（1）农业防治：重病区尽量与非茄科蔬菜实行轮作。高垄栽培，辣（甜）椒生长期增施底肥。棚室栽培宜采用滴灌或暗灌方式灌水。调整好棚内温、湿度，尤其是定植初期，闷棚时间不宜过长，防止棚内湿度过大，温度过高。
（2）药剂防治：幼苗期喷药，药剂防治宜早，药剂要喷在叶背。
棚室栽培发病初期，每亩每次喷洒75%百菌清粉尘剂1千克，每隔9天喷撒1次，连续防治3～4次。或每亩每次施用45%百菌清烟剂，或10%腐霉利烟剂200～250克。
露地栽培在发病前开始喷药，50%多菌灵可湿性粉剂500倍液，75%百菌清可湿性粉剂600倍液，或50%异菌脲可湿性粉剂1000倍液，或50%腐霉利可湿性粉剂1000倍液，或50%多菌灵·硫黄悬浮剂500倍液，或58%甲霜灵·代森锰锌可湿性粉剂500倍液。每隔7～10天喷1次，连喷3～4次。
辣（甜）椒叶枯病
发病症状叶片发病初呈散生的褐色小点，迅速扩大后为圆形或不规则形病斑，中间灰白色，边缘暗褐色，病斑中央坏死处常穿孔，病叶易脱落。病害一般由下向上扩展，病斑越多，落叶越严重，严重时整株叶片脱光成秃枝。
病原茄葡柄霉，属半知菌亚门真菌。
发病规律病菌以菌丝体或分生孢子丛随病残体遗落土中或以分生孢子黏附种子上越冬，以分生孢子进行初侵染和再侵染，借气流传播。该病在南方无明显越冬期，全年辗转传播蔓延。施用未腐熟厩肥或旧苗床育苗，气温回升后苗床不能及时通风，温、湿度过高等，利于病害发生；辣（甜）椒叶枯病叶片穿孔田间管理不当，偏施氮肥，植株前期生长过盛，田间积水等易发病。
防治方法
（1）农业防治：加强苗床管理，用腐熟厩肥作底肥，及时通风，控制苗床温、湿度，培育无病壮苗。实行轮作，及时清除病残体。加强田间管理，合理使用氮肥，增施磷、钾肥，或施用喷施宝、植宝素、爱多收等；定植后及时松土、追肥，雨季及时排水。
（2）药剂防治：发病初期，喷洒40%氟硅唑乳油5000倍液，或12.5%腈菌唑乳油1500倍液，或64%霜灵·代森锰锌可湿性粉剂500倍液，或70%甲基硫菌灵可湿性粉剂800倍液，或70%丙森锌可湿性粉剂800倍液，或5%己唑醇悬浮剂1000倍液等，隔10～15天喷1次，连喷2～3次。
辣（甜）椒煤污病
发病症状本病主要为害叶片、叶柄及果实。叶片染病，初在叶面产生污褐色圆形或不规则形的小霉点，后形成似煤烟般的霉状物，可布满叶面、叶柄及果面，严重时几乎看不见绿色叶片及果实，影响光合作用。病叶早衰，提早枯黄脱落，病果提前成熟但不脱落，商品性差。
病原辣椒斑点芽枝霉菌，属半知菌亚门真菌。
发病规律病菌以菌丝体和分生孢子在病叶上或土壤中及植株病残体上越冬，翌年产生分生孢子，借风雨、浇水、蚜虫、粉虱等传播蔓延。一般荫蔽、湿度大，粉虱、蚜辣（甜）椒煤污病（粉虱引起）为害辣椒叶片虫发生严重的棚室发病严重。
防治方法
（1）农业防治：
①改变棚室小气候，使其通透性好，雨后及时排水，防止湿气滞留。
②注意浇水、灌水方式，不要四处乱溅。
③及时防治蚜虫、粉虱及介壳虫。
