是水分供应失调。干旱条件下供水不足，或忽干忽湿，水分供应失常，番茄叶片蒸腾消耗所的大量水分与果实进行争夺，或被叶片夺走，特别当果实内、果脐部的水分被叶片夺走时，由于果实突然大量失水，导致其生长发育受阻，形成脐腐。另一种观点认为发病的原因是缺钙。认为是番茄不能从土壤中吸收足够的钙素和硼素，致使脐部细胞生理紊乱，失去控制水分能力；或土壤中氮肥过多营养生长过旺致土壤缺钙，果实不能及时得到钙的补充，如果实含钙量低于0.2%即引致发病。此外，干旱条件下喷洒波尔多液发病重。
防治方法
（1）选用抗病品种。果皮光滑、果实较尖的品种较抗病。
（2）采用地膜栽培。地膜覆盖可提高地温，促进根系发育，增强吸水能力，并可保持土壤水分相对稳定，能减少土壤中钙质养分流失。
（3）适量及时灌水，尤其结果期更应注意水分均衡供应，灌水应在上午9～12时进行。
（4）采用配方施肥技术，根外追施钙肥。番茄坐果后1个月内是吸收钙的关键时期。可喷洒1%过磷酸钙，或0.5%氯化钙+5×10-6萘乙酸、0.1%硝酸钙及1.8%复硝酚钠水剂6000倍液，从初花期开始，隔15天喷1次，连续喷洒2次。
（5）使用遮阳网覆盖。
发病症状本病主要发生于夏秋保护地。被害株初期幼芽枯死，被害部长出皮层包被，在发生芽枯处形成一缝隙，缝隙为线形或“Y”字形，有时边缘不整齐。
发病原因一般在夏秋保护地番茄现蕾期发生，主要由于中午未及时放风，高温下烫死了幼嫩的生长点，使茎受伤而引起。尤其在定植后控水严重的地块更易发生。
防治方法
（1）番茄定植后注意中午放风，不使棚温超过35℃。
（2）适当蹲苗，发现植株萎蔫时适当补水。
（3）使用遮阳网覆盖，防止高温为害。
发病症状番茄畸形果也称变形果，以冬季保护地番茄发生较多。一般正常的果实为球形或扁球形，4～6个心室，放射状排列。而畸形果各式各样，田间经常见到的畸形果有纵沟果、扁圆果、椭圆果、偏心果、指突果、桃形果、豆形果、乱形果、菊形果，以及其他奇形怪状的果实。形成畸形果的花、萼片和花瓣数量较多，子房形状不正。
发病原因番茄畸形果的发生主要是由于环境条件不适宜。其中，扁圆果、椭圆果、偏心果、双（多）圆心果等畸形果发生的直接原因是在花芽分化及花芽发育时，营养土中化肥过多，造成土壤中速效养分含量过高，根系吸收的大量养分积累在生长点番茄芽枯病处，肥水过于充足，超过了花芽正常分化与发育的需要量，致使花器畸形，番茄心室数量增多，生长不整齐。如遇上低温，即夜温低于8℃、白天温度低于20℃时，且地温低，呼吸消耗少时，更会加重病情。
指突果是在子房发育初期，由于营养物质分配失去平衡，而促使正常心皮分化出独立的心皮原基而产生的。
桃形果是由于植株老化，营养物质生产不足引起心室减少，子房畸形发育而成。使用2，4-D等激素蘸花时，浓度过高，会加剧病情，增多桃形果数量和严重程度。
豆形果是因为营养条件差，本来要落掉的花虽经蘸花处理抑制了离层形成，勉强坐住了果，但因得到的光合产物少，长不起来或停止生长，从而形成豆形果。
菊形果系心室数目多，施用氮、磷肥过量或缺钙、缺硼时易产生。
防治方法选择耐低温、弱光性强、果实高桩形、皮厚、心室数变化较小的品种，避免选用果实扁平、皮薄、心室数变化较大易发生畸形果的品种。加强温度管理。幼苗花芽分化期，尤其是2～5片真叶展开期，即第一、二花序上的花芽发育阶段，正处于低夜温诱发畸形果发生的敏感期，应确保这一时期的夜温不低于12℃，一般夜温控制在12～16℃，白天温度控制在25～28℃，以利于花芽分化。
