广义的医疗事故处理是指医疗事故发生后，有关的国家机关、医疗机构和医务人员以及患者及其家属通过何种方式，来处理医疗事故，解决纠纷，追究责任。前述“医事争议的处理方式”中所论及的几种处理方式，都适用于医疗事故的处理。本节的医疗事故处理，主要是指医疗事故的行政处理，它包括对医疗事故的本身的处理，对医疗事故纠纷的处理以及对医疗事故责任的追究。《医疗事故处理条例》第二章和第四章具体规定了医疗事故行政处理的内容和程序。
一、医疗事故的报告制度
（一）发生医疗事故或医疗事故争议的报告
发生医疗事故或者医疗事故争议的报告是《医疗事故处理条例》第13条、第14条确定的制度。第13条规定：“医务人员在医疗活动中发生或者发现医疗事故、可能引起医疗事故的医疗过失或者发生医疗事故争议的，应当立即向所在的科室负责人报告，科室负责人应当及时向本医疗机构负责医疗质量监控的部门或者专（兼）职人员报告；负责医疗质量监控的部门或者专（兼职）人员接到报告后，应当立即进行调查、核实，将有关情况如实向本医疗机构负责人报告，并向患者通报解释。”第14条规定：“发生医疗事故的，医疗机构应当按照规定向所在地的卫生行政部门报告。发生下列重大医疗过失行为的，医疗机构应当在12小时内向当地卫生行政部门报告：①导致患者死亡或者可能为二级以上的医疗事故。②导致3人以上人身损害后果的。③国务院卫生行政部门和省、自治区、直辖市人民政府卫生行政部门的规定的其他情形”。
（二）医疗事故争议处理后的报告
《医疗事故处理条例》第43条、第44条明确规定，发生医疗事故以后，无论双方当事人协商解决还是经人民法院调解或判决的，医疗机构都应当在7日内向所在地的卫生行政部门做出书面报告，并附具协议书或者调解书、判决书。
同时，《条例》第45条也规定各级卫生行政部门对发生医疗事故以及行政处理后的逐级报告义务，形成前后衔接，构成完整的报告制度。
二、医疗事故的紧急处理
《条例》规定，卫生行政部门接到医疗机构关于重大医疗过失行为的报告后，应当责令医疗机构立即采取有效的医疗救治措施，避免或者减轻对患者身体健康的损害，防止损害扩大。
三、病历资料与现场实物保存
原始病历资料和现场实物是认定医疗过失的重要依据。《条例》规定，发生医疗事故争议时，死亡病历讨论记录、疑难病历讨论记录、上级医师查房记录、会诊意见、病程记录应当在医患双方在场的情况下封存和启封，并由双方签字认可，疑似输液、输血、注射、药物等引起不良后果的，医患双方应当共同对现场实物进行封存和启封，并双方签字认可。疑似输血引起不良后果，需要对血液进行封存保留的，医疗机构应当通知提供该血液的采供血机构派员到场。封存的现场实物由医疗机构保管。医疗机构应当立即指派专人对封存的病历资料和现场实物妥善保管，不得丢失、涂改、隐匿、伪造、销毁。
四、尸体剖验
尸体解剖与检验，对于解决死因不明或对死因有异议而发生的医疗事故争议具有独有的无法替代的作用。《条例》规定，患者死亡，医患双方当事人不能确定死因或者对死因有异议的，应当在患者死亡后48小时内进行尸体解剖；具备尸体冻存条件的可以延长到7日，以便查清死亡原因。尸检应当经死者近家属或家属同意并签字。死者家属或者医疗单位拒绝或者拖延尸检，超过规定时间，影响死因判定的由拒绝或者拖延方承担责任。
尸检应当由按照国家有关规定取得相应资格的机构和病理解剖专业人员进行。医疗事故争议双方当事人可以请法院病理学人员参加尸检，也可委托代表观察尸检过程。
五、医疗事故争议的调查和处理
《条例》规定，卫生行政部门接到医疗机构关于重大医疗过失行为的报告后，除责令医疗机构及时采取必要的医疗救治措施、防止损害后果扩大外，应当组织有关的行政人员和技术专家，成立调查组，本着“尊重事实，尊重科学，客观、公正、全面”的原则进行调查。查清医疗过失发生的时间、经过及原因，过失发生以后的救治情况，过时所造成的后果，判定是否属于医疗事故。对不能判定是否属于医疗事故的，应当依照《条例》的有关规定由负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定。卫生行政部门收到医学会出具的医疗事故技术鉴定书后，应当对参加鉴定的人员资格和专业类别、鉴定程序进行审核；必要时，可以组织调查，听取医疗纠纷双方当事人的意见。经审核，发现医疗事故技术鉴定不符合《条例》规定的，应当要求重新鉴定；对符合《条例》规定作出的医疗事故技术鉴定结论，卫生行政部门应当作为对发生医疗事故的医疗机构及其医务人员做出行政处理的以及进行医疗事故赔偿调解的依据。
卫生行政部门应当分别不同情况，对医疗事故的发生负有责任的医疗机构及其医务人员进行行政处理。如果医疗事故仅仅是由于医务人员的过失造成的，则可由医疗机构给予行政处分或纪律处分，如警告、记过等；情节严重的，可由卫生行政部门给予行政处罚，如吊销执业证等。如果医疗事故是由医疗机构和医务人员的共同过失造成的，则可由卫生行政部门给予医疗机构和医务人员行政处罚，并对负有责任的主管人员以及其他直接责任人员给予行政处分或者纪律处分。