实际上，所谓的“故宫盗宝案”，完全是一场蓄意陷害的阴谋，他从一个侧面展示了国民党官场的腐败和当时司法界的黑暗，但却造成了极其恶劣的结果，特别是对故宫博物院的声誉，造成了极大的损失。因易辞职而上任的马衡也在此过程中受到了质疑。因双方都是他的朋友，故他的沉默，在双方看来都不明朗。实际上马衡心里是很明白的，1950年他曾写有《附识》专门提到此问题，明显地同情老院长易培基，言其苦衷时则说：“余于廿二年秋，被命继任院事，时盗宝案轰动全国，黑白混淆，一若故宫中人无一非穿窬之流者，余生平爱惜羽毛，岂有投入漩涡，但屡辞不获，乃提出条件：只理院事，不问易案。因请重点文物，别立清册，经划清前后责任……”
易培基辞职，国民党元老于右任、吴稚珲等一干人，都纷纷推荐马衡出山，于是马衡就在不知情的状况下由家人送到北京车站，被召到了南京。马衡住在小旅馆里，不知道国民政府召集他来有什么事情。原来经过中央委员会一致推荐，他已经被列为新的故宫博物院院长人选。一直觉得做学问比做官重要的马衡听到消息后并不高兴，再三推辞后，蒋介石出来一语定了乾坤：“我看大家一致推举，马先生就不必过谦了吧”。时人多以为，精于金石、超脱政治是马衡被选中的根本原因，亦有人以为不排除蒋介石对宁波老乡的那份特殊的信任。不管怎么说，马衡还是不得不辞去北京大学教授一职，在众望所归中从1934年4月走马上任，正式担任故宫博物院院长。
报纸刊登了这一消息，马衡的学者生涯立刻就变化了。从南京回来，接站的人就成群结队了，当时故宫博物院院长级别很高，算是国民政府的大官。火车站有人挂起了横幅，欢迎马衡归来。去时送亲的家人归来后已经挤不上前迎接马衡了。
马衡的气派一下子就大多了，进出立刻就有汽车接送，月工资也一下子涨到了1360大洋，他不再是妻子眼里的那个“破教授”了。但马衡自己还是若无其事的样子。沉重的担子已经压在他的心头，马衡一生中最重大的历史使命已经摆在他的眼前：主持国宝的安全西迁，维系民族的人文命脉。头断血流，不辱使命也。
人们一般以为的故宫国宝南迁是从1937年的抗日战争前开始，其实大不为然。这场民族间的侵略与反侵略战争，早就打响了，只是因其没有硝烟，是场看不见的战争，故一般不被人所见。
马衡是一个有着深厚爱国思想与民族气节的中国大知识分子。1927年因日本学术界邀请，他曾赴日本讲学，结识了许多日本朋友。1931年日本鲸吞我东北之后，马衡立即与他们断交，即使对方登门造访也拒不会见。
与此同时，故宫国宝的南迁，从此也就开始了。
其实南迁伊始，人们对此是有分歧的。国之宝器的迁移，势必撼动民心，马衡等30余名文化人当时还曾联名写信给政府，要求把文物挪往离京城更近的保定，谁知后来战局越发紧张，学者们终于统一思想：国亡有复国之日，文化一亡将永无法补救。1932年，装箱南运的工作开始，其中古物馆的装箱工作是各馆中最为繁重的，马衡既然主持着古物馆工作，负责组织的便正是装运古物馆文物。南迁分五批，马衡负责了第四批的监运。全部文物都运往了他曾经半生度过的地方——上海。
1933年2月5日夜间，第一批文物2118箱用小推车悄悄推到前门火车站，装了18车皮。此时的马衡，经常在南京、上海、北平三地往来，妻子叶薇卿也因此回到了阔别多年的故土上海居住。四子六女中，除三子夭折之外，其余几个女儿或出嫁，或随母，倒还算太平。就是那三个儿子颇让马衡费神。
