“阁揆”择定后，李登辉与郝柏村之间在“内阁”人选上相互较劲。李原拟派宋楚瑜出任“国防部长”，让肖万长掌管财政，以消除郝在军队的影响以掣肘郝的权力。但郝寸步不让，决意让陈履安掌管“国防部”、王建煊出任“财政部长”。李只好退让，使其推荐宋的预案胎死腹中。在台湾“省主席”一职上，郝对李登辉提议由连战出任表示同意。总之，此次“内阁”改组，既有激烈的争夺，又有某种程度的妥协，以求得平衡，此番争斗未见输赢，但李、郝斗争并未终结，未来还有一番更激烈的争斗(按：最后“内阁”改组中，郝被迫辞职，代之以李的亲信连战，从此，“总统”、“行政院长”均由台籍人担任)。
）第三回合：自国民党执政以来，一直采取“以党领政”、“以党代政”的原则。“政府”重要决策均由国民党中央决策机构作出决定，然后交行政部门贯彻执行。国民党退台后仍沿此惯例。李登辉接任党主席之初，在讲话中仍强调“党政分际而不分离”，可见他还未放弃“以党领政”的观念。由1989年年底和1990年3月两次选举引起党内斗争激烈，派系矛盾公开化，多种不同意见针锋相对，致使李登辉的主张很难达成共识。为了便于集权，减少推行政令的阻力，李登辉遂改变传统的领导模式，推行了一条“以府领政”的路线，关于此点可从下列事实中得到说明。
在李登辉就任“总统”当月，他决定台湾未来重要“政策”将由7人(李登辉、李元簇、郝柏村、蒋彦士、宋楚瑜、林洋港、邱创焕)决策小组讨论决定。7人小组模式的形成表明，国民党中央决定权转移，“总统府”决策权加强。同时也表明“以府领政”初具雏形。台报称：7人小组会议，“既是超级中央常会，也是太上行政院会”。因7人小组决策模式后来遭非主流派责难，故李登辉又发奇想，在“行政院”之上设立了“国家统一委员会”，由他本人自兼主任，并规定“国统会”决议可以不经中常会讨论而送交“行政院”执行。此举更表明李登辉在全力推行“以府领政”的路线。
在这场关系到国民党体制与权力运作模式的争斗中，非主流派从其维护自身利益出发，多次向李登辉的“以府领政”主张发难。蒋纬国称，如果“国统会”决议不送交中常会，而直接交“行政院”执行，“府”、“院”、党三者之间的配合会出现问题，并认为“国统会”与“大陆会”权责不明。与此同时，非主流派一些人士主张强化国民党中常会决策功能，仍走“以党领政”的老路。就是一些属于支持李登辉的人士对于是否建立“以府领政”的新模式，尚未具共识，可见“以党领政”还是“以府领政”之争还要继续下去。
）第四回合：“府”、“院”之争。
北洋军阀统治时期曾发生过“府”、“院”之争。国民党执政后，曾因内部派系庞杂，纷争激烈，多次发生“府”、“院”之争。此次“府”、“院”之争主指李登辉继“统”后同李焕和郝柏村两“内阁”之间的权力争斗。争斗的焦点围绕着“大陆政策”的主导权问题，即“大陆政策”是由“总统府”主导还是由“行政院”主导，以及在具体政策与推展程序上存在着分歧。在“大陆政策”立足点上，李登辉企图将海峡两岸关系当作迂回曲折的“外交”问题，以便推行他以“一国两府”为核心，“和而不统”、“通而促变”的“新大陆政策”。李焕则将此作为统一中国的内政问题。显见两人的理念基础不同。
在“大陆政策”的主导权上，李登辉同郝柏村之间的争夺十分激烈。李登辉为了建立他个人对“大陆政策”的直接指挥权，在国民党中常会“大陆工作指导小组”和“行政院大陆工作会报”基础上，又设立了“国家统一委员会”。设立该机构的目的正如台报所指出的：“不外是另搞班底，将他的亲信偷渡进入‘国家’最高决策机构”。尽管郝柏村被纳人“国统会”中，但他绝不希望他属下的“大陆工作会”变为“国统会”的执行机构，因此他与“行政院秘书长”王昭明在各种场合多方强调“只有‘行政院’才是‘大陆政策’的决策与执行机构”。在“行政院”方面如此强力的坚持下，“总统府”方面却还是有意要提升“国统会”的决策权，最后只有让步，由李登辉亲自宣布“国统会”只是一个临时任务编组的咨询机构。此番争斗可视为“府”、“院”各赢一半，双方平分秋色。当李登辉筹组“国统会”之际，郝柏村又抛出了“一国两地区”的主张，以显示他对“大陆政策”的实际掌握力量，来反击李登辉的掌权企图。据台报载：在郝抛出“一国两地区”的主张之前，根本未同李登辉商量，李得知此讯息后大吃一惊，认为这是他“不得接受”的一个行为。与此同时，李登辉与郝柏村在“大陆政策”的时问表和程序上也存有差异。“府”、“院”之间在未来“大陆政策主导权”上的争斗愈演愈烈。
）第五回合：“修宪”程序之争。
1989年台湾“大选”之后，李登辉提出“宪政改革”。1990年他就任“总统”后，面对“宪政危机”，提出两年之内“可以解决宪政体制改革”问题的时间表。李登辉的具体构想是：“宪政改革”分两阶段进行。“首先由1991年4月召开的第一届‘国民大会’临时负责第一段的‘宪法’必要条文增修工作，订定第二届‘国民大会’代表完成整个‘宪法’条文的修订工作”。此一方案被称为“一机关(第一届‘国大’)两个阶段”“修宪”案，并被《中央日报》吹嘘为“最适当的‘修宪’途径”。
