电报后面还附有广州敌方秘密机关的详细地址。邓铿接到这一情报之后，立即调来一支特别行动队，紧急行动，前去抓捕桂军奸细。原来，敌方的秘密机关就设在总司令部的北校场里面，当特别行动队人员到达之前，对方也已知道了要来抓捕他们，在销毁了一批秘密文件之后，越墙逃跑，被特别行动队人员赶上，敌人故意将一袋子洋钱撒在地上，希望追赶的人去拣洋钱而耽误追击的时间，可是特别行动队的队员们不为所动，奋起追赶，一举将奸细们全部抓获。其中有一名是粤军总司令部的参谋，有一名是总统府的军官。经过审讯，发现了陈炯明的心腹部下洪兆麟的人。在审讯这些人的时候，他们的气焰非常嚣张，大声地叫喊：“你们不能扣押我，我不对你们坦白，我要到总统府见到大总统才能讲话！”邓铿根本不买这些家伙的账，下令立即将为首的执行枪决。当时，在邓铿来说，此案非常棘手，如果将此事去和洪兆麟等人对质，他们肯定不会承认，弄不好还会使为首的坏人得不到应有的惩罚；如果要将自己根据侦察得来的情报如实向大总统汇报，又没有多少事实证据，有可能会将事情搞糟，加上当时桂系的沈鸿英又大军压境，容不得再作详细的调查了，所以才下令快速地结了案。可是正由于这件案子的快办，使得陈炯明及其部下洪兆麟等人怀恨在心，时时图谋报复。
到了1921年的11月，陈炯明讨伐桂系大获全胜，以胜利者和功臣的姿态回到了广州，这时候的陈炯明更是志得意满，趾高气扬。一些吹牛拍马的人士将他捧为“儒将”，因为他在清朝曾经中过秀才，而当时执掌北京政权的吴佩孚也曾中过秀才，因此有人又称他俩为“南北两秀才”，这使得陈炯明的骄傲之气更盛。在他的心目中，已经不再把孙中山视为革命的领袖了。他要保存自己的实力，为自己当个广东王而打下基础，便一再以“准备不充分、革命军队的力量不够壮大、周边的军阀势力还没有荡清”等为借口，拒绝出师北伐。
可是，孙中山的北伐决心是不会为一两个人的阻碍所能挫败得了的，他几次电令陈炯明来和自己相见，共商北伐大计。陈炯明实在烦透了心，便打起了鬼主意，他决定三管齐下，不惜一切手段来阻止北伐。
第一步，联络唐继尧，分裂革命军，削弱北伐军的实力。唐继尧是滇军的首脑人物，1920年时想独霸云南，在云南驱逐滇军互相混战，消灭异己势力。当时，率领滇军第一军驻在四川的军长顾品珍，在1921年的3月率领军队打回云南，赶走了唐继尧。唐子无可奈何之中，只身逃跑到香港，过着寓公的生活。孙中山回到广州就任大总统以后，和唐绍仪、伍廷芳等人发电报邀请唐继尧回到广州，孙中山还亲自率领高层人士到广州火车站迎接，并向他宣传革命的大道理，希望他醒悟过来，并且还专门为他举办了盛大的欢迎会，表示对他过去的军阀行径既往不究。可是唐继尧并没有因此而感谢孙中山，反而以身体有病为借口，离开广州，重返香港养病，还通过自己的原部下在云南活动，图谋有朝一日，重回云南掌握政权。
陈炯明要阻止孙中山北伐，第一个人便想到了唐继尧，他几次派遣密使到香港，表示，只要唐继尧愿意回到云南，他愿意助一臂之力，这使早就野心勃勃的唐继尧大喜过望，立即给自己的亲信张伯群写了一封密信，信中说：
“孙中山当大总统，陈炯明并不赞成，孙中山搞北伐，陈炯明更不赞成，孙中山要陈炯明为其北伐筹集粮饷，陈炯明也不愿意。现在，孙、陈二人之间已成水火之势。陈炯明已派亲信人员来到我处，表示愿意助我回滇。请你立即回云南去，等待我到来。”