（2）药剂防治：于点片发生阶段，及时喷施40%灭菌丹可湿性粉剂400倍液，或40%敌菌丹可湿性粉剂500倍液，或50%苯菌灵可湿性粉剂1500倍液，或40%多菌灵胶悬剂600倍液，或50%乙霉威·多菌灵可湿性粉剂1500倍液，或65%甲基硫菌灵·乙霉威可湿性粉剂1500～2000倍液，隔7～10天喷1次，视病情防治2～3次。
辣（甜）椒青枯病又名辣（甜）椒细菌性枯萎病，是一种典型的细菌性土传病害。
发病症状一般在苗期不发病，常在辣（甜）椒结果后才开始表现症状，至盛夏时辣（甜）椒煤污病（粉虱引起）为害辣椒果实辣（甜）椒煤污病（蚜虫引起）为害严重的辣椒植株发病最为严重。发病时植株顶部叶片萎蔫下垂，接着下部叶片凋萎，最后中部叶片凋萎；也有一侧叶片先萎蔫或整株叶片同时萎蔫的。初病时，病株白天萎蔫重，夜晚尚可恢复，2～3天后全株萎蔫死亡。死株仍保持绿色，但色泽稍淡。病株根部常变褐腐烂，病茎表皮粗糙，茎中下部增生不定根，部分病茎可见1～2厘米大小褐色病斑。近地面茎部皮层呈粗糙的褐色水浸状。纵切茎部可见木质部淡褐色，横切茎部保湿后，手指挤压断面有白色混浊黏液溢出，最后病株黄枯而死。
病原茄青枯拉尔细菌，属拉尔菌属。
发病规律病菌随寄主病残体遗留在土壤中越冬。病菌在病残体上营腐生生活，能在土壤中存活14个月至6年之久。病菌通过雨水、灌溉水、地下害虫、操作工具等传播，多从寄主根部或茎基部皮孔和伤口侵入，前期处于潜伏状态，条件适宜时即可在维管束的螺纹导管内迅速繁殖，并沿导管向上扩展，使整个输导组织被破坏而失去功能，茎叶因得不到水分供应而萎蔫。高温、高湿的环境条件有利于青枯病的发生。土温达20℃时病菌开始活动，土温达25℃时病菌活动旺盛，田间往往出现发病高峰，土壤含水量达25%以上时，易于发病。雨后初晴，气温升高快，空气湿度大，热量蒸腾加剧，易促使本病流行，尤其是久雨或大雨后暴晴，病害往往暴发流行。土壤微酸性或钾肥缺乏时发病重。另外，地势低洼、排水不良的地块发病重。
防治方法
（1）农业防治：实行轮作，最好是水旱轮作。清除病残体，结合整地每亩撒施50～100千克石灰，使土壤呈微碱性，增施草木灰或钾肥也有良好效果。有机肥要充分发酵消毒。适当控制浇水，严禁大水漫灌，高温季节应在清晨或傍晚浇水。适期播种，培辣（甜）椒青枯病田间表现育壮苗、无病苗。植株生长早期应进行深中耕，其后宜浅耕；至生长旺盛后期则停止中耕，以免损伤根系，造成病菌侵染。
（2）药剂防治：发病前期要预防性喷药，常用农药有20%噻菌铜悬浮剂600倍液、14%络氨铜水剂300倍液，或77%氢氧化铜可湿性微粒粉剂500倍液，或72%农用硫酸链霉素可溶性粉剂4000倍液，每7～10天喷1次，连续防治3～4次。进入坐果期或发现病株后，用77%氢氧化铜可湿性粉剂500倍液，或72%农用硫酸链霉素可湿性粉剂4000倍液灌根，每7～10天灌1次，连续3～4次。
辣（甜）椒疮痂病
辣（甜）椒疮痂病又名细菌性斑点病，属于细菌性病害。
