北方再分裂孝文帝的改革使北方民族矛盾有所缓和，但同时吸收了汉统治的糟粕，把早已衰落的门阀制度重新确立起来，从而加深了北魏的社会阶级矛盾。文帝在位时各地农民起义时常发生。文帝死后，汉化的鲜卑门阀在优裕的生活中完全腐败，政治日益腐化，呈现出亡国之相。如当时河间王元琛用银槽喂马，请客的器皿皆用水晶、玛瑙等，并自负地说道：“不恨我不见石崇，只恨石崇不见我。”在此情况下首先边戍六镇举兵反魏，接着有关陇、河北各地的人民起义，北魏的统治在这些起义中瓦解，政权分裂为东魏和西魏。
4.南方政权：晋、宋、齐、梁、陈
东晋偏安江南随着西晋王朝的覆灭，汉族统治退居江东，317年，在建康（今属江苏）的晋宗室司马睿重建了晋朝，史称东晋。这个政权维持了140年，直到420年被刘裕所建的宋朝取替。在三国时期，经过孙吴的开发，江南地区有了很大的发展，东晋以来又有很多北方的世家大族和百姓陆续迁移而至。据统计，从东晋到宋末南下的人口大约有一百万左右，他们使江南的社会结构发生了显著的变化，促进了江南的开发，使中国经济重心开始从黄河流域向长江流域转移。东晋是最为典型的门阀政治时期，门阀一般讲来在政治上无所作为，但是在文化活动上为华夏文明的传承起过巨大作用。
王与马，共天下东晋建立的一个基础就是得到北方士族王导、王敦等琅邪王氏的支持。司马睿刚到建康时，其地位名望并不高，南方士族对其毫不重视。多亏了王导筹划的三月初三巡游，时以王氏为主导的北方大族均簇拥司马睿的肩舆，如此对司马睿尊崇的表现引来了南方士族纪瞻、顾荣等对司马睿的服从，最后出现“吴会风靡，百姓归心”的局面，司马东晋终于在江南站稳脚跟。由于对王导的依赖和王氏对于军政大权的掌握，在东晋形成了“王与马，共天下”的局势。东晋先后历朝11帝，元、明、成三帝时，主要由王氏辅政；成、康时主要由外戚庾氏掌权；穆、哀、废、简文四朝主要由桓氏掌朝；武帝时又有谢氏控权。所以说东晋一朝是司马氏与“王、庾、桓、谢”共天下的局面。
在王朝的治理中，东晋在政治制度上遵循一种“政在清静”的原则。如在宰相王导的治理下，崇尚“黄老之术”，一方面清静无为宽民力，另一方面弥合各种社会矛盾，致力于南北士族相互牵制相互发展。他对政务不多过问，说道：“人家说我糊涂，可将来总会有人称许我的这种糊涂。”在王导之后有一代“风流宰相”之称的谢安，他在武帝执朝时效仿王导，为政“去其烦细，不存小察”，公开维护很多门阀大族的特权。总的来讲整个东晋一朝在政治上都是法禁松弛、纲纪不立，无论南方或者北方的士族都纵情于声色，过着骄奢淫逸的生活，在北归中原问题上大都无心无力，政治腐化。
闻鸡起舞由于东晋的统治者大都无为而治，故对于北取中原都无过多热情。不过其间也有几个例外的，最著名的有祖逖（266至321）北伐。祖逖是北方世家大族，年轻时就曾经与司州主簿刘琨“共被同寝”“闻鸡起舞”。313年祖逖率领自己部曲百家渡江，在长江边击楫发誓：“若不能清中原而复济者，有如大江。”眼看“黄河以南皆为晋土”的情况已经出现，可是司马睿担心祖逖的势力发展对他不利，因此遏制北伐的继续进行，祖逖最终忧愤成疾，死于军中。后来又有晋朝的几次北伐以及桓温的三次北伐，不过这些北伐或败或取得的成绩微不足道。北伐总体上是失败的，但它对于东晋偏安江南，保证华夏正统汉族政权起到了有力的掩护和保护作用。
