宇文化及作难，在江都杀了隋炀帝，太府卿元文都、武卫将军皇甫无逸、右司郎中卢楚在洛阳奉立越王杨侗为帝，拜王世充为吏部尚书，封郑国公。元文都对卢楚等人说：“现在宇文化及杀害了炀帝，仇恨未报，我等虽志在复仇，但力所不及。为国家考虑，不如以尊显的高官去优宠李密，用府库里的财物暂时供养他，让他去打字文化及，使他们二贼自相残杀，宇文化及被打败后，李密的军队自然也已疲乏了。而且，他的士卒得到我们的奖赏，做着我们的官，内外相亲，易于做他们的策反工作，我军积蓄力量，在他们疲敞的时候发动进攻，那李密也是可望打败的。”卢楚等人认为很对。当天派使者去拜李密为大尉、尚书令，让他讨伐宇文化及。
李密因此称臣接受杨侗朝廷的命令，带兵在黎阳迎战宇文化及，每当战胜之后都派人向杨们告捷，大家都很高兴。王世充却独自对其部下诸将说：“元文都等人，只不过是刀笔之吏，我看他们的势头，一定会被李密抓获。况且我们的部队经常与李密作战，杀死了他们的父兄子弟，前后已有许多，一旦被李密打败，我们就别想活了！”他说这些话以激怒部众。元文都得知后非常害怕，与卢楚等人商议，想要趁王世充进入内延之时，埋下伏兵把他杀了，并且一直在等待时机。纳言段达庸碌懦弱，担心此事不能成功，派他的女婿张志将卢楚等人的计谋告诉王世充。当晚，王世充率兵围攻宫城，将军费耀、田阇等到东太阳门外阻击，费曜之军战败，王世充便攻门而人，皇甫无逸独自骑马逃走了，抓住卢楚杀了。这时宫门紧闭，王世充派人叩门对杨侗说：“元文都等人想带着皇帝去投降李密，段达得知后告诉了我，臣不敢造反，只是诛灭反叛者而已。”起初，元文都得知发生了变故，进人后宫将杨侗带到了乾阳殿，布兵守卫，派将帅们依恃城墙来阻击王世充。
段达假传扬侗的诏命，把元文都抓起来送给王世充，到时被乱兵打死。段达又假传杨侗的诏命，开门让王世充进人，王世充派人把宿卫的人全部替换了，然后进去拜见杨侗并谢罪，说：“元文都等人造反的迹象还不明显，但确实想杀害您，事情如此紧急，不敢有负国家。”杨侗与他结盟。当天，进拜王世充为尚书左仆射，总督内外诸军事。王世充离开含嘉城，移居尚书省，专掌朝政。让他的哥哥王世恽担任内史令，人居禁中，子弟全都拥有兵马，镇守各城邑。