千古一帝李世民驾鹤归西，经玄奘几多努力刚刚建立起来的强有力外护，旋即失去。贞观二十三年（公元649年）七月，二十二岁的高宗李治继位。从此，玄奘不得不与英明睿智、胸襟气度远逊于唐太宗的高宗皇帝打交道。
永徽元年（公元650年），时年五十一岁的玄奘在大慈恩寺专心翻译佛经。为了保证翻译进度，他制定了一套自我约束的进度表，每日必须按表完成。因而，玄奘每天三更才眠，五更复起。除了译经外，每日黄昏前后，他还要用两个时辰讲解新翻译的经论，为前来学习的各州僧人答疑解惑。
他既然身兼上座之职，必须处理寺务，会晤前来拜访的大德高僧，逢迎朝廷的王公大臣，回复皇家的咨询。虽然诸务缠身，但玄奘神气绰然，无所壅滞。多年的修行，让他的精敏强力异于常人。玄奘的西行经历，近乎神话，弟子们自然很好奇，都想知道他是如何完成这样的壮举的。因而，有时在忙碌了一天之后，玄奘心情愉悦时，也会在弟子们的围拢下有一搭没一搭地讲一讲自己西行途中的种种历险故事：沙漠迷路，高昌绝食，路遇盗贼，降服外道，菩提树下，那烂陀寺，环游五印，法战群英……说者无心，听者有意。他的弟子惠立是个有心人，每次听了师父讲述的往事，就一一记录下来，再参考辩机记录整理的《大唐西域记》，最终完成了关于玄奘生平的最早、最权威的传记——《大慈恩寺三藏法师传》。
永徽三年（公元652年）阳春三月的一天，五十三岁的玄奘忽然想到，他在归国之前，一位耆那教徒曾替他占卜，说他的寿命还有十年。若照那样计算，他在两年前就应该撒手归天了。由此看来，他翻译佛经的使命尚未完成，所以弥勒菩萨尚不肯让他回归兜率天。不过，有感于世事无常，玄奘唯恐从天竺带回的经藏散失，也为了防范水火之灾，他上书高宗皇帝，请求于慈恩寺西院修建石塔，以妥善保存从印度带回来的佛经、佛像。因石塔工程浩大，建造不容易，最终改为砖造。这就是长安大雁塔的由来。盛夏五月的一日，玄奘正在大雁塔工地上背着竹筐搬运砖石，忽然看到一位风尘仆仆的梵僧走了过来。他说他法号法长，是中印度那烂陀寺的上座智光与大菩提寺上座慧天派来，专门给玄奘送信的！在曲女城的辩论大会上，玄奘曾与他们两人法战辩论，使得两人心
服口服。玄奘回国后，三人一别十数载。他们十分思念玄奘，于是派法长不远万里前来问候。玄奘手握着梵僧法长的双手，激动得热泪盈眶，半晌说不出话来。法长将慧天法师的书信呈上，玄奘用颤抖的双手拆开，那一长串秀丽的梵文跳入眼中。玄奘悲喜交集，将法长领到自己的寮房，细细询问他离开中印度之后的情况。当他得知戒贤大师已经圆寂之时，不禁热泪滂沱，大放悲声。在印度期间，戒贤大师对玄奘可以说是倾囊相授，把自己百年的学问毫不保留地传授给了他。临别之时，更是谆谆教导。而今天各一方，怎不叫玄奘痛彻心扉，万分伤悲。而当他听到智光已经继承戒贤大师的衣钵，主法那烂陀寺，慧天也成为大菩提寺的住持之后，又感到十分兴奋。印度佛法有他们传承，必然法运绵长。
玄奘将法长留住了两年，直到永徽五年（公元654年）才让他回印度。同时，玄奘开列了一张渡河时失落的经卷名单，请法长带回。希望慧天和智光能设法抄写补足，等有人再来，捎到中国。
在印度之时，玄奘可以用全部的精力修学佛法，但回到中国，他不得不小心翼翼地周旋于各种政治势力之中，慎之又慎地处理政教之间的微妙关系。好在玄奘是开悟得道的智者，他的心灵异常敏锐，对各种可能影响佛教未来走向的事情都能做出正确的预判，把握得恰到好处。因而，不管在怎样恶劣的情况下，他总能化险为夷，使得局面向有利于佛教的方面转变。