淝水之战以后，虽然东晋王朝面对的北方威胁大部解除，南北对峙的局面形成，但东晋内部的争权夺利却愈演愈烈。东晋末年，统治集团内部斗争不已。402年，桓玄叛乱，杀执政的司马道子控制朝廷并称帝，国号大楚。404年，刘裕讨伐桓玄，夺得政权，凭借军功和日渐兴起的权势在420年废恭帝司马德文，自立为帝，国号宋，由此开始了南方四朝的统治。这四朝包括刘裕建立的宋、萧道成建立的齐、萧衍建立的梁、陈霸先建立的陈。从420年建宋到589年陈亡共经历了170年，南朝的每个王朝都短命而亡。除个别皇帝具有经国之才与治国之欲外，其他的皇帝大都昏庸无能，崇尚虚名，骄奢淫逸。其中较有作为的皇帝有宋朝的宋文帝刘义隆，他统国达三十年之久，执政期间，在其父改革的基础上提倡新政，不仅政治安定，而且社会经济也有很大的好转，史家有记载，当时“役宽政简，氓庶繁息，至余粮栖亩，户不夜牗”。而昏庸的代表有梁朝萧衍，他在位四十多年，为求得统治阶级内部矛盾的缓和，极大地加重了人民的负担，鼓励官吏搜刮财富并以此作为政绩考核的标准。此外他还大肆崇信佛教，大行修筑佛院，穷工极巧，耗尽民生。更为离谱的是自己曾几次假装舍身佛寺，让大臣耗巨资将其赎回。当时“民尽流离，邑皆荒毁，由是劫抄蜂起，盗窃群行”。
在梁朝时南方还经历了一次巨大的动乱，即“侯景之乱”。本是北方东魏权臣的侯景，在叛逃后投靠梁朝萧衍，但是由于梁皇处理不当和侯景本人的反复无常，最后导致了梁朝的巨大动乱。当陈霸先称帝南方建立陈朝时，南方社会已经极不稳定，诸侯割据，战火纷纷。陈后主叔宝即位后又荒淫无道，致使“百姓流离，僵尸遍野……神怒民怨，众叛亲离”，至589年，隋军南下，陈后主被俘，隋朝才再次统一中国。
整个南朝时期出现了一个值得重视的趋势就是庶族的兴起，南方的寒人逐渐掌握了国家的实权。南朝的皇帝都是通过领兵打仗、控制军权而上升的次等大族和庶族寒门，虽然他们把门阀士族供奉于庙堂之高，但是实际上这些都是装饰而已，南朝政务的处理都交由了寒人。他们有的官至将帅，有的作为宗室诸王的典签，有的在中央充当中书省通事舍人。与寒门的发展密切联系的是江南经济的开发，寒门兴起标志着南方土著经济力量的壮大。
战乱与民族的融合
魏晋南北朝作为一个近四百年分裂割据的时期，各民族各地区之间存在着激烈的战争，频繁的战争出现为该朝军事制度的改革和军事思想的发展提供了最为直接的经验场所，中国古代的军事制度、战争技术、战略思想都在此朝得以发展。
军事制度频繁的战争使魏晋南北朝形成了丰富多彩的军事制度，主要包括：一、普遍实行了中军、外军这种军事制度。它最初形成于三国时期，以后为魏晋南北朝所沿用。曹魏是建立该制度的最初国家，中军是由中央直接统辖的军队，担任侍从、宿卫皇宫、保卫京师的任务，屯驻于京城地区，是魏军的核心；外军是屯戍于外地的中央军。中外军的最高统帅是皇帝之下的都督中外诸军事。西晋的中军驻守京师，其中警卫宫廷和京城的部分称为宿卫军；屯驻在京郊，作为国家控制的机动部队称为牙门军。外军是指中央直辖的镇抚各地都督所统率的军队。东晋在制度上大部分沿袭了西晋，但是也有一些变化。