营部分汇稿专业会议，并作了讲话。
7月22日至29日视察内蒙古自治区呼伦贝尔盟的海拉尔市、满洲里市、达赉湖和乌兰泡子等地，听取了该盟党政军领导人的汇报，作了重要指示。作《草原纪游》组诗。
8月2日至12日视察哈尔滨、牡丹江、吉林、延吉等地工业及军事设施。
8月13日视察济南军区长山要塞区，并为该要塞区题词：“依靠军民团结，建成海上长城”。
8月17日至28日参加第八次全军院校工作会议，研究全军训练规划和教学改革问题。
8月31日参加李富春率领的中国党政代表团，前往越南民主共和国，参加越南国庆15周年和越南劳动党第三次全国代表大会。
10月74日出席军事科学院党委扩大会议，致开幕词。
1961年64岁
1月16日在《红旗》杂志上发表《伟大的战略决战》一文。
1月20日至26日，主持召开中央军委训练会议，并讲话。
2月10日出席广州军区训练会议并作重要讲话。
3月3日在军委条令验收委员会电话会议上作指示。
4月上旬在广州主持召开中央军委条令验收委员会第一次会议，验收《合成军队战斗条令概则》、《连以下步兵战斗条令》、《空军飞行条令》。15日，在总结会议上作了重要讲话。
5月19日出席海军训练会议并讲话。
5月31日出席空军训练会议并讲话。
6月5日视察军事学院。
6月7日出席陆军训练专业会议并讲话。
6月12日至7月14日在北京参加中央军委扩大会议。会议着重研究了应付突然事变和军队建设中的一些问题，并作出相应的决定。
6月22日向中央军委呈交《关于军事训练问题向军委的报告》，提出全军军事训练应注意的若干问题。
7月8日根据中央军委的决定，任中央军委军事训练和学术研究委员会主任。粟裕、张宗逊为副主任。
8月5日在副总参谋长张宗逊、工程兵司令员陈士榘的陪同下，视察第一工程兵技术学校，并作指示。
8月16日视察海军旅顺基地。
12月15日至31日率中国军事友好代表团出访越南，参加越南人民军建军17周年纪念活动。
1962年65岁
3月27日至4月16日出席第二届全国人民代表大会第三次会议。
5月29日、30日参加中央军委战略小组会议，同刘伯承、陈毅、贺龙、徐向前等元帅研究东南沿海地区作战问题。
6月在军事科学院作的一次报告中，提出要“抬头看世界，埋头钻学术”。
6月12日、13日听取军事学院政治委员王平、副院长张震等汇报教学工作，并作了指示。
7月30日批准总参军校部关于汉口高级步兵学校学制由一年改为一年半的报告。
8月在刘华香司令员陪同下视察海拉尔、大庆、富拉尔基、碾子山等地。
9月20日经个人多次提议由陈伯钧任院长，李志民任政委，免兼高等军事学院院长职务。
10月26日在军事科学院举行的第一次军事学术讲座会上讲话，号召大家努力钻研军事科学知识。
11月23日出席总参谋部召开的全军训练工作会议，并作指示。
1963年66岁
1月18日出席广州军区参谋工作会议。在会上作了《大力加强司令部建设，充分发挥司令部的作用》的重要报告。
1月30日呈送军委的《关于改进高等军事学院和军事学院教学工作的报告》，经中央军委批准，转发全军。
4月13日接见参加编写司令部工作条例的全体同志，对编写工作提出了具体要求。
4月28日出席国务院军工产品定型委员会扩大会议。会上就科学研究、军工生产与军队使用三者的关系问题作了讲话。
5月为工程兵第一届党员代表大会题词：“利我戈矛，坚我防盾。”
6月22日接见驾机起义的原国民党空军第十一大队上尉飞行员徐廷泽。
9月11日出席总参谋部召开的全军军训会议，并作指示。
9月15日至29日陪同国家主席刘少奇访问朝鲜。
10月4日出席军事科学院战史部座谈会，并作指示。
11月9日在编写战役教材准备会议上讲话。
