红星二场自然灾害主要是春季大风、夏季干热风、初春秋末的低温冻害、流火七月的洪水灾害和病虫害等。
一 大风
大风全年以东北风为主，夏季偏北，阵性大风较多。年均日数大于或等于8级风10.5天。
大风以春季为最多，大风日数占全年大风的52%，多出现在4～5月份，对农业易造成危害，一是耕作层跑墒，刮走表面土层和养分，或危害作物机械损伤，更甚者将幼苗连根拔起；二是大风日常出现晚霜冻，影响春季作物幼苗及果树幼芽、花芽的形成，严重影响产量。
1979年4月10日至11日，强冷空气入侵，大风骤起，最大风力10级，起初风声呼啸，沙尘弥漫，随后风雪交加，气温陡降。红星二场刮死、冻死大小牲畜数百只（头）。1988年4月15～16日，红星二场遭受大风袭击，风力8～9级，最大风力10级，造成西瓜、棉花地膜吹散，洋葱种子连沙土刮走，受害面积708亩，直接物化成本损失2.77万元。
二 干旱热风
干热风的指标：
强干热风：当天14时（北京时间），气温≥35℃，相对湿度≤30%，风速≥3米/秒，连续7天以上。
中强干热风：当天14时，气温≥35℃，相对湿度≤30%，风速≥3米/秒，持续5～7天。
弱干热风：当天14时，气温≥35℃，相对湿度≤30%，风速≥3米/秒，持续3天。
干热风的形成有两个条件：一是6月至7月上旬天山上的积雪尚未大量融化，五道沟河水供不上灌溉的需要，造成干旱；二是6月至7月，山南地区已进入高温期，在这段时间又是山南地区的次风季。两者相遇，形成干热风。
据24年气象资料统计（见），红星二场地区年平均干热风0.9天。7～8月上旬，干热风出现16次（强干热风1次，中强度干热风10次，轻度干热风15次），占全年干热风的71%。而此时，正值棉花开花结铃期、葡萄浆果膨大期，其危害轻者减产5%，重者减产43%。
三 浮尘沙尘暴
由于大气层的污染和人类生态环境的恶化等因素，不但经常出现大风扬尘天气，而且沙尘暴也渐频繁。据不完全统计，1979年、1986年、1993年、2001年等在不同地区均有沙尘暴出现。
特别是1986年5月19日的沙尘暴，至今使红星二场人记忆犹新：早饭后，大风即起，沙尘飞扬。之后风力不断增大，飞沙走石，进而天空吼声如雷，昏天黑地。然后天空由昏变黄，铺天盖地。最大风力达到12级以上，直刮了40多个小时。大树被连根拔起，地里的幼苗被大风吞噬，房顶的泥土被掀掉一层，化工厂的铁烟囱被刮倒折断，电线杆倾倒电线扯断，红星二渠的渠道被流沙填满，全场停电停水，停火做饭，停工停课，交通阻断，家家户户紧闭门窗不敢出门。大白天，房子里光线昏暗，想读书写字都看不见。风停后，家家院子里铺了一层厚厚的黄沙，黄沙里掺杂着许多黄色的金属片，还熠熠闪光。大风过后，场区一片惨象。
四 低温冻害
红星二场地区大风多出现在春、夏两季，而伴随着大风降温及西伯利亚寒流的侵袭，常出现终霜冻天气，给农业造成不同程度的危害。
早霜冻一般出现在9月底至10月上、中旬，主要影响大秋作物和夏播作物的成熟。
终霜冻（即晚霜冻）出现在4月中下旬，个别年份在5月中旬，对春季作物幼苗及果树幼芽、花芽的形成造成危害，严重影响产量。
1979年5月13～14日，出现大风降温天气，冷空气入侵红星二场地区，凌晨4～7时，气温维持最低值-3.4℃，地面最低温度-9.1℃。刚出土的瓜苗及蔬菜幼苗全被冻死，高粱返播补苗1932亩，690亩玉米冻死50%以上，农业损失3万余元；水管所果树冻死20%，苹果树冻死80%，园林队苹果树冻死30%；冻死马1匹、猪50头、羊80只、牛8头。冻害造成的损失达53.8万元。
1988年2月14日，农场普遍降雪，12～17日平均温度比历年同期平均值偏低8.5℃，致使水管所95亩苹果树和园林队354亩苹果树冻死，造成经济损失42.6万元。
1988年4月29日，场区气温升到31℃，持续3天后，又急剧降温至2℃，造成棉花、瓜、甜椒幼苗死亡，直接受灾面积7182亩，直接损失24.6万元。
1992年4月11日，西伯利亚寒流入侵，早播出土的棉苗绝大多数冻死，又全部复播；葡萄、果树的花蕾冻坏，造成绝收。
1998年3月7～9日，农场连续阴雨，降水5.4毫米，形成低温。3月17日，降雨夹雪，形成积雪平均7厘米，降水5.6毫米，最低气温降到-14.1℃，造成冻害，使6500亩春小麦冻死、烂根，成灾面积达6460亩，造成直接经济损失50万元。4月23日，农场出现终霜，气温降至零下2.2℃，地面温度零下8.9℃，地面结冰0.5厘米，低温持续5天，7875亩农作物受到严重冻害。
五 干旱洪水
红星二场地区属于严重干旱地区，平均年降水量39.1毫米；仅历年4～10月平均蒸发量2084.9毫米，为年降水量的53.3倍，以春夏为主，天旱地干并举。3～9月份日照时间长，地温急剧升高，土地干裂，特别是5～6月农业用水高峰，山水供应不足，常造成干旱。
场区洪涝灾害，主要是天山五道沟夏季暴雨加高温天气冰雪融化发生的春洪、夏洪所致。洪水的特点是峰高量小，陡涨陡落，一般24小时完成一次涨落过程，对防洪工程极为不利。
20世纪80年代以来，洪水常冲毁兰新公路（312国道）、铁路、桥涵、渠道、农田、居民点。1988年7月24～25日，农场连续降雨23毫米，是历年同期平均值的5倍，山洪暴发，洪峰高达135.7立方米/秒，总排水量459.9万立方米，园林队、第一联户农场直接损失13.54万元。
1990年7月11日，天山突降暴雨，五道沟洪水流量达38立方米/秒，冲垮农场桥梁一座、渠道50米，园林队18户职工住宅遭受水灾；7月12日，倒塌房屋8间，19间成了危房。瓜菜、葡萄等农作物受灾面积达222.2亩，损失6万余元。
1993年7月28日，五道沟山洪流量达231立方米/秒，是有水文记录44年以来最大的洪峰。农场遭受洪水袭击，为抢修红星二渠主干渠，停水15天，作物灌水关键季节造成作物缺水受旱，直接经济损失25.2万元。
1998年7月3～4日，山洪暴发，五道沟红星二渠渠首分水闸出现险情，农场组织粮棉厂、食品厂等单位200余人到渠首抢险。7月14日，五道沟洪水流量达212.75立方米/秒，洪水直泻而下，围困园林队，致使房屋倒塌9间，800亩棉、菜、果园遭洪水淹泡，洪水过后，农场组织数百人到园林队进行清淤抗灾大会战。8月25日下午6时至次日凌晨5时，洪峰到达东干渠三连、水管所地区，洪水溢出干渠淹泡部分农田，农场组织180余人抗洪抢险，在东干渠分段加固加高渠堤。