长子马太龙毕业于苏州吴江大学法律系，操一口流利的英语，诸子女中，在书法篆刻方面，最得父亲家传。父亲不让他吃洋饭，推荐他到南京政府考试院，先后在戴季陶和于右任手下工作。马太龙虽对国民党政府的腐败深恶痛绝，但还算有碗饭吃，暂不须马衡操心。
比长子只小一岁的次子马彦祥则完全成了个另类。1917年他随父北上时曾经过继给了天津九叔马廉家，那年他刚十岁，等到三年后再回到父亲身边，已经是个谁也管不住的淘气小子了。他的弟弟马文冲对此有着一段生动的回忆：“二哥读中学时候热衷戏曲，晚上常常跑出去看戏，父亲屡禁不止，下令锁上大门，他竟翻墙而去，后来为了彻底摆脱父亲的管束，留书一封，离家出走。我与三姐去看他，见他挺好，正在桌子上写稿子。一年也不回来，靠自己写稿挣钱养活自己，生活过得挺好。母亲从上海回来后发脾气，骂我父亲，说连儿子也管不住，要找他回来。二哥回来后，母亲大发脾气，要二哥跪下磕头赔罪，二哥去父亲书房认错，父亲气得连话也说不出来。母亲反过来就骂父亲管不住，后来就把二哥带到上海去读书了。”
一个能够把故宫文物国宝管理得井井有条的大学者，却管不住自己的儿子，只有气得话说不出来的份，今天想来，反让人忍俊不禁。马彦祥1925年考入复旦大学中文系，因深受大戏剧家洪深影响，从此步入剧坛。抗战伊始，他已经成为中国剧坛著名的戏剧理论家和作家。他登台扮演《日出》中的胡四，则被公认为“天下第一胡四”。叛逆的青年往往激进，激进的青年最为左倾，从三十年代开始，马彦祥就接近共产党，提出了加入共产党的要求。这么一个儿子，完全有着自己的信仰，自己的事业，自己的生活，马衡从管不住他，竟然也慢慢认可他了。
最头痛的好象还是他那个小儿子，1916年出生的马文冲。从1932年开始马衡出入无定，举家南归之时起，北京十几个人住的大房子里面只有马文冲带着仆人居住。当时马文冲中学毕业，在中法大学读了一年书，马衡一回家就要考察他的学业，他希望儿子能够继承家族传统，做学问安身立命。同时他又觉得下一代人应该去学习更现代的学问，所以一直督促他学习的是地质学。谁知好动的马文冲偏爱上了父亲所有爱好中最不起眼的一个爱好，“偏那时候我爱体育，整天就想打球。还冒充东北籍贯报考黄埔军校”，被马衡大骂一顿。父亲如此大骂儿子是有道理的，中国人是最讲祖籍、认祖坟的，故马衡家大门口挂匾为“鄞县马”。马文冲为了当兵考军校，竟然连祖籍都不要了，马衡很生气，故不许他上军校。
1933年7月，故宫博物院理事会通过了成立南京分院的决定，将南迁文物存放在首都南京。第二年，马文冲由母亲做主，同意他报考黄埔军校第11期，当马文冲把这一消息告诉马衡时，出乎意料地发现父亲深表赞赏和支持。国难日深，国家存亡，马衡已经改变了一向教育救国的主张。到了南京的黄埔军校后，马文冲才有机会看见上海租界的故宫仓库和正在兴建的朝天门故宫博物院南京分院，他的印象中，上海租界仓库有两个圆形大铜门，有360多位数的密码，极其复杂。而南京的地下仓库则更是一个巨大工程:有专门的发电厂和人造空气，分地上地下三层。他也这才知道父亲的工作有多么艰巨。
