还没等洋人的话说完，孙中山已经怒不可遏，“砰”的一声，一拳砸在桌子上，怒斥道：“我是中国的大总统，这白鹅潭是中国的领土，我在中国的领土上，想在哪里停留就在哪里停留，我有完全绝对的自由权。你们外国人在我国的土地上，只是一个客人，客人怎么反过来干涉主人的自由权？真是岂有此理！我现在是在率领海军讨伐叛军，我避什么难！”
洋人见孙中山发火了，旁边的卫士也一脸怒气地盯着自己，心里害怕，一下子软了下来，说：“我们的意思并不是说孙先生不能在这里停留，而是因为这里是通商口岸，濒临租界，万一发生战争，将会危及外国人的安全，这样会引起麻烦。不过，孙先生如果要走的话，我们可以提供方便。”
孙中山见洋人软了下来，也放缓了口气说：“我什么时候走，什么时候留，这完全由我自己作主，不劳你们操心。不过，我告诉你们，本大总统驻在永丰舰上，是在指挥我国的平叛战斗，我还要就近不断补充给养，到时候希望你们提供方便。”两个洋人连连点头，知趣地告辞而去。
永丰舰停泊白鹅潭以后，发现随温树德而去的永翔、同安两艘军舰也停泊在这里，孙中山立即派永丰舰上的人去收编他们。永翔舰不听收编，又偷偷地离开了。同安舰被顺利地收编。同在白鹅潭的还有好几艘外国军舰，中国的军舰与外国的军舰在一起，排成了一条长长的船阵，陈炯明听说孙中山已经开进了白鹅潭，气急败坏，想打又不敢打，怕伤了外国军舰，洋人一旦发火，那可不是好惹的；不打又实在是不甘心，急得在屋子里踱来踱去。
陈炯明的焦急心情被他的一些谋臣策士们看在眼里，急在心里，他们纷纷献计献策，怎么去打永丰舰。张碌村献计说可以用鱼雷去打，张说他认识香港的一个工程师，这人叫徐直，是个鱼雷专家，会造雷也会布雷，在白鹅潭里布上几个鱼雷，不怕炸不死孙中山。陈炯明觉得这个计划可行，便委托张去筹划，张和周天禄、徐直共买了五个鱼雷，选了几个办事干练的士兵去白鹅潭布雷。
这天早晨，白鹅潭水面上波平浪静，几艘中国军舰和外国军舰都在顺着退潮的海水掉转船头。永丰舰刚刚掉好了头，忽然听到一声巨响，舰上的人都几乎被抛了起来。舰长冯肇宪立即意识到：这是一枚鱼雷爆炸了，飞快地跑上甲板，去观察鱼雷爆炸的现场，同时指挥部下赶快在军舰停泊的水面戒严巡逻。蒋介石听到这轰然一声巨响时，立即跑到孙中山的船舱中去看大总统受伤了没有，等他匆匆忙忙跑进船舱时，却看到孙中山正在安安静静地一边进餐，一边读报纸。见蒋介石这么慌慌张张地跑到下面来，孙中山问：“什么事这么紧张？”“报告大总统，有人在水面上对永丰舰放鱼雷，很危险！”
孙中山说：“战争时期，放几个鱼雷有什么可怕？你去看看是怎么回事就行了嘛！”蒋介石一面答应着出去了，一面心里难免有点惭愧，想：“大总统真是个伟人，这么大的风险，他却若无其事地样子，我倒反而显得沉不住气了。”
很快地，冯肇宪舰长派出去扫雷的水兵，顺利地排除了其他的鱼雷，还带回来一条小船和两个可疑的人。经审问，正是他们布的雷，并说是叶举派他们来的。问他们带了多少鱼雷，回答说一共带了五个鱼雷，目的是要炸毁永丰舰，炸死孙大总统。他们还供认说，陈炯明给他们说，不管是谁，只要打死了孙中山，就赏大洋二十万元。陈炯明还准备着，如果这次鱼雷炸不死孙中山，就用小轮船来撞击永丰舰，已经买了十几艘小轮船，具体哪一天行动不知道。
