由此可见，严复思想中形成有一套完整的科学文化观，而其核心即科学方法论更显示出了夺目的光辉。尽管严复在其后又走入消沉和退步，在第一次世界大战开始后甚至重新否定西学，走上传统的复归。也尽管即使在倡导科学及其方法的同时，思想中仍有矛盾：一面极力推崇西学，猛烈攻击中学；另一方面又寻找西方近代文化与中国古代文化的比附。如言及斯宾塞之群学，则说：“约其所论，其节目支条，与吾《大学》所谓诚正修齐治平之事有不期而合者，第《大学》引而未发，语而不详。”刚介绍了归纳法、演绎法，“乃推卷起曰：有是哉，是固吾《易》《春秋》之学也”。但是，严复毕竟在同时代的人当中最先系统地阐明了科学方法论，最早接触到了西方科学的本质。从而使近代中国思想界对科学技术的认识，不再仅仅与坚船利炮和洋务实业等“器物”相联系，而是直接制约人们以什么方式来把握必然之理与因果关系。这种科学方法论融进近代中国人的思想中，促进了中国思想的理性化进程。
2.康有为：从物用科学观到方法论科学观
康有为是近代中国最早向西方寻求真理的主要代表人物之一。学术界对他的思想研究已达到一个相当的程度，不乏系统而精彩之作。但有关他的科学观的系统研究，却极为鲜见。然在笔者看来，科学观恰恰是他进行思想宣传和文化变革的内在动力和重要思想基础。作为一个从各个领域取法泰西、倡导变革，同时又是从思想和实践两方面努力的始作俑者和集大成者，康有为的科学观也是极为鲜明而系统的。
和严复直接接受西方科技文化洗礼不同，康有为则是从中国传统文化中产生出的代表。他出生于“世以理学传家”的名门望族，6岁即始随番禺简凤仪读《大学》、《中庸》、《论语》及朱注《孝经》。19岁时师从理学大师朱九江。他“日读书以寸计”，经学基础很深厚。但年轻的康有为很快厌倦了这种“日埋故纸堆中，汨其灵明”的学习方法，不久便躲进了西樵山白云洞祈望佛教、道教之精神解脱。
在厌倦中学的同时，正值强邻环视，民族危亡日益严重，尤在列强“坚船利炮”面前，清军则怯懦无能，束手待毙。他不无痛忧地说，国事蹙迫，“在危急存亡之间，未有今日之可忧也”，甚至连日本小国竟也“日夜谋我”，“将翦朝鲜而窥我”，这使他深感民族崛起，时不我待。
在对中学厌倦及民族忧患的促动下，他感慨自己“生人间二十余年矣，少涉百家之言，长通‘六经’之旨，掸求三千年来治术损益成败之故，学术条贯是非之微，罗络旁午，穿贯索抉，盖尝一日用力焉”，然现实却是“人才之风下，气节之萎靡，学术之荒芜，人情之偷惰，为自太衰世之所无”。因此，大发“考据家著书满家，究复何用”之悲叹。1882年，他赴京参加顺天乡试，“道经上海之繁盛，益知西人治术之有本”。于是，他在游历上海、香港时，大购西书以研读，“自是大讲西学”。进而认识到当今中国人“日夜咿唔，高吟低唱”，钻研八股白折之学时，西人却在集中精力研究制造“量天缩地之尺”、“地球浑天之仪”、“千里显微之镜”，由此，中国日益衰微，而泰西各国“横绝地球矣”。
现实的冲击、思想的经历，使康有为把握住了西方科学这一锐利武器。
他仔细研读西书报纸，攻读声、光、化、电等自然科学书籍。他极其推崇显微镜、千里镜，为他打开了一个崭新世界；他认真研究哥白尼的“日心说”和牛顿的天体力学，并在1886年写成了天文学专著《诸天讲》。他把科学知识看成“器”，把宇宙观看成“道”，认为“道考于器，然器足以变道也”。