东晋的军队是由世家大族的军队组成的，名义上是国家的军队，实际上各统领兵将有很大的独立性。南朝时期的中外军制度沿承了刘裕宋朝的制度，中军分为内外两军，分别由一将军长官，屯驻京师，由皇帝直接控制，也称台军。外军是指驻守在京城以外各战略要地的军队，由都督统领，后来皇帝派出典签协助处理外军，并向皇帝汇报都督行为，所以这又成为典签势升的一个重要途径。北朝的军队也有中外军之分，中军指中央直接控制的机动部队，外军指驻屯外地的戍守兵。外军又分为镇戍兵和州郡兵，镇戍兵负责戍守边防和战略要地，州郡兵由各州郡统辖，主要维护地方治安。二、出现了由世兵制向府兵制过渡的趋势。世兵制在三国时期确立，盛极于西晋，东晋、南朝逐步衰落。所谓世兵制就是全家从普通百姓中分离出来，脱离民籍，集中居住，变为军籍，士兵终身为兵，其子子孙孙世代为兵，士死其寡妻遗女也要配嫁士家。世兵制使服兵役成为一部分人的特定义务，这部分人被称做士，其家成为士家或军户。世兵制的实行保证了兵源，它将士兵视为自己的私产。开始时它伴随着屯田制的建立而兴起，最初固定保障了士兵生活，但是后来其强制性限制了士兵及世家的正常发展，奴仆般的生活导致士兵的不断逃亡、反抗，最终在西魏、北周开始为府兵制度所代替。府兵制度既有少数民族兵制的残余痕迹，又有汉魏以来征兵制及世兵制的历史因素，是在特定的历史时期产生的。其最早的前身是宇文泰统帅的十二军，府兵制下的主将对于部属既是血缘关系上的宗长，又是部落意义上的酋长。府兵的基本组织有军团、团、旅、队等，后来逐渐发展军士入营，由军队军官领导、指挥，无作战、执勤任务的，分住在本乡，组成乡团，由军府所属的团主管理。府兵平时参加农业劳动，农闲时进行军事训练。这种府兵制的建立对当时和后来的军事制度的发展产生了深刻的影响。
除此之外，各少数民族的军事制度大都有自己本身的特点，总的情况是在少数民族政权建立之初，大多实行胡、汉分治制度，把本民族及其他少数民族按自身编制设立，而汉族军队另行编排，由此在国内建立两种军政体系。
装备技术和军事思想魏晋南北朝时期因为政权的对峙和兵器制作技术的进步，促成了军队兵种结构的变化和武器装备的发展。这一时期军队兵种构成的主要变化为陆战兵种中的重甲骑兵的出现，并迅速成为主战兵种。而水军在两汉的基础上继续发展，达到了新的规模与水平。与新的兵种变化相适应，在钢铁技术发展的前提下，与战争需要密切相关，一系列新的武器装备应运而生。如最早有记载的投石装备就是在官渡大战中曹军使用过的，叫做霹雳车。
为了取得军事胜利，正确的战略指导是必不可少的条件，战略是对于战争的全局思考，由此形成了不同的军事思想。这段时间军事思想发达的重要表现包括兵书的层出不穷和军事人才的不断涌现。如重要的军事家有三国时的曹操及他的屯田理论和就地取给，就近取给的“因粮于敌”思想，有蜀国的诸葛亮和他“以粮为本”、重视军队后勤保障和在前线与后方发展生产、广植财力、多渠道筹措军用物资的军事、经济思想，还有袁准重视农业生产的“富民强兵”思想，在客观上都具有维护农民阶级利益和发展经济的作用。这些思想要么是“富国”，要么是“强兵”，或者兼而有之。这对满足当时战争的需要、促进军事经济的发展起到了积极作用。