陈炯明这次施放鱼雷没能炸死孙中山，觉得有点心灰意冷，好像孙中山有神在保佑一般，怎么就那么巧，刚刚在鱼雷发射时船艇掉转方向，要不然，孙中山早就报销掉了。想来想去，把牙一咬：”索性一不做，二不休，将准备好了的十几只小船再派出去，破釜沉舟，干掉孙大炮，彻底消除这块心病！”
想到这里，正要叫秘书陈鹤年来传达命令，忽然有侍从副官来报告说：“英国租界的领事求见。”陈炯明不知道他们的来意是什么，赶忙命人请进。
进来的还是那个曾经被孙中山在船上训斥了一顿的领事夏利士，他来到陈炯明的司令部里可就更加神气活现了，他傲慢地对陈炯明说：“今天早上，你们中国的鱼雷艇在白鹅潭放置鱼雷，这时我们外国人的船只造成了严重的威胁，使我们感到不安全，我们抗议这种行为，请贵军今后不可再轻率地行动！”夏利士说完活，也没有容得陈炯明解释，便打道回府，气得陈炯明噎在当场，好半天没有说出话来。可是气归气，打却是真的不敢打了，万一用小船攻击孙中山时，误伤了外国军舰，外国人认真追究起来，可不是好玩的，那时候就“吃不了兜着走了”。陈炯明是不敢攻击永丰舰了，可是在白鹅潭的军舰的处境也是越来越困难了，困守在白鹅潭里，时刻在叛军的包围之中，供给也成了大问题，现在唯一的希望就是北伐军早日打回广州，消灭叛军，将孙中山救出困境。然而，关于北伐军的消息却是时好时坏，一会儿报告说，北伐军进展顺利；一会儿又说北伐军南下受阻，弄得军舰上的士兵开始焦虑不安了，孙中山也成天在翘首盼望，个把月的时间过去了，还是没有北伐军的确实消息。
原来，北伐军南下的速度在韶关一带受到了阻碍，陈炯明在图谋杀害孙中山时就考虑到了北伐南下的威胁，早在6月18日就命令自己的得力干将翁式亮率领本部军队进驻韶关，其主要任务是阻住南下的北伐军的前头部队。同时，担任北伐任务的粤军第一师是陈炯明的“秘密武器”，师长梁鸿楷是陈炯明的心腹干将，与陈炯明约有特定的密码。陈炯明又给梁鸿楷发去了一份绝密的电报，要他从北伐前线秘密回师，从背后袭击北伐军。梁鸿楷接到命令后，立即将自己所属部队分兵三路，连夜向韶关方向后撤，到了和平、连平一带后，梁鸿楷的团长陈修爵自告奋勇担任先锋，不休息地连夜兼程开赴马坝与正在这里集结的翁式亮部会合，在此给南下的北伐军以迎头打击。叶举知道这一情况后，又调来自己所属的大部分汽车，将陈修爵的部队用汽车运往马坝。在这之前，南下的北伐军势不可当，一路打得叛军望风而逃，粤军翁式亮部在韶关与北伐军先头部队相遇，双方一接触，叛军即被打得溃不成军，往马坝方向逃窜。北伐军乘胜追击，正好遇到陈修爵的部队赶来加入战斗，这是一支生力军，他们装备精良，立即遏止了北伐军的进攻势头。南下讨贼的北伐军已经连续作战多天，全凭一股勇气在作战，一旦被阻止往了的时候，便很难再前进了。恰巧又听说阻止自己前进的又是自己人，北伐军内部出现了倒戈现象，使得北伐军的军心大大动摇起来。翁式亮的粤军反过来进攻北伐军，迅速将北伐军的大本营韶关拿了下来，北伐军的大本营被迫迁移。南下讨贼的主力许崇智部退入福建省境内，李烈钧、李明扬、朱培德部退入贵州省境内，赖世璜部退回江西省赣州境内。经过一个多月的较量，北伐军南下讨贼平叛的计划没能取得预期的战果，平叛行动受阻。