然而，中国政治历来都是各种势力钩心斗角、尔虞我诈、阴谋连环，令人防不胜防。玄奘一个出家人，虽然不情愿，却又不得不游走于政治，而这又极其耗费心力，长此以往，色身的衰败势所难免。当年西行过天山之时，玄奘受尽严寒，再加因失去两位小弟子而心伤，得了寒疾，回国后频频发作。每次冷病发作，心中闷痛难当，幸亏他按时吃药，才算把病情稳定了下来。可是，长年以来的劳顿，无一日不喘息，再加上显庆元年（公元656年）的夏天格外炎热，因热追凉，
五月旧疾复发，生命垂危……
人命无常，玄奘自然也不能避免。他对人的死亡有着清醒的认识，连续五天，他的心脏几乎停止了跳动。他在自己生命垂危之际，担心的不是自己，而是整个佛教的命运。高宗知道玄奘病危，遣数名御医专程前来医治。不仅药物由宫内专
程送达，连玄奘的寝食也派专人侍候。在御医的精心调理下，玄奘总算从死亡线上挣扎了回来，但体弱气虚，健康状况大受影响。
冬十月，高宗遣专使将玄奘迎请入宫，安置在凝阴殿院的西阁供养。皇帝请玄奘入宫的理由是他大病初愈，不宜过于劳心；其实，真正的原因是为了给武则天消灾祈福。则天皇后再次怀孕了。武则天的肚子很争气，连续为高宗生养了两男一女。这为她当初赢得高宗的宠爱、挣得皇后地位，都增添了许多筹码。尤其是那个小女儿，更为她最终登上皇后宝座，做出了重大“贡献”——为了陷害王皇子进呈了金字《心经》一卷、袈裟一套，此外还有香炉、宝字、香案、经架、数珠、锡杖等僧人所用的物品。为了保佑佛光王长大成人，皇帝、皇后还特意将他放在玄奘所住的宫殿旁边抚养。佛光王，就是武则天的第三个儿子李显，也就是后来的唐宗。
武则天因为种种的心病，很不喜欢京城长安的皇宫。高宗皇帝为了摆脱前朝老臣的掣肘，也不愿意住在长安。因而，他们以关中缺粮为由，于显庆二年（公元657年）二月在玄奘陪同下来到洛阳。不管是奉诏入住长安皇宫，还是前来洛阳宫，玄奘总要带着自己的译经班子。这次，他只带了五位核心成员，他们五位也只各带一名弟子。高宗皇帝将他们安置在了积翠宫。玄奘自十九岁与兄长捷法师离开洛阳，云游天涯，西行佛国，已四十多年。而今常住洛阳皇宫，自然而然地想到了自己的家乡——缑氏县陈河村。在此期间，他顺便回到凤凰谷，走亲访友。正是初秋时节，天高且空净无云，休水晶莹如练；田野一望无际，清风往来不歇。凤凰台上林荫清幽，古村落中乡情共悦。
然而，物是人非，早年的亲朋故友或已不在人间，或杳无踪迹。大哥陈霖一家不知移居何方，唯有远嫁张氏的姐姐，尚有音讯。玄奘赶紧遣人迎回。分别数十载，姐弟相见，悲喜交集。玄奘问起父母所葬何处，姐姐便带他到父母坟前扫墓祭拜。父母的坟墓因长年无人祭扫，荒草漫漫、颓废不堪。他虽为出家之人，但看到父母的墓地如此荒凉，心中一阵酸楚。他回想起母亲对自己的疼爱与牵挂，父亲对自己的教育与关怀，身为人子，他感到十分惭愧。于是他决定选一个高显之处，重新安葬双亲。玄奘是名扬中印、蜚声西域的著名高僧，各国国王、百姓供养给他的财宝不计其数。可是，他大都婉转拒收，实在推脱不去的也是随收随散，用在了修建寺院、塑造佛像、抄写经文上。他可以说是两手空空，根本无力为父母迁坟造墓。不得已，他上表高宗。高宗皇帝通知洛阳府尹，负责协助玄奘将双亲改葬在西原，一切费用由国家供给。