“敌人’对我打击我不怕，内部的打击我很痛心。”“现在刘宜良案我亦负责处理”，“而刘案理不直，处理事难上加难、痛上加痛、苦上加苦，但决负责处理以确保‘国家’利益。”
1月23日，美国调查人员听取江南命案5人处理小组与“司调局”关于“一清专案”汇报，并与陈启礼谈话。郝柏村初认为陈启礼有可能将原供升高或降低，听后与平时所供相符。陈启礼的口供主要有三点：
(1)教训刘宜良为汪希苓主持；
(2)赋予杀手吴敦任务为教训而非杀害；
(3)杀害刘宜良后曾在美逗留。
陈启礼一方面供出事情真相，一方面又在为自己脱罪，同时对留美录音带与住处不予告知，其目的在于保护在美竹联帮派分子。
1月27日，蒋经国召见郝柏村再度讨论江南命案，郝柏村提出三点说明：
(1)“美调查小组来台安排及新闻处理均妥切”；
(2)“今后就本案从美政府、国会及舆论三方面下功夫，而以取得美方信任谅解为第一要义，澄清猜测及恶意中伤为第二要义”；
(3)“决定起诉汪，如美方要求会面可同意”。
蒋经国认为郝柏村的判断是正确的。
2月15日，蒋经国又召见郝柏村，强调：“陈启礼、吴敦绝不引渡到美国，吾人对美让步有限度，绝不接受无理要求。刘案处理吾人光明磊落，尽其在我；至于美国信与不信，吾人难以强求。”
由于蒋经国反对引渡，加之美国考虑与台湾当局关系，引渡方案告终止。
1985年3月21日，台北地方法院开庭审判陈启礼和吴敦。4月8日，审理结束，法院作出如下判决：
陈启礼、吴敦均以共同杀人罪，判处无期徒刑，剥夺公权终身。同案犯董桂森在逃，缉获后另行审判。
3月25日，沈昌焕召集郝柏村等人开会，讨论对汪希苓的起诉书问题，并决定4月4日军事法庭开庭时，汪、陈对质。4月4日，“军事法庭”对汪希苓、胡仪敏、陈虎门进行审判。4月8日审理结束后宣判：
前“情报报局长”汪希苓因犯共同杀人罪，判处无期徒刑，剥夺公权终身；前“情报局副局长”胡仪敏，该局第三处副处长陈虎门上校，因犯帮助杀人罪，各判处有期徒刑2年6个月。
对于台湾当局的辩解与匆忙审判，有人评论说：在江南命案尚未弄清真相就匆忙审判，这不过是一场政治闹剧而已。江南夫人崔容芝女士指出，台湾当局审讯陈启礼“是一场闹剧和遮人耳目的手法”，并说除非台将陈启礼等人交由美国审查，否则谋杀江南案不会得到公平处理。
中国外交部发言人于4月22日声称：台湾当局把情报部门谋杀江南先生说成只是情报部门个别负责人的个别行为，并在此基础上作出判决，这是不能反映事实真相的，也是不能令人信服的。
就连汪希苓等人的辩护律师也对台湾当局军事法庭的审判表示不服，认为军事法庭对汪希苓等人应有公正的判决。
纷纷扬扬的江南命案随着判决暂告一段落。该案主谋人本想在充满暗杀的美国铲除所谓“叛徒”，以防蒋家丑闻的大量泄露。 但事与愿违，该案给蒋经国父子及国民党当局以很沉重的打击。
第一，蒋经国传子部署受阻。江南命案发生后，美国及台湾地 方势力抓住蒋孝武为谋杀事件的主谋，明里暗里给蒋经国施加压 力，反对他的传子部署。海外报纸报道：“美国势将振振有词反对 蒋孝武接班，并以此要挟予以抵制。”岛内钱思亮之子钱煦等“中央 研究院”10名院士联名通电蒋经国，要求蒋经国严惩真凶，他们表 示，一旦“国府”轻纵，他们将不惜登报，公开宣布放弃“中央研究 院”院士身份。另据报道，王世宪等16名院士已分别携带有关江 南命案的证据陆续返台，并推代表要求晋见蒋经国。蒋经国以“身 体欠佳”为由，令李登辉予以接见。王世宪等人明告李登辉“纸里 包不住火”，希蒋经国能“壮士断腕”，还有人直接要求蒋孝武应对 江南命案有所澄清和交待。