这样，陈炯明与唐继尧之间便达成了第一个秘密的协议：陈助唐回云南复辟，唐则在云南树起大旗来独立，既分散了革命军的力量，又堵住了北伐军的一条前进通路。唐继尧几次到梧州、南宁与陈炯明会晤，孙中山知道他们在秘密集会，也几次晓之以理，并且委任他为大本营参谋长，可是一心要闹独立的唐继尧却一面假意与孙中山周旋，一面收买土匪暗杀了顾品珍，重新掌管了云南。
陈炯明的第二招是勾结湖南军阀赵恒惕，要赵恒惕在湖南树起旗帜，反对北伐军，赵恒惕果然被收买，北伐军的最好的进军路线又被阻住了。
陈炯明的第三招是与吴佩孚勾结起来，南北联合，反对北伐。
经过几次信件往返，陈、吴之间已经基本达成了协议：陈炯明在南方拖住孙中山的后腿，使北伐军无粮无饷，吴佩孚在北方分几路进军，消灭北伐军的有生力量。事成之后，陈炯明保有广东、广西两省的地盘。
俗话说：天下没有不透风的墙，陈炯明的阴谋活动，不免风风雨雨地传了出来，自然有人把话传到了邓铿的耳中。邓铿开始还是将信将疑：陈炯明是有野心不假，但是孙中山是把陈炯明一手提拔起来的人，而且对陈非常信任，委以重任，陈炯明再怎么有野心，也得考虑到这一层关系吧？不过，邓铿从此后也就多了一个心眼，时时注意着陈炯明的对外界的交往行动。
这一天，邓铿的一个卫士来向邓铿报告：吴佩孚派来了一个密使，正在陈炯明的内客厅里密谈，谁也不让进，不知道在谈些什么名堂。邓铿闻报，立即急急匆匆地以讨论北伐的军事行动为由去找陈炯明，在他进门时与一个陌生人迎面相遇，只见这个人穿一身长袍，戴一顶棉帽，撑着一副黑色的眼镜，完全是北方人过冬天的打扮。邓铿当即拦住此人，正要问话，却见陈炯明和机要秘书陈鹤年从后面匆匆忙忙地赶了出来，对邓铿陪着笑脸说：这位是陈总司令当年流落南洋时的一位老朋友，在北京做生意，这次到南方来办一点货，顺便来看看总司令的。一边说着话，一边马不停蹄地从邓铿的身边走了过去。
待陈鹤年走了过去，邓铿更加怀疑了起来：我并没有问他是干什么的，陈鹤年说这么多话干什么？仔细地想了想，觉得外面风言风语地传说陈炯明的话是有来由的，假如陈炯明真的和吴佩孚勾结在一起，那将会对北伐造成极大的危害！想到这里，邓铿不由得愤怒了起来：“孙大总统对你陈炯明真是有再造之恩，你陈炯明能有今天，完全是孙大总统所赐，怎么能这样在背后拆孙大总统的台呢！我今天非要和你理论理论！”
邓铿怒气冲冲地走进陈炯明的内客厅，这里对于邓铿来说是不陌生的，他几乎每天都要在这里和总司令议事，因此当他进门时，卫兵恭恭敬敬地向他行了个军礼，按平时，邓铿总是要客气地给卫兵还个礼，可他今天心事重重，只是对卫兵摆了摆手，便头也不抬地走了进去。
邓铿进门也没有给陈炯明打招呼，气呼呼地一屁股坐了在陈炯明的对面，陈炯明刚刚送走了吴佩孚的信使，猛地就看见了一脸怒气的邓总参谋长，心里不免一惊，但是一瞬间便冷静了下来，故作镇挣地说：“仲元，你脸色不好，好像有什么不顺心的事情？”邓铿开门见山地说：“请问总司令，刚才走出去的是什么人？”陈炯明心里一跳：“哦，那是我过去的一个老朋友，在南洋时共过患难的，现在在做些小生意，最近路过我这里，顺便来看看我。
