自蔡元培倡教授治校制后，北大校长虽为全校最高领导，然而以下4种机关拥有很大权力，即管立法的评议会，管行政的行政会，管教务的教务会和教务处，以及管事务的总务处。其中评议会的权力最大。马裕藻是校评议会成员，因此有权力积极参加校务管理。他自然是鼎力协助蔡元培在北大实行教育改革的，为此周作人曾经回忆说：“马幼渔性甚和易，对人很是谦恭，虽是熟识朋友，也总是称某某先生。这似平是马氏兄弟的一种风气，因为他们都是如此的。与旧友谈天颇喜诙谐，唯自己不善剧谈，只是旁听微笑而已。……他又容易激怒，在评议会的会场上遇见不合理的评论，特别是后来‘正人君子’的一派，他便要大声叱咤，一点不留面子，与平常的态度截然不同。”
周作人毕竟是他的老朋友，知道马裕藻性格中的冰火两重天。一方面别人可以开他的玩笑，他只管微笑谦恭，另一方面他又是极容易激怒的，会大声叱咤，一点不留面子，与平常的态度截然不同。周作人附逆之后就尝到了这位老朋友的脾气，他一次次上门，要拉他下水，马裕藻则让儿子对周作人说：我不认识你，给他吃了闭门羹。据说，在他任系主任时，家里有个年轻人要报考北大。有一次，不知是有意还是无意探问马裕藻：“不知道今年国文会出哪类题？”马裕藻顿时大怒：“你是混蛋！想叫我告诉你考题吗？”
实际上，看20世纪初当时的文化人如何行事，只要看他们对五四运动的态度，就最清楚的了。马裕藻在五四运动的风口浪尖上，对爱国学生可以说是称得上一意孤行地支持，绝不妥协的。1919年5月4日，北大学生火烧赵家楼，当局命军警镇压，北大学生30余人遭逮捕。蔡元培于5月9日愤然辞职离京。第二天，马裕藻等4人就作为北大教师代表前往教育部请愿去了，表示如蔡不留任，北大教职员“即一致总辞职”。一个多月之后的6月22日，马裕藻又作为北京教职员联合会、学生联合会、北大师生以及教育部的代表，和汤尔和、熊梦飞等人，赶到杭州，亲自迎接蔡元培回京复任。
面对强权与血腥统治，马裕藻数次和鲁迅先生一起，称得上是石骨铁硬宁波硬骨头。1925年初，北京女师大校长杨荫榆压迫学生，排除异己，借故开除刘和珍、许广平等6名学生自治会代表，从而引发女师大风潮。为了声援女师大同学的正义斗争，马裕藻与鲁迅等7人一起，签署了《对于北京女子师范大学风潮宣言》。许广平后来始终保存这一宣言的铅印件，并在旁附注：“鲁迅拟稿，针对杨荫榆的《感言》仗义执言，并邀请马裕藻先生转请其他先生连名的宣言。”
那个时代的知识分子，其胆识的确让人大佩服，和反动政府对着干时，一点也不含糊。你狠！你狠我比你更狠！8月6日教育总长章士钊下令解散女师大，十天之后北大评议会决议：章士钊为教育界罪人，北大与教育部脱离关系。又过三天，鲁迅、马裕藻等人就发表了《北大评议员反章士钊宣言》，不承认章为教育总长。当女师大学生们被杨荫榆、章士钊率领“男女武将”强拉出校，非法解散时，马裕藻和鲁迅、许寿裳等人，“对此暴行，自难坐观，遂分别组织维持会，以尽国民天职”。一月后宣布，他们在西城宗帽胡同“觅定校舍，仍照北京女子师范大学原称及向章，继续开学，以救官僚之失败，竟学子之全功”。马裕藻不仅义务授课，还被推为总务主任，与教务主任许寿裳共同管理校政，直到斗争取得完全胜利。
维护正义，挺身而出，将其视为“国民天职”！马裕藻那怒目金刚的正义形象，何曾有半丝“好好先生”的软弱。
1927年，轰轰烈烈的大革命中途夭折，北大教授也呈分化趋势。一些教授如朱家骅、王世杰和学生领袖罗家伦、段锡明等都离校到南京做官去了，另一些教师如许德衍、范文澜等仍然为维护孙中山的三大政策而斗争，马裕藻虽游离于两派之间，但浓厚的爱国心和正义感，使其在思想上倾向于进步一侧。
鲁迅对马裕藻的为人也十分了解，1929年6月1日，鲁迅在给许广平的信中慨然写道：“南北统一后，‘正人君子’们树倒猢狲散，离开北平，而他们的衣钵却没有带走，被先前和他们战斗的有些人给拾去了，未改其原来面目者，据我所见，殆惟幼渔、兼士而已。”
马裕藻的确称得上是那种不二法门的人物。1933年，李大钊逝世6年之后，北大同事感李大钊之事迹，相与发起厚葬，13位发起人有：蒋梦麟、胡适、沈尹默、周作人、傅斯年、刘半农、钱玄同、马裕藻、马衡、沈兼士、何基鸿、王烈、樊际昌等，这张捐款清单现保存在首都博物馆，其中马氏兄弟赫然在目。
一个人从历史的风口浪尖，到退出历史舞台，肯定有着许多特别复杂的原因。比如1934年的4月，北大校长蒋梦麟认为国文系守旧，已成为学校进步的障碍了，准备将该系系主任一职由文学院院长胡适兼任。那果然是马裕藻守旧了吗，还是别有他因。看得出来，有人的确对马裕藻恨之如骨，胡氏弟子傅斯年在1934年5月8日致蒋梦麟的信中说马裕藻是罪魁祸首，如今恶贯满盈，宜乘此除之，不必给他一年乾薪和名誉教授的待遇。对一个资深厚道的北大教授用如此恶毒的文字形容，一方面说明胡适这位弟子的狭隘，另一方面也说明马裕藻以往亦断非“好好先生”与“沙龙教授”，他是有其鲜明的政治立场的，局外人未必可知，但敌人与真正的朋友却能知晓他。