在内外压力下，国民党中央社于4月3日报道，蒋孝武答复美 国《洛杉矶时报》记者越洋电话访问时称，他“从未在‘国家’安全事 务机关任何机构中担任过任何工作或职务，也不认识陈启礼，外界 有关他的报道，纯系恶意捏造的谣言”。这种论调立即遭到岛内党 外势力与海外舆论的抨击。对此蒋经国被迫于12月25日公开宣 布：蒋家人“不能也不会竟选下届‘总统”～。与此同时，蒋经国还 将蒋孝武外放新加坡，任台湾当局驻新加坡商务代表团副代表。 对于蒋经国的声明，国民党中央社大肆报道，声称蒋经国讲话表现 了“大公无私的恢宏气概”，“将获全民拥戴”；同时还声称，这一讲 话能驱逐疑虑，安定民心。《自立晚报》等报刊则强调疑虑普遍存 在并有根据。一种意见认为，蒋经国“只说下一位‘总统’不能也不 会由经国家人竟选，并未说未来的‘总统’不能由蒋孝武或蒋纬国 竟选啊”!康宁祥等一些人则要求国民党作出进一步保证。一位 台大教授认为，在台湾，“政权权位并不一定要结合的”，例如，“当年严家淦担任‘总统’时，蒋经国先生以‘行政院长’的身份，仍然发挥最高决策者的角色”。对于蒋孝武外放新加坡，有议论说，此番颇近于王升当日之流放。王升当年因为准备接班的传言，随即先贬后放，远离了权力中心。而今蒋孝武也是在岛内外推测他可能接棒之后，被外放担任一个名分犹在地下“大使”之下的商务副代表。也有议论认为，蒋经国对王升是罢黜，对蒋孝武是培植，两者不能相提并论。事实上，蒋经国外放蒋孝武，一方面是在巨大压力下以解内外疑虑；另一方面是企图让蒋孝武在新加坡“建功”，使其形象有所改变。
第二，江南命案使蒋经国标榜的所谓“维护人权，保障民主自由”的面具被戳穿。《自立晚报》发表社论说：“台湾如果连起码的自由与人权也跟着粉碎，还谈什么民主宪权?更高喊什么‘三民主义统一中国’?”就连国民党中常委王惕吾主办的《联合报》也发表社论说，国民党派人杀害江南“是悖离常理的事”，“不可思议”；谋杀一个作家的“事实本身已对‘政府’形象利益构成严重的伤害”。
第三，江南命案也使台美关系受到影响。当江南命案真相暴露之初，美国国务院发言人龙伯格在例行记者会上宣称：台湾情报机构人员参与谋杀江南，是一件“非常严重的事情”。1月18日，美国民主党议员、众议院亚太事务小组委员会主席斯蒂芬·索拉兹就台湾当局谋杀江南案发表声明说：他表示愤慨，绝不能容忍。他还声称，他想召开听证会以判定这个残暴行为，如果属实，将终止美国售台武器。2月7日，该事务小组委员会就江南命案举行听证会，会议一致通过将杀害江南的罪犯移交美国审判的提案。但由于美国当局总是企图利用此案控制国民党与维护在台利益，并未作出停止售台武器的决定。不过，由于此案的发生，使美台关系一度出现了阴影。1985年初，国民党当局指派海外工作会副主任专程赴美，了解江南命案所带来的后果。此人返台后，就此发表文章说：“他对江南事件影响台美关系之深，危害‘国家’之大，知之甚详，感到非常痛心。”驻美国的一位台湾工作人员说，“对美工作的成果，好不容易点点滴滴累积起来，江南命案发生，却让人给整个一大桶倒掉，糟糕透了”。就连蒋经国在召见郝柏村时，也不得已而慨叹台美关系“经过数年来努力所获得的进展与成就，将因刘宜良被杀案受到严重伤害”
集体接班