11月17日至12月3日出席第二届全国人民代表大会第四次会议。
12月2日在《人民日报》上发表《访问千里马的国家》一文。
12月19日在《人民日报》上发表《悼罗荣桓同志》诗一首。
12月24日至27日赴江苏镇江参加总参军训部组织召开的郭兴福教学法现场表演会，观看了郭兴福表演的单兵进攻战术和南京军区推广郭兴福教学法的8个课目的表演。27日，向中央军委、毛泽东提交书面报告，认为郭兴福教学法是对人民解放军训练优良传统的继承和发扬，建议在全军推广。郭兴福教学法得到毛泽东主席的赞许。
12月30日在南京军事学院院长张震、政委王平的陪同下，视察军事学院史料处。
1964年67岁
1月1日至3日视察南京军事学院，听取了张震、王平关于学院情况的汇报，并作了重要指示。
1月3日中央军委发出指示，号召全军开展学习郭兴福教学法运动，并决定举行比武大会。
1月21日在总参谋部召开的推广郭兴福教学法现场会议上，作了发言。
2月8日在广州军区学习郭兴福和郭兴福式的教学法座谈会上作指示。
2月为欧阳海烈士题词。
3月5日、9日观看北京军区尖子分队军事技术表演，并接见了表演分队。
3月13日在广州接见炮兵侦察标兵王金陵，并观看了他的目测距离表演。
4月3日起草并发出《关于推广南京军区机关野营训练的指示》。
5月18日在全军编写战役学南京会议上发表讲话。
5月28日观看北京军区司令部参谋李茂发等三人的标图作业表演，并同他们座谈。
6月2日视察东海舰队舰艇部队，并题词：“苦学苦练，坚我东海长城”、“船坚炮利，固我海防”。
6月10日观看海军郭兴福式“尖子”分队的表演，并作了指示。
8月至10月先后观看了信阳、北京比武区和防化兵、侦察兵、炮兵、工程兵、装甲兵、海军、空军等“尖子”分队的表演，并就贯彻毛泽东军事思想、普及“尖子”经验、狠抓基层训练，和加强各兵种训练等问题作了指示。
10月7日在长沙政治干部学校主持召开全军院校政治工作会议。
11月上旬在第十次全军院校工作会议的总结大会上，就学习长沙政治干部学校的经验，以及院校整风的方针、政策等问题作了讲话。
11月25日参观全军军训器材展览会的工程兵展区。
11月28日出席全军军训工作会议，就军事训练的普及和勤俭练兵等问题作了讲话。
12月8日在南京观看南京军区参谋业务尖子部分项目的表演，并对参谋训练工作作了重要指示。
12月20日至次年1月4日出席第三届全国人民代表大会第一次会议。在同时举行的第四届全国政治协商会议第一次会议上，当选为争国政协副主席、常务委员。
1965年68岁
1月4日任国防委员会副主席。
1月15日听取军事科学院副院长宋时轮关于编写战役学问题的汇报，并作了指示。
5月17日接见高等军事学院基本系五班毕业学员并讲话。
6月9日视察空军第四高级专科学校。
6月19日出席全军工程技术院校教学改革会议。
7月3日在全军院校政治教育改革会议上讲话。
8月5日至20日在大连主持召开全军指挥院校教学改革会议。
8月24日视察海洋岛和大长山岛的防务。
8月29日视察海军指挥学校和海军工程学院。
8月30日接见旅顺基地各编队负责人和战役集训队全体人员。
9月在上海出席全军后勤医院教学改革会议并讲话。
9月11日、17日听取总参谋部军训部副部长张翼翔关于军训业务会议的情况汇报，并作指示。
10月25日担任孙中山诞辰100周年纪念筹备委员会副主任。
12月3日作《纪念王杰同志》诗。
1966年69岁
1月8日任中共中央军委副主席。
1月15日出席全军政治工作会议。在会上就加强战备和培养接班人等问题作了讲话。
2月7日同总政治部主任萧华在广州听取广州军区副司令员温玉成关于华南地区设防规划的汇报，并就海南岛、湛江、柳州等地设防问题作了重要指示。