系主任马裕藻免职一事虽遭多人反对，引起了一场轩然大波，最后还是被实施了。那年马裕藻56岁了，有人评价说马裕藻辞去系主任职务，便带着“好好先生”的头衔从人们视野中消失，即便偶尔被提起，也往往是作为陪衬，历史几乎遗漏了这位老人在笑脸背后深藏的跃动姿态。然而在马裕藻而言，恰如鲁迅所言，他仍然是那个不改其衷的关键时刻挺身而出的侠士。免职数月之后，1934年8月，国民党政府在北平逮捕了爱国人士许德珩、侯外庐、范文澜等，马裕藻不顾个人安危，立刻与人联名上书，强烈要求当局立即无条件释放上述人士，这种气慨，何其勇也，哪里是一个“好好先生”之所为。
1936年对马裕藻而言，是悲痛的一年。他失去了他的老师章太炎，又失去了他的挚友鲁迅。鲁迅逝世，各界敬悼的挽联甚多，马裕藻的挽联，真乃令人回味无穷。其联云:豫才尊兄千古热烈情绪冷酷文章直笔遥师菿汉阁；清任高风均平理想同心深契乐亭君。
敬挽上句，表彰鲁迅与章太炎的师承关系，太炎晚年，设馆讲学于苏州，自称“菿汉阁主”。下句颂扬鲁迅与李大钊的战友之谊。悼鲁迅而又追念章太炎和李大钊，一幅挽联，痛悼了中国近代革命史上的三位伟人。
生命的晚钟终于敲响，马裕藻晚年的家国生涯，可说是与国难当头的时局紧密结合在了一起。抗战起，北大、清华、南开三校师生相继南下，而校地、房子和大批图书、仪器留在北京，同时留在北平的，还有四位因身心或家庭等因素没有随国民党政府迁移的留平教授，他们正是周作人、孟森、冯祖荀和马裕藻。
北大教授吴晓铃先生曾经回忆道：“马幼渔(裕藻)先生在学术界居五马之首，在日本时曾和鲁迅先生同师章太炎。我在离开北平时去向他辞行。他用古体文写下了如下几句赠言：‘余病居边城，远云岭，临岐恫苦，赠处无言，惟祈晓铃默识余衷，互相砥励而已。’真是‘满怀心腹事，尽在不言中’……”
当此强寇入侵，书生想到的首先还是书。马裕藻的惟一嗜好是收藏古旧书籍。对住房的要求便就有了两个要求：一是要有足够的书房，至少要有三四间，室内四周都是大书架，还有大书桌。再一是离北大要近。马裕藻除了上课以外，就是总在他的书房里。他的藏书大多是用朱红标点过的。读书备课，这是他一生最大的乐趣。空闲时他就到琉璃厂书肆去选购。时间长了，书店老板们都摸熟了他搜罗的范围，遇到合他胃口的书就主动送去。而今强虏来侵，马裕藻不愿他心爱的书籍散落敌手，分装了几十个大木箱，存到孔德学校的书库里。
1937年7月29日，北平沦陷，马裕藻隐姓埋名，住在北京一条小胡同里，足不出户在家读书，拒绝出山为日寇效劳。沈尹默在重庆曾赋诗形容马裕藻当时的处境。诗曰：“门外黄尘不可除，从来寂寞于云居。”短短两句诗反映了马裕藻宁愿过失业清贫的生活，不愿卖国求荣的凛然正气。只此一件，便可分出他与周作人的云泥之别。
他与周作人曾经有许多的一样，他们都是浙江人，都在日本留学，都是章门弟子，都是北大教授，都在国文系教学，都是新文化运动的中坚。国难当头，他们都是因为种种原因无法离开北平的老人。然而，此时此刻，只有一件事情，就把他们划到了此岸与彼岸。周作人不但附逆，还从命日本侵略者，数次来找马裕藻，以旧交之谊，欲请马裕藻出山任教。当此民族大义面前，马裕藻让幼子马泰拒之门外不见。周作人还来纠缠，最后马裕藻让马泰对周作人说：“我父亲说了，他不认识你。”爱国气节可见一斑。周作人也算是唾面自干，从此再不曾来，两人一生友情，自此以马裕藻毅然斩断。
马裕藻是寂寞的，兄弟五人云集京城的阵容已不复存在，他怀念从前的一切，怀念北大红楼中的相识，他有一种类似宗教情节的爱国感情，他的学生张中行每次去看他，见面第一句话总是听他问：听到什么好消息吗？
然而说马裕藻只是寂寞也不尽然。在日本法西斯白色恐怖统治下，马裕藻仍与钱玄同、夏康农等几位知已经常来往。夏康农家里有一台短波收音机，能听到抗战后方的广播。当平型关、台儿庄大捷的喜讯传来时，他遣其子齐怀远邀马裕藻到他家秘密听广播。有一次，同学李君请马先生写些字，留作纪念。马先生沉吟了一会，不好意思地说：真对不起，现在国土沦陷，我忍辱偷生，绝不能写什么，将来国土光复，我一定报答你，叫我写什么，叫我写多少我写多少。
1945年初，67岁的马裕藻走完了他的人生历程，在黎明前的黑暗中忧郁病逝，未能看到抗战的胜利，未能与当年就回到北京的他的兄弟们团圆。大学者马裕藻唯一能在此时报效祖国的就是留下遗嘱，让家人在抗战胜利之后，将他的珍贵藏书21000册，全部献给了北大图书馆。