怎么啦？我的总参谋长什么时候又当起侦察处长来啦？”陈炯明故作轻松，实际上心里已经是十五只吊桶打水--七上八下的。邓铿见陈鹤年和陈炯明说的来由是一样的，才稍微放了点心，但他觉得还是有必要把该说的话说说清楚：“陈总司令，你我投身革命，为的是实现我们的主义，为的是结束旧中国的残破局面，现在，孙大总统在桂林主持北伐大计，我们要全力支持他的行动，现在有人在说你要和北方的大军阀吴佩孚联合起来对付大总统，这是我所不愿意看到的，也是我们全体革命党人所不愿意看到的！当年，孙大总统第一次到广州组织护法军政府时，广东省长朱庆澜先生将二十个营的兵力交给孙大总统，那时候的桂系军阀以及其他的军事领袖人人都想得到这二十个营的兵力，而大总统却毫不犹豫地将二十个营的兵力交给了你，这是对你的最大信任，我们可千万不能做对不起大总统的事情啊！”邓铿是个心直口快的人，他也不管陈炯明是不是愿意听，一连串地把自己多日来心里想说的话全部说了出来。
邓铿还想苦口婆心地再劝说陈炯明，可是陈炯明这时候已经不耐烦听这些话了，他对邓铿摇摇手说：“仲元，不要言过其实，耸人听闻，外面的传言不可轻信，我怎么会去做反对孙大总统那样的事情呢？我只是对北伐有不同意见，但那决不影响我对大总统的支持，你就把心放回到肚子里面去吧。”
邓铿见陈炯明这样说，也就不好再往下说了，只好站起来告辞。
送走邓铿以后，陈炯明不由得倒吸了一口凉气，心想好险，要不是自己早就和陈鹤年统一好了口径，只怕是今天就要露馅了。再转念一想，长期这样下去，早迟是要露出马脚来的，要想好办法。陈炯明的眼珠转了几转，叫来了侦缉处长黄福芝……从陈炯明处出来之后，邓铿越想越觉得不对劲，把这几天陈炯明的行动联起来一想，已经不能再对陈炯明抱幻想了，他立即给孙中山写了一封长长的信，信中将陈炯明这段时间以来的行动和表现作了详细的叙述，并且把陈和吴佩孚悄悄往来的事情也写了进去，连夜派了一个密使送到桂林。
在密信送走以后，邓铿又得到了一个可靠的情报，陈炯明和吴佩孚的联合已经是确凿无疑的事实了，为了防止陈炯明的行动给北伐带来损害，邓铿又给孙中山打了一份电报，证明陈炯明的不轨行为，请孙中山对此事早作安排。
孙中山接到邓铿的报告，立即给陈炯明打电报，命令他赶到大本营来参加北伐的军事会议，可是陈炯明还是推辞不到。
1922年3月21日黄昏，邓铿来到广州大沙头火车站，迎接他老师周善培，因为是来迎接自己的老师，邓铿就没有带自己的卫队来，只带了两个勤务兵，是准备为老师提行李的。火车站上，人群熙熙攘攘，有的是来接客人、接亲友，有的是路过，还有的是来做生意的小商小贩，热闹得很。邓铿自从给孙中山的电报发出后，一直在等待回音，想着陈炯明对北伐事业的掣时，不由得感到心痛。
日暮时分，随着一声汽笛长鸣，火车进站了，人群立刻开始骚动起来，邓铿也移动步伐，准备去找自己要接的人。就在这时，两个穿着长衫的人，一前一后的走到了邓铿的身边，只听得砰砰砰砰，邓铿的身前身后同时响起了枪声。邓铿猛觉得腹部一阵剧痛，踉踉跄跄地向前走了几步，一手捂着伤口，一手指着前面，吃力地说：“有人害我，快抓凶手！”可是走不到几步，便支持不住，倒在地上，他吃力地说：“我知道参谋长的地位危险，可是何必自己人杀自己人呢！”两个卫兵急急忙忙地找来几个人，将邓铿送往医院。听说总参谋长遭人暗害，粤军的将领们都来探视，陈炯明是第一个来到邓铿的床边的，他对邓铿说：“你好好地治伤，我们一定要严拿凶手！”邓铿这时候已经昏迷不醒了。由于失血过多，终于不治身亡。孙中山正在为陈炯明拒绝来大本营筹划北伐事宜而恼火，忽然又传来邓铿在广州被暗杀身亡的消息，这使孙中山大为震惊而且悲痛，他失声痛哭：
