托马斯在《神学大全》里提出了证明存在着上帝的五种论证。一是不受动的始动者论证；二是基于无限追溯的不可能性的第一原因论证；三是一切必然都有最初根源；四是世界上有很多源自于完美的事物；五是很多无生物都在完成一个存在于自身外部的目的。
证明了存在着上帝之后，就可以提到许多和上帝有关的在某种意义上都是否定的事实。我们认识上帝本性的途径是知道上帝不是什么，因为上帝不受动，因此他是永恒的；因为上帝不包含被动的潜在性，因此他是不变的；因为躯体有若干组成部分，而上帝没有这些，因此他不是躯体；上帝是单一的，因为他是自己的本质。本质和存在在上帝里是同一的，上帝里没有偶然性，不能按实体上的区别详细说明上帝；不能给上帝定义，因为他不属于任何分类。与说上帝像万物相比，说万物像上帝更恰当。
涉及人的灵魂问题的主要是《异教徒驳议辑要》的第二卷。在这一卷里，托马斯说，只有不朽的非物质实质才能被称为精神实质。灵魂和肉体可以在人体内结合，但天使没有肉体；灵魂充斥在身体的各个部分，是肉体的形式，而且一个人只有一个灵魂。与人的灵魂不同的是，动物的灵魂是会死的。而且，并不像阿维罗伊主张的那样智性只有一个，而且是众人共同参与的，智性是人的灵魂的一部分。与智性联系在一起的是对共相问题的议论。托马斯认为，智性在了解共相时，也能了解到一些灵魂之外的事物，除此之外，共相都在灵魂内部。
涉及伦理问题的主要是《异教徒驳议辑要》的第三卷。在这一卷里，托马斯说，恶是一种具有偶然性的善因，而非故意的本质。上帝是万物的终极，因此万物都倾向于上帝。人们可以通过三种途径认识上帝，即理性、启示和只由启示才能认识事物的直觉。人类的幸福不在于感官，更不在于欲望、名利、富贵和权势等肉体的享用物。同样，真正的幸福在于对上帝的沉思默想，道德行为只是手段，因此真正的幸福也不在于道德行为。人们普遍掌握的关于上帝的知识都不够，加上由论证或信仰得来的也还不够。我们在生前不会看到上帝的本质，也享受不到最高的幸福，只有在死后才可以面对面地见到上帝。这是由神的光造成的，我们正是因此才成为永恒的生命。
托马斯认为，可以依据一些普遍的理由排斥占星术。在探讨“是否存在命运”这一问题时，托马斯说，上帝定的秩序或许可以被叫做“命运”，但“命运”是个异教的词汇，所以这种叫法是不明智的。根据神的法律，我们应该敬爱上帝，还要敬爱邻居。神还禁止奸淫和节育——理由是节育违背自然规律，但神不禁止独身主义。性交是很自然的行为，因此并非所有的性交都有罪。因为一夫多妻制对妇女不公平，一妻多夫制又不好确定父子关系，因此要严格执行一夫一妻制。近亲结婚会扰乱家庭生活，因此必须禁止——对此，书中有一段怪论：如果兄弟姐妹互相结婚，会因为强烈的吸引力而频繁的性交。托马斯根据纯理性的考虑提出了这些关于性道德的结论。
在教义上有一点很重要，即就算是最邪恶的祭司的圣礼也有效。过着罪大恶极的生活的祭司有很多，因此就有人担心，这样的祭司是否可以主持圣礼。这的确是个有必要的担心，而且这种情况也很尴尬，没有人能确定这样的祭司主持的婚礼是否有效，同样也没有人确定对这样的祭司赎罪是否能得到宽恕。因此，一些具有清教徒思想的人便希望建立一个在道德上无可挑剔的祭司体系，这导致了教会的分裂，教会被迫澄清说，祭司本身的罪恶并不影响他行使祭礼的职权。
在谈到肉体复活时，托马斯再次公正地引述了反对正统教义的论点。托马斯问：如果父母和儿子三个人都只吃人肉，那么会怎么样？由于有人吃人肉，因此死去的人终有一天会失去肉体，这似乎不公平。那么，他的身体该由什么构成呢？托马斯回答：原有物质微粒的保持不是肉体的同一性，在生前，由于不断饮食和不断消化，构成肉体的物质也在不断变化。因此，在复活时，吃人的人可以得到跟原先一样的身体。
