1984年以前，农场没有设置审计机构和审计人员，对少数违纪行为和群众反映的问题由农场财务部门抽调人员进行调查处理。
随着国家审计机构的恢复，审计机构逐步完善。1985年，农场开展审计工作，由经管科吴荣根担任审计员。1987年9月正式设立审计科，有专职审计员2人，曾令福任审计科科长。从此，审计科行使独立审计职权，对农场各单位的财务收支、生产经营情况进行审计，履行监督、服务职能。按照师（局）审计处“一审、二帮、三促”的要求，依法审计并向农场党委报告工作。开展内审，办理审计事项坚持“客观公正、实事求是、廉洁奉公、保守秘密”的职业准则。在日常审计工作中开展了财务收支审计、承包经营审计、经济效益审计、厂长（经理）离任审计和审计调查以及场党委安排的各项审计工作。
第八届全国人民代表大会第九次常务委员会通过了《中华人民共和国审计法》，并从1995年1月1日开始实施，审计工作从此走上了法治化的轨道。农场审计紧紧围绕“治理整顿、深化企业改革、以经济建设为中心”积极稳妥地开展审计工作。
1988年5月，审计科对化工厂进行采购物资专项审计，查出原厂长在购买紧缺物资中工作失职，给工厂造成18210.39元的经济损失，党委决定在全场通报批评，并给予一定的经济处罚。1989年10月，医院挂号室被盗，查出挂号员舒某贪污案，贪污金额16183.35元，舒某被追究刑事责任，医院会计被撤销会计职务，并取消中级会计师任职资格。从1994年5月起，农场通过对经销公司连续两年的经济效益审计，认定经销公司管理混乱，经济效益低，应尽快进行清算。经党委研究决定撤销经销公司，财产交供销科。审计人员及时帮助把公司债权、债务及时进行清理，顺利完成了交接工作。1997年6月对化工厂1994～1996年私人水电费扣款情况进行专项审计，累计未扣回水电费26386.45元，与会计公布的44156.73元，相差17770.28元。原因是原会计记账不及时，责任心不强，造成资金管理混乱，影响资金回收，农场对会计做出了经济处罚，并通报全场。2001年农场安排审计科对全场三费（招待费、电话费、交通费）进行清查的专项审计，查出单位公款用餐及购物品31.9万元，电话费6.6万元，交通费17.8万元。审计科向党委提出核定三费开支标准和范围，并列入政务公开项目，接受群众监督。
1988～2001年，审计总额28674万元，查出违纪金额84.45万元，应上缴财务31.6万元，已上交财务19.74万元，提出合理化建议468条，为企业增收节支157.6万元（见）。
1998年4月，审计科组织全场领导干部及有关人员113人参加了兵团审计局和《兵团日报》联合举办的审计法规知识竞赛，经过独立答卷，有2人荣获鼓励奖。
1999年7月，农场又组织全场会计人员61人参加了国家审计署和《法制日报》联合举办的审计法知识竞赛活动，有1人荣获鼓励奖。