“我献上一万元以犒赏你的军队！”樊钟秀还是摇摇头说：“无功不受禄，不敢领受。”说完话就带着部队直奔瘦狗岭前线去了。
围攻广州的叛军见守城的滇军已经渐渐力不从心，一个个得意洋洋，只等着把守军困死以后不费力地拿下广州后好享清福了。猛然间，不知道从哪里冒出来一支生力军，一个个都是彪形大汉，冲进叛军的阵地后，简直就如老虎冲进了羊群里，直杀得叛军哭爹叫娘，眨眼间就乱了阵脚。
谭延闿的湘军也正在这时候赶到，二话不说便加入了攻击叛军的行列。广州城外、两天激战，叛军主力被大部歼灭，讨贼军乘机挥兵大进，一举夺回了石滩、石龙，叛军主力的残部退入惠州城中，陈炯明的第二次进攻广州的计划再一次泡了汤，广州城再次转危为安。广州这块革命的根据地，像一艘永不沉没的航船，在波涛汹涌的大海上乘风破浪，扬帆猛进！
关税风波
在平定陈炯明第二次叛乱的过程中，孙中山深切地感受到面临着一个最为严重的问题，就是钱的问题。自从大元帅府成立以来，快到八个月的时间里，政府收入不超过三百三十万元，而包括军费在内的各项支出却要花去将近一千一百万元，政府收入极其微薄，除了应付正常的经费开支外，还要给参加平叛战斗的滇、桂、粤军等开列恫银，这些旧军阀领导的军队，不见饷银死活也不肯上前线去打仗，有几次因为钱的问题差点就误了军机大事。
一次是在进攻惠州时，孙中山以大元帅的名义命令胡汉民支取二十万元的饷银给滇军和桂军，让他们拿了钱之后立即上前线去协助刘震寰攻打惠州的守敌杨坤如，胡汉民接到命令后丝毫没有怠慢，立即签发了取款手令，让副官张猛到市政厅去支取二十万元的款项。张猛拿着胡汉民签发的手令在早晨8点钟就到达了市政厅，可是市长孙科不在，没办法支款。一直等到上午11点正，才见到孙科摇摇晃晃地来上班，张猛赶紧迎了上去，将胡汉民签发的命令给他。孙科一看是要提取二十万元的款子，当时就来了火：“我哪里有钱？我这个市长早就是一个空架子了，我去变戏法也弄不出这么多的钱来！”孙科一边说着，一边还真的来了大火，三把两把就把胡汉民的手令撕得粉碎，把一大把碎片向张猛的脸上砸去，竟然连班也不上，一甩袖子，扬长而去。
到了中午时分，孙中山认为各路军队已经出发了，打电话给各军首领，一查问才知道，没有一支队伍开出广州，都还在兵营里猫着一动没动。滇军总司令杨希闵说：“还没有领到饷银，士兵们不肯出发。”孙中山感到奇怪：
“不是早就去支款了吗，怎么到现在还说没有钱呢？”他不放心，又去打电话问刘震寰，得到的回答也是没有粮饷，部队不肯出发。孙中山连忙去问会计司，会计司回答说早就没有钱了，孙中山又问：“不是早晨就到市厅去取钱去了吗？怎么到现在还没有钱呢？”会计司司长黄汉生回答说：“我不知道有这回事，也没有见到钱来。”
孙中山满腹狐疑，来到胡汉民处查问钱的事情，胡汉民回答说，一大早就让副官张猛去取钱去了。正在说着，副官张猛带着一肚子的气回来了，见了孙中山，便将自己去取钱时受到的一肚子的窝囊气统统的发了出来，如实地给孙中山作了汇报。孙中山一听，当时气得满脸通红，火冒三丈地立即打电话让孙科来一趟。
接到父亲的电话，孙科吓得战战兢兢地来到孙中山的面前，不等孙科开口，孙中山就将他一顿大骂，要他马上去筹集二十万元的款子来，否则，就不要当这个市长！