定植时间不宜过早，一般要在最低地温持续高于10℃以上时再定植。定植过早，温度忽高忽低，或夜温过低，温差过大，皆会阻碍根系正常吸收硼、钙，易产生畸形果，同时也容易产生裂果。
加强水肥管理。避免苗期营养过剩，每10平方米的苗床施70～80千克优质土杂肥，0.4～0.5千克复合肥即可。如果苗期氮素营养过多，特别是在低温条件下，植物生长受到抑制，使输送和储藏到花芽的养分增多，细胞分裂旺盛，形成更多的心室，从而形成较多的畸形果。
育苗期间，避免土壤过干过湿，在适宜的温度条件下，土壤过干，会导致幼苗生长缓慢，花芽处积累大量物质，使子房心室数增加，而在低温条件下过湿可能会影响幼苗对钙的吸收，两者皆可导致畸形果的大量发生。因此，在低温季节育苗，应尽量减少浇水量，而在适温或高温的条件下育苗，应尽量多浇水。
定植时浇足、浇透定植水，缓苗后浇一遍小水，开花坐果前，再浇一遍小水（俗称“跑马水”），第一穗果鸡蛋大小时，再浇坐果水，以后保持不干不湿，避免灌水多。
定植后采取配方施肥技术，避免偏施、过施氮肥，适量增施磷、钾肥。适时喷施宝多收、叶面宝、光合微肥、0.5%尿素+0.3%磷酸二氢钾等叶面肥或含硼、钙的复合微肥。
正确进行激素处理，慎重使用生长调节剂，在苗期特别是花芽分化期间（2～6片叶），应尽量避免使用矮壮素、乙烯利等可以促进番茄产生畸形果的植物生长调节剂。
定植后，为促进坐果，要对番茄的花进行激素处理，处理时要掌握正确的方法，尤其要注意处理第一花序的药剂浓度。由于环境原因，第一穗果畸形果发生率高，且第一花序耐药性差，因此，在适宜的温度下，应使用低浓度药液蘸花，蘸花应在晴天上午10时以前、下午3时以后、植株无露水、棚内温度为18～20℃时进行。蘸花常用的生长调节剂有2，4-D（10～20毫升／升）、番茄丰产剂2号（10毫升装，加水稀释50～70倍）。不能重复蘸花，花蕾和未完全开放的花不能蘸，蘸花后，要及时增加肥、水，以保证果实正常生长发育。在加强通风、适当控湿的基础上，喷施15%多效唑可湿性粉剂1500～2000倍液，控制徒长，这样既可提高幼苗质量，又不影响花芽分化。疏花疏果。发生畸形果后要及时摘除，以利于正常花、果的发育。一般花序的第一朵花易产生“鬼花”（重合花），应结合蘸花把其疏掉，可减少畸形果的产生。
番茄生理性卷叶病
发病症状本病主要表现为番茄叶片小叶纵向上卷。从整个植株看，轻者仅下部或中、下部叶片卷叶，重者整株所有叶片均卷叶。卷叶不仅影响蒸腾作用和气体交换，还严重影响着光合作用的正常进行。因此，轻度卷叶会使番茄果实变小，重度卷叶导致叶片光合作用面积减小，植株代谢功能失调，营养积累减少，坐果率降低，果实畸形，品质下降，产量锐减，卷叶后也易使一些果实直接暴露在阳光照射下，引起日烧病。
发病原因
（1）土壤干旱，或根系发育差、受损伤，吸水能力较弱；而遇高温天气，温室、大棚为防治病害过于控制湿度，造成空气干燥等。这些都会使植株的根部吸收输送到地上部分的水分没有蒸腾掉的水分多，从而造成植株缺水。为减小暴露在空气中的叶面积，进而减少水分蒸腾，植株下部乃至中、下部叶片卷曲。这是一种生理性保护作用。
（2）干旱后大量灌水，也能引起下部叶片卷缩。
（3）过量偏施氮肥时，整株叶片都会出现卷缩。特别是土壤中缺铁、缺锰等微量元素，会加重卷叶。这种卷叶常伴随叶片变黄、变紫等症状。