但当此方案正式公布后，立即受到李焕、梁肃戎、蒋纬国等非主流派及一部分资深“国代”的抨击，他们认为两个阶段“修宪”程序太过繁杂，1991年年底要选举第二届“修宪国代”辅选也有困难。因此他们提出“一机关一阶段”比较简单的“修宪”方式。国民党内有选举经验的中常委谢深山、吴伯雄、毛高文、曾广顺等提出了“两机关两阶段”的“修宪”主张。“民主基金会”董事长关中抨击“一机关两阶段”“修宪”方案太过草率，是“缺乏全面共识的方案”。他还提出“三阶段‘修宪’论”。
面对非主流派的种种杂音，李登辉曾让“宪政策划小组”总召集人李元簇召开高层会议进行沟通，再三强调“一机关两阶段”“修宪”案是按李登辉构想提出的，不会有什么修改。1991年1月24日，李登辉又通过“总统府”发言人邱进益明确表示了“支持‘宪政’小组一机关两阶段的‘修宪’立场”。同日，国民党中常会正式通过了“一机关两阶段”“修宪”案。
从表面上看，李登辉等主流派与党内非主流派之间在“修宪”问题上的争论只是程序之争，实则是双方均在争夺“修宪”主导权。这场争斗虽以李登辉等主流派的主张获得通过而暂告平息，但随着“宪政改革”的深入，两派争斗还会继续下去。
）第六回合，围绕“统”、“独”之争。李登辉执政以来，因他纵容“台独”，不断搞分裂，致使“统”、“独”之争从社会引向党内，终=F引发了“新国民党连线”因反党内“独”派势力而出走的国民党大分裂事件。
新党前身是国民党非主流派组织“新国民党连线”(简称“新连线”)。由于党争不断激化，李登辉凭借其权力与权术，对非主流派赶尽杀绝，为此特将原应于1992年7月召开的国民党十四次代表大会推迟至1993年8月召开。当郝柏村要被李登辉排挤交出“行政院长”权杖后，党内非主流派的新生代深感生存空间的狭小。早在1989年8月，国民党新生代赵少康、郁慕明、李胜峰等人成立“新国民党连线”，以“促进国民党政治革新，适应台湾政党政治的发展，维护国民党的执政地位”相标榜。该组织成立后，在国民党内的历次斗争中，由于其鲜明的反主流派和反“台独”色彩，逐渐成为非主流派的新生力量。1993年3月5日“新国民党连线”迈出更大的步伐，登记为政治团体，提出“政治改革、党内民主、反金权、反台独”四大主张，成为党中之党。“新连线”之所以成立并另组新党，很大程度上是国民党在“立法院”内最大的次级团体“集思会”日益明显地倾向“台独”，所以要与“集思会”对抗。新党成立后，在初期竟选中，之所以在选民中引起旋风般的震撼，主要凭借的是其清新与反“台独”的形象。
新党出走后，党内两大派斗争进一步激化。在十四大上，双方围绕着党代表的产生、中委与中常委的选举、要不要设党的副主席等进行了三大回合的斗争，尽管非主流派抱着拼死一搏的决心，展示了一定的实力，而李登辉也不得不作了一些象征性的退让，如让郝柏村、林洋港任党的副主席，安排李焕、俞国华进中常委等，但总体而言，李登辉已基本达到预期目的。通过十四次党代表大会，李登辉已完全控制了国民党高层权力的主导权。
）第七回合：围绕“总统”选举方式的斗争。李登辉1990年正式当选“总统”后，为进一步推进他的“独台”路线，遂在“总统”选举方式上大做文章。
1996"‘总统”大选是仍按间接方式选举，还是直选，国民党、民进党两党态度鲜明。“总统”直选最初是由“台独”势力提出的，他们提出这一口号的目的是企图以通过改变领导人选举方式为突破口，达到建立新“国家”的目的。李登辉与“台独”势力的主张是近似的，但在初时慑于国民党内非主流派反对的力量，不敢公开随声附和，故在1991年底时还以委任直选作为全党共识。此时国民党非主流派公开斥责“总统”直选为“台独”主张。但到1992年，李登辉出尔反尔，公开支持民进党的“总统直选”主张，还秘密在党内串连力量，蓄谋推翻党内的委任直选案，并在国民党十三届三中全会突然发难，但因当时党内“非主流派”势力的强烈批评作罢。此后又经过两年多的党内斗争，到1994年在李登辉操纵下，终于在第三阶段“选宪”中，把“总统直选”写进了所谓“宪法增修条文”，即“‘总统’、‘副总统’由‘中华民国自由地区’全体人民直接选举”。至此，李登辉分裂祖国的步骤与“台独”势力进一步合流了。
因选举方式之争，进一步导发了国民党“总统”候选人之争。国民党内出现3组候选人：李登辉与连战联手，林洋港与郝柏村联手，陈履安与王清峰联手。国民党推出李连配后，林郝配与陈王配均表示参选，致使国民党内高层政争白热化，陈履安退党，林郝二人均被撤销国民党副主席职，并被开除国民党籍。至此，非主流派基本上被赶尽杀绝了，党内已很难再听到第二种声音。在1996年大选中，李登辉凭借其执政地位与岛内大部分的政治、经济及社会资源，将对手一个个击垮，最终再度连任“总统”。