仲裁申请书应载明：当事人的一般情况；仲裁请求和所根据的事实、理由；证据和证据来源；证人姓名和住所。
2．受理。
仅有仲裁申请还不能开始仲裁，只有仲裁申请被仲裁委员会接受，仲裁委员会经审查决定受理该纠纷后，仲裁程序才算真正开始。仲裁委员会自收到仲裁申请书之日起5日内，做出受理与否的决定并通知当事人。受理的条件为：有仲裁协议；有具体的仲裁申请和事实、理由；属于仲裁委员会的受理范围。
受理后，15日内分别将仲裁规则、仲裁员名册送达双方当事人，同时将申请书副本送达被申请人。
3．答辩和反请求。
被申请人收到仲裁申请书副本后，15日内提出答辩书，亦可提出反请求；仲裁委员会收到答辩书后，应在7～15日内将答辩书副本送达申请人，被申请人未提交答辩书的，不影响仲裁程序的进行。
4．仲裁庭的组成。
仲裁委员会受理仲裁申请后，即依照《仲裁法》的规定，组成仲裁庭对案件进行审理和做出裁决。仲裁庭可以由3名仲裁员或1名仲裁员组成，由3名仲裁员组成的设首席仲裁员。仲裁员由当事人约定或委托仲裁委员会指定。当事人发现仲裁员有法律规定的回避情形时，有权向仲裁委员会提出要求该仲裁员回避的申请；仲裁员亦可自行回避。
5．审理和裁决。
仲裁应开庭审理，当事人协议不开庭的，可书面审理。审理不公开进行。当事人协议公开的可以公开进行，但涉及国家秘密的除外。当事人应对自己的主张提供证据。仲裁庭认为有必要收集的证据，可以自行收集。仲裁庭对专门性问题认为需要鉴定的，可以交由当事人约定的鉴定部门进行鉴定，也可以由仲裁庭指定的鉴定部门鉴定。当事人可以质证，有权辩论；当事人申请仲裁后，可以自行和解。仲裁庭做出裁决前，可以先行调解；当事人自愿调解的，仲裁庭应当调解，调解不成的，应当及时做出裁决。裁决应当按照多数仲裁员的意见做出。少数仲裁员的不同意见可以记入笔录。仲裁庭不能形成多数意见时，裁决应按首席仲裁员的意见做出。裁决书自做出之日起发生法律效力。
（三）医事民事争议仲裁的申请撤销和执行
仲裁实行一裁终局制、或裁或审制度，充分体现了尊重当事人意愿的原则和仲裁方式快捷性的特点。然而，由于受到各种因素的影响，有些仲裁裁决可能出现不同程度的偏差或错误。
补救措施有以下几种：
1．撤销裁决。
医事民事争议做出仲裁裁决后，如果当事人提出证据证明裁决有下列情形之一的，在收到裁决书之日起6个月内可以向仲裁委员会所在地的中级人民法院申请撤销裁决。
（1）没有仲裁协议的。
（2）仲裁事项不属于仲裁协议的范围或仲裁委员会无权仲裁。
（3）仲裁庭的组成或者仲裁程序违反法定程序的。
（4）裁决所根据的证据是伪造的。
（5）对方当事人隐瞒了足以影响公证裁决的证据的。
（6）仲裁员在仲裁该案时有索贿受贿、徇私舞弊、枉法裁决行为的。
人民法院经组成合议庭审查核实有上列情形之一的，应当裁定撤销其裁决；人民法院认定该裁决违背社会公共利益的，应当裁定撤销该裁决。裁决撤销后，当事人之间的纠纷并未解决，当事人可重新寻求解决纠纷的方法，可考虑仲裁，此时须重新签订仲裁协议；或者任何一方当事人均可向有管辖权的人民法院提起诉讼。
2．重新仲裁。
人民法院受理撤销裁决的申请后，认为可以由仲裁庭重新仲裁的，通知仲裁庭在一定期限内重新仲裁，并裁定中止撤销程序；仲裁庭拒绝重新仲裁的，人民法院应当裁定恢复撤销程序。法院应在受理撤销申请之日起2个月内，做出撤销裁决或者驳回申请的裁定。
3．裁决的执行和不予执行。
对仲裁裁决，当事人应当履行。一方当事人不履行的，另一方当事人可以依照《民事诉讼法》的有关规定，向法院申请执行，受申请的法院应当执行。一方当事人申请执行裁决，另一方当事人申请撤销裁决的，法院应当裁定中止执行。
被申请人提出证据证明裁决有民事诉讼法第217条第2款规定情形之一的，经人民法院组成合议庭审查核实，裁定不予执行。民事诉讼法第217条第2款除“认定事实的主要证据不足的”，“适用法律确有错误的”两条和撤销仲裁裁决的条件不同外，其余均相同。