8月3日，南下讨贼的北伐军在南雄召开军事会议，研究平叛军事计划，考虑到北伐军长期作战，兵力疲惫，补给困难，人心浮动，决定暂时收缩一下军事讨伐的规模，并改变作战方式，北伐军中的粤军从江西转入福建境内后，休整一段时间再图进攻；进入湖南的北伐军、江西省的北伐军休整后向广西进军讨贼。这时，得势不饶人的叶举大军又进攻南雄，南雄失守，北伐军继续向湖南、江西一带撤退。讨陈平叛的战斗由进攻态势转入防守态势。
8月8日，程潜从大本营辗转来到白鹅潭，向孙中山报告了北伐军回师失败的消息，力劝孙中山早日离开这危险的境地。孙中山还在犹豫，他怕程潜的情报不准，如果自己贸然离开了军事指挥的前线而错误地导致了平叛战斗失败的话，那将是十分遗憾的事情。
与此同时，陈炯明还派了飞机在白鹅潭的上空盘旋，虽然没有轰炸，可是在士兵们的心理上造成了很大的压力，内部的谣言开始多了起来。温树德又在暗中通过老乡关系对士兵们进行收买，有的军舰上的官兵开始扬言要到温树德那儿去。对这些现象，孙中山深为忧虑，在船舱中来回踱步，静静地考虑对策。
第二天，蒋介石来报告：“有一位从南洋归来的老华侨，只身一人来到永丰舰，要求大总统接见。说是从粤北来，亲眼看到北伐军的情况，来此报告北伐军的消息。”孙中山忙令请进。这位老华侨一进船舱，就痛苦地拉着孙中山的手，喊了一声大总统就泣不成声了。孙中山一眼认出这就是当初在新街车站上劝自己不要到广州去的那位老人，就激动地抓住他的手，请他坐下来慢慢说。老人将自己冒着生命危险只身跑到粤北看到的北伐军南下情况一一说给孙中山听，孙中山这才知道北伐军南下讨贼的战斗真的失败了，自己强抑着内心的痛苦，安慰老人。
送走老人以后，孙中山请各舰舰长到永丰舰来开会，商量下一步如何继续讨伐陈炯明的计划。会上，大家分析了当前的形势后一致认为，北伐军南下讨陈受挫，海军力量薄弱，平叛战斗已非短期内可以完成，大总统应该另图良策，长期住在军舰上也不是长久之计，不如暂时离开广东省，重新联系好各方力量后，等退回江西、云南、湖南等地的北伐军休整过来以后再重整旗鼓，讨伐叛军。孙中山认为舰长们的意见是对的，便决定从香港取道上海，重新组织平叛行动。
孙中山驻在白鹅潭，一直是各国祖界的一块心病，听说孙中山要离开这里，他们很高兴，英国领事立即派出一艘炮舰来护送孙中山离开。当天下午，孙中山偕同陈策、蒋介石、冯肇宪等人乘英国的摩汉号炮舰离开白鹅潭，取道香港转赴上海。
租界风云
作出离开永丰舰、从香港取道上海的决定，这是令孙中山极为痛苦的事。临行前，孙中山对来永丰舰开会的各位舰长和指挥官们说：“我此次离开黄埔，转赴上海，并不是向叛贼陈炯明低头屈服，而是要在上海重新组织革命力量，继续指挥讨贼战斗，一旦时机成熟，我还要再次回到广东来，重新开始我们的北伐事业！在我离开永丰舰的这些日子里，秘书林直勉和参军李章达留下，继续负责广东的讨贼事务，要把我们现有的革命力量保存好，我不久就会回来的！只要找一息尚存，我就要把已经开创的事业进行到底！”永丰舰上的将士们为孙中山激烈的情绪所感染，一齐表示坚决听从大总统的命令，坚持同逆贼陈炯明战斗到底。