那年8月，正值马衡的母亲李氏过世，马衡按照儒家之礼仪，很长时间没有刮胡子，穿着灰布大褂，鞋子上还镶着一道白边。数月后他的九弟马廉又突逝北大教室。国仇家难，马衡无法两头关照，那时马衡经常就住在南京，监督仓库工程早日完工，只得让五弟马鑑为母亲和弟弟发丧。自己则在往来书信中，将朱砂印泥改为蓝色印泥钤印。
将朱色改为蓝色，只这一个细节，孝子之孝，文人之文，尽在其中矣。
1933年至1944年，故宫1、3万余箱书画、铜器、瓷器、玉器精品及善本历经11年，行程万余里，先迁上海，后迁南京，再迁西南大后方，每一迁都惊心动魄，每一迁都留下了难忘故事。在日寇侵华期间，全国文物损失惨重，但故宫文物却无甚损失，这不能不说是一个奇迹。而领衔的院长马衡从不居功，甚至很少提及，这正是马衡不以物喜、不以己悲的天性一贯的始然。
1937年7月抗日战争爆发，继之“八·一三”上海烽火又起，马衡与马文冲父子俩在南京经常碰头，那也是他和父亲很亲近的一段时光。就在朝天门工程即将完工时，“七七事变”爆发，抗战全面开始，马文冲被调往淞沪战场，他清楚地记得父亲满脸祥和，对他说不要贪生怕死，打仗要勇敢。他不知道，虽然不上战场，父亲肩负的任务一点不比他轻。国宝面临着再次西迁的任务。
与此同时，父亲马衡的保护国宝战役，也再次打响了。这一次更加艰辛曲折，临危受命的马衡别无选择。11月底，北路陆路运输的三个批次专列先后从下关开出，前往西安。首批专列没有可靠的押运人，马衡想来想去，想到儿子马彦祥，真是上阵父子兵啊，马家二公子马彦祥二话不说就答应了。
故宫文物分三路运往后方，马衡带领部分人员走中路，有9331箱，基本走水路，分19批经4个月运往宜昌，然后转运重庆。后又因安全问题转运乐山。“加雇民船，星夜装运”，还有故宫博物院工作人员因深夜押运不慎堕水而亡的。马衡很为自己挑选的员工而满意，故宫文物分批西迁，8年来国宝没一件遗失，无一被盗和损坏，全部安然无恙，这是故宫全体执行人员的功劳。他们若没有忠贞的爱国心和高度的责任感是不可能出现这样的奇迹的。
文物押运的过程中也有苦中作乐的时候，有一次马衡他们一行三人雇一辆小车，前往陕西。刚出成都，路途平坦，视野开阔，马衡与李济理事就高兴起来，一路背着《长恨歌》，行至绵阳，道路颠簸，再无精神背诗。行至梓潼，司机罢工不开了，马衡数人只得坐着大货车，赶往陕西。这些都是小插曲。找地方藏那些国宝，这才费尽了马衡的心思。最后选定了乐山安谷乡的一座古寺和六座祠堂。北路运输负责人那志良完成任务之后给马衡发了一封电报，旋即接到马衡回电：自沪州被炸，忧心如焚，数夜不眠。得来电，知兄大功告成，急嘱厨房备酒，痛饮数杯。
马衡者，真性情中人也。劫难来时，愁得睡不着，大功告成时立刻要喝庆功酒，还忙不迭地把此事告诉他的下属。其人个性，可见一斑。
俞建伟、沈松平先生所著《马衡传》中，对国宝南迁有着非常精辟到位的评述：“从1937年到1947年，马衡和故宫同仁们在抗日战争烽火连天的环境中，在恶劣的自然条件下，带着16700多箱书画、铜器、瓷器、玉器精品及图书善本，历经十年，行程万余里，迁移到西南大后方，存放到安全地带，直到抗日胜利后再迁重庆，然后再迁回南京，每一迁都惊心动魄，每一迁都留下难忘的故事。在日寇侵华期间，全中国文物损失惨重，但故宫博物院的文物却没有大的损失，尤其西迁文物无一失落，无一被盗，全部安然返回南京。这不能不说是抗战中的一个奇迹，也是世界文物史上的一个奇迹。”