三、开展医事仲裁的一些设想
（一）应当实行医疗事故争议仲裁制度
仲裁是处理民事争议一种较常见的方式，医事仲裁在许多国家已较为普遍地实行。在我国医事争议处理中仲裁也时有所见。在医疗事故争议的处理中，仲裁方式却几乎罕见。无论1987年的《医疗事故处理办法》，还是2002年的《医疗事故处理条例》，都没有把仲裁明确规定为处理医疗事故争议的一种方式，这在我国医疗事故处理法律制度中，不能不说是一种不足。
2002年国务院颁布施行的《医疗事故处理条例》较之1987年的《医疗事故处理办法》，对于防范和处理医疗事故有了重要的进步和发展，必将起到更加重要的作用。但是，《医疗事故处理条例》规定的解决医疗争议方式仍有其局限性。而实行医事仲裁制度比现行体制解决医事争议确有明显的不可替代的好处。
1．公正、权威。
仲裁机构具有民间性质，独立于行政机关，仲裁员是兼职的，不隶属于仲裁机构，这样可避免行政干预、长官意志；仲裁没有级别和地域管辖，当事人可以在全国范围内选择自己信赖的仲裁机构，也可以选择仲裁人，甚至可以选择仲裁程序及所适用的法律，当事人有更大的自由处理权，能够避免“人情”等不公正因素和地方保护主义的干扰；仲裁员从公道正派的专业人员中选聘，有着严格的条件，素质高，作风正，令人信赖。对当事人的感情影响较小。同时也有利于克服法院审理医疗争议案件时，由于法官受医学专业知识的局限，难以深入其中，可能影响公正裁判的弊端。
2．方便、快捷。
仲裁充分尊重当事人的意愿，程序不复杂，采用一裁终局制，充分体现其快捷性的优点，可避免医事纠纷处理久拖不决，搅闹医院、无理缠诉的不良现象。省时、省力、省费用。
3．明辨是非，有利于维护医患双方合法权益。
发生医患纠纷后，医患双方可以自行协商解决，这是外国和我国都共同采用的一种办法，这种方式无疑有许多好处。但是从我国的实际状况看，现在许多医疗纠纷发生后，不到迫不得已到法院“打官司”，医患双方大多采取“私了”的办法解决。
医疗单位愿意“私了”的原因之一是宁愿“花钱买平安”，以减少万一败诉时在社会上造成不良影响；之二是减轻善后工作的难度等。病员一方则为了多得经济赔偿费。“私了”容易掩盖错误，甚至犯罪行为，许多有严重失职行为的医疗事故，通过“私了”解决了，可以既不鉴定，也不定性，医疗单位不从中吸取教训，当事人也不承担责任，而协商解决容易造成患者之间的攀比，赔偿要价越来越高，医院难以承受，终致矛盾激化，扰乱医院正常工作秩序。
仲裁不像“私了”那样是非不明，它可以明辨是非，从而维护医患双方的合法权益；仲裁不公开进行，整个仲裁过程很少受到外界干扰。这样可给当事人，尤其医方“留了点面子”，减轻其害怕在0誉上可能受到负面影响的顾虑，也保护了患方的某些隐私权，使双方乐于接受。医患双方可以在一个和谐的氛围中，平息纠纷、化解矛盾，促使争议得到公正、彻底解决。
（二）仲裁解决医疗争议的一些设想
1．设立临时医事仲裁庭。
它是非常设机构，可聘任公道正派的具有实践经验和专业水平的医疗专家（可分不同学科）、法医、法律工作者（特别是医事法律工作者）、医学伦理学专家、公证人员等作为兼职仲裁员。
临时医事仲裁庭，可根据医事纠纷的复杂程度，分别由3、5、7人组成。3人仲裁庭可由医疗专家、法医、法律工作者组成；5人仲裁庭可由医疗工作者2名、法医、法律工作者、公证人员各1人组成；7人仲裁庭可由3名医疗专家、法医、法律工作者、伦理学专家、公证人员各1人组成。
2．仲裁协议的签订。
一般应在患者入院时自愿签订，明确一旦发生医疗纠纷，同意由某一仲裁机构进行仲裁。也可以在发生医疗纠纷后，在双方协商的基础上自愿签订仲裁协议（在这种情况下，有时矛盾激化，自愿签订的可能性较小）。
3．鉴定和仲裁的关系。
如果属于医疗事故争议，在两者的关系上，应规定鉴定作为仲裁前的必经程序，鉴定结论只作为一种证据，仲裁庭可以质证、审查，可以部分或全部否定鉴定结论。