2月24日同代总参谋长杨成武视察上海地区的战备工作，对上海地区的设防部署作了指示。
3月8日同贺龙到广州军区医院看望在“八六”海战中负伤的战斗英雄麦贤得，转达毛泽东主席对他的关怀和问候。
5月23日任中共中央书记处书记、中央军委副主席兼秘书长，主持中央军委日常工作。
6月14日向毛泽东、周恩来呈送《关于建立军委常务会议问题的请示》。
6月21日批准下发关于军队“文化大革命”的六条指示。
8月1日至14日出席中国共产党八届十一中全会。14日，被补选为中共中央政治局委员。
8月9日同刘伯承对部队围垦生产问题作了指示。
8月16日至23日参加中央军委常委扩大会议。会议对全军军以上机关和院校“文化大革命”问题作出了决定。
11月13日出席在北京工人体育场召开的军队院校和文体单位来京人员大会（即“十万人大会”），发表讲话，对当时“文化大革命”中的错误做法提出批评。
11月29日出席在北京工人体育场召开的军队院校师生大会，再次讲话，对打、砸、抢等错误行为提出严肃批评。
1967年70岁
1月5日至2月11日参加接待应邀来华访问的阿尔巴尼亚军事代表团，并同代表团团长贝基尔·巴卢库分别代表本国政府签订了若干军援议定书。
1月19日至20日在军委扩大会上，拍案斥责江青、康生、陈伯达等人打倒老干部和反党乱军的罪行，以致右手第五掌骨远端骨折。
1月28日与徐向前、聂荣臻等一起拟定的《军委八条命令》，经毛泽东批示后发全军贯彻执行。
2月11日、16日出席在中南海怀仁堂召开的中央碰头会议，愤怒谴责康生、陈伯达、张春桥等人乱党、乱政、乱军的罪恶行径。
2月17日签发《关于文艺团体无产阶级文化大革命的规定》的电报，严格制止一些“造反派”到各大军区打砸抢、扰乱部队正常秩序的错误行为，并要求各单位限期把他们送回北京。
2月21日主持拟定并颁布了《中共中央军委关于军以上领导机关文化大革命的几项规定》（即“七项规定”）。
2月25日至3月18日中央多次开会，同谭震林、陈毅、李富春、李先念、徐向前、聂荣臻（即“三老四帅”）等被冠以“二月逆流”的罪名，遭江青、康生、陈伯达、谢富治等人围攻批斗。
3月30日出席第二炮兵党委扩大会议，并在会上讲话。
5月25日至6月3日主持接待应邀访华的巴基斯坦国防部长阿夫扎尔·拉赫曼·汗中将，并和拉赫曼·汗分别代表本国政府签定了军援协议。
7月8日参加援越高炮部队作战经验介绍会，就国防工业建设等问题作了讲话。
12月1日和徐向前听取工程兵司令员陈士榘关于北线设防问题的汇报，并作重要指示。
12月4日接见来京的军队转业干部代表，传达周恩来总理对转业干部的四条指示。
1968年71岁
3月林彪、江青制造所谓“杨（成武）、余（立金）、傅（崇碧）事件”，诬陷聂荣臻、叶剑英等元帅是“黑后台”。叶剑英继续保护老干部，坚持抗争。
7月1日出席庆祝中国共产党成立47周年文艺晚会。
10月13日至31日出席中国共产党八届十二中全会。
11月被打成“二月逆流黑干将”，下放工厂劳动。
1969年72岁
3月受毛泽东、周恩来委托，与刘伯承、陈毅，徐向前、聂荣臻等共同研究国际形势，讨论珍宝岛自卫反击作战问题，并整理成《从世界的森林看一棵珍宝岛树》的报告。29日，呈送毛泽东。
4月1日至24日出席中国共产党第九次全国代表大会。会上当选为中央委员。
4月28日出席中国共产党九届一中全会。会上当选为中共中央政治局委员。
同日，经中央政治局会议决定，任中共中央军委副主席。
6月至7月受毛泽东、周恩来委托，在陈毅主持下，与徐向前、聂荣臻一起研讨国际形势和战略问题，并作多次发言，提出尽快打开中美之间的僵持局面，恢复中美会谈，为中央制定有关中美关系的战略决策作出重大贡献。