在传子部署已经不可能实施的情况下，蒋经国在接班人问题上开始筹划新的对策。如不改变初衷，国民党内的革新派就不会拥护他，这一点蒋经国看得很清楚，他深深知道：革新派之所以崇拜他，拥护他，就是因为他比其父开明。革新派都反对家天下统治，也看不起蒋孝武。假如蒋孝武承继父业，开明派中有人会因高官厚禄而投靠他，但绝大多数人会因蒋经国的不明智之举而对他产生怀疑心理，从而进一步产生离心倾向，最后弃蒋而去。再者，如果蒋经国传位于子，还会促使蒋家势力同地方反对派的矛盾有所发展。以康宁祥为首的革新保台派，寄希望于蒋经国实施开明政策，实行民主改革，所以才同国民党合作。高雄事件后，地方反对派发生分化，一部分转向激进，而康宁祥等人仍坚持同国民党合作的温和路线。如果蒋经国坚持传位于子，会使持温和路线的地方反对派对蒋经国的幻想破灭。
从江南被刺案到1987年之间，国民党高层不断进行人事调整，部署集体接班。国民党十二届三中全会前，蒋经国先是免去亲美代表人物蒋彦士的秘书长职务，起用无班底、长期在外、又靠蒋家起家的马树礼任中央委员秘书长。三中全会重新起用李焕，将他纳入国民党中央常委会。1987年7月，蒋经国毅然破例地任命他为国民党中央秘书长，接掌党务大权。
为何李焕有此殊荣，并深得蒋经国赏识与重用呢?了解李焕的人都知道，李焕同蒋经国之问的关系，远远比不上王升同蒋经国之间的关系。李焕是湖北人，早年人上海复旦大学法律系学习，肄业后人中央大学学习。由美返国后，出任《沈阳日报》社社长职务，后任东北保安司令长官政治部秘书、沈阳市政府外事处副处长、三青团大连支部书记。从30多岁起，开始从事党务工作，曾任职国民党中央青年部组训处长、国民党中央部第一组第一室总干事，随后擢升为台湾省党部主委。曾与蒋经国一起筹组“青年反共救国团”，历任该组织秘书长、副主任、主任，“行政院青年辅导委员会主任委员”，深得蒋经国赏识。1972年起出任国民党中央组工会主任兼“革命实践研究院主任”等要职，协助蒋经国大力推行“行政革新”。1977年主持地方公职选举时，因发生中坜事件，遭到张宝树、王升等人责难被二人联手推下台。他一度十分窘迫，幸得蒋经国给他一线生机，后由他筹建“中山大学”，次年出任首届校长。1984年因政绩斐然，终在王升倒台后入俞国华“内阁”，出掌“教育部”。
李焕为国民党党务专家，擅长组织、协调，被誉为“组织天才”。台湾及海外舆论普遍认为，李焕的“阅历丰富”，“素享人望”，是国民党力主本土化、年轻化政策的重要人物。蒋经国重新起用他的目的，就是将他作为集体接班的主要班底成员，同时也为他晚年推行的革新路线服务。
在重新起用李焕的同时，蒋经国还任命其弟蒋纬国出任“国家安全会议秘书长”，掌握军特实权。对于蒋经国同其弟的关系，社会传闻颇多。蒋纬国的经历不似蒋经国那样艰辛，他早年毕业于东吴大学物理系，入德国慕尼黑军校，后又入美国军校深造。返国后曾在胡宗南部下服务。1948年升任装甲兵上校参谋长，后升任少将副司令，去台后升任中将司令。按蒋介石的愿望，希望他掌握军队，所以任命他为三军联合大学校长。因为他自己是靠黄埔军校起家的，也希望陆海空三军将领皆为蒋纬国的学生。但蒋纬国在三军大学校长任内，竟将5岁的儿子蒋孝刚带到校长室，并将他放在自己头上拍了一张照片，然后交台北《联合日报》登在报上。此照片一发，有人就向“监察院”检举，称校长办公室是庄严之地，怎么可以把自己儿子带到办公室并让其放到头顶照相，还见诸报端。此事被媒体曝光迫使蒋纬国赶紧请辞三军大学校长职。