“仲元，我的好同志啊！”邓铿被杀的消息立即传遍了大本营，孙中山请来了胡汉民，告诉他要立即召开紧急军事会议，将北伐军的高级将领们通知到大本营里，商量采取紧急对策，将军们对邓铿的死议论纷纷，群情激愤……（邓铿血案一直到1928年才算调查清楚，主犯是陈炯明的族人陈觉民；行凶者是陈少鹏、黄福芝，二犯也供认不讳。他们说：“邓铿是孙中山的人，他坚决主张北伐，北伐的财力完全靠广东来支持，这样会使广东民穷财尽，孙中山是主张用武力来统一中国的，而我们是主张联省自治的。我们拥护陈炯明总司令，双方政见不合，那当然就是敌人。如果北伐成功，我们将会不容于孙中山，假如北伐失败的话，那北伐军就会全部退回广东，那么广东也不会有安宁的日子。我们干掉了邓铿，也就等于斩断了孙中山的一根臂膀，北伐也就搞不起来了。所以我们非干掉邓铿不可。”）
北伐受阻
就在邓铿被暗害的同时，从云南又传来了令人不愉快的消息，顾品珍被土匪头子杀害，云南省被唐继尧占领，唐继尧拒绝与北伐军合作，这使北伐军的后方立即出现了危机。紧接着，湖南的赵恒惕又派来了一个心腹送信说：
“我原来是同意北伐军从湖南北上的，但现在考虑到湖南的现状，如果北伐军再从湖南经过将会给地方带来战乱，为保持地方安全起见，请北伐军改道。”并且还说，如果北伐军一走坚持要从湖南经过的话，到时候恐怕难免要出现令人不愉快的局面，将会使北伐军的行进受阻等等。这分明是在威胁说：如果你孙中山一定坚持要从湖南进行北伐，我赵恒惕就要不客气了。这接踵而来的几份情报，在孙中山本来就已经忧虑重重的心头又压上几块大石头，使孙中山有点喘不过气来的感觉。他告诉秘书林直勉：“立即通知各路北伐军的将领来大本营开紧急军事会议！”不一会，总参谋长李烈钧、文官长胡汉民、粤军第二军军长许崇智、第二军参谋长蒋介石等人一一来到大本营会议室，会上，孙中山对大家说：“从我们在桂林设立大本营以来，已经历时半年多，其间几次电召陈炯明来大本营商讨北伐大事，可他总是推三阻四。在我看来，陈炯明固然不乐意北伐，但是为北伐军提供粮饷应该不成问题，可是这几个月来，总是不见粮饷及时送到，看来，陈炯明对于北伐已经成见很深了，诸位看当前应该作何处理才好？”
第二军军长许崇智第一个发言，他说：“前此以来，北伐的粮饷虽说接济不够及时，但所赖有仲元在后方全力支持，粮饷还不算多么困难，现在，仲元一死，廖仲恺一人在后方孤掌难鸣，如果粮饷不继，北伐大计断难实施。再说，湖南的赵恒惕又改变了主意，不同意我们从湖南经过北上，这时候如果再不调整原计划的话，后果将会是不堪设想的。”
胡汉民说道：“北伐大计，竟存始终心存不满。仲元之死，我看与竟存很有关系，当前之计，应该先除掉自己革命队伍里的内奸，否则，后院不宁，怎能兴兵北伐！”蒋介石和邓铿是好朋友，当年，蒋介石郁郁不得志的时候，是邓铿慧眼识才，把他一直提拔到了现在的参谋长的位置。邓铿的死，使得蒋介石十分悲伤，他立志要为邓铿报仇，这时候听到了胡汉民的议论，立即附和道：“陈炯明早就有背叛之心，当前的大敌，就是要消灭自己队伍里的内奸！依我看，仲元就是竟存杀害的，一定是竟存心怀不轨，破坏北伐，被仲元察觉后想杀人灭口！”
总参谋长李烈钧也同意大家的看法，要求孙中山采取果断的措施，先清除革命队伍里的内奸，然后再举兵北伐。