发病症状该病主要发生于辣（甜）椒幼苗与成株叶片、茎部与果实上，以叶片最常见。其典型症状是发病部位隆起疮痂状的小黑点而引起落叶。
幼苗发病后，叶片产生银白色水浸状小斑点，后变为暗色凹陷的病斑，可引起全株落叶。
辣椒疮痂病病叶（王久兴）辣（甜）椒疮痂病病果成株期叶片染病，初为小斑点，呈圆形或不规则形，边缘暗褐色稍隆起，中央颜色较淡略凹陷，病斑表面粗糙，常由几个病斑连在一起形成大病斑。如果病斑沿叶脉发生常造成叶片畸形。在受害的茎、叶柄及果梗上形成不规则的条斑，后木栓化并隆起、纵裂呈疮痂状。果实被侵染，初为暗褐色隆起的小点或为带水渍状边缘的疱疹，逐渐扩大为圆形或长圆形的黑色疮痂斑，潮湿时可见菌脓从病部溢出。
病原病原为野油菜黄单胞菌辣椒斑点病致病型细菌。
发病规律病菌主要是在种子表面越冬，成为初侵染源，也可以随病残体在田间越冬。病菌在土壤中可存活1年以上。带菌种子可远距离传播。病菌与植株叶片接触后，从气孔或伤口侵入，在细胞间繁殖，致使表皮组织增厚形成疮痂状，病菌也通过风雨或昆虫传播蔓延。此病在高温多雨季节易发生，病菌发育适温为27～30℃，相对湿度大于80%，尤其是暴风雨更有利于病菌的传播与侵染，雨后天晴极易流行。种植过密、生长不良，容易发病。
防治方法
（1）农业防治：可与大豆、玉米实行2～3年的轮作。清洁田园，辣（甜）椒收获后，要及时清除植株病残体和自生苗，以防翻入地下翌年侵染。
（2）药剂防治：
①进行种子处理。可将种子先用清水浸泡10～12小时后，再用0.1%硫酸铜溶液浸种5分钟，捞出后用清水冲洗干净，晾干后即可播种；也可用1∶10的链霉素浸种30分钟，晾干后播种。
②培育无病苗。在没有种过辣（甜）椒或番茄的地块或温室育苗，移栽和定植工具用0.1%硫酸铜溶液处理。
③大雨过后和发病初期，喷洒1∶1∶200倍的波尔多液，或72%新植霉素可湿性粉剂4000～5000倍液，或20%噻菌铜悬浮剂600倍液，或60%琥胶肥酸铜·乙膦铝（DTM）可湿性粉剂500倍液，或72%农用硫酸链霉素可溶性粉剂4000倍液，或77%氢氧化铜可湿性微粒粉剂500倍液，或47%春雷霉素·王铜可湿性粉剂600倍液进行防治，每5～7天喷1次，连喷3次，可有效缓解病菌的为害。
发病症状辣（甜）椒软腐病主要发生在未成熟和未变色的青果及茎上，辣（甜）椒感病初期，叶上出现褪色小斑，逐渐扩大呈淡黄色不规则圆斑，后变为半透明、中央稍凹陷而薄的斑块，边缘略隆起；茎上病斑纺锤形，中央灰色、边缘黑色。果实发病后，病部呈暗绿色，后变为暗褐色不规则斑块，边缘水浸状，病果除表皮外，内部组织全部腐烂，有特殊臭味，失水后，仅残留一薄层污白色皮层，形似开水烫熟后再晒干的辣（甜）椒，悬挂枝头或脱落。
病原胡萝卜软腐欧氏菌胡萝卜软腐致病型，属细菌。
发病规律病菌随病残体在土壤中越冬，成为翌年初侵染源。在田间通过灌溉水或雨水飞溅，从伤口侵入，初侵染后病菌又可通过棉铃虫、烟青虫及风雨传播，进行再侵染，使病害在田间蔓延。田间低洼易涝、钻蛀性害虫多或阴雨天气多、湿度大时，本病易流行。
