在明代，宫廷音乐管理体制在沿袭前代基础上又有了时代性的新变化，宫廷音乐机构分为神乐观、教坊司和钟鼓司，分别编演和管理宫廷祭祀雅乐、宫内外日常用乐和内廷演剧。
神乐观是明代专门负责祭祀音乐的道观，神乐观的成立，应该说是明代帝王笃信道教，明代开国帝王朱元璋对正一道祈神降福、驱邪除妖的斋醮活动很是欣赏，他认为正一道能够益人伦、厚风俗，起到神化明王朝的作用。
明代帝王积极倡导道教，使得道教音乐趋于规范化。明代每年都要举行一系列天地神祗及宗庙社稷的大型祭祀活动，在这时提供乐舞与赞礼，是明代设置神乐观的初衷。
还有，明代帝王笃信道教，利用道教宫观担负宫廷音乐管理之职，将宫廷音乐与宗教音乐紧密结合，在祭祀雅乐中表现出浓厚的道教化倾向。
明代教坊司始建于明太祖时期，其组织体较前代更为冗复严密，其中协同官、俳长、协同俳长、办事色长、抄案执灯色长等均为前代教坊所没有。明代教坊司所用乐工人数非常多，据史书《明史》记载：
宣德十年，英宗即位，论礼部曰：教坊乐工数多，其择堪用者量留，余悉发为民。凡释教坊乐工三千八百余人。以宣宗励精为治，而不免声色之奉如此。英宗初政，仁浃华夷矣。
可见，宣宗时期教坊司乐工人数约为3800多人，而到了英宗时期，乐工人数有所减少，据《明史》记载：
恭遇大祀天地山川，导驾迎引及正旦冬至圣节，合用乐工两千余人，今本司止存乐户八百，余乞行南京并顺天府、陕西等布政使，于乐户内选娴习乐艺者送京备用。
由此可见，英宗时期教坊司的乐人定额是在2000人左右，这一规模与神乐观大体相当。还有，教坊司另一项重要职能是管理民间勾栏音乐及在籍乐户。教坊司乐工需要承担朝廷一应朝会宴飨用乐，也承担部分祭祀用乐。
在明代，从京师到地方，各级音乐机构与所隶乐籍，形成了一个严密的上下流通系统。明代以教坊司为核心，自上而下，大至仪文乐舞，小至日用起居，对乐籍管理相当严密，管理职能较为完备规整。
明代钟鼓司设于1395年，为中官“二十四衙门”之一，是独立的宦官机构，完全服务于内廷。钟鼓司，设置掌印一员，佥书、司房、学艺官无定员，掌管出朝钟鼓，及内乐、传奇、过锦、打稻等。从整体而言，钟鼓司仅为内廷音乐的承应机构，几乎不担负任何管理职能，其规模也较前两者要小很多。
由于明代教坊司的地位较低，所以又另设了钟鼓司和神乐观，这样在音乐文化事业领域引入了共同管理模式，打破宫廷教坊音乐独家地位，建立中央与地方、宫廷与民间相互关联、互为补充的音乐管理新格局。
因此，明代宫廷音乐机构设置及运行方面的创新举措，也对这一时期音乐文化发展起到了一定导向作用。
然而，明代商品经济更为成熟发达，社会经济水平有了显著提高，市民文化更为繁盛，明代中后期资本主义生产关系萌芽出现，在一定程度上促进了宫廷音乐机构管理职能的深刻转变。
明代神乐观利用道士来管理宫廷祭祀雅乐，其内在深层原因一是由于音乐文化的俗体化、大众化趋向。
明代道教独有的祭祀科仪音乐，可以使大明王朝祀典得以维系。更为重要的是，明代利用宗教人士进行音乐管理可以精简机构，节省人力资源，还可以减少很多不必要的开支。