与亚里士多德的哲学相比，托马斯的哲学和他的大体一致，但托马斯有一定的独创性，这表现在为了让亚里士多德的哲学更适应基督教教义而略加改动上。他不仅熟知亚里士多德的观点，而且还有深刻的理解。在这一点上，至少在他之前的天主教哲学家都做不到。在他那个时代，人们称他为大胆的革新者，在他死后，他的许多学说还被巴黎大学和牛津大学谴责。和独创性相比，他在体系化方面更出色，因此，即使他的学说都是错的，《异教徒驳议辑要》也可堪称是一座知识的大厦。他总是力求公正，即使在反驳别人的学说时也是如此。
在探讨上帝的本质和存在的同一性这一问题时，托马斯说，上帝自身的善良就是上帝本身，此外，上帝自己的职权也是上帝本身。这个观点暗含着殊相存在形式与共相存在形式之间的混淆，这种混淆曾出现在柏拉图的思想里，亚里士多德巧妙地避开了它。为了避免这种混淆，必须假设认为，共相的性质包括上帝的本质，但不包括上帝的存在。由于这个困难出现在一种不能被人们认可的逻辑里，因此想要叙述圆满并不容易。不过，正是由于这种不圆满，才清楚地显示了一种语法的混淆，否则关于上帝的议论就没有似真性的魅力了。
我们在托马斯身上看不到真正的哲学精神，他探究的不是事先不能知道结论的问题，而是相反，在他还没有开始思考之前，他就已经知道结论了，而且这些结论都是天主教在信仰里公之于众的真理。他希望能为这些信仰的某些部分找到一些合理的论证，如果找不到的话，他会向启示求助。然而，众所周知的是，给已经知道的结论寻找论据是诡辩而非哲学。总之，托马斯不配与古代或近代的第一流哲学家相提并论。
弗朗西斯教团的经院哲学家
与多明我教团相比，弗朗西斯教团在严守正统教义方面做的不够好。弗朗西斯教团最重要的三个哲学家是罗吉尔·培根（1214—1294年）、邓斯·司各特（约1270—1308年）和奥卡姆的威廉。此外，波拿文都拉（1221—1274年）和马太（约1235—1302年）也值得注意。
罗吉尔·培根在近代受到的赞扬要比他生前受到的赞扬多，多得甚至超过了他的功绩。与狭义的哲学家相比，他更像一个酷爱数学和科学的博学家。然而，在那个时代，夹杂着妖术和魔法的炼金术也混杂在科学里，培根因此总被怀疑与魔法为伍，并经常为此遭到迫害。1257年，教团总管波拿文都拉不仅让人跟踪监视培根，而且禁止他发表著作。就在此时，培根得到了驻英国教皇使节的援助，得以“为教皇利益而写作哲学”。在短短的时间里，他就写了《大著作》、《小著作》和《第三著作》三本书。1271年，他又写了一本主题是抨击僧侣的愚昧无知的《哲学研究纲要》，但这本书给他带来的名望远远不及前面那三本书。1278年，他再次遭到教团总管的谴责，还忍受了长达14年之久的牢狱之灾。出狱后没两年，他便凄惨地死去了。
与当代许多哲学家不同的是，培根很重视实验，并用虹的理论证实了实验的重要。他不仅能写出影响哥伦布的精辟的地理学文章，还是个优秀的数学家。此外，他还论述了透视画法，认为逻辑学没什么用。他认为，愚昧的原因有如下四种：一是受脆弱且不恰当的权威的影响；二是受习惯的影响；三是漠视群众的见解；四是用炫耀外表智慧的方式掩藏愚昧。他认为，产生所有罪恶的根源就是这四种原因，尤其是第四项。
培根有限度地尊重亚里士多德，这表现在总是用“大哲学家”来称呼亚里士多德，但又认为即使是亚里士多德，也没有达到人类智慧的极限。和阿维罗伊一样，培根也认为，在本质上，能动的智力是与灵魂分开的实体。他说翻译的错误是造成亚里士多德著作里有自相矛盾之处的原因。阿维森纳是亚里士多德之后的“哲人王”，但由于阿维森纳没有认识到霓虹的成因，所以他也没能完全明白霓虹现象。培根还总是发表一些带有正统教义味道的言论，但他也以诚恳的语气说，从异教徒那里获得知识并无不可。作为一个优秀的数学家，培根赞扬数学，把数学当做天文学必需的科学和确实性的唯一未经启示的源泉。