（1）农业防治：与非茄科、十字花科蔬菜进行3年以上轮作；及时清洁田园，尤其要清除病果，带出田外烧毁或深埋；培育壮苗，适时定植，合理密植，雨季及时排水，尤其下水头不要积水；保护地栽培要加强放风，防止棚内湿度过高。
（2）药剂防治：
①及时喷洒杀虫剂防治烟青虫等蛀果害虫。
②雨前雨后及时喷洒72%农用硫酸链霉素可溶性粉剂4000倍液，或72%新植霉素可湿性粉剂4000倍液，或20%噻菌铜悬浮剂600倍液，或50％琥胶肥酸铜可湿性粉剂500倍液，或77％氢氧化铜可湿性微粒粉剂500倍液，或14％络氨铜水剂300倍液防治，每5～7天喷1次，连喷3次。
辣（甜）椒细菌性叶斑病
发病症状本病主要为害叶片，叶片正面发病初呈褪绿色水浸状小斑点，扩大后变为褐色至铁锈色，病斑大小不等，叶内陷，呈薄膜状。干燥时病斑呈铁锈色，质脆，有的穿孔。该病一旦发生，遇雨或相对湿度较高时，扩展很快，个别叶片发病的植株仍能生长；叶片大部分脱落可导致整株死亡。病健交界处明显，但不隆起，有别于细菌性疮痂病。
辣（甜）椒细菌性叶斑病1（王久兴）辣（甜）椒细菌性叶斑病2（王久兴）病原假单胞杆菌，属细菌。
发病规律病菌一般在病残体或种子上越冬，通过辣（甜）椒叶片伤口侵入，在田间借助雨水、灌溉水或农具进行传播及再侵染。气温23～30℃，空气相对湿度在90%以上的7～8月高温多雨季节发病重。地势低洼，管理不善，肥料缺乏，植株衰弱或偏施氮肥等地块发病严重。遇高温、叶面长时间有水膜时发病重。病菌侵入后，相对湿度在80%以上时病害就能逐渐显症，若温度过低则病害发展受到一定抑制；若后期温度升高，病害可继续发展。因此，高温多雨或遇暴风雨，病害常加重发生。
防治方法
（1）农业防治：利用无病土壤育苗，防止病苗移栽田间。选择排水良好的地块，采用高垄栽培，并覆盖地膜，严禁大水浇灌，雨后及时排水，防止田间积水，及时清除田间杂草。多施有机腐熟肥，增施磷、钾肥或叶面喷肥，要避免施氮肥过高。收获后及时清除病残体并深翻。从无病株上采种。
（2）药剂防治：
①进行种子消毒，播种前先预浸8～10小时，再用0.1%硫酸铜溶液浸5分钟，捞出后用清水洗净播种。
②发病初期开始喷药，选用72%新植霉素可湿性粉剂4000～5000倍液，或72%农用硫酸链霉素可溶性粉剂4000倍液，或20%噻菌铜悬浮剂600倍液，或50%春雷霉素·王铜可湿性粉剂600倍液，或50%琥胶肥酸铜可湿性粉剂500倍液，或14%络氨铜水剂300倍液，7～10天喷施1次，连续防治3～4次，雨后及时补喷。
辣（甜）椒病毒病
发病症状常见有花叶、黄化、坏死和畸形等四种症状。
花叶分为轻型花叶和重型花叶两种类型：轻型花叶病初现明脉轻微褪绿，或现浓、淡绿相间的斑驳，病株无明显畸形或矮化，不造成落叶；重型花叶除表现褪绿斑驳外，叶面凹凸不平，叶脉皱缩畸形，或形成线形叶，生长缓慢，果实变小，严重矮化。
黄化：病叶明显变黄，出现落叶现象。
坏死：病株部分组织变褐坏死，表现为条斑，顶枯，坏死斑驳及环斑等。