第二件事情是在博罗争夺战的时候，急需要十万元的款子给广州的桂军，让他们火速来博罗增援，可是，政府的财政仍然是极其紧张，财政部长廖仲恺只好到香港去向日本人借了十万元的贷款来，才解了这个燃眉之急。这两次事件，使孙中山深切地感受到财政问题的重要性。在当时，各路军阀们可以自己设卡收费，在大元帅府成立的八个月里，粤军自己的收入可达到每个月一百多万元，滇军每个月可得三百多万元，海军可得到三四十万元，其他的军队总数加起来也要超过一百多万元，而这些军队还要向政府伸手要钱要粮，没有钱粮就不打仗，这使孙中山感到非常头痛。考虑了很长时间以后，孙中山决定：收回广东省的关税主权。这有两个好处，一是筹到足够的军费，二是可以给帝国主义者以一个有力的打击。当时，广东省的关税每年都被北洋政府的代表收了去，外国人在广州做生意，不向广州政府交税，却向北洋政府交税，每年的关税在一千万元以上，这是一笔很大的收入，如果成功地将这部分关税收归大元帅府所有，就基本上解决了广州政府的财政问题，孙中山下定决心要这么做了。在1923年的9月5日，孙中山命令大元帅府的外交使团，照会北京公使团，要求将每年广东全省的海关关税收入扣除给外国赔款的数额之后，全部交给广州革命政府，并且应将自从1920年以来的关税收入同样交给广州革命政府。当时，正是讨贼军平定沈鸿英叛乱和叶举、洪兆麟叛乱的时候，外国公使团认为，有北洋政府和陈炯明的南北夹击，孙中山在一个小小的广州这样的弹丸之地，根本无法坚持下去，等到孙中山失败之后，他也就没有力量再来和外国各国公使团叫板了，所以他们对孙中山的革命政府的要求既没有同意，也没有反对。10月份的时候，孙中山已经平定了两次叛乱，再次向北京的外国公使团提出了收回关税的要求。这一次，外国公使团有点沉不往气了，但是他们又没有什么好的办法，便决定一动不如一静，采取拖的办法来应付广州革命政府，对广州政府的要求仍然不作答覆。
到了11月23日，孙中山见外国使团仍然没有对广州政府的要求作出答覆，便命令大元帅府外交部，第三次给外国公使团发出照会，如果外国公使团在照会限定之日内，仍然不对广州政府的要求作出明确答覆的话，广州革命政府将自行将广东省境内的海关关税全部提留。
这一下，外国公使团才慌了神，他们不甘心自己的在华势力受到任何侵害，在12月3日，给广州革命政府外交部回了一封电报，电报口气蛮横：“广州政府于9月5日给我外国公使团照会尚未答覆，你们不得擅自收回广东省的关税，如果广州政府竟然强行收回广州关税的话，那就是粗暴干涉外国公使团在华的既定利益，我们将以强硬的手段对付。”
孙中山接到这一份无理至极的电报之后，非常气愤，立即指示外交部，给外国公使团回覆照会，以更加强硬的措辞说：“接到外国公使团的覆电之后，我们非常气愤，中国的海关是中国的国家政府机关，中华民国革命政府是中国境内唯一合法的政府，凡在我中华民国境内的各海关，理应遵守本政府的各项法律法令和政策，我们在我中华民国境内行使自己的主权，任何外国势力不得干涉。自今日起，二周之后，将是我中华民国收回在广东省境内的全部海关关税的日期。”
北京的外国公使团接到了孙中山这一份措辞更加强硬的照会之后，对孙中山的绝不退让的态度感到非常震惊，他们自从清末进入中国的地盘以来，还从来没有遇到哪一任中国政府、哪一个中国政府官员像孙中山这样强硬无比，他们觉得丢了脸，想找回自己的面子。于是外国公使团们暴露出来了他们一贯蛮横不讲理的真面目，在北京的外国列强组织起了军事联合体，搜罗了二十多艘军舰，从香港驶入白鹅潭，大炮脱去了炮衣，炮口对准广州，军舰在水面上一字儿排开，想以军事上的优势来吓倒广州革命政府。