培根把实验作为知识的来源之一，也因为重视实验胜过论证而受到了近代学者的赏识。的确如此，他和典型的经院哲学家们在兴趣和处理问题的方法上有很大的不同。他很像阿拉伯的知识分子，在百科全书式的学术体系方面更是如此。显然，与基督教哲学家给他的影响相比，阿拉伯知识分子给他的影响要更深远。他不仅跟典型的经院哲学家们不同，跟其他中世纪的基督徒哲学家也不同。然而，在当时他却没产生什么影响，而且也不如一般人想象的那样热爱科学。英国人都说火药就是他发明的，其实这是个错误。
与培根相比，禁止他发表著作的波拿文都拉是另一种类型的人。他拥护安瑟伦的本体论论证，因为他继承了安瑟伦的传统。此外，他还相信柏拉图的理念，而且认为只有上帝才能全面认识这些。
波拿文都拉的追随者中最出名的是马太。马太是弗朗西斯教团的僧侣，作过红衣主教，在哲学上比波拿文都拉接触到了更多一些的新兴哲学。他最崇敬的人是“大哲学家”亚里士多德，经常提到的人是阿维森纳，经常引证的人是安瑟伦和狄奥尼修斯，不过，他依据的主要权威是奥古斯丁。他认为，柏拉图的观点是极端错误的，能建立智慧，却建立不了知识。而亚里士多德的错误在于能建立知识，却建立不了智慧。他据此下结论说，低级和高级两种事物、外在物体和理性观念共同导致了知识的产生。
继续展开弗朗西斯教团对托马斯的争论的是邓斯·司各特。邓斯·司各特是个稳健的实在论者，同时也是个奥古斯丁主义者，但比起波拿文都拉和马太来，他身上所体现出的奥古斯丁主义成分更少、更缓和。他拥护纯洁受胎说，反对托马斯，并因此获得了天主教会和巴黎大学的赞赏。他和托马斯的不同起源于他的哲学中掺杂较多的柏拉图主义。当时，追随邓斯·司各特的人很多，大多数是弗朗西斯教团的僧侣。
托马斯之后最重要的经院哲学家是奥卡姆的威廉。他可能在1290年至1300年之间生于英国苏黎郡的奥卡姆（但也有人说他生于萨里郡的奥卡姆，因此被称为“奥卡姆的威廉”），在1349年或1350年的4月10日逝世。他原本是邓斯·司各特的学生，后来却转变成与邓斯·司各特竞争的人。再后来，他参加了教团与教皇约翰二十二世的斗争，结果于1328年受到开除教籍的处分。他被迫投靠了神圣罗马帝国皇帝路易四世。这个路易四世也和教皇发生过争执，争执的结果令人哭笑不得：在路易四世的控诉下，全教会议指控教皇为异端——后来，威廉在慕尼黑住了下来，以著书立说为乐。1338年，路易四世逝世，之后的威廉也失去了音信。
那个时候，英格兰和法兰西逐渐强盛起来，神圣罗马帝国甚至连名义上的“普遍统治权”都失去了。从外表上看，教廷似乎还在继续发展，但事实是已经失去了往日的尊贵地位。十四世纪初，教皇克雷芒五世把教廷迁到了阿维尼翁，从此，在政治上教皇变成了法兰西国王的从属，削弱了对俗世事务影响。
由上面一段论述可以肯定，教皇的地位出现了一次巨大的危机，但事情并没有就此结束，因为有人创造出了一种新的反对教皇的形式，这个人是马西哥利欧（1270—1342年）。马西哥利欧是威廉的密友，但在政治方面比威廉更重要。他认为，立法者应该是人民自己，他们还具有惩罚君主的权力。他还主张，应该在各地成立有世俗民众参加的地方宗教会议，而参加全教会议的人必须是地方宗教会议选举的代表，也只有全教会议才有权施行开除教籍的处分和解释《圣经》。值得注意的是，在这套新形式里，教皇没有任何特权。