从康氏的思想经历、时代处境及其所接触之西学看，他首先树立的是物用科学观。他在江南制造局所见的大多是化、光、声、电、重等物质之书。他认为唯此“物质之书”，“言矿学而矿无不开，言农工商而业无不新，言化光电重，天文地理而无之不入微也”，进而认为西方“炮、舰、农、商之本，皆由工艺之精奇，皆由实用科学及专门业学为之”。他批评洋务人士“皆知讲军、兵、炮、舰而已，惜乎未及物质之学，一切工艺、化、电、汽机之事也”。康氏超出了洋务人士尽言西学乃军兵炮舰的思想，提出了“物质之学”，也即实用科学、物用科学，这是近代中国人科学观的一大发展。他同时认为物用科学之具备与否，正是西方强大而中国落后的原因之一：“欧人所由强，物质擅作器；百年新发明，奇伟不可比；遂令全地球，皆为欧人制。”他在1897年圣学会成立典礼上强调指出，西方“操农工商业者，皆知植物之理，编制造之法，解万国万货之源，用能富甲大地，横绝四海”。故他大力“翻译其书，立学讲求”。可见，他所钦羡的西方近代文明是西方“物用之美”的科学文明。
康有为的这种物用科学观，讲求学习西方科学知识，以求新的治国之术，从而为他的变法思想奠定了基础。首先，他运用科学知识阐明变革道理，抨击“天不变道亦不变”的顽固守旧思想不符合科学。其次，由对科学的信赖，进而树立对进步的信心。他游香港，后又游欧美，惊叹近代都市生活“繁丽华妙”，认为这正是近代科学文明的最好体现。由此他设立了三世说，而文明不断进步达到极致的就是太平世，即大同世。所谓“大同之世，远近大小如一，文教全备也”。再次，康氏最大限度地利用当时所接受的科学知识，来解释世界万物、人体以至智慧、精神的内在构造，并用以改造中国古代唯物主义中作为物质客观存在的“气”的概念。近代科学知识使康氏知道，从前看来是奇异神秘的声、光和虚空等等，都是物质或物质的存在形式。这就使他在哲学上得出：“天地之间若虚若实……气之于水如水之于泥，故无往而不实也。”而且，“气”是运动的、发展变化的，并在变化过程中产生“理”，即所谓“气生势，势生道，道生理”。从科学知识出发确定的这种朴素唯物观，对于改造传统、倡行变法和思想解放，具有重要的促进作用。又次，康氏在物用科学观基础上，首次概括指出生产方式的落后乃是中国经济衰弱的重要原因，因而，要用科学发展生产。他强烈感受到世界进入资本主义时代后，机器代替手工已成客观规律，在世界相通、互相竞争的情况下，不用机器而用手工“是犹足丘跛羊与骏马争先，使蹶足者而与庆忌者争捷也”。
他认为中国工业之不发展，乃因机器制造和科学技术落后造成。他感叹，“吾中国农业皆数千年旧法，自赵过改用耕犁后，未有增新法”，即便个别地方有少量机器，但“损则要修，缺则增配，一针寸木，动需岁月以求之外洋”，“安有万里之中国，而事事仰他人者哉？”他相信只有资本主义生产方式才第一次使自然科学为直接的生产过程服务，因为大工业生产一步也离不开自然科学。他大声疾呼，奖励工艺、新法、新书、新器、新学；竭力强调普及科学，要求科学知识教育“不当仅及于士，而当下逮于民；不当仅立于国，而当遍及于乡”；而且建议责令民人子弟“年至六岁者，皆必入小学读书”，而教之以图算器艺、语言文字，做到农工商兵人人知学。由此迎接中国近代科学技术的黎明。
物用科学观是康有为变法思想切入的契机，也是他科学观深化发展的基础。康氏在确定物用科学观之后，对科学的认识远未就此停止。为掌握有效的变法思想武器，他不断地将科学认识引向深入，进而确立了方法论科学观，与严复一道开创了近代中国科学方法论的先河，也成为康有为科学认识的精华所在。
在物用科学观确定过程中，康氏即已受到科学威力的感性冲击，进而开始探索科学发展的本质所在。经过思考，康氏认为科学之可信，关键在于可用实验证明。他说，“今显微、千里镜盛行，告以赤蚁若象，日星有环晕光点，则人信之”，因为“以镜易验也”。而如“学者告人吾以天天为家，以地地为身，以人类为吾百体，吾爱之周之，血气通焉，痛痒觉焉，人必以为誇诞大漫之不信，虽使舜、禹、仲尼证之，疑信参半焉”，因为“以学难验也”。正因此，虽然“地体浑圆之说，出于《周髀·周公问》，而阮元不信对足底行之说，今则蒙子知之。道咸以前，告人以有线焉，顷刻传于千万里，有器焉，顷刻传言于数百年，虽有巨学，必嗤焉笑之，今则负床之孙，见而既焉。纪昀之博，以艾儒略五洲万国之说为瑶台阆苑之类，今则游贩之子足至而手画之”。正因为今有科学可以证明。
