这座新建大殿共有五个灵牌，由柳木制成，黑边蓝地，刻以金字。正中央的灵牌有三米高、近一米宽，为供奉孔子之用，放在一个砖台上，罩以彩色丝幕，周围排着小花瓶，内中放有纸花。孔子灵牌上写：“大成先师至圣文宣王先师孔子之神位。”
孔子灵牌前是一个供桌，侧面有两个木柱，上以精湛的书法写有一副对联。木柱上的横梁上有三副标语，金线镶边，上有手书的尊孔话语。标语和大殿最高横梁之间有一块明显的空当，那里特意空出，准备将来装上由孔子第七十六代传人、末代衍圣公，当时还在台湾的孔德成手书的大木匾。1992年，大川孔氏给孔德成写了三封信，请他为这块大匾题字。但我在1993年8月采访了孔德成，他说他从未收到这些信。人所共知，孔德成是国民党政府的坚定拥护者，至1993年还担任着台湾考试院院长职务。我在台北访问他的时候，我问他是否想回曲阜看看家乡。他怅惘地说，想看的东西都在他的记忆里，而不在曲阜。他之所以不愿回曲阜，也许是因为文革期间发生了很多令人发指的事情。其中之一是孔林的被毁。1966年10月29日，曲阜的红卫兵和北京的激进学生聚集在墓地，要把孔子的棺椁从墓里拉出来，但花了两天时间才打开巨大的陵墓内什么都没有，原来是一座空墓。红卫兵在孔林反而发现孔令贻与夫人以及陪妾安葬在一起。这个陪妾就是孔德成的生母。红卫兵将三具保存完好的尸体挂在树上烧掉。孔林之乱，历时四个月，毁掉4，000多座坟墓。
供桌右侧的灵牌属于“四圣”，即颜回、曾子、子思、孟轲，都是孔子的追随者。左侧的灵牌属于“七十二先贤”，均为孔子的亲炙弟子。在一本有关孔子弟子图谱当中，作者指出，由于文献不足，七十二弟子当中有三十人除去姓名与籍贯外，其它一切均无可考。
这两个灵牌分别放置在一块平台上，上面也罩以丝幕，围以纸花。对于旧有孔庙中灵牌的历史变迁和正统排法。
大成殿两边侧墙前面放着两张平桌，分别供奉两个灵牌。一侧的灵牌上写有：“来甘五十二代世祖性可公之神位”；另一侧的灵牌上写有：“来川五十八代世祖裕后公及五十九代彦峥、彦魁、彦斌、彦嵘四宗世祖之神位”。来甘或来川世祖当然是本地孔家人的祖先。
这五个灵牌的奇特之处是将完全不同的两类人拉到了一起——孔家的祖先以及与孔家无关的古代士人。这种安排方式和传统的方法完全不同。据守庙人介绍，新庙不但与1958年被查封那个旧庙不同，而且和1984年临时建起的祖龛也不一样。例如，在老庙和临时祖龛当中，孔子的灵牌上不仅都刻有“至圣文宣王”和“大成先师”名号，而且有“圣祖”的字样。但在新庙的灵牌上，“圣祖”两个字却被删去了。
另外需要注意，在老庙和临时祖龛中，孔子的供桌周围摆满了当地祖先的灵牌。其中有从广东来到兰州的孔嘉兴以及他后来那些移居颜家湾和来到大川的后代们。但在新庙中，这些祖先的灵牌被降格摆在了大成殿的两侧。而孔子的灵牌周围则环列他自己的追随者。其中只有一人是孔家人，即孔子之孙，子思。
另一个区别：老庙和临时祖龛明显为纪念孔氏祖先而建立。而1985年开始筹划修建新庙的十四个人在访谈中告诉我，他们参加复建孔庙的目的是建设一个固定场所纪念中国文化奠基者，而不是为了祖先崇拜。作为庙管，他们坚持说这新庙不是孔家的祖庙，而是所有信奉孔孟之道的人们都可以进入的一座大成殿。
为了理解孔家人为什么要把外人的灵牌和自己祖先的放在一起，而且把祖先置于第二位，同时为了理解为什么新建孔庙的庙管们认为有必要至少在公共话语中重新界定孔庙的社会功能，我们必须考察这些庙管如何重构庙宇历史，如何恢复老庙旧观以及如何创造出恰当仪式的复杂过程。这种考察以一组“同代人分析”为开端，然后追溯到对迫害的恐惧记忆如何影响一系列有文化意义的创造。