帝国主义的军舰开到了白鹅潭，一时间吓坏了广州政府中那些胆小怕事的人们，广州的市民们也惶惶不可终日起来，广州市内谣言四起，都在说：
孙中山向外国人发照会，要收回广州的关税主权，现在，外国人发火了，英国、美国、荷兰、法国等几个老牌帝国主义国家已经组织起了二十多艘军舰开到了白鹅潭，要对广州发动进攻，孙中山不怕陈炯明，不怕吴佩孚，这外国人可不同中国人，他们是说到做到的……随着谣言的到处传播，广州市的市场也开始萧条起来。
对孙中山所采取的革命行动，在国民党内部也有不同的意见，一些老牌的国民党员们，也来小心翼翼地劝孙中山最好不要得罪外国人，要为广州革命政权留一条后路。对这些种种不同的议论，孙中山只是一笑置之。
12月7日，胡汉民向孙中山报告：《字林西报》的记者要求采访孙中山，孙中山想：“这家报纸历来是为英、美各国列强说话的，记者来访，无非还是关于关税的事情，想来就外国军舰开进白鹅潭试探我的态度，来得正好，我正要借你报纸的口来宣传一下我们的立场。让帝国主义知道我们政府的立场，也可以让市民们了解事件的真相。”便在电话里对胡汉民说：“请他立即过来！”
《字林西报》的记者一落座，便开门见山地发问：“孙先生，您所领导的广州政府最近接二连三地向在北京的外交使团发出照会，声言要收回海关关税，外交使团不同意此事，而你却不顾公论，还声称要强行收回关税，此事已在国内和国际上引起了轩然大波，不知先生您有何妙策收拾这一残局？”
听了记者的话，孙中山知道他没怀好意，便淡淡地一笑道：“两广关税收入，每年在一千万元以上，这本来就是两广人民自己的钱，理所当然地应为两广人民所有，本政府是中国唯一合法的政府，本政府代表国民的利益收回关税，这是天经地义的事情，有什么大波好言？我倒是为我们有些人的软骨头而感到耻辱。不过我更感到困惑的是，中国海关总税务司司长的职务，为什么会是由外国人担任？”
记者又问：“如果外国人不把海关关税交出的话，那你将采取什么办法？”
孙中山毫不犹豫地答：“我早已向世界各国打了招呼，如果他们在我们限定的时间内不将海关关税交出来，我们将强行接收，这是没有什么好商量的！”
记者又威胁道：“如果孙先生要强行接收关税的话，势必要引起争端，现在外国人已经将军舰开到了白鹅潭，难道孙先生不认真考虑一下这一现实吗？”
孙中山这时候不怒反笑了说：“我早就想好了，外国人就会搞武力恫吓这一手，现在，关税交到北京，给那些旧军阀们使用，这无疑地是人民自己给钱让军阀来欺压人民自己，这种现象再也不能继续下去了。说到外国人的军舰，我可以告诉你，如果怕的话，我就不会提出收回关税的这个要求了，你可能还不知道，当年我在安庆烧毁鸦片的时候就是当着英国人的军舰烧的，英国人气势汹汹地要对我开炮，结果还不是夹着尾巴逃走了？现在，我有几万革命军驻在广州，他们都决心为保卫革命胜利的果实而战斗，别说你二十艘军舰，就是再来四十艘军舰，我又有何惧哉！还有，我已经作好了部署，海军早已作好了战斗动员，如果帝国主义的军舰竟敢真的对我广州发动进攻地话，那时候真正吃亏的可能不是我，而是那些自以为稳操胜算的帝国主义们！”