从感性冲击到学理上的自觉，科学对康有为思想的震动日益增强。
1891年，康氏在和沈子培讨论科学时说：“读西书，穷心物理，知诸星之无尽而为天，诸天亦无尽也。知视蚁如象，巢蚁炼亦无尽，盖知大小无定而无尽，不知天之为一蚁乎，蚁亦一天乎？此由显微镜而推悟之也。”他隐隐感觉到科学发现的背后有一股力，一种尚不明了的方法，且有一个更加广大的超验世界。他深信随人类科学知识的增加，必能使这一超验事物变为经验事物。
认识至此，康氏更是上下百年，鉴古观今，开始“穷天地造化之故”，从而得出，“综人物生生之理，探智巧之变，极教治之道，则义理无定，有可得而言焉，观其变之动，知后之必有验也；求其理之原，知势之必有至也”。由此学理上的自觉，康有为坚信这股力正是科学方法，进而在《实理公法全书》中进行了全面的阐述和运用。
《实理公法全书》虽然成书于1888年之前，但却是康有为科学方法论形成的重要标志。目前学界对它的认识大多只注重其内容的排解，却未看到它所用方法的重要性。此书虽然是从各个领域推导其变革理论的，但首先是康有为运用科学方法进行的创新。康氏在书前“凡例”中明确地表明了一种科学的态度：“书中凡用实测之理而与制度无关者仍不录，理涉渺茫，无从实测者更不录。”这是一种前所未有的科学实证思想。其次，康有为已经比较自觉地意识到了方法问题，并且在开篇《实字解》中作了专门介绍，认为科学方法是能够使人认识真理（“实理”）的方法。它包括三种：（1）“实测”之法。是格致家用以考明实理的方法，大约相当于实验方法。（2）“实论”之法。康有为举例说：“如古时某教如何教人，则人之受者如何；某国如何立法，则人之受治者如何。其功效高下，皆可列为表，而实考之。”大约相当于归纳法。（3）“虚实”之法，“如出自几何公理之法，则其理较实，出自人立之法，则其理较虚。又几何公理所出之法，称为必然之实，也称为永远之实。
人立之法，称为两可之实。”大约相当于演绎法。意义更为深远的是，康有为紧接着进行了大胆尝试，在同代人中最早开始采用演绎法和归纳法阐述了自己的变法主张。
康有为运用当时所能掌握的演绎法编排了《实理公法全书》之结构：全书分若干门，每门先引出若干条“实理”为必然前提，然后从实理中推出人们的一般认识或可能的结论作为“公法”，最后运用“实理”对公法作进一步的解释名曰“比例”。这种三段论推论虽然还很不严格，甚至有些荒谬，但却标志着传统的释经方法已被打破。归纳法是培根创立的近代科学方法，其推理乃是从特殊推至普遍结论。康有为紧紧把握住近代科学文化发展的这一动向，初写《实理公法全书》时就有运用归纳法的打算。在《礼义门》、《刑罚门》、《教事门》、《治事门》等门下均注明：“俟集五大洲各国会通礼列表求之。
今姑合其大者一二端，以为引例之尔。”而且这一预设并非空话。后来，康有为就将用法国巴黎1891年离婚率等多项统计资料归纳说明的“凡男女立约，必立终身之约”等比例“不合理”补充进书中。至于实验方法，更是康有为深信不疑的方法，许多西学新知因有“实测”之据而备受康有为推崇就是明证。他在讲学中不断向学生们指出：“中国人向来穷理俱虚测，今西人俱实测。”教育学生以实证科学批判“清淡的程朱”的穷理思想方法。
康有为对科学方法论的认识是较早而且深刻的。实际上，严复发表《论世变之亟》、《原强》、《救亡决论》等，阐述西方科学及其方法，已是在1895年，而他发表专论西方科学方法的《西学门径功用》，更在1898年。因此，康有为乃是最早揭示科学方法论的思想家和实践者。他在1886年前后就如此深刻地看到科学方法与西方近代思想间的深层联系，并大胆尝试科学方法，在近代中国思想中具有重要的地位。虽然这种尝试还很勉强，但这种努力终于开始悄悄地突破传统不重逻辑的禁区，开启了思想解放的闸门，显示出了最初的理性光辉。