少数民族入主中原和在边境各地进行割据是导致整个魏晋南北朝分裂割据的一个重要原因，但同时又是一个各族人民相互融合相互发展的重要契机。各民族当时所处的发展阶段相差很大，同一民族前后状态也相差很大，经过了魏晋南北朝时期，经历了各民族的大融合，原来文明程度低的民族都跨进了更高的文明阶段，原来文明程度高的民族又吸收了新的血液，中华的文明显示出了不同的特点。从此阶段民族融合的历史中可以看到，是文化而不是血统对于民族融合起了关键作用，民族的冲突歧视都是暂时的。陈寅恪先生曾经指出：“汉人与胡人的区别，在北朝时代文化较血统更为重要，凡汉化之人即目为汉人，胡化之人即目为胡人，其血统如何，在所不论。”虽然北方长期处于少数民族的统治之下，但是正如马克思所讲“野蛮的征服者总是被那些他们所征服的民族的较高文明所征服，这是一条永恒的历史规律”。多个民族的相互融合为中华文明注入了新鲜的血液，整个魏晋南北朝以少数民族的汉化为主要趋势而兼及南方汉族与少数民族的融合。
少数民族内迁魏晋之际，在北方汉族人口锐减的情况下，少数民族的内迁形成高潮。内迁的民族主要包括匈奴、羯、鲜卑、氐、羌等。从总体上来说，他们与当地的汉族混居，关系逐渐密切，经济、文化的交流增多，许多少数民族已经学会汉语，改从汉姓，正在朝着汉化的方向发展，这是历史发展的趋势。比如，对传统文化的接受，少数民族贵族对儒学文化表现出浓厚的兴趣。匈奴贵族刘渊，从小师事汉族士人崔游，学习儒家经典、孙吴兵法；对《史记》《汉书》和诸子，也无不综览。他作为质子居住在洛阳多年，周旋于西晋上层社会，与一些官僚士族过从甚密，基本上已经汉化了。少数民族内迁后在黄河流域建立了许多政权，不管哪个民族居统治地位，基本上都采用汉魏以来的政治制度，都采取与汉族地主阶级合作的政策，并基本接受了汉族的政治制度。刘渊为了取得汉人的支持，自称是汉朝皇帝的外甥，建国号汉，祭祀汉高祖以下三祖五宗，以“绍修三祖之业”为己任。北魏孝文帝是十六国以来长期实行民族融合政策的集大成者，他不仅继承了此前民族融合的成果，而且以更加广泛，更加深刻的改革把民族融合推向一个新的高度。从此，北方各族人民逐渐稳定于中原的农业经济生活，南北文化风尚和习俗逐渐趋于一致，南北政权的民族差别也逐渐泯灭了。孝文帝改革之后，中原地区的民族融合已经基本完成。
进入魏晋南北朝时期，随着大批北方少数民族进入中原并建立政权，促进北方民族融合的同时，北方的汉人也大批南迁，促进了与南方少数民族的融合。自从304年匈奴人刘渊起兵建国，洛阳、长安相继失守，晋室南移，司马睿称帝建康后，北方世家豪强和一般汉人就纷纷大批移居江南。史称：“洛阳倾覆，中州士女避乱江右者十六七。”此后在十六国混战更迭过程中，北方汉族又陆续南迁。宋、齐、梁、陈各朝也均有大批淮南、江北之众南渡。从居住区域与移民主体来看，南迁汉人随着晋室南迁。汉族的政治、经济、文化中心的南移，带去了充足的劳动力和先进的生产技术和工具，北方的移民与南方人民共同开发江南。加之江南地区社会相对北方而言比较稳定，致使江南的经济、文化发展较快，特别是南朝都城建康及东南沿海地区更成为全国的文化中心和经济发达地区。经过魏晋南北朝，以黄河流域为中心的华夏文明逐渐向长江流域转移。