停了停，孙中山又说：“我就不信外国人能在我们的国土上打赢这场战争，我要为我中华民族的主权而战，即使是牺牲了，也是虽死犹荣！”
话说到这种程度了，《字林西报》的记者觉得实在是没有什么东西能吓唬得倒孙中山了，只好知趣地离开了大元帅府。第二天，孙中山答《字林西报》记者的谈话在广州各大中文报纸披露，广州市民们欢欣鼓舞，中国共产党也发表声明，坚决支持孙中山先生的正义行动，工人、农民们上街游行，愤怒声讨帝国主义粗暴干涉中国内政的罪行，广州市掀起了反帝革命运动的高潮。
在各界人民的压力下，帝国主义的军舰气势汹汹地开进白鹅潭，却又悄无声息地开了出去，广东省的关税被顺利地收归广州政府所有，孙中山先生领导的这次反帝革命斗争，取得了彻底的胜利。在这次革命的胜利中，孙中山尝到了胜利的欢乐，也真正看到了人民的力量。
改组国民党
早在1923年初，孙中山还在上海的时候，他就痛心地感到：国民革命总是遭受重重挫折，究其原因不外乎两条：一是国民党内人心不齐，许多国民党员甚至是老同志都把加入国民党看作是升官发财的敲门砖，很少有人是抱定了为拯救中国的革命宗旨而加入国民党的，更谈不上不惜为之牺牲生命了，而党内的不少好同志却一个接一个地牺牲了生命；再一个原因就是没有一支服从自己指挥的过硬的革命武装力量，因此每次打仗时只能依靠旧式军阀的力量，而这些旧军阀们是不信奉主义的，他们打仗的目的，要么是为了发展自己的实力，争夺更多的地盘，要么就是为了发大财，革命党并不能管束住他们，相反，经常是受制于这些旧军阀们。要解决这些问题，在孙中山看来，没有什么好的办法，只有对自己现在领导的政党进行彻底的改造，使它能真正担负起领导中国革命的任务来。基于这一设想，孙中山还在上海的时候，就委托自己的得力助手廖仲恺和苏俄代表越飞进行了多次秘密谈判，商量改组国民党的良方。同时，孙中山还委托中国共产党人李大刽为改组国民党出谋划策。孙中山到广州组建起大元帅政府之后，立即把这一任务当作头等大事来抓。
1923年的10月6日，苏联派驻广州的全权代表米哈伊尔·马尔科维奇·鲍罗廷到达广州。鲍罗廷从莫斯科来到广州，首先递交了苏联驻中国大使加拉罕的介绍信。加拉罕是共产国际的执行委员，曾经三次发表对华宣言，他特别尊重孙中山，称孙中山是“新俄的老朋友”，他曾经多次向孙中山表示，他要尽自己的全力来发展苏联人民和中国人民的友谊。在鲍罗廷到中国后，加拉罕写了一封长信给孙中山，告诉孙中山：鲍罗廷是苏联的一名老党员，有着丰富的革命经验和很强的工作能力，并介绍鲍罗廷代表自己向孙中山转达他对中国国民党的一切意见和建议。
孙中山见到鲍罗廷，如同见到了阔别多年的老朋友，详细地向他询问了苏联的情况和列宁同志的身体情况，在和鲍罗廷的谈话中，孙中山对苏联革命的每一个细节都表示出极大的兴趣。孙中山任命鲍罗廷为国民党的顾问、训练员，请他在广州协助自己搞好这次国民党的改组工作。为了让党内的同志理解自己的意图，孙中山曾经在一次会议上对国民党员们解释说：“我请鲍罗廷君为我党的训练员，鲍君有丰富的办党的工作经验，我的目的是要借助于鲍君的经验为我党的改组服务，鲍先生来到中国，也是诚心诚意地来帮助我们的。我衷心地请各位不要对他抱有什么成见，而是要牺牲自己的片面的见解去理解鲍先生的思想，去学习他的方法。”