8月10日，在乘船赴上海的途中，孙中山一个人久久地伫立在俄国皇后号的甲板上，看着被船头劈开的海浪，心潮也如大海奔腾的波涛一般在起伏不已：为了使中国早日统一起来，我率领革命的同志们前赴后继，顽强奋战，牺牲了多少亲密的战友和同志，失去了多少优秀的人才，这次北伐革命，眼看就要成功了，可是却被来自革命阵营里自己的同志破坏了，功败垂成，真是令人心痛欲死。这时候，孙中山才真正地认识到：用了陈炯明这样的野心家来领导军队，要想实现崭新的理想，无疑是在做梦。认清了这一点后，孙中山的心里豁然敞亮，对下一步如何完成自己梦寐以求的统一大业，开始有了截然不同的认识，可是对于具体地如何去实施它，心里一时还没有清晰的思路，这使他心里又充满了彷徨和苦闷。孙中山的这种彷徨和苦闷一直到他找到了中国共产党、找到了俄国十月革命成功的经验和得到共产国际的支持，才算彻底消除。不过这是在孙中山到了上海之后的事情了。
从香港到上海，途中要行驶三四天的时间，这几天里，孙中山一面反复思考、检讨着自己在领导革命中成功和失败的经验教训，一面思考着下一步的对策。他觉得：要想革命的胜利，必须有一大批意志坚定的革命同志，这些革命的同志还要有着献身“主义”的革命精神，还要对那些打着革命的旗号干着欺世盗名的勾当的假革命者们有着清晰的认识，以保证在革命的紧要关头站稳立场，这是革命成功的重要保证之一。因此，孙中山把随同自己同行的人员一起召集起来，问他们对这次革命失败的看法，孙中山对随行人员说：“请大家自由地发表意见，不要有任何顾虑，从你们的思想中，或者有能启发我新思想的地方。”
有一个文书带有点迷惑不解地说：“大总统，我们的‘革命’是为了实现我们的‘主义’，可是陈炯明也说他是在‘革命’，到底什么才是真正的‘革命’呢？”孙中山点点头，很高兴地说：“你的这个问题问得好，陈炯明为什么还有那么大的号召力，就在于他提出的口号有着迷惑人的地方，要知道，什么才是真正意义上的革命呢？不是那些自诩自己是革命的人就是革命的，陈炯明是个叛贼，他提出的所谓‘联省自治’，和反动军阀的腔调没有什么两样。反动军阀们在想独霸天下时，就发动战争，以统一天下为借口，对别人发动进攻；而当他们自己没有力量能统一全国的时候，就又喊出了‘联省自治’的口号，又反对战争，这就是叫别人不要再去打他了，好让他坐稳这一块地盘。关于这一点，中国的共产党人早就看出来了。再说，什么叫革命呢？革命与叛逆是不可同日而语的，革命有革命的道德，有革命的主义，有革命的精神，是一个非常高尚而又尊贵的名词，只有我们这以统一天下为大业的、以拯救中华民国为目标的事业才能称得上是革命。从西方国家来看，法国有大革命，美国也有革命，法国的革命以争自由为口号、为目标，美国的革命以独立为口号、为目标，他们的革命都是成功的，他们的革命目标也都达到了；在我国，我们的革命是以三民主义为口号、为目标的，我们的革命尚未成功，今后，我们要在如何实现‘主义’上多下工夫。”
又有一个文书问道：“军阀们的‘联省自治’，看起来是不要战争了，这还是受到人民的欢迎的，请大总统告诉我们，‘联省自治’的危害到底在什么地方？”